Освойте SlideScope

От установки до настоящих результатов

Каждое руководство ниже — это задача, которую кому-то действительно нужно довести до конца, с честной оценкой времени и тремя шагами. Начните со стартового маршрута, если SlideScope для вас в новинку, или сразу переходите к той работе, что перед вами.

Начать пробный периодЗагрузка и пробный период
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Начните отсюда

Примерно десять минут, один раз. Пройдите по порядку — и всё остальное на этой странице встанет на места.

  1. Установите и активируйте

    Скачайте подписанную сборку для Windows или macOS и войдите под той учётной записью, которую использовали для пробного периода или подписки. Активация привязывается к устройству, а одна подписка покрывает два устройства, так что ноутбук и рабочая станция могут оставаться в системе одновременно.

  2. Откройте первый препарат

    Перетащите файл CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM или TIFF в окно. Нет ни этапа импорта, ни конвертации: SlideScope читает пирамиду сканера напрямую, поэтому гигапиксельный препарат открывается на обычном ноутбуке.

  3. Освойтесь

    Прокрутка — масштаб, перетаскивание — перемещение, а обзорный навигатор позволяет прыгать по препарату, не теряя место. Загляните в панель метаданных пораньше: записанный там размер пикселя и делает каждое последующее измерение калиброванным, а не приблизительным.

Руководства по задачам

Выберите то, что совпадает с тем, что вы пытаетесь сделать сегодня.

Посчитать ядра на флуоресцентном изображении

6 мин
  1. Откройте изображение и выделите область для подсчёта. Считать область, а не весь препарат, — быстрее, и результат остаётся на той ткани, которая вам важна.
  2. В панели количественного анализа выберите «Ядра», движок InstanSeg и укажите каналом сегментации ваш DAPI или ядерную окраску. На первом прогоне не трогайте расширенные настройки.
  3. Запустите и сначала прочитайте наложение, а уже потом число. Щёлкните по любому объекту, который выглядит неверно, и исключите его, затем выгрузите CSV вместе со сводкой по методам.

Измерить структуру в микрометрах

4 мин
  1. Убедитесь, что панель метаданных показывает размер пикселя. Если сканер его записал, измерения выходят в настоящих микрометрах; если нет — откалибруйте вручную, прежде чем что-либо мерить.
  2. Выберите инструмент измерения и проведите по структуре. Расстояния и площади считаются в полном разрешении препарата, а не на том масштабе, на котором вы смотрите.
  3. Сохраните измерение, чтобы оно осталось привязанным к препарату, а позже выгрузите таблицу в CSV или области в GeoJSON, когда они понадобятся в другом месте.

Сравнить ГЭ с соответствующим ИГХ

5 мин
  1. Откройте первый препарат, затем второй рядом. Обе панели держатся одного и того же участка ткани при одинаковом увеличении.
  2. Масштаб сводится в микрометрах, а не по коэффициенту зума, поэтому два скана с разным разрешением действительно соответствуют друг другу. Сдвиньте или приблизьте одну панель — вторая последует.
  3. Аннотируйте там, где это осмысленно. Заметки остаются при своём препарате и при вашей учётной записи, так что следующий рецензент их увидит.

Посчитать целую папку за один прогон

8 мин
  1. Сначала доведите до ума одно изображение. Настройте тип объектов, движок, канал и границы площади на одном показательном изображении, пока наложение не станет верным.
  2. Сохраните эти настройки как рецепт и дайте имя, которое узнаете через три месяца.
  3. Выберите пакет по папке, укажите каталог и дайте отработать. Вы получите выгрузки по каждому изображению плюс сводный CSV по пакету, причём все изображения обработаны одинаковыми настройками.

Поделиться ровно тем видом, что вы смотрите

3 мин
  1. Перейдите к тому полю зрения, которое должен увидеть собеседник, на том увеличении и плане, на которых вы хотите его показать.
  2. Создайте ссылку на общий вид. Она несёт препарат вместе с позицией, масштабом и планом, так что искать по гигапиксельному скану никому не придётся.
  3. Отправьте её. У кого установлен SlideScope, откроет её одним щелчком через схему slidescope://; у кого нет — сначала увидит на сайте, на что ссылка указывает.

Справочник

Держите это открытым во вкладке во время работы.

Количественный анализподдерживаемые форматы файловДоверие и обработка данныхКонтактыПримечания к выпускам

Частые вопросы

Я совсем новичок. С чего начать?

Пройдите три стартовых шага по порядку, затем руководство по измерению. Эти четыре вещи покрывают большую часть того, что нужно новому пользователю в первую неделю. Руководство по подсчёту стоит пройти следующим, даже если вам кажется, что количественный анализ пока не нужен: это самый быстрый способ понять, как SlideScope обходится с калибровкой.

Нужно ли учиться программировать?

Нет. Ничто на этой странице не требует скрипта, макроса, плагина или окружения Python. Количественный анализ ведётся сохранёнными рецептами, а не кодом: это и есть компромисс — гибкости меньше, чем у программируемой платформы, зато до результата гораздо быстрее.

Как обучить остальных в лаборатории?

Отправьте им ссылку на общий вид, указывающую на настоящий препарат из вашей собственной работы, вместе с этой страницей. Открыть знакомое лучше, чем искусственный учебный файл, а ссылка гарантирует, что они увидят то же поле зрения, что и вы, а не другой угол скана.

Учитесь на собственных изображениях

14-дневная пробная версия даёт полный доступ. Пройдите эти руководства на тех препаратах, с которыми ваша лаборатория действительно имеет дело, а не на демонстрационном файле.

Начать пробный период
поддерживаемые форматы файловПримечания к выпускамАльтернативыДоверие и обработка данных