Что на самом деле доказывает этот тест?
То, что конкретный файл с конкретного сканера, в своём реальном размере, открывается в выпускаемой сборке и выводит пиксели на экран. Ни больше ни меньше. Список поддерживаемых форматов заявляет о возможности; этот тест её измеряет. Если структура файла производителя не поддаётся декодеру, такой файл попадает в таблицу сбоев с тем текстом ошибки, который увидел бы пользователь, а не исчезает из таблицы.
Это тест производителя: мы написали программу и мы же провели тест. Читать его всё же стоит потому, что его можно проверить: корпуса данных общедоступны, скрипт запуска лежит в нашем репозитории настольного приложения, а исходные результаты по каждому файлу есть на этой странице.
Как проверялись файлы
Каждый файл передаётся одноразовому дочернему процессу, который создаёт тот же загрузчик, что и приложение, считывает размеры изображения, декодирует плоскость и преобразует её по тому же пути отрисовки Qt, что и просмотрщик. Повреждённый файл, который обрушивает нативный кодек, завершает только этот дочерний процесс; управляющий процесс записывает, какой файл обрабатывался, и продолжает работу. Именно поэтому тест на многогигабайтных сканах производителей вообще может завершиться, и поэтому категорию «сбой» эта таблица может честно показать равной нулю.
- Скрипт запуска:
slidescope-desktop/scripts/publish_format_benchmark.py — одна команда в репозитории настольного приложения SlideScope, которая выполняет все три прохода и записывает именно тот JSON, который отображает эта страница: python scripts/publish_format_benchmark.py --dataset <corpus> --output format-benchmark.json
- Корпуса данных: общедоступный эталонный корпус Open Microscopy Environment, опубликованные тестовые слайды OpenSlide, тестовые данные библиотек
czitools и nd2, а также образцы производителей, sha256 которых мы сверили с опубликованными издателем.
- Охват: форматы полнослайдовых изображений и форматы микроскопии производителей. Отдельные однослойные TIFF из массовых выгрузок производителей исключены: они не говорят ничего, чего пирамидальный WSI TIFF не показал бы лучше.
- Записывается для каждого файла: определённый формат, загрузчик, декодированные размеры T/Z/C/Y/X, тип пикселей, размер отрисовки, а при сбое — тип исключения и сообщение, которое видит пользователь.
Форматы полнослайдовых изображений
Это форматы сканеров — файлы, которые приходят с приборов Aperio, Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Akoya или Agilent и нередко занимают несколько гигабайт.
Форматы микроскопии и медицинской визуализации
Многомерные форматы съёмки, где интересен не размер файла, а то, сколько каналов, Z-плоскостей и временных точек доходит до экрана.
Каждый файл, который не открылся, и почему
25 из 792 файлов не открылись, и это не одна история, а две. 9 — реальные ограничения: настоящее изображение, которое мы пока не можем прочитать. Остальные 16 — файлы, в которых изображения нет изначально, и отказ открыть их — правильный ответ. Если свалить их в одну кучу, это было бы нам на руку; честное число сбоев в этом запуске — 9, а не 25.
Реальные ограничения: 9 файлов, которые мы не можем прочитать
Все они в исходном состоянии — контрольные суммы совпадают с опубликованными, — так что это ограничения декодеров и структур файлов производителей, а не повреждённые образцы. Они навсегда остаются в корпусе как регрессионное покрытие: так мы узнаем в тот день, когда один из них начнёт открываться.
Закономерность определяется структурой файла производителя, а не модальностью. Флуоресцентные NDPI и флуоресцентные MIRAX открываются нормально; модули отказываются открывать конкретные структурные варианты — SCN без распознаваемого основного изображения, BIF с неожиданным атрибутом направления, контейнер "Imaris Classic" до HDF5. Каждое сообщение называет причину, а не объявляет файл повреждённым, потому что во всех этих случаях с файлом всё в порядке, а не справляемся мы.
Не сбои: 16 объектов без изображения
DICOM — это формат документов не в меньшей степени, чем формат изображений. DICOMDIR — индекс диска; состояние представления (presentation state) фиксирует, как кто-то однажды настроил окно для исследования; другие объекты содержат заключения или измерения. Ни один из них не содержит пикселей. Просмотрщику, который открыл бы их, нечего было бы показать, поэтому SlideScope отказывается с объяснением — это правильное поведение, и оно учитывается отдельно, чтобы не искажать ни один из столбцов.
Полный список, чтобы ничего не пряталось за категорией: DICOMDIR, PS_0026, PS_0108, PS_0128, PS_0154, PS_0181, XX_0027, XX_0109, XX_0155, XX_0182, XX_0183.
Где SlideScope открыл файл и показал не то
Это самый важный вид сбоя, и таблицы форматов его никогда не признают, поэтому вот наш.
Мультиплексный скан Akoya .qptiff — эталонный семицветный файл Vectra — открылся вообще без ошибок. Файл содержит пять одноканальных флуоресцентных страниц в полном разрешении (DAPI, FITC, CY3, Texas Red, CY5) размером 34 560 × 24 960, всего 33 страницы, что независимо подтверждено с помощью tifffile. SlideScope направлял каждый .qptiff в модуль OpenSlide, который читает светлопольные изображения, поэтому тот сообщал об одном канале и возвращал RGB-срез. Флуоресцентные каналы были недоступны, а элементам управления каналами нечего было предложить.
Ничто вас не предупреждало. Светлопольные сканы QPTIFF с окраской H&E из того же корпуса открываются идеально — именно поэтому проблема осталась незамеченной.
