Довідник сумісності

Сумісність мікроскопічних файлів у SlideScope

SlideScope має спеціальні модулі читання для настільної програми для сімейств CZI, ND2, SVS, TIFF і DICOM та для повнослайдових форматів виробників, а починаючи з версії 1.10.0 також відкриває Olympus/Evident VSI, OIB і OIR, Zeiss ZVI і LSM, Leica LOF і XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr і звичайні файли зображень, а з версії 1.20.0 — Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 та Olympus SIS. Ця сторінка розмежовує прийняте розширення файлу та розмірності, метадані, стиснення й особливості робочого процесу, які визначають, чи добре підходить конкретний файл.

Хочете вимірювань, а не заяв? Ми відкрили 792 справжні мікроскопічні та повнослайдові файли й опублікували всі результати, зокрема невдачі.

Завантажити програму Оформити передплату зараз
Обмеження для кожного формату Windows і macOS Останній перегляд: 16 жовтня 2026 р.

Поточна матриця сумісності

Матрицю складено на основі поточної маршрутизації форматів і поведінки модулів читання в SlideScope. Використовуйте її як довідник для попереднього відбору, а потім перевірте типові файли саме з того мікроскопа, сканера, версії програмного забезпечення й налаштувань стиснення, які використовує ваша команда.

Сімейство форматів Прийняті розширення Поведінка модуля читання Що важливо перевірити
ZEISS CZI .czi Нормалізує розмірності часу, Z, каналу, Y та X; читає метадані зйомки й просторове калібрування, якщо вони доступні. Сцени з однаковим типом пікселів і осями стають окремими сценами, між якими можна перемикатися, кожна у власному розмірі, а XY Overview показує їх разом. Експортує сцену на екрані або всі сцени в OME-TIFF. Перевірте сцени, мозаїки, нетипові компонування підблоків і дуже великі зйомки.
Nikon ND2 .nd2 Відображає час, Z, канали й розмір зображення. Кілька позицій столика утворюють окрему вісь позицій із власним елементом керування, а XY Overview розміщує їх за записаними координатами столика. Підтвердьте інтерпретацію позицій/часу, компонування RGB, метадані й конкретне покоління NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Читає рівні піраміди повнослайдових зображень на основі TIFF і вибирає рівень відображення, з яким можна працювати в межах доступної пам’яті. Перевірте кодеки JPEG/JPEG 2000, цілісність піраміди, метадані сканера й потрібний рівень роздільної здатності.
TIFF і OME-TIFF .tif, .tiff Використовує іменовані осі, якщо вони є, зокрема час, Z, канал, Y та X. Розпізнає метадані OME-TIFF та ImageJ і просторовий масштаб, якщо вони присутні. Доступна кожна сторінка звичайного багатосторінкового TIFF. TIFF — гнучкий контейнер. Перевірте стиснення, розмір BigTIFF, піраміди, осі та збереження метаданих.
Слайди зі сканерів виробників .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Читає власну піраміду зображень сканера через бекенд OpenSlide і завантажує рівень, що відповідає ділянці на екрані. Масштабна лінійка, вимірювання й анотації використовують мікронне калібрування сканера на кожному рівні масштабу. Починаючи з 1.10.0, відкриваються слайди NDPI, стиснені в JPEG XR, а також слайди Leica SCN і Ventana BIF, які OpenSlide не може прочитати. Починаючи з 1.20.0, анотації, намальовані в NDP.view (файл .ndpa поруч із .ndpi), з’являються поверх слайда, і їх можна скопіювати у ваші вимірювання. MRXS, VMS і VMU зберігають піксельні дані в супровідній папці поруч з індексним файлом, тому відкриваються лише з локального сховища й відхиляються для віддалених посилань. Для слайдів BIF, які OpenSlide не може прочитати, шви між плитками поки що не зшиваються. Перевірте цілісність піраміди й метадані виробника на типових слайдах.
Hamamatsu NDPIS (починаючи з 1.10.0) .ndpis Відкриває флуоресцентні набори Hamamatsu зі справжніми назвами й кольорами каналів, з вимірюваннями в мкм за калібруванням сканера. Звірте назви каналів, кольори й калібрування з програмою сканера на типовому наборі.
Olympus/Evident VSI (починаючи з 1.10.0) .vsi Відкриває повнослайдові та флуоресцентні зображення cellSens, зокрема слайди з кількома ділянками сканування. Кожна ділянка сканування вимірюється з власним розміром пікселя, а панель Details показує записані метадані, як-от об’єктив, справжні назви й кольори каналів і дату зйомки. Перевірте слайди з кількома ділянками й флуоресцентні скани з тієї версії cellSens, яку використовує ваша команда.
Olympus FluoView (починаючи з 1.10.0) .oib, .oif, .oir Відкриває конфокальні файли FluoView зі справжніми назвами й кольорами каналів, фокальними площинами в мкм і часовими точками в реальних секундах. Панель Details показує записані налаштування, як-от об’єктив, лазери, детектори й підсилення та пінхол. Звірте інтерпретацію каналів, Z і часу з FluoView на типовій зйомці.
