Outils gratuits pour images de microscopie

Outils

• Visionneuse TIFF en ligneTIFF 16 bits, multicanaux, multipages, OME-TIFF et TIFF pyramidaux dans votre navigateur
• Visionneuse de métadonnées TIFFChaque balise, les métadonnées OME-XML, ImageJ et SVS, la taille de pixel et les champs identifiants
• Visionneuse SVS en ligneImages de lames entières Aperio avec étiquette, macro et MPP, zoomables dans votre navigateur
• Visionneuse OME-TIFFCanaux, Z et temps à partir de l’OME-XML, avec un contraste par canal
• Convertisseur TIFF vers JPG/PNGTIFF 16 bits, multicanaux et multipages vers PNG ou JPEG, avec le contraste que vous choisissez
• Ajouter une barre d’échelleUne barre d’échelle étalonnée sur une micrographie PNG ou JPEG
• Calculateurs de microscopieGrossissement, champ de vision, résolution, taille de pixel, hémocytomètre, ensemencement

Quand utiliser plutôt une application de bureau

• Les SVS en JPEG 2000 (compression Aperio 33003/33005), JPEG XR et JPEG XL ne peuvent pas être décodés dans un navigateur sans WebAssembly, que cette page ne charge pas.
• Formats non basés sur TIFF : CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR et DICOM nécessitent un lecteur de bureau. NDPI ressemble à TIFF mais stocke chaque niveau sous forme d’un unique JPEG gigantesque, trop volumineux pour un onglet de navigateur.
• Pour un OME-TIFF à plusieurs séries, seule la première série est affichée.
• Ni mesures, ni annotations, ni analyse : c’est une visionneuse.

Pour ces formats, et pour mesurer, annoter et compter les cellules sur vos propres images, SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images. Alternatives gratuites : Fiji (Bio-Formats) et QuPath.

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