Aktuelle Kompatibilitätsmatrix
Die Matrix leitet sich aus dem aktuellen Routing und Reader-Verhalten der SlideScope-Anwendung ab. Nutzen Sie sie als Referenz für eine erste Einschätzung und testen Sie dann repräsentative Dateien genau von dem Mikroskop, Scanner, der Softwareversion und den Kompressionseinstellungen, die Ihr Team verwendet.
| Formatfamilie | Akzeptierte Dateiendungen | Verhalten des Readers | Wichtige Prüfpunkte |
|---|---|---|---|
| ZEISS CZI | .czi |
Normalisiert die Dimensionen Zeit, Z, Kanal, Y und X; liest Aufnahmemetadaten und räumliche Kalibrierung, sofern vorhanden. Szenen mit gleichem Pixeltyp und gleichen Achsen werden zu separaten, einzeln ansteuerbaren Szenen, jede in ihrer eigenen Größe, und XY Overview zeigt sie gemeinsam. Exportiert die angezeigte Szene oder alle Szenen als OME-TIFF. | Testen Sie Szenen, Mosaike, ungewöhnliche Sub-Block-Layouts und sehr große Aufnahmen. |
| Nikon ND2 | .nd2 |
Bildet Zeit, Z, Kanäle und Bildgröße ab. Mehrere Tischpositionen bilden eine eigene Positionsachse mit eigenem Regler, und XY Overview platziert sie an ihren aufgezeichneten Tischkoordinaten. | Prüfen Sie die Interpretation von Position und Zeit, das RGB-Layout, die Metadaten und die genaue NIS-Elements-Generation. |
| Aperio SVS | .svs |
Liest TIFF-basierte Pyramidenebenen von Whole-Slide-Bildern und wählt unter Speicherbeschränkungen eine handhabbare Anzeigeebene. | Prüfen Sie JPEG-/JPEG-2000-Codecs, die Integrität der Pyramide, Scanner-Metadaten und die gewünschte Auflösungsebene. |
| TIFF und OME-TIFF | .tif, .tiff |
Verwendet benannte Achsen, sofern verfügbar, darunter Zeit, Z, Kanal, Y und X. Erkennt OME-TIFF- und ImageJ-Metadaten sowie den räumlichen Maßstab, sofern vorhanden. Jede Seite eines einfachen mehrseitigen TIFF ist erreichbar. | TIFF ist ein flexibler Container. Prüfen Sie Kompression, BigTIFF-Größe, Pyramiden, Achsen und den Erhalt der Metadaten. |
| Präparate von Hersteller-Scannern | .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs |
Liest die eigene Bildpyramide des Scanners über das OpenSlide-Backend und lädt die Ebene, die zur angezeigten Region passt. Maßstabsbalken, Messungen und Annotationen verwenden bei jeder Zoomstufe die Mikrometer-Kalibrierung des Scanners. Seit 1.10.0 öffnen sich mit JPEG XR komprimierte NDPI-Präparate sowie Leica-SCN- und Ventana-BIF-Präparate, die OpenSlide nicht lesen kann. Seit 1.20.0 erscheinen in NDP.view gezeichnete Annotationen (eine .ndpa-Datei neben der .ndpi) über dem Präparat und lassen sich in Ihre Messungen übernehmen. |
MRXS, VMS und VMU speichern die Pixeldaten in einem Begleitordner neben der Indexdatei, daher öffnen sie sich nur von lokalem Speicher und werden für Remote-Links abgelehnt. Bei BIF-Präparaten, die OpenSlide nicht lesen kann, werden die Kachelnähte noch nicht zusammengefügt. Prüfen Sie Pyramidenintegrität und Hersteller-Metadaten an repräsentativen Präparaten. |
| Hamamatsu NDPIS (seit 1.10.0) | .ndpis |
