программа для просмотра микроскопических изображений
Как открыть файлы CZI
Открывайте файлы ZEISS CZI в SlideScope на Windows или macOS без предварительного преобразования. Просматривайте сохранённые каналы и измерения данных. Локальный просмотр не загружает изображение на сервер.
Скачайте версию для своего компьютера Windows или Mac и установите её. Встроенная библиотека образцов бесплатна, со всеми инструментами; собственные изображения открываются в бесплатном пробном периоде, для которого при оплате нужно подтверждение через PayPal или карту.
Откройте SlideScope и перетащите файл .czi в окно просмотра.
Выберите сцену или позицию, если они есть, затем просмотрите доступные каналы, Z-срезы и временные точки.
Перед измерением проверьте размер пикселя в метаданных. При экспорте сохраните исходный файл.
Многосценовые файлы CZI: просмотр каждой сцены и экспорт в OME-TIFF
Файл CZI может содержать несколько сцен: лунки планшета, области мозаики или области сканирования препарата. SlideScope показывает каждую сцену отдельно или все сразу и экспортирует в OME-TIFF просматриваемую сцену или все сцены. В видео и шагах ниже используется общедоступный пример файла с двумя сценами.
Весь процесс на видео (1 мин 41 с)
Открытие CZI с двумя сценами, переключение сцен, XY Overview, каналы, Details, экспорт одной сцены и всех сцен, повторное открытие OME-TIFF. Озвучка на английском; субтитры на всех языках сайта. Записано в SlideScope 1.8.56 в Windows; в версии для macOS те же элементы управления. Субтитры и расшифровка переведены с английской озвучки; профессиональная вычитка не проводилась.Расшифровка
Файл CZI может содержать несколько сцен: лунки планшета, области мозаики или сканирования. Вот как просмотреть каждую из них и экспортировать в OME-TIFF.
CZI с двумя сценами, открытый напрямую. Без конвертации. Элемент Scene переключает с одной сцены на следующую. Сцена 2 — это лунка D7. Сцена 1 — лунка D6. XY Overview размещает каждую сцену там, где она была записана. Эти две лунки находятся в 9 mm друг от друга.
Объедините каналы в одно изображение. Отключите канал, чтобы увидеть его вклад. Увеличьте масштаб. Масштабная линейка остаётся калиброванной. Details показывает размер пикселя, каналы и параметры съёмки.
Для экспорта выберите File, затем Export Current Image as TIFF. Пока вы смотрите одну сцену, экспортируется только она. Перед началом вы видите размер пикселя, каналы и сжатие, которые будут записаны. Чтобы экспортировать все сцены, сначала включите XY Overview. Все сцены попадают в один файл OME-TIFF. Каждая сцена — отдельное изображение в нём.
Откройте результат. Обе сцены на месте: изображение 1 и изображение 2. Размер пикселя и названия каналов сохранились.
С бесплатной учётной записью можно открывать и смотреть локальные изображения до пробного периода. Для экспорта нужен 3-дневный пробный период или подписка. Большое мозаичное сканирование экспортируется в обзорном, а не в полном разрешении. Это одно и то же приложение в macOS и Windows. Это видео записано в Windows.
Шаг 1
Откройте файл CZI
Выберите File › Open File… (Ctrl+O в Windows, ⌘O на Mac) или перетащите файл .czi в окно. Первая сцена появляется сразу. Ничего не конвертируется, и файл никуда не загружается.
Шаг 2
Переключайте сцены
Если в файле несколько сцен, под изображением появляется элемент Scene. Нажимайте − и + или введите номер. Каждая сцена сохраняет собственный размер и имя из файла, например лунка (D6, D7) или область мозаики.
Шаг 3
Все сцены в XY Overview
Нажмите XY Overview рядом с элементом Scene или выберите View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Каждая сцена отображается там, где была записана, включая промежутки. Щёлкните сцену, чтобы выбрать её, дважды щёлкните, чтобы открыть. Далеко расположенные сцены, например лунки в 9 mm друг от друга, сначала выглядят маленькими плитками: увеличьте масштаб, чтобы их рассмотреть.
