Ce qu’elle ouvre
Faites glisser pour vous déplacer, faites défiler ou pincez pour zoomer, double-cliquez pour agrandir ; les touches + et − fonctionnent aussi. Si le fichier contient une taille de pixel, une barre d’échelle suit le zoom. « Enregistrer la vue en PNG » conserve ce qui est à l’écran.
Pourquoi la plupart des visionneuses en ligne affichent un TIFF 16 bits en noir
Les caméras de microscope enregistrent 12, 14 ou 16 bits par pixel, mais un écran n’en affiche que 8. Une visionneuse qui projette directement 0–65 535 sur 0–255 écrase une image de fluorescence typique, dont le signal se situe entre quelques centaines et quelques milliers, dans les tout derniers niveaux de gris : du noir. Cette visionneuse fixe la plage d’affichage de chaque canal à partir des 0,1e et 99,9e centiles de ses données (le même principe que le bouton Auto de Fiji), et vous pouvez saisir des valeurs minimale et maximale exactes ou revenir à la plage complète. Cela ne change que ce que vous voyez, jamais le fichier.
Ce qu’elle n’ouvre pas
- Les SVS en JPEG 2000 (compression Aperio 33003/33005), JPEG XR et JPEG XL ne peuvent pas être décodés dans un navigateur sans WebAssembly, que cette page ne charge pas.
- Formats non basés sur TIFF : CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR et DICOM nécessitent un lecteur de bureau. NDPI ressemble à TIFF mais stocke chaque niveau sous forme d’un unique JPEG gigantesque, trop volumineux pour un onglet de navigateur.
- Pour un OME-TIFF à plusieurs séries, seule la première série est affichée.
- Ni mesures, ni annotations, ni analyse : c’est une visionneuse.
Pour ces formats, et pour mesurer, annoter et compter les cellules sur vos propres images, SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images. Alternatives gratuites : Fiji (Bio-Formats) et QuPath.
Comment elle ouvre un fichier sans le téléverser
Lorsque vous choisissez un fichier, le navigateur donne à cette page un accès à ce fichier sur votre disque. La page ne lit que les octets dont elle a besoin : d’abord le répertoire TIFF, puis les tuiles de la partie de l’image affichée à l’écran, qu’elle décode dans la page avec un lecteur TIFF open source (geotiff). Rien n’est envoyé à un serveur : les données non publiées et les lames portant des étiquettes patient restent sur votre ordinateur, et les lames de plusieurs gigaoctets s’ouvrent en quelques secondes parce qu’elles ne sont jamais copiées nulle part. Fermez l’onglet et le fichier disparaît de la page.
La page charge ses propres scripts depuis slidescope.science ainsi que le compteur de pages vues du site, respectueux de la vie privée ; ni l’un ni l’autre ne voit jamais votre image. Licences open source : image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Questions
Comment afficher un fichier TIFF en ligne sans le téléverser ?
Ouvrez-le dans cette page : le navigateur lit le fichier sur votre disque et le dessine dans la page, et rien n’est envoyé à un serveur. La plupart des autres visionneuses TIFF en ligne téléversent d’abord le fichier.
Pourquoi mon TIFF apparaît-il noir ou entièrement blanc ?
C’est presque toujours une image 16 bits dont les valeurs n’occupent qu’une petite partie de la plage 0–65 535. Le contraste automatique étire la plage réelle des données sur l’écran ; fixez le minimum et le maximum à la main pour obtenir des images comparables.
Peut-elle ouvrir de très gros fichiers TIFF ?
Oui, si le fichier est en tuiles et possède une pyramide (images de lames entières, OME-TIFF pyramidal, BigTIFF) : seules les tuiles affichées à l’écran sont lues, si bien que des lames de plusieurs gigaoctets s’ouvrent rapidement. Une grande image sans pyramide peut être explorée en zoomant et en se déplaçant, mais pas affichée en entier.
Peut-elle ouvrir des TIFF multipages et des piles Z ?
Oui. Les pages, les plans Z et les points temporels ont leurs curseurs ; les OME-TIFF et les hyperstacks ImageJ sont lus en canaux, Z et temps.
Fonctionne-t-elle sur Mac ou sur iPhone ?
Elle fonctionne dans n’importe quel navigateur récent, y compris Safari sur macOS et iOS. Safari sait afficher seul les TIFF simples, mais pas les TIFF 16 bits, multicanaux ou pyramidaux.
Cette visionneuse TIFF est-elle gratuite ?
Oui, il est gratuit et ne nécessite pas de compte. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images.
Besoin de plus que ce qu’un navigateur peut faire ?
SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac, dont CZI, ND2, LIF, MRXS et SVS en JPEG 2000, avec mesures, annotations, comptage de cellules et export OME-TIFF en pleine résolution. Essayez gratuitement tous les outils sur les échantillons intégrés ; pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. Déjà décidé ? Abonnez-vous maintenant.