Öffnet Hamamatsu-Fluoreszenzsätze mit ihren echten Kanalnamen und -farben, mit Messungen in µm aus der Kalibrierung des Scanners. | Gleichen Sie Kanalnamen, Farben und Kalibrierung an einem repräsentativen Satz mit der Scanner-Software ab. |
| Olympus/Evident VSI (seit 1.10.0) | .vsi |
Öffnet cellSens-Whole-Slide- und Fluoreszenzbilder, einschließlich Präparaten mit mehreren Scanregionen. Jede Scanregion wird mit ihrer eigenen Pixelgröße gemessen, und das Details-Panel zeigt aufgezeichnete Metadaten wie Objektiv, echte Kanalnamen und -farben und das Aufnahmedatum. | Testen Sie Präparate mit mehreren Regionen und Fluoreszenzscans aus der cellSens-Version, die Ihr Team verwendet. |
| Olympus FluoView (seit 1.10.0) | .oib, .oif, .oir |
Öffnet FluoView-Konfokaldateien mit echten Kanalnamen und -farben, Fokusebenen in µm und Zeitpunkten in echten Sekunden. Das Details-Panel zeigt aufgezeichnete Einstellungen wie Objektiv, Laser, Detektoren und Verstärkung sowie Pinhole. | Gleichen Sie die Interpretation von Kanal, Z und Zeit an einer repräsentativen Aufnahme mit FluoView ab. |
| Zeiss ZVI und LSM (seit 1.10.0) | .zvi, .lsm |
Öffnet AxioVision-ZVI-Dateien und LSM-Konfokaldateien vom LSM 510 bis zum LSM 980, mit echten Kanalnamen und -farben und Fokusebenen in µm. Das Details-Panel zeigt aufgezeichnete Einstellungen wie Objektiv, Belichtung, Laser, Detektoren und Pinhole. | Testen Sie Dateien aus jeder AxioVision- oder ZEN-Generation, die Ihr Team archiviert. |
| Leica LIF, LOF und XLEF | .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf |
Öffnet LAS-X-Dateien; LOF-Dateien und XLEF-Projekte mit ihren XLIF- und XLCF-Teilen öffnen sich seit 1.10.0, und die LIF-Unterstützung wurde im selben Release ausgebaut. Kachelscans und Aufnahmen mit mehreren Positionen öffnen sich als Positionen, die Sie einzeln durchgehen oder gemeinsam in XY Overview sehen können, platziert nach ihren aufgezeichneten Tischkoordinaten. | Halten Sie die referenzierten Dateien eines XLEF-Projekts beisammen und prüfen Sie die Tischplatzierung an einem repräsentativen Kachelscan. |
| DeltaVision (seit 1.10.0) | .dv, .r3d |
Öffnet DeltaVision-Dateien, einschließlich dekonvolvierter D3D-Bilder, mit Kanälen, Fokusebenen in µm und Zeitpunkten in Sekunden. Das Details-Panel zeigt aufgezeichnete Einstellungen wie Objektiv, Belichtung und Filter. | Vergleichen Sie Roh- und dekonvolvierte Dateien derselben Aufnahme, wenn beide in der weiteren Auswertung verwendet werden. |
| MetaMorph (seit 1.10.0) | .stk, .nd, MetaSeries-.tif |
Öffnet STK-Stapel, MetaSeries-TIFF-Dateien und .nd-Sätze aus multidimensionalen Aufnahmen. Ein .nd-Satz öffnet sich als ein Bild: Seine Wellenlängen werden zu Kanälen, seine Zeitpunkte zu einer Zeitreihe, und seine Tischpositionen lassen sich einzeln durchgehen oder gemeinsam in XY Overview ansehen. |
Lassen Sie die TIFF- oder STK-Dateien, die ein .nd-Satz aufführt, neben diesem liegen. |
| OME-Zarr (seit 1.10.0) | .zarr-Ordner |
