Ce que contient un fichier SVS
Un fichier SVS est un TIFF qui contient plusieurs images : la numérisation en pleine résolution (en tuiles, généralement compressée en JPEG), une miniature, deux ou trois niveaux de résolution réduite, une photo de l’étiquette de la lame et une image macro à faible grossissement de toute la lame de verre. La description de la première image contient les détails de la numérisation, dont le MPP (micromètres par pixel, environ 0,25 pour une numérisation à 40× et 0,5 à 20×) et l’AppMag. La visionneuse les lit tous : la pyramide sert au zoom, le MPP à la barre d’échelle, et l’étiquette et la macro s’ouvrent avec les boutons à côté de l’image.
Fichiers SVS en JPEG 2000
Certains scanners Aperio compressent les lames en JPEG 2000 (compression TIFF 33003 ou 33005). Les navigateurs ne peuvent pas décoder le JPEG 2000 sans WebAssembly : cette page le signale donc au lieu d’afficher une image vide. Aperio ImageScope (Windows), QuPath et SlideScope les ouvrent. Pour vérifier un fichier au préalable, ouvrez-le dans la visionneuse de métadonnées TIFF et regardez le champ Compression.
L’image d’étiquette et les données patient
L’image d’étiquette est une photo de l’étiquette papier collée sur la lame ; elle peut montrer un code-barres, un numéro de dossier ou le nom d’un patient. La consulter ici la laisse sur votre ordinateur ; partager le fichier, non. Consultez comment supprimer les étiquettes et les données patient avant d’envoyer une lame hors de votre établissement.
Ce qu’elle n’ouvre pas
- Les SVS en JPEG 2000 (compression Aperio 33003/33005), JPEG XR et JPEG XL ne peuvent pas être décodés dans un navigateur sans WebAssembly, que cette page ne charge pas.
- Formats non basés sur TIFF : CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR et DICOM nécessitent un lecteur de bureau. NDPI ressemble à TIFF mais stocke chaque niveau sous forme d’un unique JPEG gigantesque, trop volumineux pour un onglet de navigateur.
- Pour un OME-TIFF à plusieurs séries, seule la première série est affichée.
- Ni mesures, ni annotations, ni analyse : c’est une visionneuse.
Pour ces formats, et pour mesurer, annoter et compter les cellules sur vos propres images, SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images. Alternatives gratuites : Fiji (Bio-Formats) et QuPath.
Comment elle ouvre un fichier sans le téléverser
Lorsque vous choisissez un fichier, le navigateur donne à cette page un accès à ce fichier sur votre disque. La page ne lit que les octets dont elle a besoin : d’abord le répertoire TIFF, puis les tuiles de la partie de l’image affichée à l’écran, qu’elle décode dans la page avec un lecteur TIFF open source (geotiff). Rien n’est envoyé à un serveur : les données non publiées et les lames portant des étiquettes patient restent sur votre ordinateur, et les lames de plusieurs gigaoctets s’ouvrent en quelques secondes parce qu’elles ne sont jamais copiées nulle part. Fermez l’onglet et le fichier disparaît de la page.
La page charge ses propres scripts depuis slidescope.science ainsi que le compteur de pages vues du site, respectueux de la vie privée ; ni l’un ni l’autre ne voit jamais votre image. Licences open source : image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Questions
Comment ouvrir un fichier SVS en ligne ?
Ouvrez-le dans cette page : le navigateur lit la lame sur votre disque et l’affiche avec le zoom, la miniature, l’étiquette, la macro et les détails de la numérisation. Rien n’est téléversé.
Pourquoi mon fichier SVS ne s’ouvre-t-il pas ?
Il est probablement compressé en JPEG 2000 (compression 33003 ou 33005), que les navigateurs ne savent pas décoder. Ouvrez-le plutôt dans Aperio ImageScope, QuPath ou SlideScope.
Quelle taille de fichier SVS peut-elle ouvrir ?
Toute taille que le navigateur peut adresser : seules les tuiles affichées sont lues, si bien qu’une lame de 3 Go s’ouvre presque aussi vite qu’une petite.
Affiche-t-elle l’étiquette de la lame ?
Oui, sous forme d’image distincte. Gardez à l’esprit que les étiquettes peuvent porter des informations sur le patient.
Cette visionneuse SVS est-elle gratuite ?
Oui, il est gratuit et ne nécessite pas de compte. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images.
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