Wir haben 792 echte Präparatdateien geöffnet und jedes Ergebnis veröffentlicht

Was beweist dieser Benchmark eigentlich?

Dass sich eine benannte Datei von einem benannten Scanner in ihrer echten Größe im ausgelieferten Build öffnet und Pixel auf den Bildschirm bringt. Nicht mehr und nicht weniger. Eine Liste unterstützter Formate behauptet eine Fähigkeit; dies misst eine. Wenn eine Herstellerstruktur den Decoder überfordert, erscheint diese Datei in der Fehlertabelle mit dem Fehlertext, den ein Nutzer sehen würde, und nicht als fehlende Zeile.

Es ist ein Herstellertest – wir haben die Software geschrieben, und wir haben den Test durchgeführt. Lesenswert ist er trotzdem, weil Sie ihn überprüfen können: Die Korpora sind öffentlich, das Testprogramm liegt in unserem Desktop-Repository, und die Rohergebnisse pro Datei finden Sie auf dieser Seite.

Wie die Dateien getestet wurden

Jede Datei wird an einen entbehrlichen Kindprozess übergeben, der denselben Loader aufbaut wie die Anwendung, die Bilddimensionen liest, eine Ebene dekodiert und sie über denselben Qt-Renderpfad umwandelt, den der Viewer nutzt. Eine fehlerhafte Datei, die einen nativen Codec abbrechen lässt, beendet nur diesen Kindprozess; der Supervisor notiert, welche Datei gerade verarbeitet wurde, und macht weiter. Diese Bauweise ist der Grund, warum ein Benchmark über mehrere Gigabyte große Herstellerscans überhaupt zu Ende laufen kann, und warum diese Tabelle die Kategorie „abgestürzt“ ehrlich mit null angeben kann.

• Testprogramm: slidescope-desktop/scripts/publish_format_benchmark.py – ein einziger Befehl im SlideScope-Desktop-Repository, der alle drei Durchgänge ausführt und genau das JSON schreibt, das diese Seite darstellt: python scripts/publish_format_benchmark.py --dataset <corpus> --output format-benchmark.json
• Korpora: der öffentliche Referenzkorpus des Open Microscopy Environment, die veröffentlichten Testpräparate von OpenSlide, die Testdaten der Bibliotheken czitools und nd2 sowie Herstellerbeispiele, deren sha256 wir mit dem Herausgeber abgeglichen haben.
• Umfang: Whole-Slide- und Hersteller-Mikroskopieformate. Lose einzelne TIFF-Ebenen aus umfangreichen Hersteller-Sammlungen sind ausgenommen – sie sagen nichts, was ein pyramidales WSI-TIFF nicht besser sagt.
• Pro Datei festgehalten: erkanntes Format, Loader, dekodierte T/Z/C/Y/X-Dimensionen, Pixeltyp, gerenderte Größe und bei einem Fehlschlag der Ausnahmetyp und die Meldung an den Nutzer.

Whole-Slide-Bildformate

Das sind die Scannerformate – die Dateien, die von einem Gerät von Aperio, Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Akoya oder Agilent kommen und regelmäßig mehrere Gigabyte groß sind.

Mikroskopie- und medizinische Bildformate

Mehrdimensionale Aufnahmeformate, bei denen die spannende Frage nicht die Dateigröße ist, sondern wie viele Kanäle, Z-Ebenen und Zeitpunkte den Weg auf den Bildschirm überstehen.

Jede Datei, die sich nicht geöffnet hat, und warum

25 der 792 Dateien ließen sich nicht öffnen, und dahinter stecken nicht eine, sondern zwei Geschichten. 9 sind echte Einschränkungen: ein echtes Bild, das wir derzeit nicht lesen können. Die übrigen 16 sind Dateien, die von vornherein kein Bild enthalten, sodass die Ablehnung die richtige Antwort ist. Beides in einen Topf zu werfen, würde uns schmeicheln – die ehrliche Zahl der Fehlschläge in diesem Durchlauf ist 9, nicht 25.

Echte Einschränkungen: 9 Dateien, die wir nicht lesen können

Jede einzelne davon ist unbeschädigt – die Prüfsummen stimmen mit denen des Herausgebers überein –, es handelt sich also um Grenzen des Decoders und der Herstellerstruktur, nicht um beschädigte Beispiele. Sie bleiben dauerhaft als Regressionsabdeckung im Korpus; so erfahren wir, wenn eine davon eines Tages funktioniert.

Das Muster ist die Herstellerstruktur, nicht die Modalität. Fluoreszenz-NDPI und Fluoreszenz-MIRAX öffnen sich beide normal; es sind bestimmte strukturelle Varianten – ein SCN ohne erkennbares Hauptbild, ein BIF mit unerwartetem Richtungsattribut, ein „Imaris Classic“-Container aus der Zeit vor HDF5 –, die die Backends ablehnen. Jede Meldung nennt die Ursache, statt die Datei als beschädigt zu bezeichnen, denn in jedem dieser Fälle ist die Datei in Ordnung und wir sind es nicht.

Keine Fehlschläge: 16 Objekte, die kein Bild enthalten

DICOM ist ebenso ein Dokumentformat wie ein Bildformat. Ein DICOMDIR ist das Inhaltsverzeichnis eines Datenträgers; ein Presentation State hält fest, wie jemand eine Studie einmal gefenstert hat; andere Objekte enthalten Befunde oder Messungen. Keines enthält Pixel. Ein Viewer, der sie öffnete, hätte nichts anzuzeigen, also lehnt SlideScope sie mit einer Erklärung ab – das richtige Verhalten, separat gezählt, damit es keine der beiden Spalten aufbläht.

