ตารางความเข้ากันได้ปัจจุบัน
ตารางนี้สร้างจากการส่งต่อไฟล์และพฤติกรรมของตัวอ่านใน SlideScope ปัจจุบัน ใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงเพื่อคัดกรองเบื้องต้น จากนั้นทดสอบไฟล์ตัวแทนจากกล้องจุลทรรศน์ เครื่องสแกน เวอร์ชันซอฟต์แวร์ และการตั้งค่าการบีบอัดที่ทีมของคุณใช้จริง
| ตระกูลรูปแบบไฟล์ | นามสกุลไฟล์ที่ยอมรับ | พฤติกรรมของตัวอ่าน | สิ่งสำคัญที่ต้องตรวจสอบ |
|---|---|---|---|
| ZEISS CZI | .czi |
ปรับมิติเวลา, Z, ช่องสัญญาณ, Y และ X ให้เป็นมาตรฐาน อ่านเมทาดาทาการถ่ายภาพและการปรับเทียบเชิงพื้นที่เมื่อมีในไฟล์ ซีนที่มีชนิดพิกเซลและแกนเดียวกันจะกลายเป็นซีนแยกที่ไล่ดูทีละซีนได้ แต่ละซีนมีขนาดของตนเอง และ XY Overview แสดงซีนทั้งหมดพร้อมกัน ส่งออกซีนที่แสดงบนหน้าจอหรือทุกซีนเป็น OME-TIFF | ทดสอบซีน ภาพโมเสก โครงสร้าง sub-block ที่ไม่ค่อยพบ และการถ่ายภาพขนาดใหญ่มาก |
| Nikon ND2 | .nd2 |
จับคู่เวลา, Z, ช่องสัญญาณ และขนาดภาพ ตำแหน่งสเตจหลายตำแหน่งเป็นแกนตำแหน่งแยกที่มีตัวควบคุมของตนเอง และ XY Overview วางตำแหน่งเหล่านั้นตามพิกัดสเตจที่บันทึกไว้ | ยืนยันการตีความตำแหน่ง/เวลา การจัดเรียง RGB เมทาดาทา และรุ่นของ NIS-Elements ที่ใช้ |
| Aperio SVS | .svs |
อ่านระดับพีระมิดของภาพสไลด์ทั้งแผ่นที่อิง TIFF และเลือกระดับการแสดงผลที่จัดการได้ภายใต้ข้อจำกัดด้านหน่วยความจำ | ตรวจสอบตัวแปลงสัญญาณ JPEG/JPEG 2000 ความสมบูรณ์ของพีระมิด เมทาดาทาของเครื่องสแกน และระดับความละเอียดที่ต้องการ |
| TIFF และ OME-TIFF | .tif, .tiff |
ใช้แกนที่มีชื่อเมื่อมี รวมถึงเวลา, Z, ช่องสัญญาณ, Y และ X รู้จักเมทาดาทา OME-TIFF และ ImageJ และมาตราส่วนเชิงพื้นที่เมื่อมีในไฟล์ เข้าถึงได้ทุกหน้าของไฟล์ TIFF หลายหน้าแบบธรรมดา | TIFF เป็นคอนเทนเนอร์ที่ยืดหยุ่น ตรวจสอบการบีบอัด ขนาด BigTIFF พีระมิด แกน และการคงเมทาดาทาไว้ |
| สไลด์จากเครื่องสแกนของผู้ผลิต | .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs |
อ่านพีระมิดภาพของเครื่องสแกนเองผ่านแบ็กเอนด์ OpenSlide และโหลดระดับที่ตรงกับบริเวณบนหน้าจอ แถบมาตราส่วน การวัด และคำอธิบายประกอบใช้ค่าการปรับเทียบไมครอนของเครื่องสแกนในทุกระดับการซูม ตั้งแต่ 1.10.0 สไลด์ NDPI ที่บีบอัดด้วย JPEG XR เปิดได้ และสไลด์ Leica SCN และ Ventana BIF ที่ OpenSlide อ่านไม่ได้ก็เปิดได้เช่นกัน ตั้งแต่ 1.20.0 คำอธิบายประกอบที่วาดใน NDP.view (ไฟล์ .ndpa ข้างไฟล์ .ndpi) จะแสดงทับบนสไลด์ และคัดลอกไปไว้ในการวัดของคุณได้ |
MRXS, VMS และ VMU เก็บข้อมูลพิกเซลไว้ในโฟลเดอร์คู่กันข้างไฟล์ดัชนี จึงเปิดได้จากที่จัดเก็บในเครื่องเท่านั้น และจะถูกปฏิเสธเมื่อเปิดจากลิงก์ระยะไกล สำหรับสไลด์ BIF ที่ OpenSlide อ่านไม่ได้ รอยต่อของไทล์ยังไม่ถูกเย็บต่อกัน ตรวจสอบความสมบูรณ์ของพีระมิดและเมทาดาทาของผู้ผลิตกับสไลด์ตัวแทน |
| Hamamatsu NDPIS (ตั้งแต่ 1.10.0) | .ndpis |
