viewer voor microscopiebeelden

Zo opent u CZI-bestanden

Open ZEISS CZI-bestanden in SlideScope op Windows of macOS zonder ze eerst te converteren. Bekijk de opgeslagen kanalen en beelddimensies. Lokaal bekijken uploadt de afbeelding niet.

Download SlideScopeondersteunde bestandsindelingen
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.11.0

Zo opent u CZI-bestanden

  1. Download de juiste Windows- of Mac-versie en installeer deze. Voor de gratis preview is geen account nodig.
  2. Open SlideScope en sleep uw .czi-bestand naar de viewer.
  3. Selecteer een scène of positie indien aanwezig en bekijk beschikbare kanalen, Z-vlakken en tijdpunten.
  4. Controleer vóór het meten de pixelgrootte in de metadata. Bewaar het oorspronkelijke bestand bij het exporteren.

InstallatiehulpBestand of formaat meldenAlternatieven

CZI-bestanden met meerdere scènes: elke scène bekijken en exporteren naar OME-TIFF

Een CZI-bestand kan meerdere scènes bevatten: de wells van een plaat, tegelregio’s of de scanregio’s van een coupe. SlideScope toont elke scène afzonderlijk of alle samen, en exporteert de scène die je bekijkt of alle scènes naar OME-TIFF. De video en de stappen hieronder gebruiken een openbaar voorbeeldbestand met twee scènes.

Bekijk de hele workflow (1 min 41 s)

Een CZI met twee scènes openen, tussen scènes wisselen, XY Overview, kanalen, Details, één scène en alle scènes exporteren en de OME-TIFF opnieuw openen. Gesproken tekst in het Engels; ondertitels in alle talen van de site. Opgenomen met SlideScope 1.8.56 op Windows; de macOS-versie heeft dezelfde bedieningselementen. De ondertitels en het transcript zijn vertaald vanuit de Engelse gesproken tekst; ze zijn niet nagekeken door een professionele vertaler.
Transcript

Een CZI-bestand kan meerdere scènes bevatten: wells van een plaat, tegelregio’s of scanregio’s. Zo bekijk je ze allemaal en exporteer je ze als OME-TIFF.

Een CZI met twee scènes, direct geopend. Geen conversie. Met het Scene-bedieningselement ga je van de ene scène naar de volgende. Scène 2 is well D7. Scène 1 is well D6. XY Overview plaatst elke scène op de plek waar ze is opgenomen. Deze twee wells liggen 9 mm uit elkaar.

Combineer de kanalen in één weergave. Zet een kanaal uit om te zien wat het bijdraagt. Zoom in. De schaalbalk blijft gekalibreerd. Details toont de pixelgrootte, kanalen en acquisitie-instellingen.

Om te exporteren kies je File en daarna Export Current Image as TIFF. Terwijl je één scène bekijkt, wordt alleen die scène geëxporteerd. Voor de start zie je de pixelgrootte, kanalen en compressie die worden weggeschreven. Om alle scènes te exporteren, zet je eerst XY Overview aan. Alle scènes gaan in één OME-TIFF-bestand. Elke scène is daarin een eigen afbeelding.

Open het resultaat. Beide scènes zijn er, als afbeelding 1 en afbeelding 2. Pixelgrootte en kanaalnamen zijn behouden.

Met een gratis account kun je lokale afbeeldingen openen en bekijken, nog vóór een proefperiode. Voor exporteren heb je de proefperiode van 3 dagen of een abonnement nodig. Een grote tegelscan wordt op de overzichtsresolutie geëxporteerd, niet als volledige scan. Het is dezelfde app op macOS en Windows. Deze beelden zijn opgenomen op Windows.

Stap 1

Open het CZI-bestand

Kies File › Open File… (Ctrl+O op Windows, ⌘O op een Mac) of sleep het .czi-bestand naar het venster. De eerste scène verschijnt meteen. Er wordt niets geconverteerd en het bestand wordt nergens naartoe geüpload.

Stap 2

Blader door de scènes

Een bestand met meerdere scènes toont onder de afbeelding een Scene-bedieningselement. Gebruik − en + of typ een nummer. Elke scène behoudt haar eigen grootte en haar naam uit het bestand, zoals een well (D6, D7) of een tegelregio.

