Wat deze video behandelt
Een ZEISS-.czi-bestand kan meerdere scènes bevatten: de putjes van een plaat, tegelregio's of de scanregio's van een coupe. In deze walkthrough wordt een CZI met twee scènes geopend in SlideScope, wordt elke scène doorlopen en wordt met XY Overview getoond waar elke scène is opgenomen.
Daarna worden de kanalen en de pixelgrootte gecontroleerd, wordt één scène of elke scène naar OME-TIFF geëxporteerd en wordt het resultaat opnieuw geopend. De geëxporteerde bestanden behouden de pixelgrootte en kanaalnamen, zodat Fiji, QuPath en andere Bio-Formats-lezers ze correct openen.
Lees je liever? Zo open je CZI-bestanden, ook bestanden met meerdere scènes.
Transcript
Bijgewerkt sinds de opname. Waar de gesproken tekst een proefperiode voor export noemt: de proefperiode uit de gesproken tekst wordt niet meer aangeboden aan nieuwe aanmeldingen, en de genoemde prijzen zijn veranderd: de ingebouwde voorbeeldbibliotheek is gratis met elke tool, en voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig, gefactureerd wanneer je je abonneert met PayPal of kaart. De actuele prijzen staan op de prijzenpagina. Zie prijzen.
Een CZI-bestand kan meerdere scènes bevatten: putjes van een plaat, tegelregio's of scanregio's.
Zo bekijk je ze allemaal en exporteer je ze als OME-TIFF.
Een CZI met twee scènes, direct geopend. Geen conversie.
Met de Scene-regelaar ga je van de ene scène naar de volgende.
Scène 2 is putje D7. Scène 1 is putje D6.
XY Overview plaatst elke scène op de plek waar ze is opgenomen.
Deze twee putjes liggen 9 mm uit elkaar.
Meng de kanalen tot één weergave.
Zet een kanaal uit om te zien wat het bijdraagt.
Zoom in. De schaalbalk blijft gekalibreerd.
Details toont de pixelgrootte, de kanalen en de acquisitie-instellingen.
Om te exporteren kies je File en dan Export Current Image as TIFF.
Terwijl je één scène bekijkt, wordt alleen die scène geëxporteerd.
Voordat de export begint, zie je de pixelgrootte, kanalen en compressie die worden weggeschreven.
Om alle scènes te exporteren, zet je eerst XY Overview aan.
Alle scènes komen in één OME-TIFF-bestand. Elke scène is daarin een eigen beeld.
Open het resultaat. Beide scènes zijn er, als beeld 1 en beeld 2.
De pixelgrootte en kanaalnamen zijn meegekomen.
Met een gratis account kun je lokale beelden openen en bekijken, nog vóór een proefperiode.
Voor export heb je de proefperiode van 3 dagen of een abonnement nodig.
Een grote scan in tegels wordt geëxporteerd op de resolutie van het overzicht, niet van de volledige scan.
Het is dezelfde app op macOS en Windows. Deze beelden zijn op Windows opgenomen.