Ми відкрили 792 реальні файли слайдів і опублікували кожен результат

Що насправді доводить цей тест?

Що конкретний файл із конкретного сканера, у своєму реальному розмірі, відкривається в робочій збірці й виводить пікселі на екран. Ні більше, ні менше. Список підтримуваних форматів заявляє можливість; цей тест її вимірює. Якщо структура файлу виробника перемагає декодер, цей файл з’являється в таблиці невдач із текстом помилки, який побачив би користувач, а не зникає з таблиці.

Це тест від самого виробника — ми написали програму, і ми провели тест. Читати його все ж варто тому, що його можна перевірити: корпуси публічні, скрипт запуску є в нашому репозиторії настільної програми, а необроблені результати для кожного файлу доступні на цій сторінці.

Як перевіряли файли

Кожен файл передається одноразовому дочірньому процесу, який створює той самий завантажувач, що й програма, зчитує розміри зображення, декодує площину й перетворює її тим самим шляхом рендерингу Qt, що й переглядач. Пошкоджений файл, який обвалює нативний кодек, знищує лише цей дочірній процес; супервізор записує, який файл обробляли, і продовжує. Саме завдяки такій архітектурі тест на багатогігабайтних сканах виробників узагалі може завершитися, і саме тому «збій» — категорія, яку ця таблиця може чесно показувати як нуль.

• Скрипт запуску: slidescope-desktop/scripts/publish_format_benchmark.py — одна команда в репозиторії настільної програми SlideScope, яка виконує всі три проходи й записує саме той JSON, який відображає ця сторінка: python scripts/publish_format_benchmark.py --dataset <corpus> --output format-benchmark.json
• Корпуси: публічний еталонний корпус Open Microscopy Environment, опубліковані тестові слайди OpenSlide, тестові дані бібліотек czitools і nd2, а також зразки виробників, sha256 яких ми звірили з даними видавця.
• Охоплення: формати повних слайдів і мікроскопічні формати виробників. Окремі одноплощинні TIFF з масових вивантажень виробників виключено — вони не показують нічого, чого краще не показав би пірамідальний WSI TIFF.
• Записано для кожного файлу: виявлений формат, завантажувач, декодовані розміри T/Z/C/Y/X, тип пікселів, розмір рендерингу, а в разі невдачі — тип винятку й повідомлення для користувача.

Формати повнослайдових зображень

Це формати сканерів — файли, що надходять із приладів Aperio, Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Akoya або Agilent і зазвичай важать кілька гігабайтів.

Мікроскопічні формати та формати медичної візуалізації

Багатовимірні формати отримання зображень, де цікаве питання не розмір файлу, а те, скільки каналів, площин Z і часових точок доходить до екрана.

Кожен файл, який не відкрився, і чому

25 із 792 файлів не відкрилися, і це не одна історія, а дві. 9 — реальні обмеження: справжнє зображення, яке ми наразі не можемо прочитати. Інші 16 — файли, що взагалі не містять зображення, і відмова їх відкривати — правильна відповідь. Якби ми звалили їх в одну купу, це нам лестило б — чесна кількість невдач у цьому прогоні — 9, а не 25.

Реальні обмеження: 9 файлів, які ми не можемо прочитати

Кожен із них неушкоджений — контрольні суми збігаються з даними видавця, — тож це обмеження декодерів і структури файлів виробників, а не пошкоджені зразки. Вони назавжди залишаються в корпусі як регресійне покриття: так ми дізнаємося, коли один із них почне працювати.

Закономірність — у структурі файлів виробника, а не в модальності. Флуоресцентні NDPI і флуоресцентні MIRAX відкриваються нормально; бекенди відхиляють певні структурні варіанти — SCN без ідентифіковного основного зображення, BIF з неочікуваним атрибутом напрямку, контейнер "Imaris Classic" до появи HDF5. Кожне повідомлення називає причину, а не оголошує файл пошкодженим, бо в кожному з цих випадків із файлом усе гаразд — проблема на нашому боці.

Не невдачі: 16 об’єктів, які не містять зображення

DICOM — такою ж мірою формат документів, як і формат зображень. DICOMDIR — це індекс диска; presentation state фіксує, як хтось колись налаштував вікно для дослідження; інші об’єкти містять висновки чи вимірювання. Жоден не містить пікселів. Переглядачу, який би їх відкрив, не було б що показати, тож SlideScope відмовляє з поясненням — це правильна поведінка, і її враховано окремо, щоб вона не роздувала жодного зі стовпців.

