Referensi kompatibilitas

Kompatibilitas Berkas Mikroskopi di SlideScope

SlideScope memiliki pembaca desktop khusus untuk keluarga format CZI, ND2, SVS, TIFF, dan DICOM serta untuk format whole slide dari vendor, dan sejak versi 1.10.0 juga membuka Olympus/Evident VSI, OIB dan OIR, Zeiss ZVI dan LSM, Leica LOF dan XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr, serta berkas citra sehari-hari, dan sejak versi 1.20.0 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4, dan Olympus SIS. Halaman ini membedakan ekstensi berkas yang diterima dari detail dimensi, metadata, kompresi, dan alur kerja yang menentukan apakah suatu berkas tertentu benar-benar cocok.

Ingin hasil pengukuran, bukan sekadar klaim? Kami membuka 792 berkas mikroskopi dan whole slide nyata dan memublikasikan setiap hasilnya, termasuk kegagalannya.

Unduh Aplikasi Berlangganan Sekarang
Batasan dicantumkan per format Windows dan macOS Terakhir ditinjau 16 Oktober 2026

Matriks kompatibilitas saat ini

Matriks ini diturunkan dari perutean dan perilaku pembaca aplikasi SlideScope saat ini. Gunakan sebagai referensi penyaringan awal, lalu uji berkas representatif dari mikroskop, pemindai, versi perangkat lunak, dan pengaturan kompresi persis yang digunakan tim Anda.