Шаг 4
Проверьте каналы, размер пикселя и метаданные
В панели Display включите Blend channels into one view, чтобы получить цветное совмещённое изображение, или отключите отдельные каналы. Details показывает размер пикселя, размеры, текущую сцену и её размер. Яркость, контраст и цвета меняют только отображение, но никогда не сохранённые пиксели.
Шаг 5
Выберите File › Export Current Image as TIFF
Выберите File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Укажите папку и имя; SlideScope предлагает имя, оканчивающееся на .ome.tif.
Шаг 6
Экспортируйте одну сцену или все сцены
Пока на экране одна сцена, экспортируется только она, с именем вроде sample_scene-2.ome.tif. Чтобы экспортировать все сцены, сначала включите XY Overview: все сцены попадают в один файл OME-TIFF, каждая как отдельное изображение своего размера. Перед записью окно подтверждения показывает размер, размер пикселя, каналы и сжатие.
Шаг 7
Откройте результат
Когда экспорт завершится, нажмите Open Exported TIFF. SlideScope показывает каждую экспортированную сцену как изображение; переключайтесь между ними элементом Image. Программы чтения OME-TIFF, поддерживающие несколько изображений в файле, например Bio-Formats в Fiji, показывают их как отдельные серии.
Что содержит экспортированный OME-TIFF
Один файл. Экспорт сцены на экране записывает одно изображение; экспорт из XY Overview записывает каждую сцену как отдельное изображение в том же файле, каждое своего размера. Отдельный файл для каждой сцены не создаётся.
Пиксели записываются без изменений, со сжатием без потерь (Deflate). Яркость, контраст и гамма — это настройки отображения, и к экспорту они не применяются.
Размер пикселя в микрометрах, шаг по Z при наличии Z-стека, названия каналов, записанные в CZI, и цвета каналов, заданные в программе на данный момент. Файл без записанного размера пикселя экспортируется без него; SlideScope не придумывает калибровку.
Разрешение: сцены, которые помещаются в памяти, экспортируются в полном разрешении. Большое мозаичное сканирование, например область слайд-сканера, экспортируется в обзорном разрешении. В подтверждении указано соотношение, например 1:8, и записанный размер пикселя масштабируется соответственно. Сканирование в полном разрешении по-прежнему можно просматривать в SlideScope по областям.
Отдельное экспортированное изображение шириной или высотой более 4096 пикселей также получает уровни пирамиды пониженного разрешения. Файл с несколькими изображениями их не получает. Файлы больше 2 GiB записываются как BigTIFF.
Не копируются: остальные метаданные съёмки из CZI и положения сцен в виде координат столика. Храните исходный CZI как архивный файл.
Что нужно
Windows 10 или 11 либо macOS 14 или новее на Apple Silicon или Intel. Изучайте встроенную библиотеку образцов бесплатно, со всеми инструментами. Собственные изображения открываются в бесплатном пробном периоде на 3 дн. Для экспорта нужен пробный период (3 дн.) или подписка (25,00 $ в месяц после пробного периода).
Если что-то выглядит не так
Видна только одна сцена
Переключаться между сценами можно, если у них одинаковый тип пикселя и одни и те же каналы, Z-плоскости и временные точки. Если это не так, SlideScope показывает первую сцену и объясняет причину в Details. Если вы ожидали другого, пришлите нам файл.
Цвета отличаются от ZEN
Цвета каналов берутся из файла, если он их содержит. Измените их в Display › Channel colour…; при экспорте записываются заданные вами цвета.
Экспорт меньше, чем сканирование
Большое мозаичное сканирование экспортируется в обзорном разрешении, и подтверждение сообщает об этом до начала записи. Сканирование в полном разрешении по-прежнему можно просматривать в SlideScope.
Для экспорта предлагают начать пробный период
Просмотр доступен с бесплатной учётной записью. Для экспорта нужен бесплатный пробный период или подписка.
