מה המבחן הזה מוכיח בפועל?
שקובץ מסוים, מסורק מסוים, בגודלו האמיתי, נפתח בגרסה המופצת ומציג פיקסלים על המסך. לא יותר ולא פחות. רשימת תמיכה בפורמטים טוענת ליכולת; המבחן הזה מודד אותה. אם מבנה של יצרן מכשיל את המפענח, הקובץ מופיע בטבלת הכשלים עם טקסט השגיאה שמשתמש היה רואה, ולא כשורה חסרה.
זהו מבחן של יצרן — אנחנו כתבנו את התוכנה ואנחנו הרצנו את המבחן. מה שבכל זאת הופך אותו לשווה קריאה הוא שאפשר לבדוק אותו: אוספי הקבצים ציבוריים, סקריפט ההרצה נמצא במאגר הקוד של אפליקציית המחשב שלנו, והתוצאות הגולמיות לכל קובץ נמצאות בדף הזה.
איך הקבצים נבדקו
כל קובץ מועבר לתהליך-בן חד-פעמי שבונה את אותו טוען שהאפליקציה בונה, קורא את ממדי התמונה, מפענח מישור אחד וממיר אותו דרך אותו מסלול רינדור של Qt שהמציג משתמש בו. קובץ פגום שמפיל codec מקורי הורג רק את התהליך-הבן הזה; התהליך המפקח רושם איזה קובץ היה בטיפול וממשיך הלאה. התכנון הזה הוא הסיבה שמבחן על סריקות יצרנים של כמה ג'יגה-בייט יכול בכלל להסתיים, והסיבה שהטבלה יכולה לדווח ביושר על אפס בקטגוריה "קרס".
- סקריפט ההרצה:
slidescope-desktop/scripts/publish_format_benchmark.py — פקודה אחת, במאגר הקוד של SlideScope למחשב, שמריצה את שלושת המעברים וכותבת בדיוק את קובץ ה-JSON שהדף הזה מציג: python scripts/publish_format_benchmark.py --dataset <corpus> --output format-benchmark.json
- אוספי הקבצים: אוסף הייחוס הציבורי של Open Microscopy Environment, שקופיות הבדיקה ש-OpenSlide פרסמה, נתוני הבדיקה של הספריות
czitools ו-nd2, ודוגמאות של יצרנים שאת ה-sha256 שלהן אימתנו מול המפרסם.
- היקף: פורמטים של שקופיות מלאות ופורמטים של יצרני מיקרוסקופים. קובצי TIFF בודדים של מישור יחיד מתוך מאגרי יצרנים גדולים לא נכללו — הם לא מלמדים דבר ש-TIFF פירמידלי של WSI לא מלמד טוב יותר.
- מה נרשם לכל קובץ: הפורמט שזוהה, הטוען, ממדי T/Z/C/Y/X לאחר הפענוח, סוג הפיקסל, גודל התצוגה, ובמקרה של כשל, סוג החריגה וההודעה שהמשתמש רואה.
פורמטים של תמונות שקופית מלאה
אלה הפורמטים של הסורקים — הקבצים שמגיעים ממכשיר של Aperio, Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Akoya או Agilent, ושגודלם מגיע בשגרה לכמה ג'יגה-בייט.
פורמטים של מיקרוסקופיה ושל הדמיה רפואית
פורמטים של רכישה רב-ממדית, שבהם השאלה המעניינת אינה גודל הקובץ אלא כמה ערוצים, מישורי Z ונקודות זמן שורדים את הדרך אל המסך.
כל קובץ שלא נפתח, ולמה
25 מתוך 792 הקבצים לא נפתחו, והם לא סיפור אחד אלא שניים. 9 הם מגבלות אמיתיות: תמונה אמיתית שכרגע איננו יכולים לקרוא. 16 האחרים הם קבצים שאין בהם תמונה מלכתחילה, ושם סירוב הוא התשובה הנכונה. לאחד את שתי הקבוצות היה מחמיא לנו — מספר הכשלים הכן בהרצה הזו הוא 9, לא 25.
מגבלות אמיתיות: 9 קבצים שאיננו יכולים לקרוא
כל אחד מהם תקין לחלוטין — סכומי הביקורת תואמים למפרסם — כך שאלה מגבלות של המפענח ושל מבנה היצרן, לא דוגמאות פגומות. הם נשארים באוסף לצמיתות ככיסוי לבדיקות רגרסיה, וכך נדע ביום שבו אחד מהם יתחיל לעבוד.
הדפוס הוא מבנה היצרן, לא שיטת ההדמיה. NDPI פלואורסצנטי ו-MIRAX פלואורסצנטי נפתחים שניהם כרגיל; מדובר בגרסאות מבניות מסוימות — SCN בלי תמונה ראשית שאפשר לזהות, BIF עם מאפיין כיוון לא צפוי, מכל "Imaris Classic" מלפני HDF5 — שהמנועים מסרבים להן. כל הודעה מציינת את הסיבה במקום לקרוא לקובץ פגום, כי בכל אחד מהמקרים האלה הקובץ תקין והבעיה אצלנו.
