SlideScope opent ZEISS CZI-bestanden native op macOS 14 of later, op Macs met Apple Silicon en Intel: elke scène, elk kanaal, elk Z-vlak en elk tijdpunt, met de pixelgrootte die in het bestand staat. Het exporteert de scène die je bekijkt, of alle scènes, naar één OME-TIFF-bestand. ZEN lite, de gratis viewer van ZEISS, draait alleen op Windows. Werk je op Windows? Lees hoe je CZI-bestanden opent op Windows & Mac.
Scènes, kanalen, Z en tijdExport naar OME-TIFFApple Silicon en Intel
SlideScope op je Mac installeren
Download de macOS-versie die bij je Mac past: Apple Silicon (M-serie) of Intel. De downloadpagina raadt de juiste aan.
Open de DMG en sleep SlideScope naar Apps. De installatiegids voor macOS toont elke stap met screenshots, ook wat je doet als macOS vraagt om de eerste keer openen te bevestigen.
Open een voorbeeld uit de ingebouwde bibliotheek, of je eigen coupe. Verken de ingebouwde voorbeeldbibliotheek gratis, met alle tools. Voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Het abonnement begint pas als je het bij het afrekenen kiest.
CZI-bestanden met meerdere scènes: elke scène bekijken en OME-TIFF exporteren
Een CZI kan meerdere scènes bevatten: de putjes van een plaat, tegelregio's of de scanregio's van een coupe. SlideScope toont elke scène afzonderlijk of alle samen, en exporteert de scène die je bekijkt of alle scènes naar OME-TIFF. De video en de stappen hieronder gebruiken een openbaar voorbeeldbestand met twee scènes.
Bekijk de hele workflow (1 min 41 s)
Een CZI met twee scènes openen, tussen scènes wisselen, XY Overview, kanalen, Details, één scène en alle scènes exporteren, en de OME-TIFF opnieuw openen. Gesproken tekst in het Engels; ondertitels in elke taal van de site. Opgenomen met SlideScope 1.8.56 op Windows; de macOS-versie heeft dezelfde bedieningselementen. Bijgewerkt sinds de opname: voor het openen en exporteren van je eigen beelden heb je nu een abonnement nodig. De ingebouwde voorbeelden blijven gratis, met alle tools.Transcript
Een CZI-bestand kan meerdere scènes bevatten: putjes van een plaat, tegelregio's of scanregio's. Zo bekijk je ze allemaal en exporteer je ze als OME-TIFF.
Een CZI met twee scènes, direct geopend. Geen conversie. Met de Scene-regelaar ga je van de ene scène naar de volgende. Scène 2 is putje D7. Scène 1 is putje D6. XY Overview plaatst elke scène op de plek waar ze is opgenomen. Deze twee putjes liggen 9 mm uit elkaar.
Meng de kanalen tot één weergave. Zet een kanaal uit om te zien wat het bijdraagt. Zoom in. De schaalbalk blijft gekalibreerd. Details toont de pixelgrootte, de kanalen en de acquisitie-instellingen.
Om te exporteren kies je File en dan Export Current Image as TIFF. Terwijl je één scène bekijkt, wordt alleen die scène geëxporteerd. Voordat de export begint, zie je de pixelgrootte, kanalen en compressie die worden weggeschreven. Om alle scènes te exporteren, zet je eerst XY Overview aan. Alle scènes komen in één OME-TIFF-bestand. Elke scène is daarin een eigen beeld.
Open het resultaat. Beide scènes zijn er, als beeld 1 en beeld 2. De pixelgrootte en kanaalnamen zijn meegekomen.
Met een gratis account kun je lokale beelden openen en bekijken, nog vóór een proefperiode. Voor export heb je de proefperiode van 3 dagen of een abonnement nodig. Een grote scan in tegels wordt geëxporteerd op de resolutie van het overzicht, niet van de volledige scan. Het is dezelfde app op macOS en Windows. Deze beelden zijn op Windows opgenomen.
Stap 1
Open het CZI-bestand
Kies File › Open File… (Ctrl+O op Windows, ⌘O op een Mac) of sleep het .czi-bestand naar het venster. De eerste scène verschijnt meteen. Er wordt niets geconverteerd en het bestand wordt niet geüpload.
Stap 2
Loop door de scènes
Bij een bestand met meerdere scènes staat onder het beeld een regelaar Scene. Gebruik − en + of typ een nummer. Elke scène behoudt haar eigen grootte en haar naam uit het bestand, zoals een putje (D6, D7) of een tegelregio.