Vollständig aufgeführt, damit sich nichts hinter einer Kategorie versteckt: DICOMDIR, PS_0026, PS_0108, PS_0128, PS_0154, PS_0181, XX_0027, XX_0109, XX_0155, XX_0182, XX_0183.

Wo SlideScope eine Datei geöffnet und das Falsche gezeigt hat

Das ist der Fehlerfall, der am meisten zählt, und der, den Formattabellen nie zugeben – deshalb hier unserer.

Ein Multiplex-Scan von Akoya im Format .qptiff – die siebenfarbige Vectra-Referenzdatei – öffnete sich ganz ohne Fehlermeldung. Die Datei enthält fünf einkanalige Fluoreszenzseiten in voller Auflösung (DAPI, FITC, CY3, Texas Red, CY5) mit 34.560 × 24.960 Pixeln, verteilt auf 33 Seiten, unabhängig bestätigt mit tifffile. SlideScope leitete jede .qptiff-Datei an sein OpenSlide-Backend weiter, das ein Hellfeld-Reader ist, also meldete es einen Kanal und lieferte ein RGB-Bild. Die Fluoreszenzkanäle waren unerreichbar, und die Kanalsteuerung hatte nichts anzubieten.

Nichts warnte Sie. Die Hellfeld-QPTIFF-Scans mit H&E-Färbung im selben Korpus öffnen sich einwandfrei, und genau deshalb blieb das unbemerkt.

Behoben in SlideScope 1.8.48 (18. September 2026): Das Backend wird jetzt pro Datei gewählt, nicht pro Dateiendung. Ein Multiplex-Scan geht an einen Reader, der alle fünf Kanäle liefert; Hellfeld-QPTIFF bleibt bei OpenSlide und dessen Kachelung in voller Auflösung. Der Kompromiss wird offen benannt statt versteckt: Ein Multiplex-QPTIFF wird in reduzierter Auflösung angezeigt, und das Dateidetails-Panel sagt das auch. Der Durchlauf auf dieser Seite enthält die Korrektur bereits – die QPTIFF-Zeile führt beide Loader und fünf Kanäle auf.

Das Öffnen wird durch diesen Durchlauf belegt. Die Korrektheit der Pixel ist eine eigene Frage, und wir testen sie eigens: Ein zweiter Durchgang dekodiert dieselben Ebenen über die zugrunde liegende Bibliothek und vergleicht sie mit dem, was der Loader liefert. So wurde der QPTIFF-Fall entdeckt.

Was SlideScope nicht öffnet

Es gibt keinen generischen Ersatz-Reader, und wie ein Viewer mit einer Datei umgeht, für die er nie gebaut wurde, ist genauso wichtig wie die Dateien, für die er gebaut wurde. Wir haben von jeder nicht unterstützten Dateiendung im Referenzkorpus die kleinste echte Datei genommen – 93 Stück – und jede durch die ausgelieferte Loader-Factory geschickt.

Alle 93 wurden mit einer klaren Meldung abgelehnt. Keine führte zum Absturz. Keine wurde halb geöffnet und in etwas verwandelt, das wie ein Bild aussah, aber keines war. Die Liste enthält Formate, die man naheliegenderweise ausprobiert – .jpg, .lof, .nii, .oib, .oir, .png, .psd, .raw, .vsi –; zum Zeitpunkt dieses Durchlaufs gehörten dazu auch .png und .jpg, die mit einer Meldung abgelehnt wurden, statt geraten zu werden.

Seit diesem Durchlauf: SlideScope 1.10.0 (16. Oktober 2026) öffnet 18 weitere Formate, darunter mehrere, die hier abgelehnt wurden: Olympus .vsi, .oib und .oir, Leica .lof und .xlef, Hamamatsu .ndpis sowie PNG, JPEG und andere alltägliche Bilder. Die Zahlen auf dieser Seite sind der Durchlauf vom 18. September, so wie er gemessen wurde; die in 1.10.0 hinzugekommenen Formate waren nicht Teil davon. SlideScope 1.20.0 öffnet fünf weitere, die dieser Durchlauf nicht getestet hat: Philips .isyntax, KFBio .kfb, ICS/IDS, Gatan .dm3 und .dm4 sowie Olympus .sis. Die aktuelle Liste finden Sie in der Referenz zur Dateikompatibilität.

Was dieser Benchmark Ihnen nicht sagt

• Zwei Formate sind überhaupt nicht durch echte Dateien abgedeckt. Es gibt kein öffentliches Beispiel für .vmu oder .svslide – OpenSlide veröffentlicht keines von beiden –, daher werden diese Loader nur mit synthetischen Grenzfällen geprüft. Wir behaupten für sie keine getestete Unterstützung.
• Es ist kein Geschwindigkeits-Benchmark. Die Zeit bis zum ersten Pixel hängt von Ihrem Datenträger ab, und diese Durchläufe fanden lokal statt.
• Es ist keine Genauigkeitsprüfung über den oben beschriebenen Pixelvergleich hinaus, und es ist keine klinische Validierung. SlideScope ist für Forschung, Lehre und Begutachtung gedacht – nicht für die Diagnose.
• Es ist eine Momentaufnahme. Datiert auf den 2026-09-18 mit der an diesem Tag aktuellen Version. Decoder-Updates verschieben diese Zahlen in beide Richtungen.