SlideScope toont scène 2 van 2 van een CZI-bestand, met het Scene-bedieningselement onder de afbeelding op 2 van 2.
Stap 3

Bekijk alle scènes in XY Overview

Klik op XY Overview naast het Scene-bedieningselement, of kies View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Elke scène wordt getekend op de plek waar ze is opgenomen, tussenruimtes inbegrepen. Klik op een scène om haar te selecteren en dubbelklik om haar te openen. Scènes die ver uit elkaar liggen, zoals wells op 9 mm afstand, verschijnen eerst als kleine tegels: zoom in om ze te zien.

XY Overview met de twee scènes van het voorbeeld, gelabeld D6 en D7, op hun opgenomen posities 9 mm uit elkaar.
Stap 4

Controleer kanalen, pixelgrootte en metadata

Vink in Display Blend channels into one view aan voor een kleurencomposiet, of zet afzonderlijke kanalen uit. Details toont de pixelgrootte, de afmetingen, de huidige scène en de grootte daarvan. Helderheid, contrast en kleuren veranderen alleen wat je ziet, nooit de opgeslagen pixels.

Het Details-paneel met een pixelgrootte van 100 nm, twee kanalen, twee XY-posities en de huidige scène, 1 van 2 (D6).
Stap 5

Kies File › Export Current Image as TIFF

Kies File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Kies een map en een naam; SlideScope stelt een naam voor die eindigt op .ome.tif.

Het geopende File-menu met Export Current Image as TIFF gemarkeerd.
Stap 6

Exporteer één scène of alle scènes

Zolang er één scène in beeld is, wordt alleen die scène geëxporteerd, met een naam als sample_scene-2.ome.tif. Om alle scènes te exporteren, zet je eerst XY Overview aan: alle scènes gaan in één OME-TIFF-bestand, elk als eigen afbeelding in haar eigen grootte. Voordat er iets wordt weggeschreven, toont een bevestiging de grootte, de pixelgrootte, de kanalen en de compressie.

Exportbevestiging voor scène 2 (D7): afzonderlijk geëxporteerd op volledige resolutie, als verliesloze OME-TIFF met een pixelgrootte van 0,1 µm, kanaalnamen en -kleuren.
Stap 7

Open het resultaat

Klik op Open Exported TIFF wanneer de export klaar is. SlideScope toont elke geëxporteerde scène als afbeelding; blader erdoor met het Image-bedieningselement. OME-TIFF-lezers die meerdere afbeeldingen per bestand ondersteunen, zoals Bio-Formats in Fiji, tonen ze als afzonderlijke series.

De geëxporteerde OME-TIFF opnieuw geopend in SlideScope, met afbeelding 2 van 2 en de schaalbalk van 20 µm intact.

Wat de geëxporteerde OME-TIFF bevat

  • Eén bestand. De scène in beeld exporteren schrijft één afbeelding; exporteren vanuit XY Overview schrijft elke scène als afzonderlijke afbeelding in hetzelfde bestand, elk in haar eigen grootte. Er wordt niet per scène een bestand aangemaakt.
  • De pixels worden ongewijzigd weggeschreven, met verliesloze compressie (Deflate). Helderheid, contrast en gamma zijn weergave-instellingen en worden niet op de export toegepast.
  • De pixelgrootte in micrometer, de Z-stap als er een Z-stack is, de kanaalnamen die in de CZI zijn vastgelegd en de kanaalkleuren die op dat moment in de viewer zijn ingesteld. Een bestand zonder vastgelegde pixelgrootte wordt zonder pixelgrootte geëxporteerd; SlideScope verzint geen kalibratie.
  • Resolutie: scènes die in het geheugen passen, worden op volledige resolutie geëxporteerd. Een grote tegelscan, zoals een regio van een coupescanner, wordt op de overzichtsresolutie geëxporteerd. De bevestiging noemt de verhouding, bijvoorbeeld 1:8, en de vastgelegde pixelgrootte wordt daarop aangepast. De scan op volledige resolutie blijft regio voor regio te bekijken in SlideScope.
  • Eén geëxporteerde afbeelding die breder of hoger is dan 4096 pixels krijgt ook piramideniveaus met lagere resolutie. Een bestand met meerdere afbeeldingen krijgt die niet. Bestanden groter dan 2 GiB worden als BigTIFF weggeschreven.
  • Niet gekopieerd: de overige acquisitiemetadata van de CZI, en de posities van de scènes als tafelcoördinaten. Bewaar de originele CZI als archiefbestand.
Exportbevestiging vanuit XY Overview: het bestand bevat 2 scènes en elke scène wordt als eigen afbeelding in de OME-TIFF geschreven, in haar eigen grootte, met verliesloze compressie, de eigen pixelgrootte van elke afbeelding, kanaalnamen en -kleuren.

