Data uji orisinal

Kami membuka 792 berkas slide nyata dan memublikasikan setiap hasilnya

Tabel dukungan format biasanya hanyalah daftar ekstensi yang diketik seseorang. Tabel ini adalah hasil pengukuran. Setiap berkas dari 14 keluarga format — 44,1 GB hasil pindaian vendor dan citra referensi publik — dibuka dan dirender oleh loader SlideScope versi rilis, satu berkas per subproses sekali pakai, lalu hasilnya dicatat. 767 terbuka. 9 tidak dapat dibaca, dan semuanya disebutkan di bawah. 16 ternyata sama sekali tidak memuat citra. Tidak satu pun membuat penampil crash.

792 berkas 14 keluarga format 44,1 GB diuji Dijalankan 2026-09-18

Apa yang sebenarnya dibuktikan benchmark ini?

Bahwa berkas tertentu, dari pemindai tertentu, dalam ukuran aslinya, terbuka di build rilis dan menampilkan piksel di layar. Tidak lebih dan tidak kurang. Daftar dukungan format mengklaim suatu kemampuan; benchmark ini mengukurnya. Jika tata letak vendor tidak dapat ditangani decoder, berkas itu muncul di tabel kegagalan dengan teks galat yang akan dilihat pengguna, bukan sebagai baris yang hilang.

Ini adalah uji oleh vendor — kami yang menulis perangkat lunaknya dan kami pula yang menjalankan ujinya. Yang membuatnya tetap layak dibaca adalah Anda dapat memeriksanya: korpusnya publik, runner-nya ada di repositori desktop kami, dan hasil mentah per berkas tersedia di halaman ini.

Cara berkas diuji

Setiap berkas diserahkan ke proses anak sekali pakai yang membangun loader yang sama dengan yang dibangun aplikasi, membaca dimensi citra, mendekode satu bidang, lalu mengonversinya melalui jalur render Qt yang sama dengan yang dipakai penampil. Berkas cacat yang menghentikan codec native hanya mematikan proses anak itu; supervisor mencatat berkas mana yang sedang diproses lalu melanjutkan. Desain inilah yang membuat benchmark atas hasil pindaian vendor berukuran beberapa gigabyte bisa selesai sama sekali, dan mengapa "crash" adalah kategori yang dapat dilaporkan tabel ini dengan jujur sebagai nol.

  • Runner: slidescope-desktop/scripts/publish_format_benchmark.py — satu perintah, di repositori desktop SlideScope, yang menjalankan ketiga tahap dan menulis JSON persis seperti yang dirender halaman ini: python scripts/publish_format_benchmark.py --dataset <corpus> --output format-benchmark.json
  • Korpus: korpus referensi publik Open Microscopy Environment, slide uji yang dipublikasikan OpenSlide, data uji pustaka czitools dan nd2, serta sampel vendor yang sha256-nya telah kami verifikasi dengan penerbitnya.
  • Cakupan: format whole slide dan format mikroskopi vendor. TIFF lepas satu bidang dari kumpulan besar data vendor tidak disertakan — berkas semacam itu tidak menunjukkan apa pun yang tidak ditunjukkan lebih baik oleh TIFF WSI piramidal.
  • Dicatat per berkas: format yang terdeteksi, loader, dimensi T/Z/C/Y/X hasil dekode, tipe piksel, ukuran render, dan bila gagal, jenis exception serta pesan yang ditampilkan kepada pengguna.

Format whole slide image

Inilah format pemindai — berkas yang berasal dari instrumen Aperio, Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Akoya, atau Agilent dan lazim berukuran beberapa gigabyte.

Format Berkas Terbuka Hasil Citra terbesar Berkas terbesar Sumbu yang tercapai Tipe piksel
.avs Agilent ARGOS AVS 2 2 semua terbuka 130,546 × 57,440 (7499 MP) 439 MB satu bidang uint8
.bif Ventana BIF 2 1 1 tidak terbaca 114,943 × 76,349 (8776 MP) 2.5 GB satu bidang uint8
.mrxs 3DHISTECH MIRAX 6 6 semua terbuka 109,240 × 220,696 (24109 MP) 72 KB satu bidang uint8
.ndpi Hamamatsu NDPI 5 5 semua terbuka 211,200 × 95,744 (20221 MP) 4.2 GB satu bidang uint8
.qptiff Akoya QPTIFF 2 2 semua terbuka 30,720 × 26,640 (818 MP) 1.9 GB 5C uint8
.scn Leica SCN 3 1 2 tidak terbaca 53,130 × 153,470 (8154 MP) 2.8 GB satu bidang uint8
.svs Aperio SVS 7 7 semua terbuka 96,999 × 45,667 (4430 MP) 671 MB satu bidang uint8
.vms Hamamatsu VMS 3 3 semua terbuka 143,360 × 101,888 (14607 MP) 1 KB satu bidang uint8

Format mikroskopi dan pencitraan medis

Format akuisisi multidimensi, di mana pertanyaan pentingnya bukan ukuran berkas, melainkan berapa banyak kanal, bidang Z, dan titik waktu yang berhasil sampai ke layar.