Пример в видео и на снимках экрана: S2_3x3_CH2.czi из примеров данных czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), две сцены мозаики 3 × 3 с DAPI и EGFP. Данные клиентов не используются.
Чем открыть файлы CZI
Программа
Стоимость
Платформы
Подходит для
ZEISS ZEN lite
Бесплатно (для скачивания нужен ZEISS ID)
Windows
Собственная программа производителя, ближе всего к ПО для съёмки
Fiji / ImageJ с Bio-Formats
Бесплатно, открытый исходный код
Windows, macOS, Linux
Анализ с плагинами и макросами; каждая сцена импортируется как отдельная серия
QuPath
Бесплатно, открытый исходный код
Windows, macOS, Linux
Проекты анализа полнослайдовых изображений и написание скриптов
SlideScope
Бесплатные образцы со всеми инструментами, бесплатный пробный период (3 дн.) для собственных изображений, затем подписка от $25 в месяц
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon и Intel)
Просмотр, измерение и аннотирование файлов CZI наряду с CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM и TIFF; файлы остаются на вашем компьютере
Файлы ZEISS CZI можно открыть в ZEN lite — бесплатной программе просмотра от ZEISS для Windows; в Fiji или QuPath, которые бесплатны и читают CZI через Bio-Formats в Windows, на Mac и в Linux; или в SlideScope — настольной программе просмотра для Windows и Mac с бесплатным пробным периодом. На Mac с Apple silicon Bio-Formats не может читать файлы CZI со сжатием JPEG-XR. В шагах ниже используется SlideScope.
В документации QuPath сказано, что Bio-Formats пока не поддерживает сжатие JPEG-XR на Apple silicon, а многие файлы CZI сжаты именно в JPEG-XR. В качестве обходных путей там предлагают конвертировать файл на другом компьютере или перейти на версию QuPath для Intel. SlideScope не использует Bio-Formats для CZI: он читает CZI собственным встроенным декодером JPEG XR и в версии для Windows, и в версии для Mac.
Пользователям нужен настольный интерфейс без сценариев и настройки плагинов.
Переключайтесь между каналами, Z-плоскостями, временными точками и сценами, если они есть в файле, проверьте размер пикселя в Details и измеряйте в калиброванных единицах.
Измерения, заметки и области остаются привязанными к препарату и экспортируются в GeoJSON или CSV.
Выбор по рабочему процессу
Оцените SlideScope, если нужна одна настольная программа, которая открывает файлы разных микроскопов и считает стандартные объекты на вашем собственном компьютере. Оригинальная программа предпочтительнее для управления микроскопом, программируемой обработки, скриптовых конвейеров анализа или централизованного управления изображениями.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Расширяемой обработки, макросов, плагинов, сценариев, сегментации, анализа патологии и научных процессов Python.
OMERO: Централизованного хранилища, прав доступа, совместной работы и управления данными учреждения.
Вопросы о файлах CZI
Можно ли открыть файлы CZI бесплатно?
Да. ZEN lite (Windows), а также Fiji или QuPath с Bio-Formats бесплатны. SlideScope можно скачать бесплатно: встроенная библиотека образцов доступна бесплатно, со всеми инструментами, а собственные изображения открываются в бесплатном пробном периоде (3 дн.; нужен PayPal или карта); после пробного периода программа работает по подписке.
Открытие CZI на Mac
Используйте macOS 14 или новее. Выберите сборку Apple Silicon или Intel для своего Mac и перед открытием скопируйте файл на локальный диск.
Если файл не открывается
Убедитесь, что копирование завершено. Если ошибка остаётся, сообщите поддержке версию приложения, формат файла и текст ошибки.
Для кого предназначен SlideScope?
Для исследовательских лабораторий, центров микроскопии, преподавателей, студентов и групп просмотра патологических изображений.
SlideScope является независимым продуктом и не связан с Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari или OMERO. Названия используются только для объективного сравнения.
Скачать SlideScope
Изучайте целые препараты, каналы флуоресценции и стеки изображений в едином удобном рабочем пространстве для Windows и macOS.