Zeiss ZVI і LSM (починаючи з 1.10.0) .zvi, .lsm Відкриває файли AxioVision ZVI та конфокальні файли LSM від LSM 510 до LSM 980 зі справжніми назвами й кольорами каналів і фокальними площинами в мкм. Панель Details показує записані налаштування, як-от об’єктив, експозицію, лазери, детектори й пінхол. Перевірте файли кожного покоління AxioVision або ZEN, які архівує ваша команда.
Leica LIF, LOF і XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Відкриває файли LAS X; файли LOF і проєкти XLEF з їхніми частинами XLIF та XLCF відкриваються починаючи з 1.10.0, і в тому самому випуску поглиблено підтримку LIF. Мозаїчні скани (tile scans) і багатопозиційні зйомки відкриваються як позиції, між якими можна перемикатися або бачити їх разом у XY Overview, розміщені за записаними координатами столика. Тримайте файли, на які посилається проєкт XLEF, разом і перевірте розміщення за координатами столика на типовому мозаїчному скані.
DeltaVision (починаючи з 1.10.0) .dv, .r3d Відкриває файли DeltaVision, зокрема деконвольвовані зображення D3D, з каналами, фокальними площинами в мкм і часовими точками в секундах. Панель Details показує записані налаштування, як-от об’єктив, експозицію та фільтри. Порівняйте необроблені й деконвольвовані файли з однієї зйомки, якщо далі використовуються обидва.
MetaMorph (починаючи з 1.10.0) .stk, .nd, MetaSeries .tif Відкриває стеки STK, файли MetaSeries TIFF і набори багатовимірних зйомок .nd. Набір .nd відкривається як одне зображення: його довжини хвиль стають каналами, часові точки — часовим рядом, а між позиціями столика можна перемикатися або бачити їх разом у XY Overview. Тримайте файли TIFF або STK, перелічені в наборі .nd, поруч із ним.
OME-Zarr (починаючи з 1.10.0) Папки .zarr Відкриває зображення OME-NGFF 0.4 і 0.5, зокрема HCS-планшети з усіма лунками й полями, та результати bioformats2raw з їхніми метаданими OME-XML. Між лунками планшета можна перемикатися або бачити їх разом у XY Overview. Лише локальні папки: OME-Zarr не можна відкрити за віддаленим посиланням https.
Звичайні зображення (починаючи з 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Відкриває зображення PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF і WebP у тому самому переглядачі, що й мікроскопічні файли. Перш ніж покладатися на вимірювання в мкм, перевірте, чи записано у файлі калібрування.
Philips iSyntax (починаючи з 1.20.0) .isyntax Відкриває повнослайдові скани Philips iSyntax з їхньою пірамідою, розміром пікселя, етикеткою й макрозображенням. SlideScope показує декодовані пікселі: власне підвищення різкості, покращення контрасту й колірний профіль Philips не застосовуються, і панель Details про це повідомляє. Якщо точний вигляд важливий, порівняйте типовий слайд із переглядачем Philips. Пошкоджений або обрізаний файл відхиляється, а не відкривається частково.
KFBio KFB (починаючи з 1.20.0) .kfb Відкриває повнослайдові скани KFBio у світлому полі з їхньою пірамідою й розміром пікселя. Пошкоджена плитка малюється з наступного, грубішого рівня, і SlideScope про це повідомляє. Флуоресцентні слайди KFBF не відкриваються. Ділянки, які сканер не знімав, показуються білими.
ICS/IDS (починаючи з 1.20.0) .ics, .ids Відкриває зображення Image Cytometry Standard, як-от результати SVI Huygens і DIPlib: пари .ics/.ids версії 1 та окремі файли версії 2, зокрема дані зі стисненням gzip, з їхнім масштабом і осями. Пікселі збігаються з Bio-Formats, зокрема з його орієнтацією для файлів Huygens. Тримайте файл .ids поруч із його заголовком .ics. Календарний файл .ics розпізнається й не відкривається як зображення.
Gatan DM3 і DM4 (починаючи з 1.20.0) .dm3, .dm4 Відкриває зображення Gatan Digital Micrograph з їхнім калібруванням і метаданими мікроскопа. У спектральних зображеннях EELS та EDS енергією можна переміщатися повзунком Energy, а дифракційні картини й FFT отримують обернену масштабну лінійку в nm⁻¹ замість вимірювань. Одновимірні спектри й набори даних 4D-STEM не відкриваються.
Olympus SIS (починаючи з 1.20.0) .sis, .tif з тегами SIS Відкриває зображення Olympus analySIS з їхнім розміром пікселя й записаними метаданими. .sis — це також розширення інсталяторів Symbian, тому відкриваються лише файли, які справді є зображеннями TIFF.
Стандартний DICOM .dcm, .dicom Обробляє стандартні одно- та багатокадрові набори даних, відображаючи час, Z, канали, кадри й вибрані метадані. Повнослайдовий DICOM з плитками читається окремим шляхом для пірамід із нативним доступом до плиток. Підтвердьте синтаксис передачі/кодеки, клас SOP, політику знеособлення та вимоги до дослідницького використання.

