Abra ficheiros ZEISS CZI no SlideScope para Windows ou macOS sem conversão prévia. Examine os canais e as dimensões guardados no ficheiro. A visualização local não envia a imagem para um servidor.
Ajuda de instalaçãoComunicar um ficheiro ou formatoAlternativas
Um ficheiro CZI pode conter várias cenas: os poços de uma placa, regiões de mosaico ou as regiões de digitalização de uma lâmina. O SlideScope mostra cada cena isoladamente ou todas em conjunto, e exporta para OME-TIFF a cena que está a ver ou todas as cenas. O vídeo e os passos seguintes utilizam um ficheiro de exemplo público com duas cenas.
Um ficheiro CZI pode conter várias cenas: poços de uma placa, regiões de mosaico ou regiões de digitalização. Veja como visualizar cada uma e exportá-las como OME-TIFF.
Um CZI com duas cenas, aberto diretamente. Sem conversão. O controlo Scene passa de uma cena para a seguinte. A cena 2 é o poço D7. A cena 1 é o poço D6. O XY Overview coloca cada cena onde foi adquirida. Estes dois poços estão a 9 mm de distância.
Combine os canais numa única vista. Desative um canal para ver o que ele acrescenta. Amplie. A barra de escala mantém-se calibrada. Details indica o tamanho de píxel, os canais e os parâmetros de aquisição.
Para exportar, escolha File e depois Export Current Image as TIFF. Enquanto vê uma cena, só essa cena é exportada. Antes de começar, vê o tamanho de píxel, os canais e a compressão que serão escritos. Para exportar todas as cenas, ative primeiro o XY Overview. Todas as cenas vão para um único ficheiro OME-TIFF. Cada cena é uma imagem própria dentro dele.
Abra o resultado. As duas cenas estão lá, como imagem 1 e imagem 2. O tamanho de píxel e os nomes dos canais foram mantidos.
Uma conta gratuita permite abrir e ver imagens locais antes de qualquer período experimental. A exportação requer o período experimental de 3 dias ou uma subscrição. Uma digitalização em mosaico de grandes dimensões é exportada na resolução de vista geral, não na total. É a mesma aplicação no macOS e no Windows. Estas imagens foram gravadas no Windows.
Escolha File › Open File… (Ctrl+O no Windows, ⌘O num Mac) ou arraste o ficheiro .czi para a janela. A primeira cena aparece de imediato. Nada é convertido e o ficheiro não é carregado para lado nenhum.
Um ficheiro com várias cenas mostra um controlo Scene por baixo da imagem. Utilize − e + ou escreva um número. Cada cena mantém o seu próprio tamanho e o nome que tem no ficheiro, como um poço (D6, D7) ou uma região de mosaico.
Clique em XY Overview junto ao controlo Scene, ou escolha View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Cada cena é desenhada onde foi adquirida, incluindo os espaços entre elas. Clique numa cena para a selecionar e faça duplo clique para a abrir. Cenas muito afastadas, como poços a 9 mm de distância, começam como pequenos mosaicos: amplie para as ver.
Em Display, assinale Blend channels into one view para obter uma composição a cores, ou desative canais individuais. Details indica o tamanho de píxel, as dimensões, a cena atual e o respetivo tamanho. O brilho, o contraste e as cores alteram apenas o que vê, nunca os píxeis armazenados.
Escolha File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Selecione uma pasta e um nome; o SlideScope sugere um que termina em .ome.tif.
Enquanto estiver uma única cena no ecrã, só essa cena é exportada, com um nome como sample_scene-2.ome.tif. Para exportar todas as cenas, ative primeiro XY Overview: todas as cenas vão para um único ficheiro OME-TIFF, cada uma como imagem própria com o seu próprio tamanho. Antes de ser escrito o que quer que seja, uma confirmação mostra o tamanho, o tamanho de píxel, os canais e a compressão.
Clique em Open Exported TIFF quando a exportação terminar. O SlideScope mostra cada cena exportada como uma imagem; percorra-as com o controlo Image. Os leitores de OME-TIFF que suportam várias imagens por ficheiro, como o Bio-Formats no Fiji, apresentam-nas como séries separadas.
Windows 10 ou 11, ou macOS 14 ou posterior em Apple Silicon ou Intel. Pré-visualização gratuita: abra, meça e anote até 5 imagens locais suas. Sem conta, sem cartão. A exportação requer o período experimental de 3 dias ou uma subscrição (25,00 US$ por mês após o período experimental).
É possível percorrer as cenas quando partilham o tipo de píxel e os mesmos canais, planos Z e pontos temporais. Caso contrário, o SlideScope mostra a primeira cena e explica o motivo em Details. Se não for o que esperava, envie-nos o ficheiro.
As cores dos canais vêm do ficheiro quando este as regista. Altere-as em Display › Channel colour…; a exportação regista as cores que definir.
Uma digitalização em mosaico de grandes dimensões é exportada na resolução de vista geral, e a confirmação indica-o antes de ser escrito o que quer que seja. A digitalização em resolução total continua a poder ser vista no SlideScope.
A visualização funciona com uma conta gratuita. A exportação requer o período experimental gratuito ou uma subscrição.
Exemplo do vídeo e das capturas de ecrã: S2_3x3_CH2.czi dos dados de exemplo do czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), duas cenas de um mosaico 3 × 3 com DAPI e EGFP. Sem dados de clientes.
Avalie o SlideScope quando precisar de uma única aplicação para computador que abra vários formatos e quantifique objetos padrão na sua própria máquina. Mantenha a ferramenta original quando necessitar de controlar o microscópio, programar processamento de imagem, criar pipelines com scripts ou gerir imagens a nível institucional.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Processamento extensível, macros, suplementos, scripts, segmentação, análise patológica e fluxos científicos em Python.
OMERO: Repositórios centrais de imagens, permissões, colaboração e gestão institucional de dados.
Use macOS 14 ou posterior. Escolha a versão Apple Silicon ou Intel adequada ao Mac e copie o ficheiro para armazenamento local antes de o abrir.
Confirme que a cópia terminou. Se o erro persistir, contacte o suporte com a versão da aplicação, o formato e a mensagem de erro.
A laboratórios de investigação, unidades de microscopia, docentes, estudantes e equipas de revisão de imagens de patologia.
Consulte a documentação original do formato.
O SlideScope é independente e não está associado à Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari ou OMERO. Os nomes são utilizados apenas para comparações factuais.
Explore lâminas completas, canais de fluorescência e pilhas de imagens num único espaço de trabalho para Windows e macOS.
Tem um ficheiro que não abre ou um formato que ainda não está na lista? Comunicar um ficheiro ou formato