Keluarga format Ekstensi yang diterima Perilaku pembaca Pemeriksaan penting
ZEISS CZI .czi Menormalkan dimensi waktu, Z, kanal, Y, dan X; membaca metadata akuisisi dan kalibrasi spasial bila tersedia. Scene yang memiliki tipe piksel dan sumbu yang sama menjadi scene terpisah yang dapat dilalui satu per satu, masing-masing dengan ukurannya sendiri, dan XY Overview menampilkannya bersama-sama. Mengekspor scene yang tampil di layar, atau semua scene, ke OME-TIFF. Uji scene, mosaik, tata letak sub-block yang tidak umum, dan akuisisi yang sangat besar.
Nikon ND2 .nd2 Memetakan waktu, Z, kanal, dan ukuran citra. Beberapa posisi stage menjadi sumbu posisi tersendiri dengan kontrolnya sendiri, dan XY Overview menempatkannya pada koordinat stage yang tercatat. Pastikan interpretasi posisi/waktu, tata letak RGB, metadata, dan generasi NIS-Elements yang persis.
Aperio SVS .svs Membaca level piramida whole slide berbasis TIFF dan memilih level tampilan yang dapat ditangani dalam batasan memori. Periksa codec JPEG/JPEG 2000, integritas piramida, metadata pemindai, dan level resolusi yang diinginkan.
TIFF dan OME-TIFF .tif, .tiff Menggunakan sumbu bernama bila tersedia, termasuk waktu, Z, kanal, Y, dan X. Mengenali metadata OME-TIFF dan ImageJ serta skala spasial bila ada. Setiap halaman dari TIFF multi-halaman biasa dapat dijangkau. TIFF adalah kontainer yang fleksibel. Verifikasi kompresi, ukuran BigTIFF, piramida, sumbu, dan terjaganya metadata.
Slide pemindai vendor .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Membaca piramida citra milik pemindai melalui backend OpenSlide dan memuat level yang sesuai dengan region di layar. Skala batang, pengukuran, dan anotasi menggunakan kalibrasi mikron dari pemindai di setiap tingkat zoom. Sejak 1.10.0, slide NDPI yang dikompresi dengan JPEG XR dapat dibuka, begitu pula slide Leica SCN dan Ventana BIF yang tidak dapat dibaca OpenSlide. Sejak 1.20.0, anotasi yang digambar di NDP.view (berkas .ndpa di samping .ndpi) tampil di atas slide dan dapat disalin ke pengukuran Anda. MRXS, VMS, dan VMU menyimpan data piksel di folder pendamping di samping berkas indeks, sehingga hanya dapat dibuka dari penyimpanan lokal dan ditolak untuk tautan jarak jauh. Untuk slide BIF yang tidak dapat dibaca OpenSlide, sambungan antar-tile belum dijahit. Periksa integritas piramida dan metadata vendor pada slide representatif.
Hamamatsu NDPIS (sejak 1.10.0) .ndpis Membuka set fluoresens Hamamatsu dengan nama kanal dan warna aslinya, dengan pengukuran dalam µm dari kalibrasi pemindai. Pastikan nama kanal, warna, dan kalibrasi sesuai dengan perangkat lunak pemindai pada set yang representatif.
Olympus/Evident VSI (sejak 1.10.0) .vsi Membuka citra whole slide dan fluoresens cellSens, termasuk slide dengan beberapa region pemindaian. Setiap region pemindaian diukur pada ukuran pikselnya sendiri, dan panel Details menampilkan metadata yang tercatat seperti objektif, nama kanal dan warna asli, serta tanggal akuisisi. Uji slide multi-region dan hasil pemindaian fluoresens dari versi cellSens yang digunakan tim Anda.
Olympus FluoView (sejak 1.10.0) .oib, .oif, .oir Membuka berkas konfokal FluoView dengan nama kanal dan warna asli, bidang fokus dalam µm, dan titik waktu dalam detik sebenarnya. Panel Details menampilkan pengaturan yang tercatat seperti objektif, laser, detektor dan gain, serta pinhole. Pastikan interpretasi kanal, Z, dan waktu sesuai dengan FluoView pada akuisisi yang representatif.
Zeiss ZVI dan LSM (sejak 1.10.0) .zvi, .lsm Membuka berkas AxioVision ZVI dan berkas konfokal LSM dari LSM 510 hingga LSM 980, dengan nama kanal dan warna asli serta bidang fokus dalam µm. Panel Details menampilkan pengaturan yang tercatat seperti objektif, eksposur, laser, detektor, dan pinhole. Uji berkas dari setiap generasi AxioVision atau ZEN yang diarsipkan tim Anda.
Leica LIF, LOF, dan XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Membuka berkas LAS X; berkas LOF dan proyek XLEF beserta bagian XLIF dan XLCF-nya dapat dibuka sejak 1.10.0, dan dukungan LIF diperdalam dalam rilis yang sama. Tile scan dan akuisisi multi-posisi terbuka sebagai posisi yang dapat Anda lalui satu per satu atau lihat bersama di XY Overview, ditempatkan berdasarkan koordinat stage yang tercatat. Simpan berkas-berkas yang dirujuk proyek XLEF tetap bersama, dan periksa penempatan stage pada tile scan yang representatif.
DeltaVision (sejak 1.10.0) .dv, .r3d Membuka berkas DeltaVision, termasuk citra D3D hasil dekonvolusi, dengan kanal, bidang fokus dalam µm, dan titik waktu dalam detik. Panel Details menampilkan pengaturan yang tercatat seperti objektif, eksposur, dan filter. Bandingkan berkas mentah dan hasil dekonvolusi dari akuisisi yang sama jika keduanya digunakan di tahap selanjutnya.
MetaMorph (sejak 1.10.0) .stk, .nd, MetaSeries .tif Membuka stack STK, berkas TIFF MetaSeries, dan set akuisisi multidimensi .nd. Satu set .nd terbuka sebagai satu citra: panjang gelombangnya menjadi kanal, titik waktunya menjadi deret waktu, dan posisi stage-nya dapat dilalui satu per satu atau dilihat bersama di XY Overview. Simpan berkas TIFF atau STK yang tercantum dalam set .nd di sampingnya.
OME-Zarr (sejak 1.10.0) Folder .zarr Membuka citra OME-NGFF 0.4 dan 0.5, termasuk pelat HCS dengan setiap sumur dan bidangnya, serta keluaran bioformats2raw beserta metadata OME-XML-nya. Sumur pelat dapat dilalui satu per satu atau dilihat bersama di XY Overview. Hanya folder lokal: OME-Zarr tidak dapat dibuka dari tautan https jarak jauh.
Citra sehari-hari (sejak 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Membuka citra PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF, dan WebP di penampil yang sama dengan berkas mikroskopi. Periksa apakah berkas mencatat kalibrasi sebelum mengandalkan pengukuran dalam µm.
Philips iSyntax (sejak 1.20.0) .isyntax Membuka hasil pemindaian whole slide Philips iSyntax beserta piramida, ukuran piksel, label, dan citra makronya. SlideScope menampilkan piksel hasil dekode: penajaman, peningkatan kontras, dan profil warna milik Philips tidak diterapkan, dan panel Details menyebutkan hal tersebut. Bandingkan slide representatif dengan penampil Philips jika tampilan yang persis sama itu penting. Berkas yang rusak atau terpotong ditolak, bukan dibuka sebagian.
KFBio KFB (sejak 1.20.0) .kfb Membuka hasil pemindaian whole slide brightfield KFBio beserta piramida dan ukuran pikselnya. Tile yang rusak digambar dari level berikutnya yang lebih kasar, dan SlideScope menyebutkan hal tersebut. Slide fluoresens KFBF tidak dapat dibuka. Area yang tidak dicitrakan oleh pemindai tampil berwarna putih.
ICS/IDS (sejak 1.20.0) .ics, .ids Membuka citra Image Cytometry Standard, seperti keluaran SVI Huygens dan DIPlib: pasangan .ics/.ids versi 1 dan berkas tunggal versi 2, termasuk data yang dikompresi gzip, beserta skala dan sumbunya. Pikselnya sama dengan Bio-Formats, termasuk orientasinya untuk berkas Huygens. Simpan berkas .ids di samping header .ics-nya. Berkas kalender .ics dikenali dan tidak dibuka sebagai citra.
Gatan DM3 dan DM4 (sejak 1.20.0) .dm3, .dm4 Membuka citra Gatan Digital Micrograph beserta kalibrasi dan metadata mikroskopnya. Citra spektrum EELS dan EDS dapat ditelusuri per energi dengan slider Energy, sedangkan pola difraksi dan FFT mendapat skala batang resiprokal dalam nm⁻¹ alih-alih pengukuran. Spektrum 1D dan dataset 4D-STEM tidak dapat dibuka.
Olympus SIS (sejak 1.20.0) .sis, .tif bertanda SIS Membuka citra Olympus analySIS beserta ukuran piksel dan metadata yang tercatat. .sis juga merupakan ekstensi penginstal Symbian, sehingga hanya berkas yang benar-benar merupakan citra TIFF yang dapat dibuka.
DICOM standar .dcm, .dicom Menangani dataset standar satu-frame dan multi-frame, dengan memetakan waktu, Z, kanal, frame, dan metadata tertentu. DICOM whole slide bertile dibaca melalui jalur piramida terpisah dengan akses tile native. Pastikan transfer syntax/codec, SOP class, kebijakan de-identifikasi, dan persyaratan penggunaan riset.