Подробиці щодо форматів і авторитетні джерела

CZI: багатовимірний перегляд без натяків на сертифікацію ZEISS

CZI може містити кілька сцен, каналів, площин Z, часових точок, метадані зйомки та підблоки-плитки. SlideScope читає поширені для перегляду розмірності й метадані та дає змогу перемикатися між сценами файлу по одній або показувати їх разом у XY Overview. Сцени, тип пікселів або осі яких відрізняються від першої, недоступні для перемикання: показується перша сцена з повідомленням про причину. Експорт записує OME-TIFF зі стисненням без втрат, розміром пікселя й назвами каналів; експорт з XY Overview поміщає кожну сцену в один файл як окреме зображення, а великий мозаїчний скан експортується в роздільній здатності огляду. Кожна експортована сцена зберігає розмір пікселя, з яким її знято (виправлено в SlideScope 1.8.57; раніші версії могли неправильно калібрувати сцени різного розміру без плиток). Сімейство CZI достатньо широке, тож перевірка на справжньому файлі важлива; посібник із багатосценових CZI покроково показує сцени й експорт. ZEISS документує формат і його програмну екосистему на офіційній сторінці формату файлів зображень CZI. Це джерело визначає вихідний формат; воно не є схваленням чи сертифікацією SlideScope.

ND2: час, Z, канали й позиції

SlideScope відображає основні осі ND2 у модель свого переглядача. Починаючи з версії 1.8.41, багатопозиційна зйомка зберігає позиції на окремій осі, а не згортає їх у час, а XY Overview розміщує кожну позицію за записаною координатою столика. Орієнтацію столика перевірено на обмеженому наборі приладів, тож перевірте типовий багатопозиційний експеримент, перш ніж команда зробить його стандартом. Офіційні програмні ресурси NIS-Elements від Nikon описують безкоштовний автономний переглядач Nikon, перегляд багатовимірних наборів даних і експорт у TIFF у власній екосистемі Nikon.