เปิดชุดฟลูออเรสเซนซ์ของ Hamamatsu พร้อมชื่อและสีจริงของช่องสัญญาณ และการวัดเป็น µm จากค่าการปรับเทียบของเครื่องสแกน | ยืนยันชื่อช่องสัญญาณ สี และการปรับเทียบเทียบกับซอฟต์แวร์ของเครื่องสแกนบนชุดตัวแทน |
| Olympus/Evident VSI (ตั้งแต่ 1.10.0) | .vsi |
เปิดภาพสไลด์ทั้งแผ่นและภาพฟลูออเรสเซนซ์จาก cellSens รวมถึงสไลด์ที่มีหลายบริเวณการสแกน แต่ละบริเวณการสแกนวัดตามขนาดพิกเซลของบริเวณนั้นเอง และแผง Details แสดงเมทาดาทาที่บันทึกไว้ เช่น เลนส์ใกล้วัตถุ ชื่อและสีจริงของช่องสัญญาณ และวันที่ถ่ายภาพ | ทดสอบสไลด์หลายบริเวณและภาพสแกนฟลูออเรสเซนซ์จาก cellSens เวอร์ชันที่ทีมของคุณใช้ |
| Olympus FluoView (ตั้งแต่ 1.10.0) | .oib, .oif, .oir |
เปิดไฟล์คอนโฟคอลของ FluoView พร้อมชื่อและสีจริงของช่องสัญญาณ ระนาบโฟกัสเป็น µm และจุดเวลาเป็นวินาทีจริง แผง Details แสดงการตั้งค่าที่บันทึกไว้ เช่น เลนส์ใกล้วัตถุ เลเซอร์ ตัวตรวจจับและเกน และพินโฮล | ยืนยันการตีความช่องสัญญาณ, Z และเวลาเทียบกับ FluoView บนการถ่ายภาพตัวแทน |
| Zeiss ZVI และ LSM (ตั้งแต่ 1.10.0) | .zvi, .lsm |
เปิดไฟล์ ZVI ของ AxioVision และไฟล์คอนโฟคอล LSM ตั้งแต่ LSM 510 ถึง LSM 980 พร้อมชื่อและสีจริงของช่องสัญญาณ และระนาบโฟกัสเป็น µm แผง Details แสดงการตั้งค่าที่บันทึกไว้ เช่น เลนส์ใกล้วัตถุ เวลาเปิดรับแสง เลเซอร์ ตัวตรวจจับ และพินโฮล | ทดสอบไฟล์จาก AxioVision หรือ ZEN ทุกรุ่นที่ทีมของคุณเก็บถาวรไว้ |
| Leica LIF, LOF และ XLEF | .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf |
เปิดไฟล์ LAS X ได้ ไฟล์ LOF และโปรเจกต์ XLEF พร้อมส่วน XLIF และ XLCF เปิดได้ตั้งแต่ 1.10.0 และการรองรับ LIF ได้รับการปรับปรุงให้ลึกขึ้นในรุ่นเดียวกัน การสแกนแบบไทล์และการถ่ายภาพหลายตำแหน่งเปิดเป็นตำแหน่งที่คุณไล่ดูทีละตำแหน่งหรือดูพร้อมกันใน XY Overview ได้ โดยวางตามพิกัดสเตจที่บันทึกไว้ | เก็บไฟล์ที่โปรเจกต์ XLEF อ้างอิงไว้ด้วยกัน และตรวจสอบการวางตำแหน่งสเตจกับการสแกนแบบไทล์ตัวแทน |
| DeltaVision (ตั้งแต่ 1.10.0) | .dv, .r3d |
เปิดไฟล์ DeltaVision รวมถึงภาพ D3D ที่ผ่านการ deconvolution พร้อมช่องสัญญาณ ระนาบโฟกัสเป็น µm และจุดเวลาเป็นวินาที แผง Details แสดงการตั้งค่าที่บันทึกไว้ เช่น เลนส์ใกล้วัตถุ เวลาเปิดรับแสง และฟิลเตอร์ | เปรียบเทียบไฟล์ดิบและไฟล์ที่ผ่านการ deconvolution จากการถ่ายภาพเดียวกัน หากใช้ทั้งสองแบบในขั้นตอนถัดไป |
| MetaMorph (ตั้งแต่ 1.10.0) | .stk, .nd, MetaSeries .tif |
เปิดสแตก STK ไฟล์ MetaSeries TIFF และชุดการถ่ายภาพหลายมิติ .nd ชุด .nd เปิดเป็นภาพเดียว: ความยาวคลื่นกลายเป็นช่องสัญญาณ จุดเวลากลายเป็นอนุกรมเวลา และตำแหน่งสเตจไล่ดูทีละตำแหน่งหรือดูพร้อมกันใน XY Overview ได้ |
เก็บไฟล์ TIFF หรือ STK ที่ชุด .nd ระบุไว้ข้างไฟล์ชุดนั้น |
| OME-Zarr (ตั้งแต่ 1.10.0) | โฟลเดอร์ .zarr |
