Compatibiliteitsoverzicht

Compatibiliteit van microscopiebestanden in SlideScope

SlideScope heeft eigen desktoplezers voor de families CZI, ND2, SVS, TIFF en DICOM en voor whole-slide-formaten van leveranciers. Sinds versie 1.10.0 opent het ook Olympus/Evident VSI, OIB en OIR, Zeiss ZVI en LSM, Leica LOF en XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr en alledaagse beeldbestanden, en sinds versie 1.20.0 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 en Olympus SIS. Deze pagina maakt onderscheid tussen een geaccepteerde bestandsextensie en de dimensies, metadata, compressie en workflowdetails die bepalen of een specifiek bestand goed past.

Wil je liever de metingen dan de beweringen? We hebben 792 echte microscopie- en whole-slide-bestanden geopend en elk resultaat gepubliceerd, ook de mislukkingen.

App downloaden Nu abonneren
Beperkingen per formaat vermeld Windows en macOS Laatst gecontroleerd op 16 oktober 2026

Huidige compatibiliteitsmatrix

De matrix is afgeleid van de huidige routering en het lezergedrag van de SlideScope-applicatie. Gebruik hem als eerste screening en test daarna representatieve bestanden van precies de microscoop, scanner, softwareversie en compressie-instellingen die je team gebruikt.