Format Berkas Terbuka Hasil Citra terbesar Berkas terbesar Sumbu yang tercapai Tipe piksel
.czi Zeiss CZI 48 48 semua terbuka 6,000 × 6,000 (36 MP) 4.2 GB 8C · 56Z · 10T uint16, uint8
.dcm DICOM 378 362 16 tidak memuat citra 77,687 × 73,366 (5700 MP) 1.2 GB 137Z int16, uint16, uint8
.dicom DICOM 1 1 semua terbuka 512 × 512 (0 MP) 514 KB satu bidang uint16
.ims Imaris IMS 17 11 6 tidak terbaca 4,096 × 4,096 (17 MP) 946 MB 3C · 98Z · 10T uint16, uint8
.lif Leica LIF 3 3 semua terbuka 1,024 × 1,024 (1 MP) 2.8 GB 5C · 5T uint16, uint8
.nd2 Nikon ND2 82 82 semua terbuka 2,400 × 2,400 (6 MP) 376 MB 5C · 35Z · 288T uint16, uint8
.tif TIFF / OME-TIFF 200 200 semua terbuka 17,927 × 20,273 (363 MP) 1.0 GB 8C · 10Z · 43T float32, int8, uint8
.tiff TIFF / OME-TIFF 33 33 semua terbuka 45,056 × 35,840 (1615 MP) 2.5 GB 3C · 38Z · 7T float32, int8, uint8

Setiap berkas yang tidak terbuka, dan alasannya

25 dari 792 berkas tidak terbuka, dan ceritanya bukan satu melainkan dua. 9 adalah keterbatasan nyata: citra asli yang saat ini tidak dapat kami baca. 16 lainnya adalah berkas yang sejak awal tidak berisi citra, sehingga menolaknya adalah jawaban yang benar. Menggabungkan keduanya justru akan menguntungkan kami — jumlah kegagalan yang jujur untuk uji ini adalah 9, bukan 25.

Keterbatasan nyata: 9 berkas yang tidak dapat kami baca

Semua berkas ini utuh — checksum-nya cocok dengan penerbit — jadi ini adalah batas decoder dan tata letak vendor, bukan sampel yang rusak. Berkas-berkas ini tetap berada di korpus secara permanen sebagai cakupan uji regresi, sehingga kami akan tahu pada hari salah satunya mulai berfungsi.

Berkas Ukuran Galat Pesan SlideScope kepada pengguna
.bif Ventana-1.bif 217 MB ImageLoadError Slide ini menggunakan tata letak vendor yang tidak dapat dibuka oleh backend OpenSlide. Berkasnya sendiri tidak rusak.
.ims Convallaria_3C_10T_confocal_IMS3.ims 68 MB ImageLoadError Berkas .ims ini bukan format Imaris berbasis HDF5 yang didukung SlideScope. Ekspor Imaris lama sebelum HDF5 (kadang disebut "Imaris Classic") menggunakan kontainer berbeda dan saat ini belum didukung.
.ims Convallaria_3C_1T_2x2grid_confocal_IMS3.ims 23 MB ImageLoadError Berkas .ims ini bukan format Imaris berbasis HDF5 yang didukung SlideScope. Ekspor Imaris lama sebelum HDF5 (kadang disebut "Imaris Classic") menggunakan kontainer berbeda dan saat ini belum didukung.
.ims Convallaria_3C_1T_confocal_IMS3.ims 8 MB ImageLoadError Berkas .ims ini bukan format Imaris berbasis HDF5 yang didukung SlideScope. Ekspor Imaris lama sebelum HDF5 (kadang disebut "Imaris Classic") menggunakan kontainer berbeda dan saat ini belum didukung.
.ims Convallaria_3C_3T_2x2grid_confocal_IMS3.ims 66 MB ImageLoadError Berkas .ims ini bukan format Imaris berbasis HDF5 yang didukung SlideScope. Ekspor Imaris lama sebelum HDF5 (kadang disebut "Imaris Classic") menggunakan kontainer berbeda dan saat ini belum didukung.
.ims Convallaria_3C_3T_35Z_confocal_deconvolved_IMS3.ims 661 MB ImageLoadError Berkas .ims ini bukan format Imaris berbasis HDF5 yang didukung SlideScope. Ekspor Imaris lama sebelum HDF5 (kadang disebut "Imaris Classic") menggunakan kontainer berbeda dan saat ini belum didukung.
.ims TransFactors_2C_SRRF_IMS3.ims 26 MB ImageLoadError Berkas .ims ini bukan format Imaris berbasis HDF5 yang didukung SlideScope. Ekspor Imaris lama sebelum HDF5 (kadang disebut "Imaris Classic") menggunakan kontainer berbeda dan saat ini belum didukung.
.scn Leica-Fluorescence-1.scn 21 MB ImageLoadError Slide ini menggunakan tata letak vendor yang tidak dapat dibuka oleh backend OpenSlide. Berkasnya sendiri tidak rusak.
.scn Leica-3.scn 2.8 GB ImageLoadError Slide ini menggunakan tata letak vendor yang tidak dapat dibuka oleh backend OpenSlide. Berkasnya sendiri tidak rusak.

