Abre archivos ZEISS CZI en SlideScope para Windows o macOS sin convertirlos antes. Revisa los canales y las dimensiones guardados en el archivo. La visualización local no sube la imagen a un servidor.
Descarga la versión de Windows o Mac para tu equipo e instálala. La biblioteca de muestras integrada es gratuita, con todas las herramientas; tus propias imágenes se abren con la prueba gratuita, que requiere autorizar PayPal o una tarjeta al pagar.
Abre SlideScope y arrastra el archivo .czi al visor.
Selecciona la escena o posición si existe y revisa los canales, cortes Z y puntos temporales disponibles.
Comprueba el tamaño de píxel en los metadatos antes de medir. Conserva el archivo original al exportar.
Archivos CZI con varias escenas: ver cada escena y exportar a OME-TIFF
Un archivo CZI puede contener varias escenas: los pocillos de una placa, regiones de mosaico o las regiones de escaneo de una lámina. SlideScope muestra cada escena por separado o todas juntas, y exporta a OME-TIFF la escena que estás viendo o todas las escenas. El video y los pasos siguientes usan un archivo de ejemplo público con dos escenas.
Mira el flujo de trabajo completo (1 min 41 s)
Apertura de un CZI con dos escenas, cambio de escena, XY Overview, canales, Details, exportación de una escena y de todas las escenas, y reapertura del OME-TIFF. Narración en inglés; subtítulos en todos los idiomas del sitio. Grabado con SlideScope 1.8.56 en Windows; la versión para macOS tiene los mismos controles. Los subtítulos y la transcripción se tradujeron de la narración en inglés; no fueron revisados por un traductor profesional.Transcripción
Un archivo CZI puede contener varias escenas: pocillos de una placa, regiones de mosaico o regiones de escaneo. Así puedes ver cada una y exportarlas como OME-TIFF.
Un CZI con dos escenas, abierto directamente. Sin conversión. El control Scene pasa de una escena a la siguiente. La escena 2 es el pocillo D7. La escena 1 es el pocillo D6. XY Overview ubica cada escena donde fue adquirida. Estos dos pocillos están a 9 mm de distancia.
Combina los canales en una sola vista. Desactiva un canal para ver lo que aporta. Acerca la vista. La barra de escala sigue calibrada. Details indica el tamaño de píxel, los canales y los parámetros de adquisición.
Para exportar, elige File y luego Export Current Image as TIFF. Mientras ves una escena, solo se exporta esa escena. Antes de empezar, ves el tamaño de píxel, los canales y la compresión que se van a escribir. Para exportar todas las escenas, activa primero XY Overview. Todas las escenas van a un único archivo OME-TIFF. Cada escena es una imagen propia dentro de él.
Abre el resultado. Ahí están las dos escenas, como imagen 1 e imagen 2. El tamaño de píxel y los nombres de canal se conservaron.
Una cuenta gratuita te permite abrir y ver imágenes locales antes de cualquier prueba. La exportación requiere la prueba de 3 días o una suscripción. Un escaneo en mosaico grande se exporta a su resolución de vista general, no a la completa. Es la misma aplicación en macOS y Windows. Estas imágenes se grabaron en Windows.
Paso 1
Abre el archivo CZI
Elige File › Open File… (Ctrl+O en Windows, ⌘O en una Mac) o arrastra el archivo .czi a la ventana. La primera escena aparece de inmediato. No se convierte nada y el archivo no se sube a ningún lado.
Paso 2
Recorre las escenas
Un archivo con varias escenas muestra un control Scene debajo de la imagen. Usa − y + o escribe un número. Cada escena conserva su propio tamaño y el nombre que tiene en el archivo, como un pocillo (D6, D7) o una región de mosaico.
Paso 3
Ve todas las escenas en XY Overview
Haz clic en XY Overview junto al control Scene, o elige View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Cada escena se dibuja donde fue adquirida, con los espacios intermedios incluidos. Haz clic en una escena para seleccionarla y doble clic para abrirla. Las escenas muy separadas, como pocillos a 9 mm de distancia, aparecen al principio como mosaicos pequeños: acerca la vista para verlas.