Formaatfamilie Geaccepteerde extensies Gedrag van de lezer Belangrijke controles
ZEISS CZI .czi Normaliseert de dimensies tijd, Z, kanaal, Y en X; leest acquisitiemetadata en ruimtelijke kalibratie als die beschikbaar zijn. Scènes met hetzelfde pixeltype en dezelfde assen worden afzonderlijke scènes waar je doorheen kunt stappen, elk op hun eigen grootte, en XY Overview toont ze samen. Exporteert de scène op het scherm, of elke scène, naar OME-TIFF. Test scènes, mozaïeken, ongebruikelijke sub-blockindelingen en zeer grote acquisities.
Nikon ND2 .nd2 Brengt tijd, Z, kanalen en beeldgrootte in kaart. Meerdere stageposities vormen een aparte positie-as met een eigen bediening, en XY Overview plaatst ze op hun vastgelegde stagecoördinaten. Controleer de interpretatie van positie en tijd, de RGB-indeling, de metadata en de precieze generatie van NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Leest piramideniveaus van TIFF-gebaseerde whole-slides en kiest binnen de geheugenbeperkingen een hanteerbaar weergaveniveau. Controleer JPEG-/JPEG 2000-codecs, de integriteit van de piramide, scannermetadata en het gewenste resolutieniveau.
TIFF en OME-TIFF .tif, .tiff Gebruikt benoemde assen waar beschikbaar, waaronder tijd, Z, kanaal, Y en X. Herkent OME-TIFF- en ImageJ-metadata en de ruimtelijke schaal als die aanwezig zijn. Elke pagina van een gewone TIFF met meerdere pagina's is bereikbaar. TIFF is een flexibele container. Controleer compressie, BigTIFF-grootte, piramides, assen en of metadata behouden blijven.
Scannercoupes van leveranciers .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Leest de eigen beeldpiramide van de scanner via de OpenSlide-backend en laadt het niveau dat past bij de regio op het scherm. Schaalbalk, metingen en annotaties gebruiken op elk zoomniveau de micronkalibratie van de scanner. Sinds 1.10.0 openen NDPI-coupes die met JPEG XR zijn gecomprimeerd, en ook Leica SCN- en Ventana BIF-coupes die OpenSlide niet kan lezen. Sinds 1.20.0 verschijnen annotaties die in NDP.view zijn getekend (een .ndpa-bestand naast de .ndpi) over de coupe en kun je ze naar je metingen kopiëren. MRXS, VMS en VMU slaan de pixeldata op in een bijbehorende map naast het indexbestand, dus ze openen alleen vanaf lokale opslag en worden geweigerd voor externe links. Bij BIF-coupes die OpenSlide niet kan lezen, worden de naden tussen tegels nog niet aan elkaar gezet. Controleer de integriteit van de piramide en de metadata van de leverancier op representatieve coupes.
Hamamatsu NDPIS (sinds 1.10.0) .ndpis Opent fluorescentiesets van Hamamatsu met hun echte kanaalnamen en kleuren, met metingen in µm op basis van de kalibratie van de scanner. Controleer kanaalnamen, kleuren en kalibratie tegen de scannersoftware op een representatieve set.
Olympus/Evident VSI (sinds 1.10.0) .vsi Opent whole-slide- en fluorescentiebeelden uit cellSens, ook coupes met meerdere scangebieden. Elk scangebied wordt op zijn eigen pixelgrootte gemeten, en het paneel Details toont vastgelegde metadata zoals het objectief, echte kanaalnamen en kleuren, en de acquisitiedatum. Test coupes met meerdere gebieden en fluorescentiescans uit de cellSens-versie die je team gebruikt.
Olympus FluoView (sinds 1.10.0) .oib, .oif, .oir Opent confocale FluoView-bestanden met echte kanaalnamen en kleuren, focale vlakken in µm en tijdpunten in echte seconden. Het paneel Details toont vastgelegde instellingen zoals het objectief, lasers, detectoren en gains, en de pinhole. Controleer de interpretatie van kanaal, Z en tijd tegen FluoView op een representatieve acquisitie.
Zeiss ZVI en LSM (sinds 1.10.0) .zvi, .lsm Opent AxioVision ZVI-bestanden en confocale LSM-bestanden van LSM 510 tot LSM 980, met echte kanaalnamen en kleuren en focale vlakken in µm. Het paneel Details toont vastgelegde instellingen zoals het objectief, de belichting, lasers, detectoren en de pinhole. Test bestanden van elke generatie AxioVision of ZEN die je team archiveert.
Leica LIF, LOF en XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Opent LAS X-bestanden; LOF-bestanden en XLEF-projecten met hun XLIF- en XLCF-onderdelen openen sinds 1.10.0, en de ondersteuning voor LIF is in dezelfde release uitgebreid. Tegelscans en acquisities met meerdere posities openen als posities waar je doorheen kunt stappen of die je samen ziet in XY Overview, geplaatst op hun vastgelegde stagecoördinaten. Houd de bestanden waarnaar een XLEF-project verwijst bij elkaar, en controleer de stageplaatsing op een representatieve tegelscan.
DeltaVision (sinds 1.10.0) .dv, .r3d Opent DeltaVision-bestanden, ook gedeconvolueerde D3D-beelden, met kanalen, focale vlakken in µm en tijdpunten in seconden. Het paneel Details toont vastgelegde instellingen zoals het objectief, de belichting en de filters. Vergelijk ruwe en gedeconvolueerde bestanden van dezelfde acquisitie als je ze allebei verderop in de workflow gebruikt.
MetaMorph (sinds 1.10.0) .stk, .nd, MetaSeries-.tif Opent STK-stacks, MetaSeries-TIFF-bestanden en multidimensionale acquisitiesets in .nd. Een .nd-set opent als één beeld: de golflengtes worden kanalen, de tijdpunten een tijdreeks, en door de stageposities kun je stappen of je ziet ze samen in XY Overview. Houd de TIFF- of STK-bestanden die een .nd-set vermeldt ernaast staan.
OME-Zarr (sinds 1.10.0) .zarr-mappen Opent OME-NGFF 0.4- en 0.5-beelden, ook HCS-platen met elk putje en elk veld, en output van bioformats2raw met de bijbehorende OME-XML-metadata. Door de putjes van een plaat kun je stappen of je ziet ze samen in XY Overview. Alleen lokale mappen: OME-Zarr kan niet vanaf een externe https-link worden geopend.
Alledaagse beelden (sinds 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Opent PNG-, JPEG-, JPEG 2000-, BMP-, GIF- en WebP-beelden in dezelfde viewer als microscopiebestanden. Controleer of het bestand een kalibratie bevat voordat je op metingen in µm vertrouwt.
Philips iSyntax (sinds 1.20.0) .isyntax Opent whole-slide-scans in Philips iSyntax met hun piramide, pixelgrootte, label- en macrobeeld. SlideScope toont de gedecodeerde pixels: de eigen verscherping, contrastverbetering en het kleurprofiel van Philips worden niet toegepast, en het paneel Details vermeldt dat. Vergelijk een representatieve coupe met de viewer van Philips als het exacte uiterlijk belangrijk is. Een beschadigd of afgekapt bestand wordt geweigerd in plaats van gedeeltelijk geopend.
KFBio KFB (sinds 1.20.0) .kfb Opent helderveld-whole-slide-scans van KFBio met hun piramide en pixelgrootte. Een beschadigde tegel wordt getekend vanuit het eerstvolgende grovere niveau, en SlideScope meldt dat. KFBF-fluorescentiecoupes openen niet. Gebieden die de scanner niet heeft afgebeeld, worden wit weergegeven.
ICS/IDS (sinds 1.20.0) .ics, .ids Opent beelden in Image Cytometry Standard, zoals output van SVI Huygens en DIPlib: paren .ics/.ids van versie 1 en losse bestanden van versie 2, ook met gzip gecomprimeerde data, met hun schaal en assen. De pixels komen overeen met Bio-Formats, ook wat de oriëntatie van Huygens-bestanden betreft. Houd het .ids-bestand naast de bijbehorende .ics-header. Een .ics-agendabestand wordt herkend en niet als beeld geopend.
Gatan DM3 en DM4 (sinds 1.20.0) .dm3, .dm4 Opent Gatan Digital Micrograph-beelden met hun kalibratie en microscoopmetadata. Door EELS- en EDS-spectrumbeelden stap je door de energie met een schuifregelaar Energy, en diffractiepatronen en FFT's krijgen een reciproke schaalbalk in nm⁻¹ in plaats van metingen. 1D-spectra en 4D-STEM-datasets openen niet.
Olympus SIS (sinds 1.20.0) .sis, .tif met SIS-tags Opent Olympus analySIS-beelden met hun pixelgrootte en vastgelegde metadata. .sis is ook een extensie van Symbian-installatiebestanden, dus alleen bestanden die echt TIFF-beelden zijn, openen.
Standaard-DICOM .dcm, .dicom Verwerkt standaarddatasets met één of meerdere frames, en brengt tijd, Z, kanalen, frames en geselecteerde metadata in kaart. Whole-slide-DICOM in tegels wordt gelezen via een apart piramidepad met native toegang tot tegels. Controleer transfer syntax/codecs, SOP-klasse, het beleid voor de-identificatie en de eisen voor onderzoeksgebruik.

