О чём это видео
Файл ZEISS .czi не откроется на Mac двойным щелчком, а ZEISS ZEN lite, бесплатный просмотрщик производителя, работает только в Windows. Fiji открывает CZI через Bio-Formats на любой платформе, но это платформа для анализа. В этом видео сравниваются варианты, а затем настоящий CZI открывается в SlideScope.
Вы увидите, как загружается пирамида изображения без конвертации файла, каналы — по отдельности и в виде цветного композита, Z-стек — плоскость за плоскостью, метаданные съёмки и измерение в калиброванных микрометрах.
Предпочитаете читать? Как открыть файлы CZI: сравнение всех вариантов.
Расшифровка
Обновлено после записи. В озвучке сказано, что SlideScope не выполняет сегментацию и пакетную количественную оценку, но это не так: начиная с v1.8.5, Local Quantification сегментирует и подсчитывает ядра, клетки или частицы на вашем компьютере и может применить сохранённый рецепт ко всей папке. Языка скриптов или макросов по-прежнему нет. Упомянутый в озвучке пробный период новым пользователям больше не предлагается, а названные цены изменились: встроенная библиотека образцов бесплатна со всеми инструментами, а для открытия собственных изображений нужна подписка, оплата при оформлении через PayPal или картой. Актуальные цены — на странице цен. См. цены.
Это файл CZI с микроскопа Zeiss. Дважды щёлкните его на Mac — и ничего не произойдёт.
ZEN lite — бесплатный инструмент производителя, но только для Windows.
Fiji читает CZI через Bio-Formats на Mac, но это платформа для анализа ради одного изображения.
Открываем .czi напрямую. Без импорта, без конвертации.
Программа читает пирамиду изображения, поэтому масштабирует, не загружая весь файл.
Перемещайтесь в полном разрешении. Масштабная линейка остаётся калиброванной.
Каналы перечислены слева. Composite смешивает их в цвете.
Включайте и выключайте каждый канал по отдельности, чтобы увидеть его вклад.
Этот файл — Z-стек. Ползунок переключает фокальные плоскости.
Метаданные — рядом с изображением: объектив, размер пикселя, параметры съёмки.
Поскольку размер пикселя прочитан, измерения выдаются в микрометрах.
Скажем прямо о назначении: это просмотрщик. Ни сегментации, ни пакетной количественной оценки, ни скриптов.
Программа экспортирует TIFF, поэтому область легко передать дальше.
Для исследований, обучения и просмотра. Не для клинической диагностики.
Одно и то же приложение в Windows 10 или новее и macOS 14 или новее, Apple Silicon или Intel.
Сборки для Windows подписаны сертификатом SSL.com.
Пробный период с полным доступом на 3 дня, затем $25.00 в месяц. Ссылка — в описании.