Contenu de cette vidéo
Les listes de formats pris en charge revendiquent des capacités ; cette vidéo les mesure. 792 vrais fichiers répartis en 14 familles de formats, 44 Go au total, ont chacun été ouverts dans un processus isolé qui construit le même chargeur que celui de la visionneuse, décode un plan et l’affiche. 767 se sont ouverts, 9 n’ont pas pu être lus, 16 ne contenaient aucune image, et aucun n’a provoqué de plantage.
La vidéo passe en revue les formats de lames entières (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), les formats de microscopie (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) et le DICOM, explique pourquoi 16 "échecs" sont des fichiers qui ne contiennent aucun pixel, et nomme les 9 fichiers qui sont réellement illisibles. Chaque résultat, échecs compris, est publié sur la page du banc d’essai des formats.
Vous préférez lire ? Le banc d’essai des formats : chaque fichier et chaque résultat.
Transcription
Mis à jour depuis l’enregistrement. Depuis l’enregistrement de cette vidéo, le problème des QPTIFF multiplex qu’elle décrit a été corrigé : les fichiers QPTIFF multiplex Akoya s’ouvrent désormais avec leurs canaux de fluorescence au lieu d’une seule image RVB. La page du banc d’essai présente les résultats actuels.
Sept cent quatre-vingt-douze fichiers. Quatorze familles de formats. Quarante-quatre gigaoctets.
Sept cent soixante-sept se sont ouverts. Neuf n’ont pas pu être lus.
Seize ne contenaient aucune image. Aucun n’a fait planter la visionneuse.
Chaque résultat est publié, y compris ceux qui ne nous flattent pas.
Presque toutes les visionneuses publient une liste d’extensions que quelqu’un a saisie.
Cette liste revendique une capacité. Elle ne la mesure pas.
Elle ne vous dit rien sur le fait qu’un vrai fichier issu d’un vrai scanner s’ouvre ou non,
ni sur ce qui se passe quand ce n’est pas le cas.
Nous avons donc testé tous les fichiers dont nous disposons, et publié les échecs à côté des réussites.
Chaque fichier est confié à un processus enfant sacrifiable.
Ce processus construit le même chargeur que l’application, lit les dimensions,
décode un plan et l’affiche par le même chemin que la visionneuse.
Un fichier malformé qui fait planter un codec natif ne tue que ce processus enfant.
C’est pourquoi « plantage » est une colonne que ce tableau peut honnêtement afficher à zéro.
Chapitre un. Les formats de lames entières.
Les fichiers qui sortent d’un scanner et atteignent couramment plusieurs gigaoctets.
Chapitre deux. Les formats de microscopie.
Ici, la question n’est pas la taille du fichier, mais combien de canaux, de plans focaux et de points temporels sont préservés.
Chapitre trois. Le DICOM, y compris le DICOM de lames entières.
Trois cent soixante-dix-huit fichiers testés. Trois cent soixante-deux se sont ouverts.
Le DICOM est autant un format de documents qu’un format d’images.
Un fichier DICOMDIR est l’index d’un disque.
Un état de présentation enregistre la façon dont quelqu’un a un jour fenêtré une étude.
D’autres contiennent des comptes rendus ou des mesures. Aucun d’eux ne contient de pixels.
Les refuser est donc la bonne réponse, et les compter comme des échecs nous flatterait.
Le nombre honnête d’échecs pour ce test est de neuf, pas de vingt-cinq.
Neuf fichiers que nous ne pouvons réellement pas ouvrir.
Deux lames Leica SCN. L’une n’a pas d’image principale identifiable.
L’autre a des images principales dissemblables.
Un Ventana BIF avec un attribut de direction inattendu.
Et six anciens conteneurs Imaris Classic, antérieurs au passage du format à HDF5.
Tous sont intacts. Les sommes de contrôle correspondent à celles de l’éditeur.
Ce sont des limites du décodeur et de la structure propre au fabricant, et ces fichiers restent dans le corpus comme tests de non-régression.
Voici l’échec qui compte le plus, celui que les tableaux de formats n’avouent jamais.
Un QPTIFF multiplex Akoya s’ouvre sans la moindre erreur.
Le fichier contient cinq canaux de fluorescence en pleine résolution, de trente-quatre mille pixels de large.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red et Cy5.
Nous l’orientons vers un lecteur fond clair : il annonce donc un seul canal et renvoie une coupe RVB.
Les canaux de fluorescence sont inaccessibles, et rien ne vous en avertit.
Les numérisations en fond clair du même format s’ouvrent parfaitement, et c’est précisément pour cela que le problème est passé inaperçu.
Chapitre quatre. Il n’y a pas de lecteur générique de secours.
Nous avons pris le plus petit vrai fichier de chaque extension non prise en charge du corpus de référence.
Quatre-vingt-treize au total, chacun passé par le chargeur de la version publiée.
Les quatre-vingt-treize ont tous été refusés avec un message clair. Aucun n’a provoqué de plantage.
Aucun n’a été à moitié ouvert en quelque chose qui ressemblait à une image sans en être une.
Deux formats n’ont aucune couverture par de vrais fichiers.
Il n’existe aucun échantillon public de l’un ni de l’autre : nous ne revendiquons donc pas de prise en charge testée pour eux.
Ce n’est pas un banc d’essai de vitesse, et ce n’est pas une validation clinique.
Et c’est un test réalisé par l’éditeur. Nous avons écrit le logiciel et nous avons mené le test.
À défaut d’indépendance, nous offrons la vérifiabilité.
Notre corpus n’est pas votre tiroir à lames.
Les résultats bruts, fichier par fichier, sont publiés en JSON.
Les corpus sont téléchargeables publiquement, et le script d’exécution se trouve dans notre dépôt.
Ouvrez les fichiers qui vous posent réellement problème.
Et si l’un d’eux échoue, envoyez-le-nous.
Les échecs présentés dans cette vidéo sont arrivés ici parce que quelqu’un l’a fait.