Formaatspecifieke details en gezaghebbende bronnen

CZI: multidimensionale beoordeling zonder ZEISS-certificering te suggereren

CZI kan meerdere scènes, kanalen, Z-vlakken, tijdpunten, acquisitiemetadata en sub-blocks in tegels bevatten. SlideScope leest de gangbare dimensies en metadata voor beoordeling, en stapt één voor één door de scènes van een bestand of toont ze samen in XY Overview. Scènes waarvan het pixeltype of de assen afwijken van de eerste, zijn niet doorstapbaar: dan wordt de eerste scène getoond met een melding waarom. Export schrijft een OME-TIFF met verliesvrije compressie, pixelgrootte en kanaalnamen; bij exporteren vanuit XY Overview komt elke scène als apart beeld in één bestand, en een grote tegelscan wordt geëxporteerd op zijn overzichtsresolutie. Elke geëxporteerde scène behoudt de pixelgrootte waarmee hij is opgenomen (opgelost in SlideScope 1.8.57; eerdere versies konden scènes van verschillende grootte zonder tegels verkeerd kalibreren). De CZI-familie is zo breed dat een test met een echt bestand ertoe doet; de gids voor CZI met meerdere scènes laat scènes en export stap voor stap zien. ZEISS documenteert het formaat en het bijbehorende applicatie-ecosysteem op de officiële pagina over het CZI-beeldbestandsformaat. Die bron definieert het bronformaat; het is geen aanbeveling of certificering van SlideScope.

ND2: tijd, Z, kanalen en posities

SlideScope brengt de primaire ND2-assen onder in het model van de viewer. Sinds versie 1.8.41 houdt een acquisitie met meerdere posities haar posities op een aparte as in plaats van ze in de tijd op te vouwen, en XY Overview plaatst elke positie op haar vastgelegde stagecoördinaat. De oriëntatie van de stage is op een beperkt aantal instrumenten geverifieerd, dus controleer een representatief experiment met meerdere posities voordat een team erop standaardiseert. De officiële softwarebronnen voor NIS-Elements van Nikon beschrijven de gratis zelfstandige viewer van Nikon, het bekijken van multidimensionale datasets en TIFF-export binnen Nikons eigen ecosysteem.

SVS: whole-slide-piramides en compressie

SVS-bestanden zijn TIFF-gebaseerde whole-slide-beelden met piramideniveaus en Aperio-metadata. SlideScope kiest een niveau dat een balans vindt tussen detail in de weergave en beschikbaar geheugen. Het opensourceproject OpenSlide documenteert de structuur van het Aperio-formaat, inclusief beelden in tegels, piramideniveaus, bijbehorende beelden en metadata-eigenschappen.