SVS: повнослайдові піраміди та стиснення

Файли SVS — це повнослайдові зображення на основі TIFF з рівнями піраміди й метаданими Aperio. SlideScope вибирає рівень, що врівноважує деталізацію відображення та доступну пам’ять. Проєкт з відкритим кодом OpenSlide документує структуру формату Aperio, зокрема зображення з плитками, рівні піраміди, супутні зображення та властивості метаданих.

TIFF і OME-TIFF: контейнер, а не одне уніфіковане компонування

Файл із закінченням .tif може бути простим 2D-зображенням, зображенням RGB, стеком ImageJ, набором даних OME-TIFF, BigTIFF або пірамідальним зображенням з іншим стисненням. Модуль читання SlideScope розпізнає метадані OME та ImageJ, якщо вони є, але не варто вважати всі варіанти однаковими. Специфікація OME-TIFF пояснює, як площини TIFF і метадані OME-XML кодують розмірності та піраміди.

DICOM: стандартні кадри та повнослайдові піраміди з плиток

Поточні публічні інсталятори для Windows і macOS підтримують звичайні одно- та багатокадрові DICOM для дослідницького перегляду, зокрема флуоресцентні Z-стеки та покадрові (time-lapse) зйомки. Файли з класом SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage читаються окремим повнослайдовим шляхом, який безпосередньо використовує піраміду та структуру плиток DICOM, тож WSI DICOM з плитками відкривається без конвертування. Стиснені синтаксиси передачі декодуються вбудованими плагінами GDCM, openjpeg та imagecodecs. SlideScope не є PACS і не позиціонується як валідована діагностична робоча станція. Supplement 145 комітету зі стандартів DICOM визначає об’єкти повнослайдових мікроскопічних зображень і допомагає пояснити, чому WSI — окремий клас сумісності.

Формати приладів, додані у 1.10.0: що показує панель Details

Кожен формат, доданий у SlideScope 1.10.0, відкривається у Windows і macOS з метаданими на панелі Details. Залежно від того, що записано у файлі, це об’єктив (назва, збільшення, числова апертура та імерсія), лазери й джерела світла, детектори й підсилення, експозиція, фільтри, пінхол, справжні назви й кольори каналів, дата зйомки, часові точки в реальних секундах, фокальні площини в мкм, лунки й поля планшета та збережені вікна відображення. Мозаїчні скани й багатопозиційні позиції столика відкриваються як позиції, а XY Overview розміщує їх за записаними координатами столика. Покрокові посібники: VSI, OIB і OIR, ZVI, LSM, LOF і XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK і ND, OME-Zarr та NDPIS.

Формати, додані у 1.20.0

SlideScope 1.20.0 додає повнослайдові скани Philips iSyntax і KFBio KFB, зображення ICS/IDS, електронні мікрофотографії Gatan DM3 і DM4 та зображення Olympus SIS, кожне з масштабом і записаними метаданими; матриця вище показує, що кожен формат відкриває, а що ні. Покрокові посібники: iSyntax, KFB, ICS і IDS, DM3 і DM4 та SIS.

Чому файл із підтримуваним розширенням усе ж може не відкритися

Неповний або перейменований файл

Частково завантажений файл, перерване копіювання або файл, перейменований на підтримуване розширення, можуть не містити дійсного заголовка формату чи повних піксельних даних.

Варіант кодека або стиснення

Повнослайдові файли TIFF, SVS і DICOM можуть залежати від JPEG, JPEG 2000 або інших кодеків. Незвичний синтаксис передачі чи відсутній вбудований кодек можуть унеможливити декодування.

Незвичне компонування розмірностей

Файли виробників можуть по-різному кодувати сцени, позиції, освітлення, ракурси, плитки або осі. Модуль читання може відкрити файл, але інтерпретувати спеціалізоване компонування не так, як очікується.

Обмеження пам’яті та піраміди

Дуже великі зображення потребують коректних рівнів зниженої роздільної здатності або достатньо пам’яті для вибраної площини. Перевіряйте найбільші файли, з якими ви зазвичай працюєте, а не лише невеликий зразок.

