penampil citra mikroskopi

Cara membuka berkas CZI

Buka berkas ZEISS CZI di SlideScope pada Windows atau macOS tanpa konversi terlebih dahulu. Periksa kanal dan dimensi citra yang tersimpan. Tampilan lokal tidak mengunggah citra.

Unduh SlideScopeformat berkas yang didukung
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.10.1

Cara membuka berkas CZI

  1. Unduh versi Windows atau Mac yang sesuai, lalu instal. Pratinjau gratis tidak memerlukan akun.
  2. Buka SlideScope dan seret berkas .czi ke penampil.
  3. Pilih adegan atau posisi jika tersedia, lalu periksa kanal, irisan Z, dan titik waktu yang ada.
  4. Periksa ukuran piksel di metadata sebelum mengukur. Simpan berkas asli saat mengekspor.

Bantuan instalasiLaporkan berkas atau formatAlternatif

Berkas CZI multi-scene: lihat setiap scene dan ekspor ke OME-TIFF

Sebuah CZI dapat memuat beberapa scene: sumur pada pelat, region tile, atau region pemindaian pada slide. SlideScope menampilkan setiap scene secara terpisah atau semuanya sekaligus, dan mengekspor scene yang sedang Anda lihat atau semua scene ke OME-TIFF. Video dan langkah di bawah menggunakan berkas contoh publik dengan dua scene.

Tonton seluruh alur kerja (1 mnt 41 dtk)

Membuka CZI dua scene, berpindah scene, XY Overview, kanal, Details, mengekspor satu scene dan semua scene, lalu membuka kembali OME-TIFF. Narasi dalam bahasa Inggris; teks terjemahan tersedia dalam semua bahasa situs. Dirender dari SlideScope 1.8.56 di Windows; build macOS memiliki kontrol yang sama. Teks terjemahan dan transkrip diterjemahkan dari narasi bahasa Inggris; belum ditinjau secara profesional.
Transkrip

Sebuah CZI dapat memuat beberapa scene: sumur pelat, region tile, atau region pemindaian. Berikut cara melihat masing-masing, dan mengekspornya sebagai OME-TIFF.

CZI dengan dua scene, dibuka langsung. Tanpa konversi. Kontrol Scene berpindah dari satu scene ke scene berikutnya. Scene 2 adalah sumur D7. Scene 1 adalah sumur D6. XY Overview menempatkan setiap scene di posisi rekamannya. Kedua sumur ini terpisah 9 mm.

Gabungkan kanal menjadi satu tampilan. Matikan satu kanal untuk melihat kontribusinya. Perbesar. Skala batang tetap terkalibrasi. Details mencantumkan ukuran piksel, kanal, dan pengaturan akuisisi.

Untuk mengekspor, pilih File, lalu Export Current Image as TIFF. Saat Anda melihat satu scene, hanya scene itu yang diekspor. Sebelum mulai, Anda melihat ukuran piksel, kanal, dan kompresi yang akan ditulis. Untuk mengekspor semua scene, aktifkan XY Overview terlebih dahulu. Semua scene masuk ke satu berkas OME-TIFF. Tiap scene adalah gambar tersendiri.

Buka hasilnya. Kedua scene ada di sana, sebagai gambar 1 dan gambar 2. Ukuran piksel dan nama kanal ikut terbawa.

Akun gratis memungkinkan Anda membuka dan melihat gambar lokal sebelum uji coba. Ekspor memerlukan uji coba 3 hari atau langganan. Pemindaian tile besar diekspor pada resolusi overview, bukan pemindaian penuh. Aplikasinya sama di macOS dan Windows. Rekaman ini dirender di Windows.

Langkah 1

Buka berkas CZI

Pilih File › Open File… (Ctrl+O di Windows, ⌘O di Mac) atau seret berkas .czi ke jendela. Scene pertama langsung muncul. Tidak ada yang dikonversi dan berkas tidak diunggah.

Langkah 2

Telusuri scene satu per satu

Berkas dengan beberapa scene menampilkan kontrol Scene di bawah gambar. Gunakan − dan + atau ketik nomornya. Setiap scene mempertahankan ukurannya sendiri dan namanya dari berkas, seperti sumur (D6, D7) atau region tile.