Detail per format dan referensi resmi

CZI: peninjauan multidimensi tanpa mengklaim sertifikasi ZEISS

CZI dapat berisi beberapa scene, kanal, plane Z, titik waktu, metadata akuisisi, dan sub-block bertile. SlideScope membaca dimensi dan metadata peninjauan yang umum, dan menelusuri scene dalam sebuah berkas satu per satu atau menampilkannya bersama di XY Overview. Scene yang tipe piksel atau sumbunya berbeda dari scene pertama tidak dapat ditelusuri: scene pertama ditampilkan dengan pemberitahuan yang menjelaskan alasannya. Ekspor menulis OME-TIFF dengan kompresi lossless, ukuran piksel, dan nama kanal; mengekspor dari XY Overview menempatkan setiap scene ke dalam satu berkas sebagai citra terpisah, dan hasil pemindaian bertile yang besar diekspor pada resolusi overview-nya. Setiap scene yang diekspor mempertahankan ukuran piksel saat diakuisisi (diperbaiki di SlideScope 1.8.57; versi sebelumnya dapat salah mengalibrasi scene tanpa tile yang ukurannya berbeda). Keluarga CZI cukup luas sehingga pengujian dengan berkas nyata itu penting; panduan CZI multi-scene menunjukkan scene dan ekspor langkah demi langkah. ZEISS mendokumentasikan format ini dan ekosistem aplikasinya di halaman resmi format berkas citra CZI. Referensi tersebut mendefinisikan format sumbernya; referensi itu tidak merupakan dukungan atau sertifikasi atas SlideScope.

ND2: waktu, Z, kanal, dan posisi

SlideScope memetakan sumbu utama ND2 ke struktur penampilnya. Sejak versi 1.8.41, akuisisi multi-posisi mempertahankan posisinya pada sumbu tersendiri alih-alih melipatnya ke dalam waktu, dan XY Overview menempatkan setiap posisi pada koordinat stage yang tercatat. Orientasi stage telah diverifikasi pada sejumlah instrumen yang terbatas, jadi periksa eksperimen multi-posisi yang representatif sebelum tim menjadikannya standar. Sumber daya perangkat lunak NIS-Elements resmi dari Nikon menjelaskan penampil mandiri gratis dari Nikon, penampilan dataset multidimensi, dan ekspor TIFF dalam ekosistem Nikon sendiri.

