Otevřeli jsme 792 skutečných souborů preparátů a zveřejnili každý výsledek

Co tento benchmark skutečně dokazuje?

Že konkrétní soubor z konkrétního skeneru se ve své skutečné velikosti otevře v produkčním sestavení a zobrazí pixely na obrazovce. Nic víc a nic méně. Seznam podporovaných formátů schopnost tvrdí; tento benchmark ji měří. Pokud rozvržení výrobce dekodér přemůže, objeví se soubor v tabulce selhání s textem chyby, který by uviděl uživatel, a ne jako chybějící řádek.

Jde o test dodavatele — software jsme napsali my a test jsme provedli my. Přesto stojí za přečtení, protože si ho můžete ověřit: korpusy jsou veřejné, spouštěcí skript je v našem desktopovém repozitáři a surové výsledky po jednotlivých souborech jsou na této stránce.

Jak byly soubory testovány

Každý soubor dostane obětovatelný podřízený proces, který sestaví stejný načítač jako aplikace, přečte rozměry obrazu, dekóduje jednu rovinu a převede ji stejnou vykreslovací cestou Qt, jakou používá prohlížeč. Poškozený soubor, který shodí nativní kodek, ukončí jen tento podřízený proces; dohledový proces zaznamená, který soubor se právě zpracovával, a pokračuje dál. Díky tomuto návrhu může benchmark nad mnohagigabajtovými skeny výrobců vůbec doběhnout a díky němu může tato tabulka poctivě uvést kategorii „pád“ jako nulovou.

• Spouštěcí skript: slidescope-desktop/scripts/publish_format_benchmark.py — jeden příkaz v desktopovém repozitáři SlideScope, který provede všechny tři průchody a zapíše přesně ten JSON, který tato stránka zobrazuje: python scripts/publish_format_benchmark.py --dataset <corpus> --output format-benchmark.json
• Korpusy: veřejný referenční korpus Open Microscopy Environment, zveřejněné testovací preparáty OpenSlide, testovací data knihoven czitools a nd2 a ukázky od výrobců, jejichž sha256 jsme ověřili u vydavatele.
• Rozsah: formáty celých preparátů a mikroskopické formáty výrobců. Samostatné jednorovinné TIFFy z hromadných exportů výrobců jsou vyřazeny — neřeknou nic, co by pyramidový WSI TIFF neřekl lépe.
• Zaznamenáno pro každý soubor: rozpoznaný formát, načítač, dekódované rozměry T/Z/C/Y/X, typ pixelu, vykreslená velikost a při selhání typ výjimky a zpráva zobrazená uživateli.

Formáty celoplošných snímků preparátů

To jsou formáty skenerů — soubory, které přicházejí z přístrojů Aperio, Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Akoya nebo Agilent a běžně mají několik gigabajtů.

Mikroskopické formáty a formáty medicínského zobrazování

Vícerozměrné akviziční formáty, u nichž není zajímavou otázkou velikost souboru, ale kolik kanálů, rovin Z a časových bodů projde až na obrazovku.

Každý soubor, který se neotevřel, a proč

25 z 792 souborů se neotevřelo a nejde o jeden příběh, ale o dva. 9 představuje skutečná omezení: pravý obraz, který zatím neumíme přečíst. Zbylých 16 jsou soubory, které žádný obraz vůbec neobsahují, a odmítnutí je u nich správnou odpovědí. Kdybychom obě skupiny sloučili, vyzněli bychom lépe — poctivý počet selhání v tomto běhu je 9, ne 25.

Skutečná omezení: 9 souborů, které neumíme přečíst

Všechny jsou nedotčené — kontrolní součty odpovídají vydavateli — jde tedy o limity dekodéru a rozvržení výrobců, ne o poškozené vzorky. Zůstávají v korpusu natrvalo jako regresní pokrytí; tak zjistíme den, kdy některý z nich začne fungovat.

Vzorec je v rozvržení výrobce, ne v modalitě. Fluorescenční NDPI i fluorescenční MIRAX se otevírají normálně; backendy odmítají konkrétní strukturní varianty — SCN bez identifikovatelného hlavního obrazu, BIF s neočekávaným atributem směru, kontejner "Imaris Classic" z doby před HDF5. Každá zpráva uvádí příčinu, místo aby soubor označila za poškozený, protože ve všech těchto případech je soubor v pořádku a chyba je na naší straně.

Nejde o selhání: 16 objektů, které nenesou žádný obraz

DICOM je stejně tak formát dokumentů jako formát obrazů. DICOMDIR je index disku; prezentační stav zaznamenává, jak kdosi kdysi nastavil okno u vyšetření; jiné objekty obsahují zprávy nebo měření. Žádný z nich neobsahuje pixely. Prohlížeč, který by je otevřel, by neměl co zobrazit, takže je SlideScope odmítne s vysvětlením — což je správné chování, počítané zvlášť, aby nemohlo nafouknout ani jeden ze sloupců.