Практичний тест перед впровадженням

  1. Виберіть файли з кожної моделі мікроскопа чи сканера, яку справді використовує ваша команда.
  2. Включіть малий файл, типовий файл, найбільший файл, з яким ви зазвичай працюєте, і один старіший архівний файл.
  3. Перевірте кольори каналів, часові точки, площини Z, позиції, деталізацію піраміди та просторове калібрування.
  4. Порівняйте ключові метадані з програмою зйомки або іншим надійним модулем читання.
  5. Перевірте експорт у TIFF і з’ясуйте, які розмірності й метадані очікує подальший робочий процес.
  6. Запишіть версію програми, операційну систему, обладнання, вихідне програмне забезпечення та результат.

Так лабораторія отримує докази, які можна переглянути пізніше, і це надійніше, ніж припускати, що всі файли з однаковим розширенням ідентичні.

Підтримувані й непідтримувані формати

Слайди зі сканерів NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF та AVS підтримуються через бекенд OpenSlide, Leica LIF має власний модуль читання, VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr і звичайні файли зображень підтримуються починаючи з версії 1.10.0, а Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 та Olympus SIS — починаючи з версії 1.20.0; усі вони є в матриці сумісності вище. Відкривається й .zip з підтримуваними файлами: SlideScope показує, що всередині, розпаковує архів поруч із ним і відкриває вміст. SlideScope не відкриває файли SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD або MRC, флуоресцентні слайди KFBio KFBF, одновимірні спектри Gatan чи набори даних 4D-STEM, OME-Zarr за віддаленими посиланнями https, NIfTI або загальні відеоформати. Не перейменовуйте такі файли на підтримуване розширення. Якщо один із цих форматів важливий для вашого робочого процесу, перед покупкою зверніться до підтримки, вказавши назву формату й програму зйомки.

Для підтримуваних файлів, які все ж не відкриваються, вбудований у програму процес звернення до підтримки може додати неконфіденційний контекст слайда. Не надсилайте дані, що ідентифікують пацієнта, чи пропрієтарні файли, якщо ваша організація не схвалила такого обміну.

Запитання про сумісність

Які розширення мікроскопічних файлів відкриває SlideScope?

Поточні випуски SlideScope спрямовують .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif і формати повнослайдових сканерів .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff та .avs до спеціальних модулів читання. Починаючи з версії 1.10.0, вони також відкривають файли .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd і .ndpis, папки OME-Zarr з локального сховища та звичайні зображення .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif і .webp. Починаючи з версії 1.20.0, вони також відкривають слайди Philips .isyntax і KFBio .kfb, зображення .ics та .ids, файли Gatan .dm3 і .dm4 та зображення Olympus .sis; файл анотацій NDP.view .ndpa відкривається разом зі своїм слайдом NDPI, а .zip зі слайдами відкривається, щойно SlideScope розпакує його поруч з архівом. Сумісність усе ще може залежати від підформату виробника, стиснення, цілісності файлу та вбудованих метаданих.

Чи відкриває SlideScope файли OME-TIFF?

Модуль читання TIFF розпізнає метадані OME-TIFF і відображає іменовані осі часу, Z, каналу, Y та X, якщо вони доступні. Перевірте типові варіанти стиснення, BigTIFF і пірамід.

Чи гарантує підтримка розширення, що відкриється кожен файл?

Ні. Пошкодження, неповна передача, рідкісні кодеки, варіанти виробників і незвичні компонування розмірностей усе ще можуть впливати на сумісність.

Чи є SlideScope діагностичним переглядачем DICOM?

Жодних діагностичних заяв не робиться. SlideScope призначений для дослідницьких, навчальних робочих процесів і перегляду; клінічне використання потребує власної валідації установи та регуляторної оцінки.

Перевірте файли, які справді використовує ваша команда

Встановіть потрібну збірку для Windows або Mac, а потім перевірте типові набори даних CZI, ND2, SVS, TIFF і DICOM.

Завантажити програму