Исправлено в SlideScope 1.8.48 (18 сентября 2026 г.): модуль чтения теперь выбирается для каждого файла, а не по расширению. Мультиплексный скан передаётся модулю, который возвращает все пять каналов; светлопольный QPTIFF остаётся на OpenSlide с его тайлингом в полном разрешении. Компромисс не скрывается, а указывается прямо: мультиплексный QPTIFF показывается в пониженном разрешении, и панель сведений о файле об этом сообщает. Запуск на этой странице уже учитывает исправление: в строке QPTIFF указаны оба загрузчика и пять каналов.
Этот запуск доказывает, что файлы открываются. Правильность пикселей — отдельный вопрос, и мы проверяем её отдельно: второй проход декодирует те же плоскости через базовую библиотеку и сравнивает их с тем, что возвращает загрузчик. Именно так был обнаружен случай с QPTIFF.
Что SlideScope отказывается открывать
Универсального запасного модуля чтения нет, и то, как просмотрщик обращается с файлом, для которого он не создавался, важно не меньше, чем работа с поддерживаемыми файлами. Мы взяли самый маленький реальный файл каждого неподдерживаемого расширения из эталонного корпуса — 93 штуки — и пропустили каждый через фабрику загрузчиков выпускаемой версии.
Все 93 из 93 были отклонены с понятным сообщением. Ни одного сбоя. Ни один не был открыт наполовину, превратившись во что-то похожее на изображение, но им не являющееся. В списке есть форматы, которые люди вполне могут попробовать открыть, — .jpg, .lof, .nii, .oib, .oir, .png, .psd, .raw, .vsi; на момент этого запуска среди них были .png и .jpg, которые отклонялись с сообщением, а не открывались наугад.
После этого запуска: SlideScope 1.10.0 (16 октября 2026 г.) открывает ещё 18 форматов, в том числе несколько отклонённых здесь: Olympus .vsi, .oib и .oir, Leica .lof и .xlef, Hamamatsu .ndpis, а также PNG, JPEG и другие повседневные изображения. Цифры на этой странице — результаты запуска 18 сентября в том виде, в каком они были измерены; форматы, добавленные в 1.10.0, в него не входили. SlideScope 1.20.0 открывает ещё пять форматов, которые этот запуск не проверял: Philips .isyntax, KFBio .kfb, ICS/IDS, Gatan .dm3 и .dm4, а также Olympus .sis. Актуальный список — в справочнике по совместимости файлов.
О чём этот тест не говорит
- Два формата вообще не покрыты реальными файлами. Общедоступных образцов
.vmu и .svslide не существует — OpenSlide не публикует ни тот, ни другой, — поэтому эти загрузчики проверяются только на синтетических пограничных случаях. Мы не заявляем о проверенной поддержке этих форматов.
- Это не тест скорости. Время до первого пикселя зависит от вашего диска, а эти запуски выполнялись локально.
- Это не аудит точности за пределами описанного выше прохода сравнения пикселей и не клиническая валидация. SlideScope предназначен для исследований, обучения и просмотра, а не для диагностики.
- Это моментальный снимок. Дата — 2026-09-18, проверялась версия, актуальная на тот день. Обновления декодеров сдвигают эти цифры в обе стороны.
Вопросы об этом тесте
Какие форматы микроскопии и полнослайдовых изображений SlideScope действительно открывает?
Восемнадцать расширений файлов: .svs, .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs, .czi, .nd2, .lif, .ims, .dcm, .dicom, .tif и .tiff. Универсального запасного модуля чтения нет: всё, что вне этого списка, отклоняется с понятным сообщением, а не открывается некорректно.
Этот тест независимый?
Нет. SlideScope публикует его о SlideScope, поэтому относитесь к нему как к тесту производителя, а не как к стороннему аудиту. Вместо независимости мы можем предложить проверяемость: корпуса данных общедоступны, скрипт запуска лежит в нашем открытом каталоге скриптов, файл исходных результатов доступен по ссылке на этой странице, а сбои перечислены так же подробно, как и успехи.
Почему некоторые файлы не открываются?
Почти всегда потому, что производитель записал структуру, которую базовый модуль с открытым исходным кодом не может прочитать, — например, OpenSlide сообщает "Can't find main image" для флуоресцентного SCN. Это ограничения внешних библиотек, и мы их показываем, а не скрываем. Файлы со сбоями в исходном состоянии: их контрольные суммы совпадают с опубликованными издателем.
Если файл открылся, значит ли это, что изображение верное?
Само по себе — нет, поэтому мы проверяем и то и другое. Открытие доказывает этот запуск; правильность пикселей отдельно доказывает sweep_format_reference.py, который декодирует те же плоскости через базовую библиотеку и сравнивает их с тем, что отрисовывает SlideScope. Один известный случай — мультиплексный Akoya QPTIFF — открывался без ошибок и всё равно показывал не то, пока это не исправили в SlideScope 1.8.48. Он описан на этой странице.
Можно ли это воспроизвести?
Да. Эталонный корпус Open Microscopy Environment доступен для скачивания, образцы производителей взяты из OpenSlide и собственных тестовых данных библиотек форматов, а скрипт запуска входит в репозиторий настольного приложения SlideScope. Ссылка на исходный JSON, лежащий в основе каждой таблицы на этой странице, приведена выше.
Одобрен ли SlideScope для клинической диагностики?
Нет. SlideScope предназначен для исследований, обучения и просмотра. Это не диагностическое устройство, и его нельзя использовать для постановки первичного диагноза.
Единственный тест, который имеет значение, — ваш
Наш корпус — это не ваш ящик со слайдами. Установите SlideScope, откройте файлы, с которыми у вас действительно бывают проблемы, и если какой-то из них не откроется, пришлите его нам: сбои на этой странице появились здесь потому, что кто-то так и сделал.
Скачать SlideScope