Stap 3
Bekijk alle scènes in XY Overview
Klik op XY Overview naast de Scene-regelaar, of kies View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Elke scène wordt getekend op de plek waar ze is opgenomen, tussenruimtes inbegrepen. Klik op een scène om haar te selecteren en dubbelklik om haar te openen. Scènes die ver uit elkaar liggen, zoals putjes op 9 mm afstand, verschijnen eerst als kleine tegels: zoom in om ze te zien.
Stap 4
Controleer kanalen, pixelgrootte en metadata
Vink in DisplayBlend channels into one view aan voor een kleurencomposiet, of zet afzonderlijke kanalen uit. Details toont de pixelgrootte, de afmetingen, de huidige scène en haar grootte. Helderheid, contrast en kleuren veranderen alleen wat je ziet, nooit de opgeslagen pixels.
Stap 5
Kies File › Export Current Image as TIFF
Kies File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Kies een map en een naam; SlideScope stelt er een voor die eindigt op .ome.tif.
Stap 6
Exporteer één scène, of alle scènes
Zolang er één scène op het scherm staat, wordt alleen die scène geëxporteerd, met een naam zoals sample_scene-2.ome.tif. Om alle scènes te exporteren, zet je eerst XY Overview aan: alle scènes komen in één OME-TIFF-bestand, elk als een eigen beeld op haar eigen grootte. Voordat er iets wordt weggeschreven, toont een bevestiging de grootte, de pixelgrootte, de kanalen en de compressie.
Stap 7
Open het resultaat
Klik op Open Exported TIFF als de export klaar is. SlideScope toont elke geëxporteerde scène als een beeld; loop er doorheen met de regelaar Image. OME-TIFF-lezers die meerdere beelden per bestand ondersteunen, zoals Bio-Formats in Fiji, tonen ze als afzonderlijke series.
Wat de geëxporteerde OME-TIFF bevat
Eén bestand. Exporteer je de scène op het scherm, dan wordt er één beeld weggeschreven; exporteer je vanuit XY Overview, dan wordt elke scène als apart beeld in hetzelfde bestand weggeschreven, elk op haar eigen grootte. Er wordt geen bestand per scène gemaakt.
De pixels worden ongewijzigd weggeschreven, met verliesvrije compressie (Deflate). Helderheid, contrast en gamma zijn weergave-instellingen en worden niet op de export toegepast.
De pixelgrootte in micrometer, de Z-stap bij een Z-stack, de kanaalnamen die in de CZI staan en de kanaalkleuren die op dat moment in de viewer zijn ingesteld. Een bestand zonder vastgelegde pixelgrootte wordt zonder pixelgrootte geëxporteerd; SlideScope verzint geen kalibratie.
Resolutie: scènes die in het geheugen passen, worden op volledige resolutie geëxporteerd. Een grote scan in tegels, zoals een regio van een slidescanner, wordt geëxporteerd op de resolutie van het overzicht. De bevestiging noemt de verhouding, bijvoorbeeld 1:8, en de vastgelegde pixelgrootte wordt daarop aangepast. De scan op volledige resolutie blijft in SlideScope regio voor regio te bekijken.
Een enkel geëxporteerd beeld dat breder of hoger is dan 4.096 pixels krijgt ook piramideniveaus met lagere resolutie. Een bestand met meerdere beelden niet. Bestanden boven 2 GiB worden als BigTIFF weggeschreven.
Niet gekopieerd: de rest van de acquisitiemetadata van de CZI, en de posities van de scènes als tafelcoördinaten. Bewaar de originele CZI als archiefbestand.
Wat je nodig hebt
Windows 10 of 11, of macOS 14 of later op Apple Silicon of Intel. Verken de ingebouwde voorbeeldbibliotheek gratis, met alle tools. Voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Het abonnement kost $35.00 per maand, inclusief export.
Als er iets niet klopt
Er verschijnt maar één scène
Je kunt door scènes heen lopen als ze hetzelfde pixeltype en dezelfde kanalen, Z-vlakken en tijdpunten hebben. Is dat niet zo, dan toont SlideScope de eerste scène en legt het in Details uit waarom. Is dat niet wat je verwacht, stuur ons dan het bestand.
De kleuren wijken af van ZEN
Kanaalkleuren komen uit het bestand, als ze daarin staan. Wijzig ze via Display › Channel colour…; de export legt de kleuren vast die jij instelt.
De export is kleiner dan de scan
Een grote scan in tegels wordt geëxporteerd op de resolutie van het overzicht, en de bevestiging meldt dat voordat er iets wordt weggeschreven. De scan op volledige resolutie blijft in SlideScope te bekijken.
Bij exporteren wordt gevraagd om een abonnement
Op de ingebouwde voorbeelden werken alle tools gratis, export inbegrepen. Voor het exporteren van je eigen beelden heb je een abonnement nodig.