Öffnet OME-NGFF-0.4- und -0.5-Bilder, einschließlich HCS-Platten mit allen Wells und Feldern, sowie bioformats2raw-Ausgaben mit ihren OME-XML-Metadaten. Die Wells einer Platte lassen sich einzeln durchgehen oder gemeinsam in XY Overview ansehen. | Nur lokale Ordner: OME-Zarr lässt sich nicht über einen Remote-https-Link öffnen. |
| Gängige Bilddateien (seit 1.10.0) | .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp |
Öffnet PNG-, JPEG-, JPEG-2000-, BMP-, GIF- und WebP-Bilder im selben Viewer wie Mikroskopiedateien. | Prüfen Sie, ob die Datei eine Kalibrierung enthält, bevor Sie sich auf Messungen in µm verlassen. |
| Philips iSyntax (seit 1.20.0) | .isyntax |
Öffnet Whole-Slide-Scans im Philips-iSyntax-Format mit Pyramide, Pixelgröße, Etikett und Makrobild. SlideScope zeigt die dekodierten Pixel: Die Schärfung, Kontrastverstärkung und das Farbprofil von Philips werden nicht angewendet, und das Details-Panel weist darauf hin. | Vergleichen Sie ein repräsentatives Präparat mit dem Philips-Viewer, wenn es auf das exakte Erscheinungsbild ankommt. Eine beschädigte oder abgeschnittene Datei wird abgelehnt statt teilweise geöffnet. |
| KFBio KFB (seit 1.20.0) | .kfb |
Öffnet KFBio-Hellfeld-Whole-Slide-Scans mit Pyramide und Pixelgröße. Eine beschädigte Kachel wird aus der nächstgröberen Ebene gezeichnet, und SlideScope weist darauf hin. | KFBF-Fluoreszenzpräparate öffnen sich nicht. Bereiche, die der Scanner nicht aufgenommen hat, erscheinen weiß. |
| ICS/IDS (seit 1.20.0) | .ics, .ids |
Öffnet Bilder im Image Cytometry Standard, etwa Ausgaben von SVI Huygens und DIPlib: .ics/.ids-Paare der Version 1 und Einzeldateien der Version 2, einschließlich gzip-komprimierter Daten, jeweils mit Maßstab und Achsen. Die Pixel stimmen mit Bio-Formats überein, einschließlich dessen Ausrichtung bei Huygens-Dateien. |
Lassen Sie die .ids-Datei neben ihrem .ics-Header liegen. Eine Kalender-.ics-Datei wird erkannt und nicht als Bild geöffnet. |
| Gatan DM3 und DM4 (seit 1.20.0) | .dm3, .dm4 |
Öffnet Bilder aus Gatan Digital Micrograph mit Kalibrierung und Mikroskop-Metadaten. EELS- und EDS-Spektrumbilder lassen sich mit einem Energy-Schieberegler durch die Energie durchgehen, und Beugungsbilder sowie FFTs erhalten statt Messungen einen reziproken Maßstabsbalken in nm⁻¹. | 1D-Spektren und 4D-STEM-Datensätze öffnen sich nicht. |
| Olympus SIS (seit 1.20.0) | .sis, .tif mit SIS-Tags |
Öffnet Olympus-analySIS-Bilder mit Pixelgröße und aufgezeichneten Metadaten. | .sis ist auch eine Dateiendung für Symbian-Installationspakete, daher öffnen sich nur Dateien, die tatsächlich TIFF-Bilder sind. |
| Standard-DICOM | .dcm, .dicom |
Verarbeitet Standard-Datensätze mit einem oder mehreren Frames und bildet Zeit, Z, Kanäle, Frames und ausgewählte Metadaten ab. Gekacheltes Whole-Slide-DICOM wird über einen separaten Pyramidenpfad mit nativem Kachelzugriff gelesen. | Prüfen Sie Transfer-Syntax/Codecs, SOP-Klasse, Richtlinien zur De-Identifizierung und Anforderungen für die Forschungsnutzung. |