เราเปิดไฟล์สไลด์จริง 792 ไฟล์ใน 14 รูปแบบไฟล์กล้องจุลทรรศน์: อะไรล้มเหลวบ้าง

คำบรรยาย

อัปเดตหลังการบันทึก หลังจากบันทึกวิดีโอนี้ ปัญหา QPTIFF แบบมัลติเพล็กซ์ที่กล่าวถึงได้รับการแก้ไขแล้ว: ไฟล์ Akoya QPTIFF แบบมัลติเพล็กซ์เปิดได้พร้อมช่องสัญญาณฟลูออเรสเซนซ์แล้ว แทนที่จะเป็นภาพ RGB ภาพเดียว หน้าการทดสอบแสดงผลลัพธ์ปัจจุบัน

792 ไฟล์ 14 ตระกูลรูปแบบไฟล์ 44 กิกะไบต์

เปิดได้ 767 ไฟล์ อ่านไม่ได้ 9 ไฟล์

16 ไฟล์ไม่มีภาพอยู่เลย ไม่มีไฟล์ใดทำให้โปรแกรมดูแครช

ทุกผลลัพธ์ถูกเผยแพร่ รวมถึงผลที่ทำให้เราดูไม่ดี

โปรแกรมดูเกือบทุกตัวเผยแพร่รายการนามสกุลไฟล์ที่ใครสักคนพิมพ์ไว้

รายการนั้นอ้างความสามารถ แต่ไม่ได้วัดความสามารถ

ไม่ได้บอกอะไรคุณเลยว่าไฟล์จริงจากเครื่องสแกนจริงจะเปิดได้หรือไม่

หรือจะเกิดอะไรขึ้นเมื่อเปิดไม่ได้

เราจึงทดสอบทุกไฟล์ที่เรามี และเผยแพร่ความล้มเหลวไว้ข้างความสำเร็จ

แต่ละไฟล์ถูกส่งให้โปรเซสลูกที่พร้อมถูกทิ้ง

โปรเซสนั้นสร้างตัวโหลดเดียวกับที่แอปพลิเคชันสร้าง อ่านมิติของภาพ

ถอดรหัสระนาบหนึ่งระนาบ และเรนเดอร์ผ่านเส้นทางเดียวกับที่โปรแกรมดูใช้

ไฟล์ที่ผิดรูปแบบซึ่งทำให้ codec แบบเนทีฟหยุดทำงาน จะทำให้เฉพาะโปรเซสลูกนั้นล่มเท่านั้น

นี่คือเหตุผลที่คอลัมน์แครชในตารางนี้รายงานเป็นศูนย์ได้อย่างซื่อสัตย์

บทที่ 1 รูปแบบไฟล์สไลด์ทั้งแผ่น

ไฟล์ที่ออกมาจากเครื่องสแกนและมักมีขนาดหลายกิกะไบต์

บทที่ 2 รูปแบบไฟล์กล้องจุลทรรศน์

ในส่วนนี้ คำถามไม่ใช่ขนาดไฟล์ แต่คือช่องสัญญาณ ระนาบโฟกัส และจุดเวลาจำนวนเท่าใดที่ยังอยู่ครบ

บทที่ 3 DICOM รวมถึง DICOM สำหรับสไลด์ทั้งแผ่น

ทดสอบ 378 ไฟล์ เปิดได้ 362 ไฟล์

DICOM เป็นรูปแบบเอกสารพอ ๆ กับที่เป็นรูปแบบภาพ

ไฟล์ DICOMDIR คือดัชนีของแผ่นดิสก์

Presentation state บันทึกว่าครั้งหนึ่งมีคนปรับหน้าต่างการแสดงผลของการตรวจอย่างไร

ไฟล์อื่น ๆ เก็บรายงานหรือค่าการวัด ไม่มีไฟล์ใดในนี้มีพิกเซล

การปฏิเสธไฟล์เหล่านี้จึงเป็นคำตอบที่ถูกต้อง และการนับเป็นความล้มเหลวจะทำให้เราดูดีเกินจริง