Voorbeeld in de video en screenshots: S2_3x3_CH2.czi uit de voorbeelddata van czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), twee scènes van een 3 × 3-mozaïek met DAPI en EGFP. Geen klantgegevens.
Hoe goed de CZI-ondersteuning is getest
In onze gepubliceerde formaattest, uitgevoerd op 2026-09-18, openden alle 48 van de 48 CZI-bestanden, met tot 8 kanalen, 56 Z-vlakken en 10 tijdpunten; het grootste was 4,5 GB. Het is onze eigen test van de meegeleverde loaders, gepubliceerd met de ruwe data, geen onafhankelijke certificering, en de voorbeeldbestanden zijn niet alle CZI-varianten die in gebruik zijn. Openbare testbestanden bevatten wel wellplaten en tegelregio's met meerdere scènes, maar geen CZI van een slidescanner met meerdere scènes, dus dat geval is minder goed gedekt. Zie de formaatbenchmark en het compatibiliteitsoverzicht.
Andere manieren om CZI te openen op een Mac
Tool
Geschikt voor
Om rekening mee te houden
SlideScope
CZI-bestanden openen, beoordelen, meten en exporteren op een Mac, naast ND2, SVS en andere formaten.
Een viewer en beoordelingstool. Geen scripting of eigen analysepipelines.
Fiji / ImageJ met Bio-Formats
Gratis opensource-analyse met plugins en macro's; leest CZI op macOS.
Een analyseplatform; elke scène wordt via een importvenster als serie geïmporteerd.
QuPath
Gratis whole-slide-analyse; leest CZI via Bio-Formats.
Gebouwd rond analyseprojecten voor coupes, niet rond snel beoordelen van multidimensionale stacks.
ZEISS ZEN lite
De gratis viewer van de fabrikant, het dichtst bij de acquisitiesoftware.
Alleen Windows, dus geen optie op een Mac zonder Windows.
Vragen
Kan ik CZI-bestanden openen op een Mac?
Ja. SlideScope opent CZI-bestanden native op macOS 14 of later, op Macs met Apple Silicon en Intel, ook bestanden met meerdere scènes, kanalen, Z-vlakken en tijdpunten. Fiji met Bio-Formats opent CZI ook op een Mac. ZEN lite, de gratis viewer van ZEISS, is een Windows-applicatie.
Hoe zie ik alle scènes van een CZI-bestand?
Gebruik de Scene-regelaar onder het beeld om van scène naar scène te gaan, of zet XY Overview aan om alle scènes op hun vastgelegde positie te zien. Elke scène behoudt haar eigen grootte en naam.
Kan ik een CZI-scène naar OME-TIFF exporteren?
Ja. File › Export Current Image as TIFF exporteert de scène op het scherm, of alle scènes als XY Overview aanstaat. Elke scène wordt een eigen beeld in één OME-TIFF-bestand, met verliesvrije compressie, pixelgrootte en kanaalnamen. Voor het exporteren van je eigen bestanden heb je een abonnement nodig; de ingebouwde voorbeelden exporteer je gratis.
Is SlideScope verbonden aan ZEISS?
Nee. SlideScope is onafhankelijk en niet verbonden aan ZEISS. Productnamen worden alleen gebruikt om bestandsformaten en vergelijkingen te beschrijven.
SlideScope is niet verbonden aan ZEISS. ZEISS, ZEN en CZI worden genoemd om bestandscompatibiliteit te beschrijven. SlideScope is bedoeld voor onderzoek, onderwijs en beoordeling, niet voor diagnose.
Wanneer SlideScope de juiste keuze is
Kies SlideScope als je één native desktopapp wilt, op een Mac of een Windows-pc, die coupes en microscopiebestanden van veel leveranciers opent (SVS, NDPI, MRXS, CZI, ND2, LIF, VSI, DICOM en meer), in gekalibreerde eenheden meet en kernen en cellen telt zonder te programmeren, terwijl elk bestand op je eigen computer blijft.
Het is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek: alle tools werken op de ingebouwde voorbeelden, en voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig (PayPal of kaart). Open je alleen het formaat van één fabrikant op Windows, dan is de gratis viewer van die fabrikant misschien alles wat je nodig hebt; voor gescripte analyse zijn QuPath en Fiji gratis en open source.
Probeer het op je eigen CZI-bestand
Verken de ingebouwde voorbeeldbibliotheek gratis, met alle tools. Voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Het abonnement kost $35.00 per maand, gefactureerd wanneer je je abonneert (PayPal of kaart). Altijd opzegbaar via je account.
