SlideScope открывает файлы Zeiss CZI нативно в macOS 14 или новее, на компьютерах Mac с Apple Silicon и Intel: каждую сцену, канал, Z-плоскость и временную точку, с размером пикселя, записанным в файле. Он экспортирует просматриваемую сцену или все сцены в один файл OME-TIFF. ZEN lite, бесплатный просмотрщик ZEISS, работает только в Windows. У вас Windows? См. как открыть файлы CZI в Windows и на Mac.
Сцены, каналы, Z и времяЭкспорт в OME-TIFFApple Silicon и Intel
Установите SlideScope на Mac
Скачайте сборку для macOS, подходящую для вашего Mac: Apple Silicon (серия M) или Intel. Страница загрузки подскажет нужную.
Откройте DMG и перетащите SlideScope в «Программы». В руководстве по установке в macOS каждый шаг показан на снимках экрана, в том числе что делать, если macOS попросит подтвердить первый запуск.
Откройте образец из встроенной библиотеки или собственный слайд. Изучайте встроенную библиотеку образцов бесплатно, со всеми инструментами. Чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка. Подписка начинается только тогда, когда вы выбираете её при оформлении.
Многосценовые файлы CZI: просмотр каждой сцены и экспорт в OME-TIFF
Файл CZI может содержать несколько сцен: лунки планшета, области мозаики или области сканирования препарата. SlideScope показывает каждую сцену отдельно или все сразу и экспортирует в OME-TIFF просматриваемую сцену или все сцены. В видео и шагах ниже используется общедоступный пример файла с двумя сценами.
Весь процесс на видео (1 мин 41 с)
Открытие CZI с двумя сценами, переключение сцен, XY Overview, каналы, Details, экспорт одной сцены и всех сцен, повторное открытие OME-TIFF. Озвучка на английском; субтитры на всех языках сайта. Записано в SlideScope 1.8.56 в Windows; в версии для macOS те же элементы управления. Обновлено после записи: теперь для открытия и экспорта собственных изображений нужна подписка. Встроенные образцы остаются бесплатными со всеми инструментами.Расшифровка
Файл CZI может содержать несколько сцен: лунки планшета, области мозаики или сканирования. Вот как просмотреть каждую из них и экспортировать в OME-TIFF.
CZI с двумя сценами, открытый напрямую. Без конвертации. Элемент Scene переключает с одной сцены на следующую. Сцена 2 — это лунка D7. Сцена 1 — лунка D6. XY Overview размещает каждую сцену там, где она была записана. Эти две лунки находятся в 9 mm друг от друга.
Объедините каналы в одно изображение. Отключите канал, чтобы увидеть его вклад. Увеличьте масштаб. Масштабная линейка остаётся калиброванной. Details показывает размер пикселя, каналы и параметры съёмки.
Для экспорта выберите File, затем Export Current Image as TIFF. Пока вы смотрите одну сцену, экспортируется только она. Перед началом вы видите размер пикселя, каналы и сжатие, которые будут записаны. Чтобы экспортировать все сцены, сначала включите XY Overview. Все сцены попадают в один файл OME-TIFF. Каждая сцена — отдельное изображение в нём.
Откройте результат. Обе сцены на месте: изображение 1 и изображение 2. Размер пикселя и названия каналов сохранились.
С бесплатной учётной записью можно открывать и смотреть локальные изображения до пробного периода. Для экспорта нужен 3-дневный пробный период или подписка. Большое мозаичное сканирование экспортируется в обзорном, а не в полном разрешении. Это одно и то же приложение в macOS и Windows. Это видео записано в Windows.
Шаг 1
Откройте файл CZI
Выберите File › Open File… (Ctrl+O в Windows, ⌘O на Mac) или перетащите файл .czi в окно. Первая сцена появляется сразу. Ничего не конвертируется, и файл никуда не загружается.
Шаг 2
Переключайте сцены
Если в файле несколько сцен, под изображением появляется элемент Scene. Нажимайте − и + или введите номер. Каждая сцена сохраняет собственный размер и имя из файла, например лунка (D6, D7) или область мозаики.