จำนวนความล้มเหลวที่ซื่อสัตย์ของการทดสอบรอบนี้คือ 9 ไม่ใช่ 25

9 ไฟล์ที่เราเปิดไม่ได้จริง ๆ

สไลด์ Leica SCN 2 ไฟล์ ไฟล์หนึ่งไม่มีภาพหลักที่ระบุได้

อีกไฟล์หนึ่งมีภาพหลักที่ไม่เหมือนกัน

Ventana BIF หนึ่งไฟล์ที่มีแอตทริบิวต์ทิศทางที่ไม่คาดคิด

และคอนเทนเนอร์ Imaris Classic รุ่นเก่า 6 ไฟล์ ซึ่งมาจากก่อนที่รูปแบบไฟล์จะเปลี่ยนไปใช้ HDF5

ทุกไฟล์อยู่ในสภาพสมบูรณ์ checksum ตรงกับของผู้เผยแพร่

สิ่งเหล่านี้คือข้อจำกัดของตัวถอดรหัสและโครงสร้างไฟล์ของผู้ผลิต และไฟล์เหล่านี้ยังคงอยู่ในคลังทดสอบเพื่อใช้ทดสอบการถดถอย

นี่คือความล้มเหลวที่สำคัญที่สุด และเป็นสิ่งที่ตารางรูปแบบไฟล์ไม่เคยยอมรับ

Akoya QPTIFF แบบมัลติเพล็กซ์เปิดได้โดยไม่มีข้อผิดพลาดใด ๆ เลย

ไฟล์นี้มีช่องสัญญาณฟลูออเรสเซนซ์ความละเอียดเต็ม 5 ช่อง กว้าง 34,000 พิกเซล

DAPI, FITC, Cy3, Texas Red และ Cy5

เราส่งไฟล์นี้ไปยังตัวอ่านแบบ brightfield ไฟล์จึงรายงานว่ามีช่องสัญญาณเดียวและคืนค่าเป็นภาพ RGB หนึ่งสไลซ์

ช่องสัญญาณฟลูออเรสเซนซ์เข้าถึงไม่ได้ และไม่มีอะไรเตือนคุณเลย

ภาพสแกนแบบ brightfield ในรูปแบบเดียวกันเปิดได้สมบูรณ์แบบ ซึ่งเป็นเหตุผลที่ปัญหานี้ไม่มีใครสังเกตเห็น

บทที่ 4 ไม่มีตัวอ่านสำรองแบบทั่วไป

เรานำไฟล์จริงที่เล็กที่สุดของทุกนามสกุลที่ไม่รองรับในคลังอ้างอิงมาทดสอบ

93 ไฟล์ แต่ละไฟล์ผ่านตัวโหลดของรุ่นที่ใช้งานจริง

ทั้ง 93 ไฟล์ถูกปฏิเสธพร้อมข้อความที่ชัดเจน ไม่มีไฟล์ใดแครช

ไม่มีไฟล์ใดถูกเปิดได้ครึ่ง ๆ กลาง ๆ จนดูเหมือนภาพทั้งที่ไม่ใช่

มี 2 รูปแบบที่ไม่มีไฟล์จริงสำหรับทดสอบเลย

ไม่มีไฟล์ตัวอย่างสาธารณะของทั้งสองรูปแบบ เราจึงไม่อ้างว่าได้ทดสอบการรองรับรูปแบบเหล่านี้

นี่ไม่ใช่การทดสอบความเร็ว และไม่ใช่การตรวจสอบความถูกต้องทางคลินิก

และนี่คือการทดสอบโดยผู้ผลิต เราเป็นผู้เขียนซอฟต์แวร์และเป็นผู้ทำการทดสอบเอง

สิ่งที่เราเสนอแทนความเป็นอิสระคือความสามารถในการตรวจสอบได้

คลังไฟล์ของเราไม่ใช่ลิ้นชักสไลด์ของคุณ

ผลลัพธ์ดิบรายไฟล์เผยแพร่เป็น JSON

คลังไฟล์ทดสอบดาวน์โหลดได้แบบสาธารณะ และตัวรันการทดสอบอยู่ในรีโพสิทอรีของเรา

เปิดไฟล์ที่สร้างปัญหาให้คุณจริง ๆ

และหากไฟล์ใดเปิดไม่ได้ ส่งมาให้เรา

ความล้มเหลวในวิดีโอนี้มาอยู่ตรงนี้ได้เพราะมีคนทำแบบนั้น