Abra arquivos ZEISS CZI no SlideScope para Windows ou macOS sem conversão prévia. Examine os canais e as dimensões salvos no arquivo. A visualização local não envia a imagem para um servidor.
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Um arquivo CZI pode conter várias cenas: os poços de uma placa, regiões de mosaico ou as regiões de escaneamento de uma lâmina. O SlideScope mostra cada cena separadamente ou todas juntas, e exporta para OME-TIFF a cena que você está vendo ou todas as cenas. O vídeo e as etapas abaixo usam um arquivo de exemplo público com duas cenas.
Um arquivo CZI pode conter várias cenas: poços de uma placa, regiões de mosaico ou regiões de escaneamento. Veja como visualizar cada uma e exportá-las como OME-TIFF.
Um CZI com duas cenas, aberto diretamente. Sem conversão. O controle Scene passa de uma cena para a seguinte. A cena 2 é o poço D7. A cena 1 é o poço D6. O XY Overview posiciona cada cena onde ela foi adquirida. Esses dois poços ficam a 9 mm de distância.
Combine os canais em uma única visualização. Desative um canal para ver o que ele acrescenta. Aproxime o zoom. A barra de escala continua calibrada. Details mostra o tamanho de pixel, os canais e os parâmetros de aquisição.
Para exportar, escolha File e depois Export Current Image as TIFF. Enquanto você vê uma cena, só essa cena é exportada. Antes de começar, você vê o tamanho de pixel, os canais e a compressão que serão gravados. Para exportar todas as cenas, ative primeiro o XY Overview. Todas as cenas vão para um único arquivo OME-TIFF. Cada cena é uma imagem própria dentro dele.
Abra o resultado. As duas cenas estão lá, como imagem 1 e imagem 2. O tamanho de pixel e os nomes dos canais foram preservados.
Uma conta gratuita permite abrir e ver imagens locais antes de qualquer teste. A exportação requer o teste de 3 dias ou uma assinatura. Um escaneamento em mosaico grande é exportado na resolução de visão geral, não na resolução total. É o mesmo aplicativo no macOS e no Windows. Estas imagens foram gravadas no Windows.
Escolha File › Open File… (Ctrl+O no Windows, ⌘O no Mac) ou arraste o arquivo .czi para a janela. A primeira cena aparece na hora. Nada é convertido e o arquivo não é enviado para lugar nenhum.
Um arquivo com várias cenas mostra um controle Scene abaixo da imagem. Use − e + ou digite um número. Cada cena mantém seu próprio tamanho e o nome que tem no arquivo, como um poço (D6, D7) ou uma região de mosaico.
Clique em XY Overview ao lado do controle Scene, ou escolha View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Cada cena é desenhada onde foi adquirida, incluindo os espaços entre elas. Clique em uma cena para selecioná-la e clique duas vezes para abri-la. Cenas muito distantes, como poços a 9 mm um do outro, começam como pequenos blocos: aproxime o zoom para vê-las.
Em Display, marque Blend channels into one view para obter uma composição colorida, ou desative canais individuais. Details mostra o tamanho de pixel, as dimensões, a cena atual e o tamanho dela. Brilho, contraste e cores alteram apenas o que você vê, nunca os pixels armazenados.
Escolha File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Selecione uma pasta e um nome; o SlideScope sugere um que termina em .ome.tif.
Enquanto houver uma única cena na tela, só essa cena é exportada, com um nome como sample_scene-2.ome.tif. Para exportar todas as cenas, ative primeiro o XY Overview: todas as cenas vão para um único arquivo OME-TIFF, cada uma como imagem própria com seu próprio tamanho. Antes que qualquer coisa seja gravada, uma confirmação mostra o tamanho, o tamanho de pixel, os canais e a compressão.
Clique em Open Exported TIFF quando a exportação terminar. O SlideScope mostra cada cena exportada como uma imagem; percorra-as com o controle Image. Leitores de OME-TIFF que suportam várias imagens por arquivo, como o Bio-Formats no Fiji, listam-nas como séries separadas.
Windows 10 ou 11, ou macOS 14 ou posterior em Apple Silicon ou Intel. Prévia gratuita: abra, meça e anote até 5 imagens locais suas. Sem conta, sem cartão. A exportação requer o teste de 3 dias ou uma assinatura (US$ 25,00 por mês após o teste).
É possível percorrer as cenas quando elas compartilham o tipo de pixel e os mesmos canais, planos Z e pontos temporais. Se não for o caso, o SlideScope mostra a primeira cena e explica o motivo em Details. Se não era o que você esperava, envie-nos o arquivo.
As cores dos canais vêm do arquivo quando ele as registra. Altere-as em Display › Channel colour…; a exportação registra as cores que você definir.
Um escaneamento em mosaico grande é exportado na resolução de visão geral, e a confirmação informa isso antes de qualquer gravação. O escaneamento em resolução total continua podendo ser visto no SlideScope.
A visualização funciona com uma conta gratuita. A exportação requer o teste gratuito ou uma assinatura.
Exemplo do vídeo e das capturas de tela: S2_3x3_CH2.czi dos dados de exemplo do czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), duas cenas de um mosaico 3 × 3 com DAPI e EGFP. Nenhum dado de cliente.
Avalie o SlideScope quando precisar de um único aplicativo desktop que abra vários formatos de microscopia e quantifique objetos padrão na sua própria máquina. Mantenha a ferramenta original quando precisar de controle do microscópio, processamento programável, pipelines de análise com scripts ou gestão institucional de imagens.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Processamento extensível, macros, plugins, scripts, segmentação, análise patológica e fluxos científicos em Python.
OMERO: Repositórios centrais, permissões, colaboração e gestão institucional de dados.
Use macOS 14 ou posterior. Escolha a versão Apple Silicon ou Intel adequada ao Mac e copie o arquivo para o armazenamento local antes de abrir.
Confirme que a cópia terminou. Se o erro persistir, fale com o suporte e informe a versão do aplicativo, o formato e a mensagem de erro.
Para laboratórios de pesquisa, centrais de microscopia, ensino e equipes de revisão em patologia.
Consulte a documentação original do formato.
O SlideScope é independente e não é afiliado à Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari ou OMERO. Os nomes são usados apenas para comparação factual.
Explore lâminas inteiras, canais de fluorescência e pilhas de imagens em um único espaço de trabalho para Windows e macOS.
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