TIFF en OME-TIFF: een container, niet één uniforme indeling

Een bestand dat op .tif eindigt, kan een gewoon 2D-beeld zijn, een RGB-beeld, een ImageJ-stack, een OME-TIFF-dataset, een BigTIFF of een piramidaal beeld met een andere compressie. De lezer van SlideScope herkent OME- en ImageJ-metadata als die aanwezig zijn, maar je moet niet elke variant als identiek behandelen. De OME-TIFF-specificatie legt uit hoe TIFF-vlakken en OME-XML-metadata dimensies en piramides vastleggen.

DICOM: standaardframes en whole-slide-piramides in tegels

De huidige openbare installatieprogramma's voor Windows en macOS ondersteunen gewone DICOM met één of meerdere frames voor beoordeling in onderzoek, inclusief fluorescentie-Z-stacks en time-lapse-opnames. Bestanden met de SOP-klasse VL Whole Slide Microscopy Image Storage worden gelezen via een apart whole-slide-pad dat de DICOM-piramide en de tegelstructuur rechtstreeks gebruikt, dus WSI-DICOM in tegels opent zonder conversie. Gecomprimeerde transfer syntaxes worden gedecodeerd via de meegeleverde plug-ins GDCM, openjpeg en imagecodecs. SlideScope is geen PACS en wordt niet gepresenteerd als gevalideerd diagnostisch werkstation. Supplement 145 van het DICOM Standards Committee definieert objecten voor microscopische whole-slide-beelden en helpt verklaren waarom WSI een aparte compatibiliteitsklasse is.

Instrumentformaten toegevoegd in 1.10.0: wat het paneel Details toont

Elk formaat dat in SlideScope 1.10.0 is toegevoegd, opent op Windows en macOS met de metadata in het paneel Details. Afhankelijk van wat het bestand vastlegt, zijn dat het objectief (naam, vergroting, numerieke apertuur en immersie), lasers en lichtbronnen, detectoren en gains, belichting, filters, pinhole, echte kanaalnamen en kanaalkleuren, de acquisitiedatum, tijdpunten in echte seconden, focale vlakken in µm, putjes en velden van platen, en opgeslagen weergavevensters. Tegelscans en stageposities van acquisities met meerdere posities openen als posities, en XY Overview plaatst ze op hun vastgelegde stagecoördinaten. Stapsgewijze gidsen: VSI, OIB en OIR, ZVI, LSM, LOF en XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK en ND, OME-Zarr en NDPIS.

Formaten toegevoegd in 1.20.0

SlideScope 1.20.0 voegt whole-slide-scans in Philips iSyntax en KFBio KFB toe, ICS/IDS-beelden, elektronenmicroscopiebeelden in Gatan DM3 en DM4, en Olympus SIS-beelden, elk met hun schaal en vastgelegde metadata; de matrix hierboven vermeldt wat elk formaat wel en niet opent. Stapsgewijze gidsen: iSyntax, KFB, ICS en IDS, DM3 en DM4 en SIS.

Waarom een ondersteunde extensie toch kan mislukken

Onvolledig of hernoemd bestand

Een gedeeltelijke download, een onderbroken kopie of een bestand dat is hernoemd naar een ondersteunde extensie bevat mogelijk geen geldige formaatheader of geen volledige pixeldata.

Codec- of compressievariant

Whole-slide-TIFF-, SVS- en DICOM-bestanden kunnen afhankelijk zijn van JPEG, JPEG 2000 of andere codecs. Een ongebruikelijke transfer syntax of een ontbrekende meegeleverde codec kan het decoderen verhinderen.

Ongebruikelijke indeling van dimensies

Bestanden van leveranciers kunnen scènes, posities, belichtingen, views, tegels of assen op een andere manier vastleggen. Een lezer kan het bestand openen maar een gespecialiseerde indeling anders in kaart brengen dan verwacht.

Grenzen van geheugen en piramide

Zeer grote beelden hebben geldige niveaus met lagere resolutie nodig, of genoeg geheugen voor het geselecteerde vlak. Test de grootste routinebestanden, niet alleen een klein voorbeeld.

