蛍光画像で核を数える
6 分- 画像を開き、数えたい領域を選択します。スライド全体ではなく領域を定量すれば処理が速いままで、結果も本当に見たい組織の上に残ります。
- 定量パネルで「核」を選び、エンジンに InstanSeg を指定し、セグメンテーションチャンネルを DAPI などの核染色に合わせます。初回は詳細設定に触らないでください。
- 実行したら、数値より先にオーバーレイを見ます。おかしいオブジェクトをクリックして除外し、そのうえで CSV と方法サマリーをまとめて書き出します。
SlideScope を学ぶ
インストール済みから、実際の結果まで
以下のガイドはどれも、誰かが実際に終わらせる必要のある作業です。正直な所要時間と三つの手順が付いています。SlideScope が初めてなら導入パスから、そうでなければ目の前の作業へ直接どうぞ。
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5
まずここから
一度だけ、約十分。順番にこなせば、このページの残りはすべて腑に落ちます。
インストールと有効化
Windows または macOS 用の署名済みビルドをダウンロードし、トライアルやサブスクリプションで使ったアカウントでサインインします。有効化はマシンに紐づき、一つのサブスクリプションで二台までカバーするので、ノート PC とワークステーションの両方をサインインしたままにできます。
最初のスライドを開く
CZI、ND2、SVS、NDPI、DICOM、TIFF のいずれかをウィンドウにドラッグします。取り込み手順も変換もありません。SlideScope はスキャナのピラミッドを直接読むため、ギガピクセルのスライドでも普通のノート PC で開きます。
操作に慣れる
スクロールでズーム、ドラッグでパン、全体ナビゲータで現在地を見失わずにスライド上を移動できます。メタデータパネルは早めに確認してください。そこに記録されたピクセルサイズこそが、以降のすべての計測を「おおよそ」ではなく「校正済み」にしています。
作業別ガイド
今日やろうとしていることに合うものを選んでください。
構造をマイクロメートルで測る
4 分- メタデータパネルにピクセルサイズが出ているか確認します。スキャナが記録していれば計測は実寸のマイクロメートルで出ます。記録がなければ、何かを測る前に手動で校正してください。
- 計測ツールを選び、構造の上をドラッグします。距離も面積も、たまたま表示している倍率ではなくスライドの全解像度で計算されます。
- 計測を保存してスライドに紐づけておき、他所で必要になったら表を CSV、領域を GeoJSON として書き出します。
H&E と対応する IHC を並べて読む
5 分- 一枚目を開き、その横に二枚目を開きます。両方のペインが組織の同じ場所を同じ倍率で保持します。
- スケールは拡大率ではなくマイクロメートル単位で揃うため、解像度の異なる二つのスキャンでも実際に対応します。どちらかのペインを動かせば、もう一方も追従します。
- 都合のよい側で注釈を付けてください。メモはそれぞれのスライドとあなたのアカウントに紐づいたまま残るので、次に見る人にも伝わります。
フォルダ全体を一度に定量する
8 分- まず一枚をきちんと合わせます。代表的な画像一枚でオブジェクト種別、エンジン、チャンネル、面積範囲を調整し、オーバーレイが正しく見えるまで詰めます。
- その設定をレシピとして保存し、三か月後の自分が分かる名前を付けます。
- フォルダ一括処理を選び、対象ディレクトリを指定して実行します。画像ごとの書き出しに加えて、まとめたバッチサマリー CSV が得られ、すべての画像が同一の設定で解析されます。
いま見ている画面をそのまま共有する
3 分- 相手に見せたい視野へ移動し、見せたい倍率と面に合わせます。
- 共有ビューのリンクを作成します。スライドに加えて位置・倍率・面を持つので、相手がギガピクセルのスキャンを探し回る必要はありません。
- 送信します。SlideScope が入っていれば slidescope:// スキーム経由でワンクリックで開きます。入っていない相手は、まずウェブサイト上でリンクの指す内容を確認できます。
よくある質問
まったくの初心者です。どこから始めればいいですか？
導入の三ステップを順にこなし、それから計測ガイドをやってください。この四つで、新規ユーザーが最初の一週間に必要とすることのほとんどが片付きます。次は計数ガイドがおすすめです。定量がまだ必要ないと思っていても、SlideScope が校正をどう扱うかを理解する最短経路になります。
スクリプトを覚える必要はありますか？
ありません。このページのどれ一つとして、スクリプト、マクロ、プラグイン、Python 環境を必要としません。定量はコードではなく保存済みレシピで動きます。プログラマブルな基盤ほど自由ではない代わりに、結果に至るのがはるかに速い、という取引です。
研究室の他のメンバーはどう教えればいいですか？
自分の仕事で使っている実際のスライドを指す共有ビューのリンクを、このページと一緒に送ってください。作り物のチュートリアルファイルより見慣れたものを開くほうが効きますし、リンクなら相手はスキャンの別の隅ではなく、あなたと同じ視野を見ます。
自分の画像で覚える
14 日間のトライアルは全機能版です。サンプルファイルではなく、研究室が実際に扱っているスライドでこれらのガイドを進めてください。