לא כשלים: 16 אובייקטים שאין בהם תמונה
DICOM הוא פורמט של מסמכים לא פחות משהוא פורמט של תמונות. DICOMDIR הוא אינדקס של דיסק; presentation state מתעד איך מישהו פעם הגדיר את חלון התצוגה של בדיקה; אובייקטים אחרים מכילים דוחות או מדידות. באף אחד מהם אין פיקסלים. מציג שהיה פותח אותם לא היה יכול להציג דבר, ולכן SlideScope מסרב ומסביר למה — זו ההתנהגות הנכונה, והם נספרים בנפרד כדי שלא ינפחו אף אחת מהעמודות.
בשמם המלא, כדי ששום דבר לא יוסתר מאחורי קטגוריה: DICOMDIR, PS_0026, PS_0108, PS_0128, PS_0154, PS_0181, XX_0027, XX_0109, XX_0155, XX_0182, XX_0183.
היכן SlideScope פתח קובץ והציג את הדבר הלא נכון
זה אופן הכשל החשוב ביותר, וזה שטבלאות פורמטים אף פעם לא מודות בו, אז הנה המקרה שלנו.
סריקה מרובת סמנים של Akoya בפורמט .qptiff — קובץ הייחוס של Vectra בשבעה צבעים — נפתחה בלי שום שגיאה. הקובץ מכיל חמישה עמודי פלואורסצנציה חד-ערוציים ברזולוציה מלאה (DAPI, FITC, CY3, Texas Red, CY5) בגודל 34,560 × 24,960 על פני 33 עמודים, כפי שאומת באופן עצמאי בעזרת tifffile. SlideScope ניתב כל קובץ .qptiff למנוע OpenSlide שלו, שהוא קורא לשדה בהיר, ולכן הוא דיווח על ערוץ אחד והחזיר פרוסת RGB. ערוצי הפלואורסצנציה לא היו נגישים, ולבקרות הערוצים לא היה מה להציע.
שום דבר לא הזהיר אתכם. סריקות QPTIFF בשדה בהיר של H&E באותו אוסף נפתחות בצורה מושלמת, וזו בדיוק הסיבה שהבעיה לא התגלתה.
תוקן ב-SlideScope 1.8.48 (18 בספטמבר 2026): המנוע נבחר עכשיו לפי קובץ, לא לפי סיומת. סריקה מרובת סמנים עוברת לקורא שמחזיר את כל חמשת הערוצים; QPTIFF בשדה בהיר נשאר עם OpenSlide ועם הריצוף ברזולוציה מלאה שלו. הפשרה מוצגת בגלוי ולא מוסתרת: QPTIFF מרובה סמנים מוצג ברזולוציה מופחתת, וחלונית פרטי הקובץ אומרת זאת. ההרצה בדף הזה כבר משקפת את התיקון — שורת ה-QPTIFF מציגה את שני הטוענים וחמישה ערוצים.
ההרצה הזו מוכיחה פתיחה. נכונות הפיקסלים היא שאלה נפרדת, ואנחנו בודקים אותה בנפרד: מעבר שני מפענח את אותם מישורים דרך הספרייה שמתחת ומשווה אותם למה שהטוען מחזיר. כך נתפס מקרה ה-QPTIFF.
מה SlideScope מסרב לפתוח
אין קורא גיבוי כללי, והאופן שבו מציג מתמודד עם קובץ שמעולם לא נבנה בשבילו חשוב לא פחות מהקבצים שכן נבנה בשבילם. לקחנו את הקובץ האמיתי הקטן ביותר מכל סיומת לא נתמכת באוסף הייחוס — 93 כאלה — והעברנו כל אחד מהם דרך מנגנון הטוענים של הגרסה המופצת.
93 מתוך 93 נדחו עם הודעה ברורה. אף אחד לא קרס. אף אחד לא נפתח חלקית למשהו שנראה כמו תמונה אבל לא היה כזה. הרשימה כוללת פורמטים שאנשים עשויים בהחלט לנסות — .jpg, .lof, .nii, .oib, .oir, .png, .psd, .raw, .vsi — ובזמן ההרצה הזו היא כללה את .png ו-.jpg, שנדחו עם הודעה במקום שינחשו אותם.
