We openden 792 echte coupebestanden en publiceerden elk resultaat

Wat bewijst deze benchmark eigenlijk?

Dat een bestand met naam, van een scanner met naam, op zijn echte grootte, opent in de uitgebrachte build en pixels op het scherm zet. Niet meer en niet minder. Een lijst met ondersteunde formaten claimt een mogelijkheid; dit meet er een. Als de opbouw van een leverancier de decoder verslaat, staat dat bestand in de tabel met mislukkingen, met de fouttekst die een gebruiker zou zien, en niet als een ontbrekende rij.

Het is een test van de leverancier zelf — wij hebben de software geschreven en wij hebben de test uitgevoerd. Wat hem toch het lezen waard maakt, is dat je hem kunt controleren: de corpora zijn openbaar, de runner staat in onze desktoprepository en de ruwe resultaten per bestand staan op deze pagina.

Hoe de bestanden zijn getest

Elk bestand wordt doorgegeven aan een opofferbaar kindproces dat dezelfde loader bouwt als de applicatie, de beeldafmetingen leest, een vlak decodeert en het omzet via hetzelfde Qt-renderpad dat de viewer gebruikt. Een misvormd bestand dat een native codec laat afbreken, legt alleen dat kindproces plat; de supervisor noteert welk bestand in behandeling was en gaat verder. Door dat ontwerp kan een benchmark over vendorscans van meerdere gigabytes überhaupt afronden, en daarom kan deze tabel de categorie "gecrasht" eerlijk op nul zetten.

• Runner: slidescope-desktop/scripts/publish_format_benchmark.py — één commando, in de desktoprepository van SlideScope, dat alle drie de rondes uitvoert en precies de JSON schrijft die deze pagina weergeeft: python scripts/publish_format_benchmark.py --dataset <corpus> --output format-benchmark.json
• Corpora: het openbare referentiecorpus van de Open Microscopy Environment, de gepubliceerde testcoupes van OpenSlide, de testdata van de bibliotheken czitools en nd2, en voorbeelden van leveranciers waarvan we de sha256 hebben gecontroleerd bij de uitgever.
• Reikwijdte: whole-slide- en microscopieformaten van leveranciers. Losse TIFF's met één vlak uit bulkexports van leveranciers zijn uitgesloten — die zeggen niets wat een piramidale WSI-TIFF niet beter zegt.
• Per bestand vastgelegd: herkend formaat, loader, gedecodeerde T/Z/C/Y/X-afmetingen, pixeltype, weergegeven grootte en, bij een mislukking, het type exceptie en de melding die de gebruiker ziet.

Whole-slide-beeldformaten

Dit zijn de scannerformaten — de bestanden die van een instrument van Aperio, Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Akoya of Agilent komen en geregeld meerdere gigabytes groot zijn.

Microscopie- en medische beeldformaten

Multidimensionale acquisitieformaten, waarbij de interessante vraag niet de bestandsgrootte is, maar hoeveel kanalen, Z-vlakken en tijdpunten de reis naar het scherm overleven.

Elk bestand dat niet openging, en waarom

25 van de 792 bestanden gingen niet open, en dat is niet één verhaal maar twee. 9 zijn echte beperkingen: een echt beeld dat we op dit moment niet kunnen lezen. De andere 16 zijn bestanden die überhaupt geen beeld bevatten, waarbij weigeren het juiste antwoord is. Die twee op één hoop gooien zou ons gunstiger voorstellen — het eerlijke aantal mislukkingen voor deze run is 9, niet 25.

Echte beperkingen: 9 bestanden die we niet kunnen lezen

Elk van deze bestanden is ongeschonden — de checksums komen overeen met die van de uitgever — dus dit zijn grenzen van de decoder en van de opbouw van de leverancier, geen beschadigde voorbeelden. Ze blijven permanent in het corpus als regressietest, en zo merken we het op de dag dat een ervan gaat werken.

Het patroon is de opbouw van de leverancier, niet de modaliteit. Fluorescentie-NDPI en fluorescentie-MIRAX openen allebei normaal; het zijn specifieke structurele varianten — een SCN zonder herkenbaar hoofdbeeld, een BIF met een onverwacht direction-attribuut, een "Imaris Classic"-container van vóór HDF5 — die de backends weigeren. Elke melding noemt de oorzaak in plaats van het bestand corrupt te noemen, want in al deze gevallen is het bestand in orde en zijn wij het niet.

Geen mislukkingen: 16 objecten zonder beeld

DICOM is net zo goed een documentformaat als een beeldformaat. Een DICOMDIR is een index van een schijf; een presentation state legt vast hoe iemand ooit het venster van een onderzoek heeft ingesteld; andere objecten bevatten verslagen of metingen. Geen ervan bevat pixels. Een viewer die ze opende, zou niets te tonen hebben, dus SlideScope weigert ze met een uitleg — het juiste gedrag, apart geteld zodat het geen van beide kolommen kan opvullen.

