О чём это видео
Файл ZEISS .czi может содержать несколько сцен: лунки планшета, области мозаики или области сканирования слайда. В этом видео двухсценовый CZI открывается в SlideScope, по очереди показывается каждая сцена, а с помощью XY Overview видно, где каждая из них была снята.
Затем проверяются каналы и размер пикселя, одна сцена или все сцены экспортируются в OME-TIFF, и результат открывается снова. Экспортированные файлы сохраняют размер пикселя и названия каналов, поэтому Fiji, QuPath и другие программы на основе Bio-Formats открывают их правильно.
Предпочитаете читать? Как открыть файлы CZI, включая многосценовые.
Расшифровка
Обновлено после записи. Где в озвучке упоминается пробный период для экспорта: пробный период из озвучки больше не предлагается новым пользователям, а названные цены изменились: встроенная библиотека образцов бесплатна со всеми инструментами, а чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка, оплата при оформлении через PayPal или картой. Актуальные цены — на странице цен. См. цены.
Файл CZI может содержать несколько сцен: лунки планшета, области мозаики или области сканирования.
Вот как просмотреть каждую из них и экспортировать их в OME-TIFF.
CZI с двумя сценами, открытый напрямую. Без конвертации.
Элемент управления Scene переключает сцены одну за другой.
Сцена 2 — лунка D7. Сцена 1 — лунка D6.
XY Overview показывает каждую сцену там, где она была снята.
Эти две лунки находятся в 9 mm друг от друга.
Объедините каналы в одно изображение (Blend channels into one view).
Отключите канал, чтобы увидеть, какой вклад он вносит.
Увеличьте масштаб. Масштабная линейка остаётся калиброванной.
В разделе Details указаны размер пикселя, каналы и параметры съёмки.
Чтобы экспортировать, выберите File, затем Export Current Image as TIFF.
Пока вы просматриваете одну сцену, экспортируется только она.
Перед началом вы видите размер пикселя, каналы и сжатие, которые будут записаны.
Чтобы экспортировать все сцены, сначала включите XY Overview.
Все сцены записываются в один файл OME-TIFF. Каждая сцена — отдельное изображение внутри него.
Откройте результат. Обе сцены на месте — как изображение 1 и изображение 2.
Размер пикселя и названия каналов сохранились.
Бесплатная учётная запись позволяет открывать и просматривать локальные изображения ещё до какого-либо пробного периода.
Для экспорта нужен 3-дневный пробный период или подписка.
Большой мозаичный скан экспортируется в разрешении обзора, а не в полном разрешении скана.
Это одно и то же приложение в macOS и Windows. Это видео записано в Windows.