Qué cubre este video
Un archivo .czi de ZEISS puede contener varias escenas: los pocillos de una placa, regiones de mosaico o las regiones de escaneo de una lámina. Este recorrido abre un CZI de dos escenas en SlideScope, pasa por cada escena y muestra dónde se registró cada una con XY Overview.
Luego revisa los canales y el tamaño de píxel, exporta una escena o todas las escenas a OME-TIFF y vuelve a abrir el resultado. Los archivos exportados conservan el tamaño de píxel y los nombres de los canales, así que Fiji, QuPath y otros lectores de Bio-Formats los abren correctamente.
¿Prefieres leer? Cómo abrir archivos CZI, incluidos los archivos multiescena.
Transcripción
Actualizado después de la grabación. Donde la narración menciona una prueba para exportar: la prueba de la narración ya no se ofrece a los nuevos registros, y los precios mencionados han cambiado: la biblioteca de muestras incluida es gratuita con todas las herramientas, y abrir tus propias imágenes requiere una suscripción, que se cobra al suscribirte con PayPal o tarjeta. Los precios actuales están en la página de precios. Consulta precios.
Un archivo CZI puede contener varias escenas: pocillos de una placa, regiones de mosaico o regiones de escaneo.
Así puedes ver cada una y exportarlas como OME-TIFF.
Un CZI con dos escenas, abierto directamente. Sin conversión.
El control Scene pasa de una escena a la siguiente.
La escena 2 es el pocillo D7. La escena 1 es el pocillo D6.
XY Overview ubica cada escena donde se registró.
Estos dos pocillos están a 9 mm de distancia.
Combina los canales en una sola vista.
Apaga un canal para ver lo que aporta.
Acerca el zoom. La barra de escala sigue calibrada.
Details muestra el tamaño de píxel, los canales y los parámetros de adquisición.
Para exportar, elige File y luego Export Current Image as TIFF.
Mientras ves una escena, solo se exporta esa escena.
Antes de empezar, ves el tamaño de píxel, los canales y la compresión que se escribirán.
Para exportar todas las escenas, primero activa XY Overview.
Todas las escenas van a un solo archivo OME-TIFF. Cada escena es una imagen propia dentro de él.
Abre el resultado. Ambas escenas están ahí, como imagen 1 e imagen 2.
El tamaño de píxel y los nombres de los canales se conservaron.
Una cuenta gratuita te permite abrir y ver imágenes locales antes de cualquier prueba.
Exportar requiere la prueba de 3 días o una suscripción.
Un escaneo grande en mosaico se exporta a su resolución de vista general, no al escaneo completo.
Es la misma aplicación en macOS y Windows. Estas imágenes se grabaron en Windows.