Figures
Ajouter une barre d’échelle à une image de microscope
Ouvrez un PNG ou un JPEG, saisissez la taille de pixel ou mesurez une distance connue sur l’image, puis téléchargez-la avec une barre d’échelle nette et correctement dimensionnée. L’outil s’exécute entièrement dans cette page : votre image n’est jamais téléversée. En dessous : le calculateur de longueur de barre d’échelle et le calcul de cours de biologie "taille réelle à partir d’une barre d’échelle".
Comment ajouter une barre d’échelle correcte
- Obtenez la taille de pixel. Le mieux : à partir des métadonnées du fichier d’origine (Fiji : Image › Properties ; la plupart des formats de microscope l’enregistrent). Sinon, calculez-la à partir de la caméra et de l’objectif avec le calculateur de taille de pixel, ou mesurez un micromètre objectif.
- Utilisez l’image en pleine résolution. Si vous avez redimensionné l’image, ou l’avez recadrée puis remise à l’échelle, la taille de pixel a changé du même facteur. Une réduction d’un facteur 2 double le nombre de µm par pixel.
- Choisissez une longueur ronde (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…) d’environ 10–20 % de la largeur de l’image, pour qu’elle se lise d’un coup d’œil sans masquer l’échantillon.
- Placez-la dans un coin dégagé, dans une couleur qui contraste avec le fond, et indiquez la longueur sur la barre ou dans la légende.
L’outil ci-dessus applique ces règles : laissez la longueur vide et il choisit une valeur ronde proche d’un cinquième de la largeur. La plupart des navigateurs ne peuvent pas ouvrir les fichiers TIFF ; enregistrez d’abord un PNG (Fiji : File › Save As › PNG).
Formules de la barre d’échelle
longueur de la barre (px) = longueur de la barre (µm) ÷ taille de pixel (µm/px) · taille réelle = longueur de l’objet ÷ longueur de la barre × valeur de la barre
Exemple détaillé (figure) : 0,25 µm par pixel, une barre de 50 µm : 50 ÷ 0,25 = 200 pixels.
Exemple détaillé (question de biologie) : sur une micrographie imprimée, la cellule mesure 36 mm à la règle et la barre d’échelle de 10 µm mesure 20 mm. Taille réelle = 36 ÷ 20 × 10 = 18 µm. Comme les deux longueurs sont mesurées avec la même règle, leur unité s’annule ; seule la valeur de la barre détermine l’unité du résultat. Le grossissement de cette impression est de 20 mm ÷ 10 µm = 20 000 µm ÷ 10 µm = ×2000.
Barres d’échelle dans Fiji et dans SlideScope
Fiji / ImageJ : définissez ou vérifiez l’échelle (Analyze › Set Scale), puis Analyze › Tools › Scale Bar…, choisissez la largeur, la position et la couleur, et cochez Overlay pour laisser les pixels intacts.
SlideScope : la visionneuse lit la taille de pixel des fichiers CZI, ND2, SVS, LIF, OME-TIFF et des autres formats pris en charge, et affiche une barre d’échelle qui suit le zoom. File › Make Figure… dispose les panneaux avec des lettres et des barres d’échelle, et rédige un paragraphe Méthodes à partir des métadonnées du fichier ; l’enregistrement de la figure nécessite un abonnement. Lorsqu’un fichier n’a pas de taille de pixel, View › Set Pixel Size… permet d’en ajouter une.
Questions
Comment ajouter une barre d’échelle à une image de microscope ?
Il vous faut la taille de pixel de l’image (µm par pixel). Divisez par cette valeur la longueur de barre souhaitée pour obtenir la longueur de la barre en pixels, puis tracez-la, ou utilisez l’outil de cette page, Analyze › Tools › Scale Bar dans Fiji, ou le logiciel de votre microscope.
Comment calculer la taille réelle d’un échantillon à partir d’une barre d’échelle ?
Mesurez l’objet et la barre d’échelle à la règle, divisez la longueur de l’objet par celle de la barre et multipliez par la valeur de la barre : 36 mm ÷ 20 mm × 10 µm = 18 µm.
Mon image est-elle téléversée ?
Non. L’image est lue par votre navigateur et dessinée sur un canevas dans cette page ; rien n’est envoyé à un serveur. Fermer l’onglet la supprime.
Quelle longueur doit avoir une barre d’échelle ?
Un nombre rond (1, 2, 5 × une puissance de dix) couvrant environ 10–20 % de la largeur de l’image. Les barres très courtes sont difficiles à lire ; les très longues masquent l’échantillon.
Puis-je ajouter une barre d’échelle à un TIFF ?
La plupart des navigateurs ne peuvent pas afficher les fichiers TIFF : enregistrez donc d’abord l’image en PNG. Les outils de bureau comme Fiji ou SlideScope ouvrent directement le TIFF et lisent son étalonnage.
Cet outil est-il gratuit ?
Oui. Il s’exécute dans votre navigateur et n’envoie rien nulle part. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images.
Sources
Les résultats sont théoriques ou arithmétiques ; vérifiez-les par rapport à la documentation de votre instrument avant de vous y fier pour un travail clinique ou réglementé.
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SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames, dont CZI, ND2, SVS et LIF, avec leur propre étalonnage : longueurs, surfaces, comptages de cellules et barres d’échelle sont donnés en µm sans aucun réglage. Essayez gratuitement tous les outils sur les échantillons intégrés ; pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. Déjà décidé ? Abonnez-vous maintenant.