Шаг 3
Все сцены в XY Overview
Нажмите XY Overview рядом с элементом Scene или выберите View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Каждая сцена отображается там, где была записана, включая промежутки. Щёлкните сцену, чтобы выбрать её, дважды щёлкните, чтобы открыть. Далеко расположенные сцены, например лунки в 9 mm друг от друга, сначала выглядят маленькими плитками: увеличьте масштаб, чтобы их рассмотреть.
Шаг 4
Проверьте каналы, размер пикселя и метаданные
В панели Display включите Blend channels into one view, чтобы получить цветное совмещённое изображение, или отключите отдельные каналы. Details показывает размер пикселя, размеры, текущую сцену и её размер. Яркость, контраст и цвета меняют только отображение, но никогда не сохранённые пиксели.
Шаг 5
Выберите File › Export Current Image as TIFF
Выберите File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Укажите папку и имя; SlideScope предлагает имя, оканчивающееся на .ome.tif.
Шаг 6
Экспортируйте одну сцену или все сцены
Пока на экране одна сцена, экспортируется только она, с именем вроде sample_scene-2.ome.tif. Чтобы экспортировать все сцены, сначала включите XY Overview: все сцены попадают в один файл OME-TIFF, каждая как отдельное изображение своего размера. Перед записью окно подтверждения показывает размер, размер пикселя, каналы и сжатие.
Шаг 7
Откройте результат
Когда экспорт завершится, нажмите Open Exported TIFF. SlideScope показывает каждую экспортированную сцену как изображение; переключайтесь между ними элементом Image. Программы чтения OME-TIFF, поддерживающие несколько изображений в файле, например Bio-Formats в Fiji, показывают их как отдельные серии.
Что содержит экспортированный OME-TIFF
Один файл. Экспорт сцены на экране записывает одно изображение; экспорт из XY Overview записывает каждую сцену как отдельное изображение в том же файле, каждое своего размера. Отдельный файл для каждой сцены не создаётся.
Пиксели записываются без изменений, со сжатием без потерь (Deflate). Яркость, контраст и гамма — это настройки отображения, и к экспорту они не применяются.
Размер пикселя в микрометрах, шаг по Z при наличии Z-стека, названия каналов, записанные в CZI, и цвета каналов, заданные в программе на данный момент. Файл без записанного размера пикселя экспортируется без него; SlideScope не придумывает калибровку.
Разрешение: сцены, которые помещаются в памяти, экспортируются в полном разрешении. Большое мозаичное сканирование, например область слайд-сканера, экспортируется в обзорном разрешении. В подтверждении указано соотношение, например 1:8, и записанный размер пикселя масштабируется соответственно. Сканирование в полном разрешении по-прежнему можно просматривать в SlideScope по областям.
Отдельное экспортированное изображение шириной или высотой более 4096 пикселей также получает уровни пирамиды пониженного разрешения. Файл с несколькими изображениями их не получает. Файлы больше 2 GiB записываются как BigTIFF.
Не копируются: остальные метаданные съёмки из CZI и положения сцен в виде координат столика. Храните исходный CZI как архивный файл.
Что нужно
Windows 10 или 11 либо macOS 14 или новее на Apple Silicon или Intel. Изучайте встроенную библиотеку образцов бесплатно, со всеми инструментами. Чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка. Подписка стоит $35.00 в месяц и включает экспорт.
Если что-то выглядит не так
Видна только одна сцена
Переключаться между сценами можно, если у них одинаковый тип пикселя и одни и те же каналы, Z-плоскости и временные точки. Если это не так, SlideScope показывает первую сцену и объясняет причину в Details. Если вы ожидали другого, пришлите нам файл.
Цвета отличаются от ZEN
Цвета каналов берутся из файла, если он их содержит. Измените их в Display › Channel colour…; при экспорте записываются заданные вами цвета.
Экспорт меньше, чем сканирование
Большое мозаичное сканирование экспортируется в обзорном разрешении, и подтверждение сообщает об этом до начала записи. Сканирование в полном разрешении по-прежнему можно просматривать в SlideScope.
Экспорт просит оформить подписку
На встроенных образцах все инструменты работают бесплатно, включая экспорт. Для экспорта собственных изображений нужна подписка.