Polanya adalah tata letak vendor, bukan modalitas. NDPI fluoresens dan MIRAX fluoresens sama-sama terbuka normal; yang ditolak backend adalah varian struktural tertentu — SCN tanpa citra utama yang dapat diidentifikasi, BIF dengan atribut arah yang tidak terduga, kontainer "Imaris Classic" sebelum HDF5. Setiap pesan menyebutkan penyebabnya alih-alih menyebut berkas rusak, karena dalam setiap kasus ini berkasnya baik-baik saja dan kamilah yang belum mampu.

Bukan kegagalan: 16 objek yang tidak memuat citra

DICOM adalah format dokumen sekaligus format citra. DICOMDIR adalah indeks sebuah disk; presentation state mencatat bagaimana seseorang pernah mengatur window sebuah studi; objek lain menyimpan laporan atau pengukuran. Tidak satu pun berisi piksel. Penampil yang membukanya tidak akan punya apa pun untuk ditampilkan, sehingga SlideScope menolaknya dengan penjelasan — perilaku yang benar, dihitung terpisah agar tidak menggelembungkan kolom mana pun.

Disebutkan lengkap agar tidak ada yang tersembunyi di balik kategori: DICOMDIR, PS_0026, PS_0108, PS_0128, PS_0154, PS_0181, XX_0027, XX_0109, XX_0155, XX_0182, XX_0183.

Saat SlideScope membuka berkas tetapi menampilkan hal yang salah

Inilah mode kegagalan yang paling penting dan yang tidak pernah diakui tabel format, jadi inilah milik kami.

Sebuah pindaian multipleks Akoya .qptiff — berkas referensi Vectra tujuh warna — terbuka tanpa galat sama sekali. Berkas ini berisi lima halaman fluoresens satu kanal beresolusi penuh (DAPI, FITC, CY3, Texas Red, CY5) berukuran 34.560 × 24.960 di 33 halaman, dikonfirmasi secara independen dengan tifffile. SlideScope mengarahkan setiap .qptiff ke backend OpenSlide-nya, yang merupakan pembaca brightfield, sehingga backend itu melaporkan satu kanal dan mengembalikan irisan RGB. Kanal fluoresens tidak dapat dijangkau dan kontrol kanal tidak menawarkan apa pun.

Tidak ada peringatan apa pun. Pindaian QPTIFF H&E brightfield di korpus yang sama terbuka sempurna, dan justru karena itulah masalah ini tidak terdeteksi.

Diperbaiki di SlideScope 1.8.48 (18 September 2026): backend kini dipilih per berkas, bukan per ekstensi. Pindaian multipleks diarahkan ke pembaca yang mengembalikan kelima kanal; QPTIFF brightfield tetap memakai OpenSlide dengan tiling resolusi penuhnya. Kompromi ini dinyatakan, bukan disembunyikan: QPTIFF multipleks ditampilkan dalam resolusi yang dikurangi, dan panel detail berkas menyebutkannya. Uji di halaman ini sudah mencerminkan perbaikan tersebut — baris QPTIFF mencantumkan kedua loader dan lima kanal.

Uji ini membuktikan berkas dapat dibuka. Kebenaran piksel adalah pertanyaan terpisah, dan kami mengujinya secara terpisah: penyisiran kedua mendekode bidang yang sama melalui pustaka yang mendasarinya dan membandingkannya dengan hasil yang dikembalikan loader. Begitulah kasus QPTIFF itu ditemukan.

Yang ditolak SlideScope untuk dibuka

Tidak ada pembaca cadangan generik, dan cara penampil menangani berkas yang tidak pernah dirancang untuknya sama pentingnya dengan berkas yang memang dirancang untuknya. Kami mengambil berkas nyata terkecil dari setiap ekstensi yang tidak didukung dalam korpus referensi — 93 berkas — dan memproses masing-masing melalui loader factory versi rilis.

93 dari 93 ditolak dengan pesan yang jelas. Tidak ada yang crash. Tidak ada yang setengah terbuka menjadi sesuatu yang tampak seperti citra padahal bukan. Daftarnya mencakup format yang wajar dicoba orang — .jpg, .lof, .nii, .oib, .oir, .png, .psd, .raw, .vsi — saat uji ini dijalankan, termasuk .png dan .jpg, yang ditolak dengan pesan alih-alih ditebak.