เปิดภาพ OME-NGFF 0.4 และ 0.5 รวมถึงเพลต HCS พร้อมทุกหลุมและทุกขอบเขตภาพ และผลลัพธ์จาก bioformats2raw พร้อมเมทาดาทา OME-XML หลุมของเพลตไล่ดูทีละหลุมหรือดูพร้อมกันใน XY Overview ได้ | เฉพาะโฟลเดอร์ในเครื่องเท่านั้น: OME-Zarr เปิดจากลิงก์ https ระยะไกลไม่ได้ |
| ภาพทั่วไป (ตั้งแต่ 1.10.0) | .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp |
เปิดภาพ PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF และ WebP ในโปรแกรมดูเดียวกับไฟล์กล้องจุลทรรศน์ | ตรวจสอบว่าไฟล์บันทึกค่าการปรับเทียบไว้หรือไม่ ก่อนอาศัยการวัดเป็น µm |
| Philips iSyntax (ตั้งแต่ 1.20.0) | .isyntax |
เปิดภาพสแกนสไลด์ทั้งแผ่น Philips iSyntax พร้อมพีระมิด ขนาดพิกเซล ป้ายสไลด์ และภาพมาโคร SlideScope แสดงพิกเซลที่ถอดรหัสแล้ว: ไม่ได้ใช้การเพิ่มความคมชัด การเพิ่มคอนทราสต์ และโปรไฟล์สีของ Philips เอง และแผง Details ระบุไว้เช่นนั้น | เปรียบเทียบสไลด์ตัวแทนกับโปรแกรมดูของ Philips หากลักษณะที่แสดงต้องตรงกันทุกประการ ไฟล์ที่เสียหายหรือถูกตัดทอนจะถูกปฏิเสธแทนการเปิดเพียงบางส่วน |
| KFBio KFB (ตั้งแต่ 1.20.0) | .kfb |
เปิดภาพสแกนสไลด์ทั้งแผ่นแบบ brightfield ของ KFBio พร้อมพีระมิดและขนาดพิกเซล ไทล์ที่เสียหายจะถูกวาดจากระดับที่หยาบกว่าถัดไป และ SlideScope จะแจ้งให้ทราบ | สไลด์ฟลูออเรสเซนซ์ KFBF เปิดไม่ได้ บริเวณที่เครื่องสแกนไม่ได้ถ่ายภาพจะแสดงเป็นสีขาว |
| ICS/IDS (ตั้งแต่ 1.20.0) | .ics, .ids |
เปิดภาพ Image Cytometry Standard เช่น ผลลัพธ์จาก SVI Huygens และ DIPlib: คู่ไฟล์ .ics/.ids เวอร์ชัน 1 และไฟล์เดี่ยวเวอร์ชัน 2 รวมถึงข้อมูลที่บีบอัดด้วย gzip พร้อมมาตราส่วนและแกน พิกเซลตรงกับ Bio-Formats รวมถึงการวางแนวสำหรับไฟล์ Huygens |
เก็บไฟล์ .ids ไว้ข้างไฟล์ส่วนหัว .ics ไฟล์ปฏิทิน .ics จะถูกจดจำได้และไม่ถูกเปิดเป็นภาพ |
| Gatan DM3 และ DM4 (ตั้งแต่ 1.20.0) | .dm3, .dm4 |
เปิดภาพ Gatan Digital Micrograph พร้อมค่าการปรับเทียบและเมทาดาทาของกล้องจุลทรรศน์ ภาพสเปกตรัม EELS และ EDS ไล่ดูตามพลังงานด้วยแถบเลื่อน Energy ส่วนรูปแบบการเลี้ยวเบนและ FFT จะได้แถบมาตราส่วนแบบส่วนกลับเป็น nm⁻¹ แทนการวัด | สเปกตรัม 1 มิติและชุดข้อมูล 4D-STEM เปิดไม่ได้ |
| Olympus SIS (ตั้งแต่ 1.20.0) | .sis, .tif ที่มีแท็ก SIS |
เปิดภาพ Olympus analySIS พร้อมขนาดพิกเซลและเมทาดาทาที่บันทึกไว้ | .sis ยังเป็นนามสกุลของตัวติดตั้ง Symbian ด้วย จึงเปิดได้เฉพาะไฟล์ที่เป็นภาพ TIFF จริงเท่านั้น |
| DICOM มาตรฐาน | .dcm, .dicom |
รองรับชุดข้อมูลมาตรฐานแบบเฟรมเดียวและหลายเฟรม โดยจับคู่เวลา, Z, ช่องสัญญาณ, เฟรม และเมทาดาทาบางส่วน DICOM ภาพสไลด์ทั้งแผ่นแบบไทล์อ่านผ่านเส้นทางพีระมิดแยกต่างหากที่เข้าถึงไทล์ได้โดยตรง | ยืนยัน transfer syntax/ตัวแปลงสัญญาณ, SOP class, นโยบายการลบข้อมูลระบุตัวตน และข้อกำหนดสำหรับการใช้งานเพื่อการวิจัย |