Paso 4
Revisa canales, tamaño de píxel y metadatos
En Display, marca Blend channels into one view para obtener una composición a color, o desactiva canales individuales. Details indica el tamaño de píxel, las dimensiones, la escena actual y su tamaño. El brillo, el contraste y los colores solo cambian lo que ves, nunca los píxeles almacenados.
Paso 5
Elige File › Export Current Image as TIFF
Elige File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Selecciona una carpeta y un nombre; SlideScope sugiere uno que termina en .ome.tif.
Paso 6
Exporta una escena o todas las escenas
Mientras hay una sola escena en pantalla, solo se exporta esa escena, con un nombre como sample_scene-2.ome.tif. Para exportar todas las escenas, activa primero XY Overview: todas las escenas van a un único archivo OME-TIFF, cada una como imagen propia con su propio tamaño. Antes de escribir nada, una confirmación muestra el tamaño, el tamaño de píxel, los canales y la compresión.
Paso 7
Abre el resultado
Haz clic en Open Exported TIFF cuando termine la exportación. SlideScope muestra cada escena exportada como una imagen; recórrelas con el control Image. Los lectores de OME-TIFF que admiten varias imágenes por archivo, como Bio-Formats en Fiji, las muestran como series separadas.
Qué contiene el OME-TIFF exportado
Un solo archivo. Exportar la escena en pantalla escribe una imagen; exportar desde XY Overview escribe cada escena como imagen separada dentro del mismo archivo, cada una con su propio tamaño. No se crea un archivo por escena.
Los píxeles se escriben sin cambios, con compresión sin pérdida (Deflate). El brillo, el contraste y la gamma son ajustes de visualización y no se aplican a la exportación.
El tamaño de píxel en micrómetros, el paso Z cuando hay una pila Z, los nombres de canal registrados en el CZI y los colores de canal configurados en ese momento en el visor. Un archivo sin tamaño de píxel registrado se exporta sin él; SlideScope no inventa una calibración.
Resolución: las escenas que caben en memoria se exportan a resolución completa. Un escaneo en mosaico grande, como una región de un escáner de láminas, se exporta a su resolución de vista general. La confirmación indica la proporción, por ejemplo 1:8, y el tamaño de píxel registrado se escala en consecuencia. El escaneo a resolución completa se sigue pudiendo ver región por región en SlideScope.
Una sola imagen exportada de más de 4096 píxeles de ancho o de alto recibe además niveles de pirámide de resolución reducida. Un archivo con varias imágenes no los recibe. Los archivos de más de 2 GiB se escriben como BigTIFF.
No se copian: el resto de los metadatos de adquisición del CZI, ni las posiciones de las escenas como coordenadas de la platina. Conserva el CZI original como archivo de respaldo.
Qué necesitas
Windows 10 u 11, o macOS 14 o posterior en Apple Silicon o Intel. Explora gratis la biblioteca de muestras integrada, con todas las herramientas. Abre tus propias imágenes con una prueba gratuita de 3 días. La exportación requiere la prueba de 3 días o una suscripción (USD 25.00 al mes después de la prueba).
Si algo no se ve bien
Solo aparece una escena
Las escenas se pueden recorrer cuando comparten tipo de píxel y los mismos canales, planos Z y puntos temporales. Si no es así, SlideScope muestra la primera escena y explica el motivo en Details. Si no es lo que esperabas, envíanos el archivo.
Los colores son distintos de los de ZEN
Los colores de canal vienen del archivo cuando este los registra. Cámbialos en Display › Channel colour…; la exportación registra los colores que configures.
La exportación es más pequeña que el escaneo
Un escaneo en mosaico grande se exporta a su resolución de vista general, y la confirmación lo indica antes de escribir nada. El escaneo a resolución completa se sigue pudiendo ver en SlideScope.
La exportación te pide iniciar una prueba
La visualización funciona con una cuenta gratuita. La exportación requiere la prueba gratuita o una suscripción.