Sejak uji ini: SlideScope 1.10.0 (16 Oktober 2026) membuka 18 format tambahan, termasuk beberapa yang ditolak di sini: Olympus .vsi, .oib, dan .oir, Leica .lof dan .xlef, Hamamatsu .ndpis, serta PNG, JPEG, dan citra sehari-hari lainnya. Angka di halaman ini adalah hasil uji 18 September sebagaimana terukur; format yang ditambahkan di 1.10.0 tidak termasuk di dalamnya. SlideScope 1.20.0 membuka lima format lagi yang tidak diuji dalam uji ini: Philips .isyntax, KFBio .kfb, ICS/IDS, Gatan .dm3 dan .dm4, serta Olympus .sis. Lihat referensi kompatibilitas berkas untuk daftar terkini.

Yang tidak diberitahukan benchmark ini

  • Dua format sama sekali tidak memiliki cakupan berkas nyata. Tidak ada sampel .vmu atau .svslide publik — OpenSlide tidak memublikasikan keduanya — sehingga loader-nya hanya diuji dengan kasus tepi sintetis. Kami tidak mengklaim dukungan yang teruji untuk keduanya.
  • Ini bukan benchmark kecepatan. Waktu hingga piksel pertama bergantung pada disk Anda, dan uji ini dijalankan secara lokal.
  • Ini bukan audit akurasi di luar penyisiran perbandingan piksel yang dijelaskan di atas, dan bukan validasi klinis. SlideScope untuk riset, pendidikan, dan peninjauan — bukan diagnosis.
  • Ini adalah potret sesaat. Bertanggal 2026-09-18 terhadap rilis yang berlaku pada hari itu. Peningkatan decoder dapat menggeser angka ini ke dua arah.

Pertanyaan tentang benchmark ini

Format mikroskopi dan whole slide apa saja yang benar-benar dibuka SlideScope?

Delapan belas ekstensi berkas: .svs, .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs, .czi, .nd2, .lif, .ims, .dcm, .dicom, .tif, dan .tiff. Tidak ada pembaca cadangan generik — apa pun di luar daftar itu ditolak dengan pesan yang jelas alih-alih dibuka dengan buruk.

Apakah benchmark ini independen?

Tidak. SlideScope memublikasikannya tentang SlideScope, jadi anggaplah ini uji oleh vendor, bukan audit pihak ketiga. Sebagai ganti independensi, yang dapat kami tawarkan adalah keterperiksaan: korpusnya publik, runner-nya ada di direktori skrip terbuka kami, berkas hasil mentah ditautkan di halaman ini, dan kegagalan dicantumkan serinci keberhasilan.

Mengapa beberapa berkas gagal?

Hampir selalu karena vendor menulis tata letak yang tidak dapat dibaca backend open source yang mendasarinya — misalnya OpenSlide yang melaporkan "Can't find main image" pada SCN fluoresens. Itu adalah keterbatasan upstream yang kami tampilkan, bukan kami sembunyikan. Berkas yang gagal itu utuh: checksum-nya cocok dengan milik penerbit.

Apakah berkas yang terbuka berarti citranya benar?

Tidak dengan sendirinya, karena itulah kami menguji keduanya. Uji ini membuktikan berkas dapat dibuka; kebenaran piksel dibuktikan secara terpisah oleh sweep_format_reference.py, yang mendekode bidang yang sama melalui pustaka yang mendasarinya dan membandingkannya dengan apa yang dirender SlideScope. Satu kasus yang diketahui — QPTIFF multipleks Akoya — terbuka tanpa galat namun tetap menampilkan hal yang salah sampai SlideScope 1.8.48 memperbaikinya. Kasus ini didokumentasikan di halaman ini.

Bisakah saya mereproduksinya?

Bisa. Korpus referensi Open Microscopy Environment dapat diunduh secara publik, sampel vendor berasal dari OpenSlide dan data uji milik pustaka format itu sendiri, dan runner-nya disertakan di repositori desktop SlideScope. JSON mentah di balik setiap tabel di halaman ini ditautkan di atas.

Apakah SlideScope disetujui untuk diagnosis klinis?

Tidak. SlideScope untuk riset, pendidikan, dan peninjauan. SlideScope bukan perangkat diagnostik dan tidak boleh digunakan untuk membuat diagnosis primer.

Satu-satunya uji yang berarti adalah uji Anda sendiri

Korpus kami bukan laci slide Anda. Instal SlideScope, buka berkas yang benar-benar menyulitkan Anda, dan jika salah satunya gagal, kirimkan kepada kami — kegagalan di halaman ini sampai di sini karena ada yang melakukannya.

Unduh SlideScope