Wat je nodig hebt

Windows 10 of 11, of macOS 14 of later op Apple Silicon of Intel. Gratis preview: open, meet en annoteer tot 5 van je eigen lokale beelden. Zonder account, geen kaart nodig. Voor exporteren heb je de proefperiode van 3 dagen of een abonnement nodig (US$ 25,00 per maand na de proefperiode).

Als er iets niet klopt

Er verschijnt maar één scène

Je kunt door scènes bladeren als ze hetzelfde pixeltype en dezelfde kanalen, Z-vlakken en tijdpunten hebben. Is dat niet zo, dan toont SlideScope de eerste scène en legt het in Details uit waarom. Is dat niet wat je verwacht, stuur ons dan het bestand.

De kleuren wijken af van ZEN

Kanaalkleuren komen uit het bestand als het die vastlegt. Wijzig ze via Display › Channel colour…; de export legt de kleuren vast die jij instelt.

De export is kleiner dan de scan

Een grote tegelscan wordt op de overzichtsresolutie geëxporteerd, en de bevestiging meldt dat voordat er iets wordt weggeschreven. De scan op volledige resolutie blijft te bekijken in SlideScope.

De export vraagt je een proefperiode te starten

Bekijken werkt met een gratis account. Voor exporteren heb je de gratis proefperiode of een abonnement nodig.

Voorbeeld in de video en screenshots: S2_3x3_CH2.czi uit de voorbeelddata van czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), twee scènes van een 3 × 3-mozaïek met DAPI en EGFP. Geen klantgegevens.

Wanneer SlideScope een praktische keuze is

  • CZI voor Zeiss-microscopie
  • Beoordelaars hebben een desktopinterface nodig zonder scripts of plug-inconfiguratie.
  • Blader door kanalen, Z-vlakken, tijdpunten en scènes als het bestand die heeft, controleer de pixelgrootte in Details en meet in gekalibreerde eenheden.
  • Metingen, notities en regio’s blijven aan de coupe gekoppeld en kunnen als GeoJSON of CSV worden geëxporteerd.

Kies op basis van de workflow

Overweeg SlideScope als u één desktopprogramma nodig hebt dat gemengde microscopieformaten opent en standaardobjecten op uw eigen machine kwantificeert. Gebruik het oorspronkelijke pakket wanneer microscoopbesturing, programmeerbare beeldverwerking, gescripte analysepijplijnen of institutioneel beeldbeheer nodig is.

Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Uitbreidbare verwerking, macro’s, plug-ins, scripts, segmentatie, pathologieanalyse en wetenschappelijke Python-workflows.

OMERO: Centrale beeldopslag, toegangsrechten, samenwerking en institutioneel gegevensbeheer.

Vragen over CZI-bestanden

CZI openen op een Mac

Gebruik macOS 14 of nieuwer. Kies de Apple Silicon- of Intel-download voor uw Mac en kopieer het bestand vóór het openen naar lokale opslag.

Als het bestand niet opent

Controleer of het kopiëren is voltooid. Blijft het probleem bestaan, geef dan de appversie, het bestandsformaat en de foutmelding door aan support.

Voor wie is het bedoeld?

Voor onderzoekslabs, microscopiefaciliteiten, docenten, studenten en pathologiereviewteams.

Documentatie van het formaat

Lees de oorspronkelijke documentatie van het formaat.

CZI

Gerelateerde zoekopdrachten in het Nederlands

Onafhankelijkheid en merken

SlideScope is onafhankelijk en niet verbonden met Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari of OMERO. Productnamen worden alleen voor feitelijke vergelijking gebruikt.

Download SlideScope

Verken volledige preparaten, fluorescentiekanalen en beeldstapels in één overzichtelijke werkruimte voor Windows en macOS.

Download SlideScope

Opent een bestand niet, of staat een formaat niet in de lijst? Bestand of formaat melden