О чём это видео
Файл Nikon .nd2 редко бывает одним изображением: в одном файле могут храниться временные точки, фокальные плоскости, каналы и позиции столика. В этом видео объясняется, что находится внутри ND2, и файл открывается в SlideScope на Mac или в Windows.
Вы увидите элементы управления временем, глубиной и каналами, метаданные съёмки и калиброванное измерение, а затем честный список того, чего просмотрщик не делает по сравнению с NIS-Elements или Fiji.
Предпочитаете читать? Как открыть файлы ND2: сравнение всех вариантов.
Расшифровка
Обновлено после записи. В озвучке сказано, что SlideScope не выполняет сегментацию и пакетную количественную оценку, но это не так: начиная с v1.8.5, Local Quantification сегментирует и подсчитывает ядра, клетки или частицы на вашем компьютере и может применить сохранённый рецепт ко всей папке. Языка скриптов или макросов по-прежнему нет. Упомянутый в озвучке пробный период новым пользователям больше не предлагается, а названные цены изменились: встроенная библиотека образцов бесплатна со всеми инструментами, а для открытия собственных изображений нужна подписка, оплата при оформлении через PayPal или картой. Актуальные цены — на странице цен. См. цены.
ND2 — формат Nikon. Его создаёт NIS-Elements, и почти ничто другое его не открывает.
Файлы ND2 редко бывают одним изображением.
Это временные ряды, Z-стеки и несколько каналов, часто всё сразу.
Откройте .nd2 напрямую. Без шага конвертации.
Это покадровая съёмка. Прокрутите временные точки.
Отдельный ползунок переключает глубину — в этом файле одиннадцать Z-плоскостей.
Объедините каналы в одно изображение (Blend channels into one view).
Включайте и выключайте каждый канал по отдельности, чтобы увидеть его вклад.
Метаданные съёмки: объектив, размер пикселя, интервал.
Именно благодаря этому размеру пикселя измерение выводится в микрометрах.
Это просмотрщик. Он не запускает ваши процедуры анализа NIS-Elements.
Он не управляет микроскопом и не выполняет пакетную количественную оценку.
Он экспортирует TIFF, так что работу легко продолжить в Fiji или CellProfiler.
Mac и Windows, одно и то же приложение. 3-дневный пробный период с полным доступом, затем $25.00 в месяц.