Названо повністю, щоб нічого не ховалося за категорією: DICOMDIR, PS_0026, PS_0108, PS_0128, PS_0154, PS_0181, XX_0027, XX_0109, XX_0155, XX_0182, XX_0183.

Коли SlideScope відкрив файл і показав не те

Це тип невдачі, який важить найбільше і якого таблиці форматів ніколи не визнають, тож ось наш.

Мультиплексний скан Akoya .qptiff — еталонний семикольоровий файл Vectra — відкрився без жодної помилки. Файл містить п’ять одноканальних флуоресцентних сторінок у повній роздільній здатності (DAPI, FITC, CY3, Texas Red, CY5) розміром 34,560 × 24,960, усього 33 сторінки, що незалежно підтверджено за допомогою tifffile. SlideScope спрямовував кожен .qptiff до свого бекенду OpenSlide, який є модулем читання для світлого поля, тож той повідомляв про один канал і повертав RGB-зріз. Флуоресцентні канали були недосяжні, а елементам керування каналами не було що запропонувати.

Ніщо вас не попереджало. Скани QPTIFF світлого поля з H&E в тому самому корпусі відкриваються бездоганно, і саме тому це залишалося непоміченим.

Виправлено в SlideScope 1.8.48 (18 вересня 2026 р.): бекенд тепер вибирається для кожного файлу, а не за розширенням. Мультиплексний скан потрапляє до модуля читання, який повертає всі п’ять каналів; QPTIFF світлого поля залишається з OpenSlide і його плитковим поданням у повній роздільній здатності. Компроміс названо, а не приховано: мультиплексний QPTIFF показується зі зниженою роздільною здатністю, і панель відомостей про файл про це повідомляє. Прогін на цій сторінці вже відображає виправлення — рядок QPTIFF перелічує обидва завантажувачі та п’ять каналів.

Відкриття доведено цим прогоном. Правильність пікселів — окреме питання, і ми перевіряємо її окремо: другий прохід декодує ті самі площини через базову бібліотеку й порівнює їх із тим, що повертає завантажувач. Саме так і виявили випадок із QPTIFF.

Що SlideScope відмовляється відкривати

Загального резервного модуля читання немає, а те, як переглядач поводиться з файлом, для якого його ніколи не створювали, важить не менше, ніж файли, для яких створювали. Ми взяли найменший реальний файл кожного непідтримуваного розширення з еталонного корпусу — 93 файли — і пропустили кожен через фабрику завантажувачів робочої версії.

93 із 93 відхилено зі зрозумілим повідомленням. Жоден не спричинив збою. Жоден не був напіввідкритий у щось, що виглядало як зображення, але ним не було. Список містить формати, які люди цілком можуть спробувати відкрити — .jpg, .lof, .nii, .oib, .oir, .png, .psd, .raw, .vsi; на момент цього прогону серед них були .png і .jpg, які було відхилено з повідомленням, а не відкрито навмання.

Після цього прогону: SlideScope 1.10.0 (16 жовтня 2026 р.) відкриває ще 18 форматів, зокрема кілька відхилених тут: Olympus .vsi, .oib і .oir, Leica .lof і .xlef, Hamamatsu .ndpis, а також PNG, JPEG та інші повсякденні зображення. Числа на цій сторінці — це виміряний прогін від 18 вересня; формати, додані в 1.10.0, до нього не входили. SlideScope 1.20.0 відкриває ще п’ять, які цей прогін не перевіряв: Philips .isyntax, KFBio .kfb, ICS/IDS, Gatan .dm3 і .dm4, а також Olympus .sis. Актуальний список див. у довіднику сумісності файлів.

Чого цей тест вам не каже

• Два формати взагалі не мають покриття реальними файлами. Публічних зразків .vmu чи .svslide не існує — OpenSlide не публікує жодного з них, — тож ці завантажувачі перевіряються лише синтетичними граничними випадками. Ми не заявляємо для них перевіреної підтримки.
• Це не тест швидкості. Час до появи першого пікселя залежить від вашого диска, а ці прогони були локальними.
• Це не аудит точності, окрім описаного вище проходу з порівнянням пікселів, і не клінічна валідація. SlideScope призначений для досліджень, освіти та перегляду — не для діагностики.
• Це знімок стану. Датований 2026-09-18 і виконаний на актуальному того дня випуску. Оновлення декодерів змінюють ці числа в обидва боки.