Convertir des TIFF 16 bits sans perdre l’image
Le PNG et le JPEG tels qu’utilisés sur le web contiennent 8 bits par canal : une image de microscope 16 bits doit donc être ramenée à 256 niveaux. Un convertisseur qui projette toute la plage 0–65 535 rend presque noire une image de caméra typique, qui n’utilise que quelques milliers de niveaux. Ici, la plage de chaque canal part de ses centiles 0,1–99,9 (Contraste automatique) ; saisissez un minimum et un maximum pour appliquer la même correspondance à plusieurs images afin qu’elles restent comparables, ou choisissez Plage complète. Conservez le TIFF d’origine pour les mesures : un export 8 bits modifie les intensités, et le PNG et le JPEG ne conservent pas la taille de pixel.
Ce que vous pouvez exporter
- Un seul plan ou tous : pages, plans Z et points temporels, chacun enregistré dans son propre fichier.
- Composite ou canaux séparés : une superposition colorée des canaux que vous laissez activés, ou chaque canal dans sa propre image en niveaux de gris.
- Images de lames entières : choisissez un niveau de la pyramide jusqu’à 16 384 pixels de côté (les navigateurs ne peuvent pas contenir d’images plus grandes). Pour un export en pleine résolution, convertissez plutôt en OME-TIFF sur ordinateur (comment faire).
- Le PNG est sans perte ; le JPEG est plus léger, avec la qualité que vous choisissez.
La même conversion dans Fiji ou en ligne de commande
Fiji : Image › Adjust › Brightness/Contrast, Apply, puis Image › Type › 8-bit (ou RGB Color pour les composites) et File › Save As › PNG. ImageMagick : magick input.tif -auto-level -depth 8 output.png (ajoutez [0] après le nom du fichier d’entrée pour la première page seulement). Python : lisez avec tifffile.imread, remettez à l’échelle 0–255 avec numpy, écrivez avec imageio.
Ce qu’elle n’ouvre pas
- Les SVS en JPEG 2000 (compression Aperio 33003/33005), JPEG XR et JPEG XL ne peuvent pas être décodés dans un navigateur sans WebAssembly, que cette page ne charge pas.
- Formats non basés sur TIFF : CZI, ND2, LIF, MRXS, VSI, IMS, OIB/OIR et DICOM nécessitent un lecteur de bureau. NDPI ressemble à TIFF mais stocke chaque niveau sous forme d’un unique JPEG gigantesque, trop volumineux pour un onglet de navigateur.
- Pour un OME-TIFF à plusieurs séries, seule la première série est affichée.
- Ni mesures, ni annotations, ni analyse : c’est une visionneuse.
Pour ces formats, et pour mesurer, annoter et compter les cellules sur vos propres images, SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images. Alternatives gratuites : Fiji (Bio-Formats) et QuPath.
Comment elle ouvre un fichier sans le téléverser
Lorsque vous choisissez un fichier, le navigateur donne à cette page un accès à ce fichier sur votre disque. La page ne lit que les octets dont elle a besoin : d’abord le répertoire TIFF, puis les tuiles de la partie de l’image affichée à l’écran, qu’elle décode dans la page avec un lecteur TIFF open source (geotiff). Rien n’est envoyé à un serveur : les données non publiées et les lames portant des étiquettes patient restent sur votre ordinateur, et les lames de plusieurs gigaoctets s’ouvrent en quelques secondes parce qu’elles ne sont jamais copiées nulle part. Fermez l’onglet et le fichier disparaît de la page.
La page charge ses propres scripts depuis slidescope.science ainsi que le compteur de pages vues du site, respectueux de la vie privée ; ni l’un ni l’autre ne voit jamais votre image. Licences open source : image-tools-vendor.LICENSE.txt.
Questions
Comment convertir un TIFF en JPG sans le téléverser ?
Ouvrez-le dans cette page, choisissez JPEG et cliquez sur Convertir : le navigateur convertit le fichier sur votre ordinateur et enregistre le résultat, sans rien envoyer à un serveur.
Pourquoi mon TIFF 16 bits devient-il noir une fois converti ?
Le convertisseur a projeté toute la plage 16 bits sur 8 bits, si bien que les données réelles n’occupent que les niveaux les plus sombres. Utilisez ici le Contraste automatique, ou réglez la plage d’affichage avant de convertir dans Fiji.
Puis-je convertir toutes les pages d’un TIFF multipage ?
Oui : cochez l’option de conversion de toutes les pages ; chaque page est enregistrée dans son propre PNG ou JPEG.
Puis-je convertir une lame SVS en JPG ?
Oui, à n’importe quel niveau de la pyramide jusqu’à 16 384 pixels de côté ; la pleine résolution d’une lame entière est trop grande pour un seul JPEG dans un navigateur.
Ce convertisseur est-il gratuit ?
Oui, il est gratuit et ne nécessite pas de compte. SlideScope, l’application de microscopie de bureau conçue par la même équipe, est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) et un abonnement pour vos propres images.
Besoin de plus que ce qu’un navigateur peut faire ?
SlideScope ouvre 34 formats de microscopes et de scanners de lames sous Windows et Mac, dont CZI, ND2, LIF, MRXS et SVS en JPEG 2000, avec mesures, annotations, comptage de cellules et export OME-TIFF en pleine résolution. Essayez gratuitement tous les outils sur les échantillons intégrés ; pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. Déjà décidé ? Abonnez-vous maintenant.