Ejemplo del video y de las capturas: S2_3x3_CH2.czi de los datos de ejemplo de czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), dos escenas de un mosaico de 3 × 3 con DAPI y EGFP. Sin datos de clientes.
Programas para abrir archivos CZI
Herramienta
Precio
Plataformas
Ideal para
ZEISS ZEN lite
Gratis (requiere un ZEISS ID para descargarlo)
Windows
El visor del propio fabricante, el más cercano al software de adquisición
Fiji / ImageJ con Bio-Formats
Gratis, código abierto
Windows, macOS, Linux
Análisis con plugins y macros; cada escena se importa como una serie
QuPath
Gratis, código abierto
Windows, macOS, Linux
Proyectos de análisis de láminas completas (whole slide) y scripting
SlideScope
Muestras gratis con todas las herramientas, prueba gratuita de 3 días para tus propias imágenes y luego suscripción desde $25/mes
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon e Intel)
Ver, medir y anotar archivos CZI junto con CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM y TIFF, con los archivos guardados en tu computadora
Puedes abrir archivos ZEISS CZI con ZEN lite, el visor gratuito de ZEISS para Windows; con Fiji o QuPath, gratuitos, que leen CZI mediante Bio-Formats en Windows, Mac y Linux; o con SlideScope, un visor de escritorio para Windows y Mac con prueba gratuita. En las Mac con Apple silicon, Bio-Formats no puede leer archivos CZI comprimidos en JPEG-XR. Los pasos de abajo usan SlideScope.
¿El archivo CZI no se abre en Fiji o QuPath en una Mac?
Según la documentación de QuPath, Bio-Formats actualmente no es compatible con la compresión JPEG-XR en Apple silicon, y muchos archivos CZI están comprimidos en JPEG-XR. Las soluciones que sugiere son convertir el archivo en otra computadora o cambiar a la versión para Intel de QuPath. SlideScope no usa Bio-Formats para CZI: lee los CZI con su propio decodificador JPEG XR integrado, tanto en la versión para Windows como en la de Mac.
Docentes, estudiantes o revisores necesitan una interfaz sin scripts ni complementos.
Recorre canales, planos Z, puntos temporales y escenas cuando el archivo los tenga, revisa el tamaño de píxel en Details y mide en unidades calibradas.
Las mediciones, notas y regiones quedan vinculadas a la lámina y se exportan como GeoJSON o CSV.
Elige según la necesidad del laboratorio
Evalúa SlideScope cuando el laboratorio necesita una sola aplicación de escritorio que abra archivos de varios equipos y cuantifique objetos estándar en la propia computadora. Mantén el programa original si necesitas controlar el microscopio, programar análisis, armar canalizaciones con scripts o administrar un repositorio institucional.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Procesamiento, macros, complementos, scripts, segmentación, patología digital avanzada y trabajo científico con Python.
OMERO: Repositorio central, permisos, colaboración y administración institucional de imágenes.
Preguntas sobre archivos CZI
¿Hay alguna forma gratuita de abrir archivos CZI?
Sí. ZEN lite (Windows) y Fiji o QuPath con Bio-Formats son gratuitos. SlideScope se descarga gratis: la biblioteca de muestras integrada es gratuita, con todas las herramientas, y tus propias imágenes se abren con una prueba gratuita de 3 días (se requiere PayPal o tarjeta); después de la prueba, SlideScope es una suscripción.
Abrir CZI en un Mac
Usa macOS 14 o posterior. Elige la descarga para Apple Silicon o Intel según tu Mac y copia el archivo al almacenamiento local antes de abrirlo.
Si el archivo no se abre
Comprueba que la copia del archivo haya terminado. Si sigue fallando, contacta con soporte e indica la versión de la aplicación, el formato y el mensaje de error.
¿Para quién es?
Para investigación, docencia, laboratorios y revisión patológica o biomédica.
SlideScope es independiente y no está afiliado a Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari ni OMERO. Las marcas solo identifican el contexto de comparación.
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