מאז ההרצה הזו: SlideScope 1.10.0 (16 באוקטובר 2026) פותח עוד 18 פורמטים, כולל כמה שנדחו כאן: Olympus .vsi, .oib ו-.oir, Leica .lof ו-.xlef, Hamamatsu .ndpis, וגם PNG, JPEG ותמונות יומיומיות אחרות. המספרים בדף הזה הם של ההרצה מ-18 בספטמבר כפי שנמדדו; הפורמטים שנוספו ב-1.10.0 לא היו חלק ממנה. SlideScope 1.20.0 פותח עוד חמישה שההרצה הזו לא בדקה: Philips .isyntax, KFBio .kfb, ICS/IDS, Gatan .dm3 ו-.dm4, ו-Olympus .sis. לרשימה העדכנית ראו את מדריך התאימות לקבצים.
מה המבחן הזה לא אומר לכם
- לשני פורמטים אין כיסוי בקבצים אמיתיים בכלל. אין דוגמה ציבורית של
.vmu או של .svslide — OpenSlide לא מפרסמת אף אחת מהן — ולכן הטוענים האלה נבדקים רק במקרי קצה סינתטיים. איננו טוענים לתמיכה שנבדקה בהם.
- זה אינו מבחן מהירות. הזמן עד הפיקסל הראשון תלוי בדיסק שלכם, וההרצות האלה היו מקומיות.
- זו אינה ביקורת דיוק מעבר למעבר השוואת הפיקסלים שתואר למעלה, וזה אינו תיקוף קליני. SlideScope מיועד למחקר, להוראה ולסקירה — לא לאבחון.
- זו תמונת מצב. מתוארכת ל-2026-09-18 מול הגרסה שהייתה עדכנית באותו יום. שדרוגי מפענחים מזיזים את המספרים האלה בשני הכיוונים.
שאלות על המבחן הזה
אילו פורמטים של מיקרוסקופיה ושל שקופיות מלאות SlideScope באמת פותח?
שמונה-עשרה סיומות קבצים: .svs, .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs, .czi, .nd2, .lif, .ims, .dcm, .dicom, .tif ו-.tiff. אין קורא גיבוי כללי — כל מה שמחוץ לרשימה הזו נדחה עם הודעה פשוטה במקום להיפתח בצורה גרועה.
האם המבחן הזה עצמאי?
לא. SlideScope מפרסמת אותו על SlideScope, ולכן התייחסו אליו כמבחן של יצרן, לא כביקורת של צד שלישי. מה שאנחנו יכולים להציע במקום עצמאות הוא יכולת בדיקה: אוספי הקבצים ציבוריים, סקריפט ההרצה נמצא בתיקיית הסקריפטים הפתוחה שלנו, קובץ התוצאות הגולמי מקושר בדף הזה, והכשלים מפורטים באותה רמת פירוט כמו ההצלחות.
למה חלק מהקבצים נכשלים?
כמעט תמיד מפני שיצרן כתב מבנה שמנוע הקוד הפתוח שמתחת אינו יכול לקרוא — למשל OpenSlide שמדווח "Can't find main image" על SCN פלואורסצנטי. אלה מגבלות במקור שאנחנו חושפים ולא מסתירים. הקבצים שנכשלים תקינים לחלוטין: סכומי הביקורת שלהם תואמים לאלה של המפרסם.
האם העובדה שקובץ נפתח אומרת שהתמונה נכונה?
לא כשלעצמה, ולכן אנחנו בודקים את שני הדברים. ההרצה הזו מוכיחה פתיחה; נכונות הפיקסלים מוכחת בנפרד על ידי sweep_format_reference.py, שמפענח את אותם מישורים דרך הספרייה שמתחת ומשווה אותם למה ש-SlideScope מציג. מקרה ידוע אחד — QPTIFF מרובה סמנים של Akoya — נפתח בלי שגיאה ועדיין הציג את הדבר הלא נכון, עד ש-SlideScope 1.8.48 תיקן זאת. הוא מתועד בדף הזה.
אפשר לשחזר את זה?
כן. אוסף הייחוס של Open Microscopy Environment זמין להורדה ציבורית, דוגמאות היצרנים מגיעות מ-OpenSlide ומנתוני הבדיקה של ספריות הפורמטים עצמן, וסקריפט ההרצה נמצא במאגר הקוד של SlideScope למחשב. קובץ ה-JSON הגולמי שמאחורי כל טבלה בדף הזה מקושר למעלה.
האם SlideScope מאושר לאבחון קליני?
לא. SlideScope מיועד למחקר, להוראה ולסקירה. הוא אינו מכשיר אבחוני ואסור להשתמש בו לאבחון ראשוני.
המבחן היחיד שנחשב הוא שלכם
האוסף שלנו אינו מגירת השקופיות שלכם. התקינו את SlideScope, פתחו את הקבצים שבאמת עושים לכם בעיות, ואם אחד מהם נכשל, שלחו אותו אלינו — הכשלים בדף הזה הגיעו לכאן כי מישהו עשה בדיוק את זה.
הורדת SlideScope