SVS: piramida whole slide dan kompresi

Berkas SVS adalah whole slide image berbasis TIFF dengan level piramida dan metadata Aperio. SlideScope memilih level yang menyeimbangkan detail tampilan dan memori yang tersedia. Proyek open source OpenSlide mendokumentasikan struktur format Aperio, termasuk citra bertile, level piramida, citra terkait, dan properti metadata.

TIFF dan OME-TIFF: sebuah kontainer, bukan satu tata letak yang seragam

Berkas berakhiran .tif dapat berupa citra 2D biasa, citra RGB, stack ImageJ, dataset OME-TIFF, BigTIFF, atau citra piramidal dengan kompresi yang berbeda. Pembaca SlideScope mengenali metadata OME dan ImageJ bila ada, tetapi tidak semua varian boleh dianggap identik. Spesifikasi OME-TIFF menjelaskan bagaimana plane TIFF dan metadata OME-XML mengodekan dimensi dan piramida.

DICOM: frame standar dan piramida whole slide bertile

Penginstal Windows dan macOS publik saat ini mendukung DICOM satu-frame dan multi-frame biasa untuk peninjauan riset, termasuk Z-stack fluoresens dan rekaman time-lapse. Berkas dengan SOP class VL Whole Slide Microscopy Image Storage dibaca melalui jalur whole slide terpisah yang langsung menggunakan struktur piramida dan tile DICOM, sehingga DICOM WSI bertile terbuka tanpa konversi. Transfer syntax terkompresi didekode melalui plugin GDCM, openjpeg, dan imagecodecs yang disertakan. SlideScope bukan PACS dan tidak diposisikan sebagai workstation diagnostik tervalidasi. Supplement 145 dari DICOM Standards Committee mendefinisikan objek citra mikroskopis whole slide dan membantu menjelaskan mengapa WSI merupakan kelas kompatibilitas tersendiri.

Format instrumen yang ditambahkan di 1.10.0: yang ditampilkan panel Details

Setiap format yang ditambahkan di SlideScope 1.10.0 dapat dibuka di Windows dan macOS dengan metadatanya di panel Details. Bergantung pada apa yang dicatat berkas, informasi itu mencakup objektif (nama, perbesaran, apertur numerik, dan imersi), laser dan sumber cahaya, detektor dan gain, eksposur, filter, pinhole, nama kanal dan warna kanal asli, tanggal akuisisi, titik waktu dalam detik sebenarnya, bidang fokus dalam µm, sumur dan bidang pelat, serta jendela tampilan yang tersimpan. Tile scan dan posisi stage multi-posisi terbuka sebagai posisi, dan XY Overview menempatkannya berdasarkan koordinat stage yang tercatat. Panduan langkah demi langkah: VSI, OIB dan OIR, ZVI, LSM, LOF dan XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK dan ND, OME-Zarr, dan NDPIS.

Format yang ditambahkan di 1.20.0

SlideScope 1.20.0 menambahkan hasil pemindaian whole slide Philips iSyntax dan KFBio KFB, citra ICS/IDS, mikrograf elektron Gatan DM3 dan DM4, serta citra Olympus SIS, masing-masing dengan skala dan metadata yang tercatat; matriks di atas mencantumkan apa yang dapat dan tidak dapat dibuka masing-masing. Panduan langkah demi langkah: iSyntax, KFB, ICS dan IDS, DM3 dan DM4, dan SIS.

Mengapa ekstensi yang didukung tetap bisa gagal

Berkas tidak lengkap atau diganti namanya

Unduhan yang tidak tuntas, penyalinan yang terputus, atau berkas yang diganti namanya menjadi ekstensi yang didukung mungkin tidak berisi header format yang valid atau data piksel yang lengkap.

Varian codec atau kompresi

Berkas whole slide TIFF, SVS, dan DICOM dapat bergantung pada JPEG, JPEG 2000, atau codec lain. Transfer syntax yang tidak umum atau codec bawaan yang tidak tersedia dapat mencegah dekode.

Tata letak dimensi yang tidak umum

Berkas vendor dapat mengodekan scene, posisi, iluminasi, tampilan, tile, atau sumbu dengan cara berbeda. Pembaca mungkin dapat membuka berkas tetapi memetakan tata letak khusus secara berbeda dari yang diharapkan.

Batasan memori dan piramida

Citra yang sangat besar memerlukan level resolusi rendah yang valid atau memori yang cukup untuk plane yang dipilih. Uji berkas rutin terbesar, bukan hanya sampel kecil.

