Où un TIFF conserve sa taille de pixel
La visionneuse indique lesquels de ces éléments elle a trouvés. S’il n’y en a aucun, définissez l’échelle vous-même (le calculateur de taille de pixel explique comment) avant de mesurer.
Champs susceptibles d’identifier un patient ou un laboratoire
Les fichiers de lames entières contiennent souvent plus que des pixels : une photo de l’étiquette de la lame (code-barres, numéro de dossier, parfois un nom), une image macro de toute la lame, la date et l’heure de numérisation, le numéro de série du scanner, le nom d’utilisateur et le nom de fichier d’origine. L’outil liste ceux qu’il trouve dans les balises principales. Avant de partager une lame en dehors de votre établissement, supprimez-les : voir comment supprimer les étiquettes et les données patient des images de lames.
Les mêmes informations en ligne de commande
tiffinfo file.tif (libtiff) affiche chaque répertoire ; exiftool -a -G1 file.tif ajoute les balises du fabricant ; en Python, tifffile.TiffFile(path) expose .pages[i].tags, .ome_metadata et .imagej_metadata. Pour le SVS, openslide.OpenSlide(path).properties fournit les champs analysés (voir lire des fichiers SVS en Python).
Comment elle ouvre un fichier sans le téléverser
Lorsque vous choisissez un fichier, le navigateur donne à cette page un accès à ce fichier sur votre disque. La page ne lit que les octets dont elle a besoin : d’abord le répertoire TIFF, puis les tuiles de la partie de l’image affichée à l’écran, qu’elle décode dans la page avec un lecteur TIFF open source (geotiff). Rien n’est envoyé à un serveur : les données non publiées et les lames portant des étiquettes patient restent sur votre ordinateur, et les lames de plusieurs gigaoctets s’ouvrent en quelques secondes parce qu’elles ne sont jamais copiées nulle part. Fermez l’onglet et le fichier disparaît de la page.
La page charge ses propres scripts depuis slidescope.science ainsi que le compteur de pages vues du site, respectueux de la vie privée ; ni l’un ni l’autre ne voit jamais votre image. Licences open source : image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Questions
Comment voir les métadonnées d’un fichier TIFF ?
Ouvrez-le dans cette page pour lister chaque balise de chaque image, ou utilisez tiffinfo, exiftool ou tifffile en Python. La balise ImageDescription contient l’essentiel des métadonnées de microscopie (champs OME-XML, ImageJ ou Aperio).
Comment trouver la taille de pixel d’un TIFF ?
Cherchez PhysicalSizeX dans l’OME-XML, MPP dans une description Aperio, ou l’unité ImageJ avec XResolution. Une simple résolution de 72 ou 300 dpi est un réglage d’impression, pas un étalonnage de microscope.
Puis-je exporter les balises ?
Oui : « Télécharger toutes les balises en JSON » enregistre les balises de 200 images au maximum du fichier, en raccourcissant les tableaux longs.
Mon fichier est-il téléversé ?
Non. Le navigateur lit le fichier sur votre ordinateur ; rien n’est envoyé nulle part.
Cet outil est-il gratuit ?
Oui, il est gratuit et ne nécessite pas de compte. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images.
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SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac, dont CZI, ND2, LIF, MRXS et SVS en JPEG 2000, avec mesures, annotations, comptage de cellules et export OME-TIFF en pleine résolution. Essayez gratuitement tous les outils sur les échantillons intégrés ; pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. Déjà décidé ? Abonnez-vous maintenant.