Quantification locale

Quantifiez noyaux, cellules et particules sans qu’un seul pixel ne sorte

La quantification locale transforme en chiffres la lame que vous avez déjà sous les yeux. La segmentation et la mesure s’exécutent sur votre propre ordinateur : les images inédites ou issues de patients ne quittent jamais la machine, et le résultat s’affiche dans la même fenêtre que l’image.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Pourquoi quantifier ici

Vos pixels restent sur votre machine

La segmentation et la mesure s’exécutent en local. Seuls les poids du modèle sont téléchargés, et SlideScope vérifie leur empreinte SHA-256 avant de les charger. Rien de l’image n’est transmis, ce qui change tout pour des données inédites, du matériel issu de patients et un passage en comité d’éthique.

Deux moteurs, tous deux explicites

Utilisez des poids d’apprentissage profond InstanSeg vérifiés pour les noyaux et les cellules, ou un seuil classique explicite avec sélection automatique d’Otsu, détection de polarité, lissage et bornes de surface. Vous savez toujours quel moteur a produit un chiffre, et le résumé de méthodes le consigne.

Conçu pour être reproductible

Chaque exécution est décrite par une recette enregistrée : type d’objet, moteur, canal, seuils, bornes de surface, canaux de marqueur. Rechargez la recette, relancez le dossier, vous obtenez la même analyse. Le résumé de méthodes exporté est rédigé pour être collé dans un manuscrit.

Ce que vous obtenez

  • Nombre d’objets, avec une densité étalonnée par millimètre carré dès que la taille de pixel est enregistrée
  • Surface, périmètre et descripteurs de forme pour chaque objet
  • Intensité moyenne dans tous les canaux, pas seulement celui de la segmentation
  • Classification facultative des objets positifs sur un ou deux canaux de marqueur
  • Distributions de taille et d’intensité sur toute la population d’objets
  • Surcouches modifiables, pour exclure avant export tout objet mal segmenté

Des exports adaptés aux flux réels

  • Table CSV des objets pour les statistiques sous R, Python, Prism ou tableur
  • Contours GeoJSON que QuPath et ASAP importent directement
  • TIFF de masque étiqueté avec la recette intégrée aux métadonnées
  • PNG annoté pour figures et présentations
  • JSON de synthèse pour un usage programmatique en aval
  • Un résumé de méthodes rédigé pour être collé dans un manuscrit

Cinq minutes, de l’image aux chiffres

  1. Choisir la région

    Quantifiez l’image entière ou seulement la région sélectionnée. Travailler sur une région garde une lame gigapixel réactive et concentre l’analyse sur le tissu qui vous intéresse vraiment.

  2. Choisir objets et moteur

    Noyaux, cellules ou particules. InstanSeg pour les noyaux et les cellules, seuillage classique pour le reste ou lorsqu’il vous faut une règle entièrement explicite.

  3. Vérifier la surcouche

    Les résultats s’affichent en surcouche sur l’image. Parcourez la table des objets, examinez les valeurs aberrantes et excluez ce que la segmentation a mal lu. Rien n’est définitif tant que vous ne l’avez pas validé.

  4. Exporter ou traiter le dossier

    Exportez le lot, ou enregistrez les réglages en recette et appliquez la même analyse à un dossier entier en une seule passe, avec un récapitulatif de lot commun.

Questions fréquentes

Mes images quittent-elles mon ordinateur ?

Non. La segmentation et la mesure s’exécutent dans le processus SlideScope, sur votre machine. La seule requête réseau est un téléchargement ponctuel des poids du modèle, et SlideScope vérifie l’empreinte SHA-256 de l’archive et du modèle avant de charger le moindre code.

Quel moteur choisir ?

InstanSeg pour les noyaux et les cellules en fond clair ou en fluorescence : il sépare les objets jointifs bien mieux qu’un seuil. Le moteur classique pour les particules, les colorations inhabituelles, ou dès que vous avez besoin d’une règle énonçable telle quelle dans la section méthodes.

Puis-je me fier aux chiffres pour publier ?

Traitez-les comme un résultat de recherche qui demande votre contrôle qualité. SlideScope affiche la segmentation en surcouche modifiable précisément pour que vous la vérifiiez, et exporte un résumé de méthodes décrivant comment chaque chiffre a été obtenu. Les résultats ne sont pas validés pour le diagnostic ni pour une décision clinique.

Usage recherche uniquement. Les résultats exigent un contrôle qualité visuel et ne sont pas validés pour le diagnostic ni pour une décision clinique.

Quantifiez vos propres lames cette semaine

L’essai de 14 jours donne un accès complet, quantification locale et traitement par dossier compris. Testez-le sur les images que votre laboratoire utilise réellement.

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