Een praktische test voordat je overstapt

  1. Kies bestanden van elk microscoop- of scannermodel dat je team echt gebruikt.
  2. Neem een klein bestand, een typisch bestand, het grootste routinebestand en één ouder gearchiveerd bestand mee.
  3. Controleer kanaalkleuren, tijdpunten, Z-vlakken, posities, detail in de piramide en ruimtelijke kalibratie.
  4. Vergelijk de belangrijkste metadata met de acquisitiesoftware of een andere betrouwbare lezer.
  5. Test de TIFF-export en controleer welke dimensies en metadata de workflow daarna verwacht.
  6. Leg de applicatieversie, het besturingssysteem, de hardware, de bronsoftware en de uitkomst vast.

Zo ontstaat bewijs dat een lab later kan nakijken, en dat is betrouwbaarder dan aannemen dat elk bestand met dezelfde extensie identiek is.

Ondersteunde en niet-ondersteunde formaten

NDPI-, MRXS-, SCN-, BIF-, VMS-, VMU-, SVSLIDE-, QPTIFF- en AVS-scannercoupes worden ondersteund via de OpenSlide-backend, Leica LIF heeft een eigen lezer, VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr en alledaagse beeldbestanden worden ondersteund sinds versie 1.10.0, en Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 en Olympus SIS sinds versie 1.20.0; ze staan allemaal in de compatibiliteitsmatrix hierboven. Een .zip met ondersteunde bestanden opent ook: SlideScope laat zien wat erin zit, pakt het uit naast het archief en opent het. SlideScope opent geen SQRAY SDPC-, Motic MDSX-, UNIC TMAP-, Leica LEI-, SlideBook SLD- of MRC-bestanden, geen KFBio KFBF-fluorescentiecoupes, geen 1D-spectra of 4D-STEM-datasets van Gatan, geen OME-Zarr vanaf externe https-links, geen NIfTI en geen algemene videoformaten. Hernoem zo'n bestand niet naar een ondersteunde extensie. Is een van deze formaten belangrijk voor je workflow, neem dan vóór de aankoop contact op met support, met de naam van het formaat en de acquisitiesoftware.

Voor ondersteunde bestanden die toch mislukken, kan de supportflow in de app niet-gevoelige context over de coupe meesturen. Stuur geen patiëntidentificerende gegevens of vertrouwelijke bestanden, tenzij je organisatie het delen daarvan heeft goedgekeurd.

Vragen over compatibiliteit

Welke extensies van microscopiebestanden opent SlideScope?

De huidige releases van SlideScope sturen .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif en de whole-slide-scannerformaten .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff en .avs naar eigen lezers. Sinds versie 1.10.0 openen ze ook .vsi-, .oib-, .oif-, .oir-, .zvi-, .lsm-, .lof-, .xlef-, .xlif-, .xlcf-, .dv-, .r3d-, .stk-, .nd- en .ndpis-bestanden, OME-Zarr-mappen vanaf lokale opslag en alledaagse .png-, .jpg-, .jpeg-, .jpe-, .jfif-, .jp2-, .j2k-, .bmp-, .gif- en .webp-beelden. Sinds versie 1.20.0 openen ze ook Philips .isyntax- en KFBio .kfb-coupes, .ics- en .ids-beelden, Gatan .dm3- en .dm4-bestanden en Olympus .sis-beelden; een NDP.view-annotatiebestand .ndpa opent met de bijbehorende NDPI-coupe, en een .zip met coupes opent zodra SlideScope het naast het archief heeft uitgepakt. De compatibiliteit kan nog steeds verschillen per subformaat van de leverancier, compressie, bestandsintegriteit en ingesloten metadata.

Opent SlideScope OME-TIFF-bestanden?

De TIFF-lezer herkent OME-TIFF-metadata en brengt benoemde assen voor tijd, Z, kanaal, Y en X in kaart als die beschikbaar zijn. Test representatieve varianten qua compressie, BigTIFF en piramide.

Garandeert ondersteuning van een extensie dat elk bestand opent?

Nee. Schade, onvolledige overdrachten, ongebruikelijke codecs, varianten van leveranciers en ongebruikelijke indelingen van dimensies kunnen de compatibiliteit nog steeds beïnvloeden.

Is SlideScope een diagnostische DICOM-viewer?

Er wordt geen diagnostische claim gemaakt. SlideScope is bedoeld voor workflows in onderzoek, onderwijs en beoordeling; klinisch gebruik vereist de eigen validatie en regelgevingsbeoordeling van de instelling.

Test de bestanden die je team echt gebruikt

Installeer de juiste build voor Windows of Mac en controleer daarna representatieve CZI-, ND2-, SVS-, TIFF- en DICOM-datasets.

App downloaden