SlideScope menampilkan scene 2 dari 2 pada berkas CZI, dengan kontrol Scene di bawah gambar diatur ke 2 of 2.
Langkah 3

Lihat setiap scene di XY Overview

Klik XY Overview di samping kontrol Scene, atau pilih View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Setiap scene digambar di posisi tempat ia direkam, termasuk celah di antaranya. Klik scene untuk memilihnya dan klik dua kali untuk membukanya. Scene yang berjauhan, seperti sumur yang terpisah 9 mm, awalnya tampil sebagai tile kecil: perbesar untuk melihatnya.

XY Overview menampilkan dua scene sampel, berlabel D6 dan D7, pada posisi rekamannya yang terpisah 9 mm.
Langkah 4

Periksa kanal, ukuran piksel, dan metadata

Di Display, centang Blend channels into one view untuk komposit warna, atau matikan kanal satu per satu. Details mencantumkan ukuran piksel, dimensi, scene saat ini, dan ukurannya. Kecerahan, kontras, dan warna hanya mengubah tampilan, tidak pernah mengubah piksel yang tersimpan.

Panel Details mencantumkan ukuran piksel 100 nm, dua kanal, dua posisi XY, dan scene saat ini, 1 dari 2 (D6).
Langkah 5

Pilih File › Export Current Image as TIFF

Pilih File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Tentukan folder dan nama; SlideScope menyarankan nama yang berakhiran .ome.tif.

Menu File terbuka dengan Export Current Image as TIFF disorot.
Langkah 6

Ekspor satu scene, atau semua scene

Selama satu scene tampil di layar, hanya scene itu yang diekspor, dengan nama seperti sample_scene-2.ome.tif. Untuk mengekspor semua scene, aktifkan XY Overview terlebih dahulu: semua scene masuk ke satu berkas OME-TIFF, masing-masing sebagai gambar tersendiri dengan ukurannya sendiri. Sebelum apa pun ditulis, konfirmasi menampilkan ukuran, ukuran piksel, kanal, dan kompresinya.

Konfirmasi ekspor untuk scene 2 (D7): diekspor tersendiri pada resolusi penuh, sebagai OME-TIFF lossless yang mencatat ukuran piksel 0,1 µm, nama kanal, dan warna.
Langkah 7

Buka hasilnya

Klik Open Exported TIFF saat ekspor selesai. SlideScope menampilkan setiap scene yang diekspor sebagai gambar; telusuri dengan kontrol Image. Pembaca OME-TIFF yang mendukung beberapa gambar per berkas, seperti Bio-Formats di Fiji, mencantumkannya sebagai series terpisah.

OME-TIFF hasil ekspor dibuka kembali di SlideScope, menampilkan gambar 2 dari 2 dengan skala batang 20 µm tetap utuh.

Isi OME-TIFF hasil ekspor

  • Satu berkas. Mengekspor scene di layar menulis satu gambar; mengekspor dari XY Overview menulis setiap scene sebagai gambar terpisah di dalam berkas yang sama, masing-masing dengan ukurannya sendiri. Tidak dibuat satu berkas per scene.
  • Piksel ditulis tanpa perubahan, dengan kompresi lossless (Deflate). Kecerahan, kontras, dan gamma adalah pengaturan tampilan dan tidak diterapkan pada hasil ekspor.
  • Ukuran piksel dalam mikrometer, langkah Z jika ada Z stack, nama kanal yang tercatat dalam CZI, dan warna kanal yang sedang diatur di penampil. Berkas tanpa ukuran piksel yang tercatat diekspor tanpa ukuran piksel; SlideScope tidak mengarang kalibrasi.
  • Resolusi: scene yang muat di memori diekspor pada resolusi penuh. Pemindaian tile yang besar, seperti region pemindai slide, diekspor pada resolusi overview-nya. Konfirmasi menyebutkan rasionya, misalnya 1:8, dan ukuran piksel yang tercatat diskalakan sesuai. Pemindaian resolusi penuh tetap dapat dilihat per region di SlideScope.
  • Satu gambar hasil ekspor yang lebar atau tingginya melebihi 4.096 piksel juga mendapat level piramida beresolusi lebih rendah. Berkas dengan beberapa gambar tidak. Berkas di atas 2 GiB ditulis sebagai BigTIFF.
  • Yang tidak disalin: metadata akuisisi CZI lainnya, serta posisi scene sebagai koordinat stage. Simpan CZI asli sebagai berkas arsip.
Konfirmasi ekspor dari XY Overview: berkas memuat 2 scene dan masing-masing ditulis sebagai gambar tersendiri di dalam OME-TIFF, dengan ukurannya sendiri, kompresi lossless, ukuran piksel masing-masing gambar, nama kanal, dan warna.

