Comment un OME-TIFF stocke les canaux, Z et le temps
Un OME-TIFF stocke chaque plan 2D comme une image TIFF et les décrit en OME-XML dans la description de la première image : SizeC, SizeZ, SizeT et un DimensionOrder tel que XYZCT indiquent quel plan est lequel, les éléments Channel portent les noms et les couleurs, et PhysicalSizeX la taille de pixel. Depuis OME-TIFF 6, les grandes images conservent leurs résolutions réduites dans des SubIFD. La visionneuse lit tout cela : un time-lapse à 3 canaux s’ouvre ainsi en trois canaux colorés avec un curseur temporel, et non en une pile de pages.
Ce qu’elle ouvre
Ce qu’elle n’ouvre pas
- Les SVS en JPEG 2000 (compression Aperio 33003/33005), JPEG XR et JPEG XL ne peuvent pas être décodés dans un navigateur sans WebAssembly, que cette page ne charge pas.
- Formats non basés sur TIFF : CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR et DICOM nécessitent un lecteur de bureau. NDPI ressemble à TIFF mais stocke chaque niveau sous forme d’un unique JPEG gigantesque, trop volumineux pour un onglet de navigateur.
- Pour un OME-TIFF à plusieurs séries, seule la première série est affichée.
- Ni mesures, ni annotations, ni analyse : c’est une visionneuse.
Pour ces formats, et pour mesurer, annoter et compter les cellules sur vos propres images, SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images. Alternatives gratuites : Fiji (Bio-Formats) et QuPath.
Comment elle ouvre un fichier sans le téléverser
Lorsque vous choisissez un fichier, le navigateur donne à cette page un accès à ce fichier sur votre disque. La page ne lit que les octets dont elle a besoin : d’abord le répertoire TIFF, puis les tuiles de la partie de l’image affichée à l’écran, qu’elle décode dans la page avec un lecteur TIFF open source (geotiff). Rien n’est envoyé à un serveur : les données non publiées et les lames portant des étiquettes patient restent sur votre ordinateur, et les lames de plusieurs gigaoctets s’ouvrent en quelques secondes parce qu’elles ne sont jamais copiées nulle part. Fermez l’onglet et le fichier disparaît de la page.
La page charge ses propres scripts depuis slidescope.science ainsi que le compteur de pages vues du site, respectueux de la vie privée ; ni l’un ni l’autre ne voit jamais votre image. Licences open source : image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Questions
Comment ouvrir un fichier OME-TIFF ?
Dans le navigateur, ouvrez-le dans cette page. Sur ordinateur, Fiji (Bio-Formats), QuPath, napari et SlideScope lisent tous l’OME-TIFF.
Pourquoi mes canaux s’affichent-ils dans des couleurs différentes ?
La visionneuse utilise les couleurs indiquées dans l’OME-XML ; les canaux qui n’en ont pas reçoivent rouge, vert, bleu, etc. Modifiez n’importe quelle couleur avec la case de couleur à côté du canal.
Lit-elle les pyramides OME-TIFF ?
Oui, les résolutions réduites stockées dans des SubIFD (OME-TIFF 6 et versions ultérieures, exports bfconvert, QuPath et vips) sont utilisées pour le zoom.
Et si le fichier contient plusieurs séries ?
La visionneuse affiche la première série et indique combien il y en a. Une visionneuse de bureau est nécessaire pour les autres.
Cette visionneuse OME-TIFF est-elle gratuite ?
Oui, il est gratuit et ne nécessite pas de compte. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images.
Besoin de plus que ce qu’un navigateur peut faire ?
SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac, dont CZI, ND2, LIF, MRXS et SVS en JPEG 2000, avec mesures, annotations, comptage de cellules et export OME-TIFF en pleine résolution. Essayez gratuitement tous les outils sur les échantillons intégrés ; pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. Déjà décidé ? Abonnez-vous maintenant.