Пример в видео и на снимках экрана: S2_3x3_CH2.czi из примеров данных czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), две сцены мозаики 3 × 3 с DAPI и EGFP. Данные клиентов не используются.
Насколько хорошо протестирована поддержка CZI
В нашем опубликованном тесте форматов, проведённом 2026-09-18, открылись все 48 из 48 файлов CZI, с числом каналов до 8, Z-плоскостей до 56 и временных точек до 10; самый большой файл весил 4,5 GB. Это наш собственный тест поставляемых модулей чтения, опубликованный вместе с исходными данными, а не независимая сертификация, и тестовые файлы охватывают не все используемые варианты CZI. Среди общедоступных тестовых файлов есть многосценовые планшеты и области мозаики, но нет многосценовых CZI со слайд-сканеров, поэтому этот случай проверен хуже. См. тест форматов и справочник по совместимости.
Другие способы открыть CZI на Mac
Инструмент
Подходит для
Учтите
SlideScope
Открытие, просмотр, измерение и экспорт файлов CZI на Mac, наряду с ND2, SVS и другими форматами.
Инструмент для просмотра и проверки. Без скриптов и собственных конвейеров анализа.
Fiji / ImageJ с Bio-Formats
Бесплатный анализ с открытым исходным кодом, плагинами и макросами; читает CZI в macOS.
Платформа для анализа; каждая сцена импортируется как серия через диалог импорта.
QuPath
Бесплатный анализ полнослайдовых изображений; читает CZI через Bio-Formats.
Построен вокруг проектов анализа слайдов, а не быстрого просмотра многомерных стеков.
ZEISS ZEN lite
Бесплатный просмотрщик производителя, ближе всего к программе съёмки.
Только для Windows, поэтому на Mac без Windows он не подходит.
Вопросы
Можно ли открыть файлы CZI на Mac?
Да. SlideScope открывает файлы CZI нативно в macOS 14 или новее, на компьютерах Mac с Apple Silicon и Intel, в том числе файлы с несколькими сценами, каналами, Z-плоскостями и временными точками. Fiji с Bio-Formats тоже открывает CZI на Mac. ZEN lite, бесплатный просмотрщик ZEISS, — приложение для Windows.
Как увидеть все сцены файла CZI?
Переключайтесь между сценами элементом Scene под изображением или включите XY Overview, чтобы увидеть все сцены в записанных положениях. Каждая сцена сохраняет собственный размер и имя.
Можно ли экспортировать сцену CZI в OME-TIFF?
Да. File › Export Current Image as TIFF экспортирует сцену на экране или все сцены, если включён XY Overview. Каждая сцена становится отдельным изображением в одном файле OME-TIFF, со сжатием без потерь, размером пикселя и названиями каналов. Для экспорта собственных файлов нужна подписка; встроенные образцы экспортируются бесплатно.
Связан ли SlideScope с ZEISS?
Нет. SlideScope — независимый продукт и не связан с ZEISS. Названия продуктов указаны только для описания формата файлов и для сравнения.
SlideScope не связан с ZEISS. ZEISS, ZEN и CZI упоминаются для описания совместимости файлов. SlideScope предназначен для исследований, обучения и просмотра, а не для диагностики.
Когда SlideScope — правильный выбор
Выбирайте SlideScope, если вам нужно одно нативное настольное приложение для Mac или ПК с Windows, которое открывает слайды и файлы микроскопии разных производителей (SVS, NDPI, MRXS, CZI, ND2, LIF, VSI, DICOM и другие), измеряет в калиброванных единицах и подсчитывает ядра и клетки без программирования, причём все файлы остаются на вашем компьютере.
Это платное приложение с бесплатной библиотекой образцов: все инструменты работают на встроенных образцах, а для собственных изображений нужна подписка (PayPal или карта). Если вы открываете файлы только одного производителя в Windows, вам может хватить бесплатного просмотрщика этого производителя; для анализа с помощью скриптов есть бесплатные QuPath и Fiji с открытым исходным кодом.
Попробуйте на своём файле CZI
Изучайте встроенную библиотеку образцов бесплатно, со всеми инструментами. Чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка. Подписка стоит $35.00 в месяц, оплата при оформлении (PayPal или карта). Отменить можно в любой момент в учётной записи.