Uji praktis sebelum adopsi

  1. Pilih berkas dari setiap model mikroskop atau pemindai yang benar-benar digunakan tim Anda.
  2. Sertakan satu berkas kecil, satu berkas tipikal, berkas rutin terbesar, dan satu berkas arsip yang lebih lama.
  3. Verifikasi warna kanal, titik waktu, plane Z, posisi, detail piramida, dan kalibrasi spasial.
  4. Bandingkan metadata utama dengan perangkat lunak akuisisi atau pembaca lain yang tepercaya.
  5. Uji ekspor TIFF dan pastikan dimensi serta metadata apa yang diharapkan oleh alur kerja selanjutnya.
  6. Catat versi aplikasi, sistem operasi, perangkat keras, perangkat lunak sumber, dan hasilnya.

Langkah ini menghasilkan bukti yang dapat ditinjau lab di kemudian hari dan lebih andal daripada berasumsi bahwa setiap berkas dengan ekstensi yang sama itu identik.

Format yang didukung dan tidak didukung

Slide pemindai NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF, dan AVS didukung melalui backend OpenSlide, Leica LIF memiliki pembacanya sendiri, dan VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr, serta berkas citra sehari-hari didukung sejak versi 1.10.0, sedangkan Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4, dan Olympus SIS sejak versi 1.20.0; semuanya tercantum dalam matriks kompatibilitas di atas. Berkas .zip berisi berkas yang didukung juga dapat dibuka: SlideScope menampilkan isinya, mengekstraknya di samping arsip, lalu membukanya. SlideScope tidak membuka berkas SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD, atau MRC, slide fluoresens KFBio KFBF, spektrum 1D atau dataset 4D-STEM Gatan, OME-Zarr dari tautan https jarak jauh, NIfTI, maupun format video umum. Jangan mengganti nama salah satu berkas tersebut menjadi ekstensi yang didukung. Jika salah satu format ini penting bagi alur kerja Anda, hubungi tim dukungan dengan menyebutkan nama format dan perangkat lunak akuisisinya sebelum membeli.

Untuk berkas yang didukung tetapi tetap gagal, alur dukungan di dalam aplikasi dapat menyertakan konteks slide yang tidak sensitif. Jangan mengirim data yang mengidentifikasi pasien atau berkas milik pihak tertentu kecuali organisasi Anda telah menyetujui pembagian tersebut.

Pertanyaan seputar kompatibilitas

Ekstensi berkas mikroskopi apa saja yang dapat dibuka SlideScope?

Rilis SlideScope saat ini mengarahkan .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif, serta format pemindai whole slide .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, dan .avs ke pembaca khusus. Sejak versi 1.10.0, rilis ini juga membuka berkas .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd, dan .ndpis, folder OME-Zarr dari penyimpanan lokal, serta citra sehari-hari .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, dan .webp. Sejak versi 1.20.0, rilis ini juga membuka slide Philips .isyntax dan KFBio .kfb, citra .ics dan .ids, berkas Gatan .dm3 dan .dm4, serta citra Olympus .sis; berkas anotasi NDP.view .ndpa terbuka bersama slide NDPI-nya, dan berkas .zip berisi slide dapat dibuka setelah SlideScope mengekstraknya di samping arsip. Kompatibilitas tetap dapat bervariasi menurut sub-format vendor, kompresi, integritas berkas, dan metadata yang tertanam.

Apakah SlideScope dapat membuka berkas OME-TIFF?

Pembaca TIFF mengenali metadata OME-TIFF dan memetakan sumbu bernama waktu, Z, kanal, Y, dan X bila tersedia. Uji varian kompresi, BigTIFF, dan piramida yang representatif.

Apakah dukungan ekstensi menjamin setiap berkas dapat dibuka?

Tidak. Kerusakan, transfer yang tidak lengkap, codec yang tidak umum, varian vendor, dan tata letak dimensi yang tidak umum tetap dapat memengaruhi kompatibilitas.

Apakah SlideScope penampil DICOM diagnostik?

Tidak ada klaim diagnostik. SlideScope ditujukan untuk alur kerja riset, pendidikan, dan peninjauan; penggunaan klinis memerlukan validasi dan penilaian regulasi dari institusi itu sendiri.

Uji berkas yang benar-benar digunakan tim Anda

Instal build Windows atau Mac yang sesuai, lalu verifikasi dataset CZI, ND2, SVS, TIFF, dan DICOM yang representatif.

Unduh Aplikasi