Volledig bij naam genoemd, zodat er niets achter een categorie verborgen blijft: DICOMDIR, PS_0026, PS_0108, PS_0128, PS_0154, PS_0181, XX_0027, XX_0109, XX_0155, XX_0182, XX_0183.

Waar SlideScope een bestand opende en het verkeerde liet zien

Dit is de manier van falen die het zwaarst weegt en die formaattabellen nooit toegeven, dus hier is de onze.

Een multiplex-scan van Akoya in .qptiff — het referentiebestand van Vectra met zeven kleuren — opende zonder enige fout. Het bestand bevat vijf fluorescentiepagina's met één kanaal op volledige resolutie (DAPI, FITC, CY3, Texas Red, CY5) van 34.560 × 24.960, verdeeld over 33 pagina's, onafhankelijk bevestigd met tifffile. SlideScope stuurde elke .qptiff naar zijn OpenSlide-backend, een lezer voor helderveld, dus die meldde één kanaal en gaf een RGB-slice terug. De fluorescentiekanalen waren onbereikbaar en de kanaalregelaars hadden niets te bieden.

Niets waarschuwde je. De helderveld-H&E-QPTIFF-scans in hetzelfde corpus openen perfect, en precies daarom bleef dit onopgemerkt.

Opgelost in SlideScope 1.8.48 (18 september 2026): de backend wordt nu per bestand gekozen, niet per extensie. Een multiplex-scan gaat naar een lezer die alle vijf de kanalen teruggeeft; helderveld-QPTIFF houdt OpenSlide en de tegels op volledige resolutie. Het nadeel wordt benoemd in plaats van verborgen: een multiplex-QPTIFF wordt op lagere resolutie getoond, en het paneel met bestandsdetails zegt dat ook. De run op deze pagina bevat de oplossing al — de QPTIFF-rij vermeldt beide loaders en vijf kanalen.

Dat bestanden openen, bewijst deze run. Of de pixels kloppen, is een aparte vraag, en die testen we apart: een tweede ronde decodeert dezelfde vlakken via de onderliggende bibliotheek en vergelijkt ze met wat de loader teruggeeft. Zo is het QPTIFF-geval ontdekt.

Wat SlideScope weigert te openen

Er is geen generieke reservelezer, en hoe een viewer omgaat met een bestand waarvoor hij nooit is gebouwd, is net zo belangrijk als de bestanden waarvoor dat wel zo is. We namen het kleinste echte bestand van elke niet-ondersteunde extensie in het referentiecorpus — 93 in totaal — en haalden elk door de loaderfactory van de uitgebrachte versie.

93 van de 93 werden geweigerd met een duidelijke melding. Geen enkele crashte. Geen enkele werd half geopend tot iets wat op een beeld leek maar dat niet was. De lijst bevat formaten die mensen plausibel zouden proberen — .jpg, .lof, .nii, .oib, .oir, .png, .psd, .raw, .vsi — en ten tijde van deze run hoorden daar ook .png en .jpg bij, die met een melding werden geweigerd in plaats van dat er werd gegokt.

Sinds deze run: SlideScope 1.10.0 (16 oktober 2026) opent 18 formaten meer, waaronder verschillende die hier werden geweigerd: Olympus .vsi, .oib en .oir, Leica .lof en .xlef, Hamamatsu .ndpis, en PNG, JPEG en andere alledaagse beelden. De getallen op deze pagina zijn de run van 18 september zoals gemeten; de formaten die in 1.10.0 zijn toegevoegd, maakten er geen deel van uit. SlideScope 1.20.0 opent er nog vijf die deze run niet heeft getest: Philips .isyntax, KFBio .kfb, ICS/IDS, Gatan .dm3 en .dm4, en Olympus .sis. Zie het naslagoverzicht van bestandscompatibiliteit voor de actuele lijst.

Wat deze benchmark je niet vertelt

• Twee formaten hebben helemaal geen dekking met echte bestanden. Er bestaat geen openbaar voorbeeld van .vmu of .svslide — OpenSlide publiceert geen van beide — dus die loaders worden alleen getest met synthetische randgevallen. We claimen voor deze formaten geen geteste ondersteuning.
• Het is geen snelheidsbenchmark. De tijd tot de eerste pixel hangt af van je schijf, en deze runs waren lokaal.
• Het is geen nauwkeurigheidsaudit buiten de hierboven beschreven pixelvergelijking, en het is geen klinische validatie. SlideScope is bedoeld voor onderzoek, onderwijs en beoordeling — niet voor diagnose.
• Het is een momentopname. Gedateerd 2026-09-18, tegen de release die op die dag actueel was. Upgrades van decoders verschuiven deze getallen in beide richtingen.