Vyjmenováno úplně, aby se nic neskrývalo za kategorií: DICOMDIR, PS_0026, PS_0108, PS_0128, PS_0154, PS_0181, XX_0027, XX_0109, XX_0155, XX_0182, XX_0183.

Kde SlideScope soubor otevřel a ukázal něco špatně

Tohle je typ selhání, na kterém záleží nejvíc a který tabulky formátů nikdy nepřiznají, takže tady je ten náš.

Multiplexní sken Akoya .qptiff — referenční sedmibarevný soubor Vectra — se otevřel bez jakékoli chyby. Soubor obsahuje pět jednokanálových fluorescenčních stránek v plném rozlišení (DAPI, FITC, CY3, Texas Red, CY5) o rozměrech 34 560 × 24 960 ve 33 stránkách, což jsme nezávisle ověřili pomocí tifffile. SlideScope směroval každý .qptiff do backendu OpenSlide, což je čtečka pro světlé pole, takže hlásila jeden kanál a vracela výřez RGB. Fluorescenční kanály byly nedostupné a ovládání kanálů nemělo co nabídnout.

Nic vás nevarovalo. Skeny QPTIFF barvené H&E ve světlém poli ze stejného korpusu se otevírají bezchybně, a právě proto to zůstalo bez povšimnutí.

Opraveno ve SlideScope 1.8.48 (18. září 2026): backend se nyní volí podle souboru, ne podle přípony. Multiplexní sken jde do čtečky, která vrací všech pět kanálů; QPTIFF ve světlém poli zůstává u OpenSlide s jeho dlaždicováním v plném rozlišení. Kompromis uvádíme otevřeně, místo abychom ho skrývali: multiplexní QPTIFF se zobrazuje ve sníženém rozlišení a panel s podrobnostmi souboru to uvádí. Běh na této stránce už opravu zohledňuje — řádek QPTIFF uvádí oba načítače a pět kanálů.

Otevření tento běh dokazuje. Správnost pixelů je samostatná otázka a testujeme ji samostatně: druhý průchod dekóduje stejné roviny přes podkladovou knihovnu a porovnává je s tím, co vrací načítač. Tak byl případ QPTIFF odhalen.

Co SlideScope odmítne otevřít

Neexistuje žádná obecná záložní čtečka a to, jak prohlížeč zachází se souborem, pro který nikdy nebyl stavěn, je stejně důležité jako soubory, pro které stavěn byl. Vzali jsme nejmenší skutečný soubor každé nepodporované přípony v referenčním korpusu — celkem 93 — a každý jsme prohnali produkční továrnou načítačů.

93 z 93 bylo odmítnuto se srozumitelnou zprávou. Žádný nespadl. Žádný nebyl napůl otevřen do něčeho, co vypadalo jako obraz, ale nebylo jím. Seznam zahrnuje formáty, které lidé pravděpodobně zkusí — .jpg, .lof, .nii, .oib, .oir, .png, .psd, .raw, .vsi — v době tohoto běhu to zahrnovalo i .png a .jpg, které byly odmítnuty se zprávou, místo aby se hádalo.

Od tohoto běhu: SlideScope 1.10.0 (16. října 2026) otevírá dalších 18 formátů, včetně několika zde odmítnutých: Olympus .vsi, .oib a .oir, Leica .lof a .xlef, Hamamatsu .ndpis a PNG, JPEG a další běžné obrázky. Čísla na této stránce odpovídají běhu z 18. září, jak byl naměřen; formáty přidané ve verzi 1.10.0 jeho součástí nebyly. SlideScope 1.20.0 otevírá dalších pět, které tento běh netestoval: Philips .isyntax, KFBio .kfb, ICS/IDS, Gatan .dm3 a .dm4 a Olympus .sis. Aktuální seznam najdete v přehledu kompatibility souborů.

Co vám tento benchmark neřekne

• Dva formáty nemají vůbec žádné pokrytí skutečnými soubory. Neexistuje žádná veřejná ukázka .vmu ani .svslide — OpenSlide nezveřejňuje ani jednu — takže tyto načítače prověřují jen syntetické hraniční případy. Netvrdíme, že jejich podpora je otestovaná.
• Nejde o benchmark rychlosti. Čas do prvního pixelu závisí na vašem disku a tyto běhy probíhaly lokálně.
• Nejde o audit přesnosti nad rámec výše popsaného porovnání pixelů a nejde ani o klinickou validaci. SlideScope je určen pro výzkum, výuku a revizi — ne pro diagnostiku.
• Jde o momentku. Datováno 2026-09-18 vůči vydání, které bylo v ten den aktuální. Aktualizace dekodérů tato čísla posouvají oběma směry.