Yang Anda perlukan

Windows 10 atau 11, atau macOS 14 atau lebih baru di Apple Silicon atau Intel. Pratinjau gratis: buka, ukur, dan beri anotasi hingga 5 gambar lokal milik Anda tanpa akun. Tanpa kartu. Ekspor memerlukan uji coba 3 hari atau langganan (US$25,00 per bulan setelah uji coba).

Jika ada yang tampak salah

Hanya satu scene yang muncul

Scene dapat ditelusuri jika memiliki tipe piksel yang sama serta kanal, bidang Z, dan titik waktu yang sama. Jika tidak, SlideScope menampilkan scene pertama dan menjelaskan alasannya di Details. Jika itu tidak sesuai harapan Anda, kirimkan berkasnya kepada kami.

Warnanya berbeda dari ZEN

Warna kanal diambil dari berkas jika berkas mencatatnya. Ubah di Display › Channel colour…; hasil ekspor mencatat warna yang Anda atur.

Hasil ekspor lebih kecil dari pemindaian

Pemindaian tile yang besar diekspor pada resolusi overview-nya, dan konfirmasi menyebutkannya sebelum apa pun ditulis. Pemindaian resolusi penuh tetap dapat dilihat di SlideScope.

Ekspor meminta Anda memulai uji coba

Melihat gambar dapat dilakukan dengan akun gratis. Ekspor memerlukan uji coba gratis atau langganan.

Sampel dalam video dan tangkapan layar: S2_3x3_CH2.czi dari data sampel czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), dua scene dari mozaik 3 × 3 dengan DAPI dan EGFP. Tanpa data pelanggan.

Kapan SlideScope menjadi pilihan praktis

  • CZI untuk mikroskop ZEISS
  • Peninjau memerlukan antarmuka desktop tanpa skrip atau penyiapan plugin.
  • Telusuri kanal, bidang Z, titik waktu, dan scene jika berkas memilikinya, periksa ukuran piksel di Details, dan ukur dalam satuan terkalibrasi.
  • Pengukuran, catatan, dan region tetap terikat pada slide dan dapat diekspor sebagai GeoJSON atau CSV.

Pilih berdasarkan alur kerja

Pertimbangkan SlideScope bila Anda memerlukan satu aplikasi desktop yang membuka beragam format mikroskopi sekaligus mengkuantifikasi objek standar di perangkat Anda sendiri. Gunakan perangkat asli bila Anda memerlukan kendali mikroskop, pemrosesan terprogram, alur analisis berbasis skrip, atau pengelolaan citra institusi.

Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Pemrosesan yang dapat diperluas, makro, plugin, skrip, segmentasi, analisis patologi, dan alur ilmiah Python.

OMERO: Repositori citra terpusat, izin akses, kolaborasi, dan pengelolaan data institusi.

Pertanyaan tentang berkas CZI

Membuka CZI di Mac

Gunakan macOS 14 atau lebih baru. Pilih unduhan Apple Silicon atau Intel yang sesuai dengan Mac dan salin berkas ke penyimpanan lokal sebelum membukanya.

Jika berkas tidak terbuka

Pastikan penyalinan berkas selesai. Jika masih gagal, hubungi dukungan dengan versi aplikasi, format berkas, dan pesan kesalahan agar kami dapat memeriksanya.

Siapa yang menggunakan SlideScope?

Laboratorium riset, fasilitas mikroskopi, pengajar, mahasiswa, dan tim peninjau patologi yang membutuhkan peninjauan berkas, anotasi, pengukuran, dan metadata.

Dokumentasi format

Baca dokumentasi asli format tersebut.

CZI

Pencarian terkait dalam bahasa Indonesia

Independensi dan merek dagang

SlideScope bersifat independen dan tidak berafiliasi dengan Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari, atau OMERO. Nama produk hanya digunakan untuk perbandingan faktual.

Unduh SlideScope

Jelajahi preparat utuh, kanal fluoresensi, dan tumpukan gambar dalam satu ruang kerja terfokus untuk Windows dan macOS.

Unduh SlideScope

Ada berkas yang tidak terbuka atau format yang belum ada di daftar? Laporkan berkas atau format