เรียนรู้ SlideScope

จากติดตั้งเสร็จสู่ผลลัพธ์จริง

คู่มือแต่ละชิ้นด้านล่างคืองานที่มีคนต้องทำให้เสร็จจริง ๆ พร้อมประมาณการเวลาอย่างตรงไปตรงมาและสามขั้นตอน หากคุณเพิ่งเริ่มใช้ SlideScope ให้เริ่มจากเส้นทางเริ่มต้น หรือข้ามไปที่งานตรงหน้าได้เลย

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

เริ่มที่นี่

ราวสิบนาที ทำครั้งเดียว ทำตามลำดับแล้วทุกอย่างที่เหลือในหน้านี้จะเข้าที่

  1. ติดตั้งและเปิดใช้งาน

    ดาวน์โหลดไฟล์ที่ลงลายเซ็นสำหรับ Windows หรือ macOS แล้วลงชื่อเข้าใช้ด้วยบัญชีที่คุณใช้ทดลองหรือสมัครสมาชิก การเปิดใช้งานผูกกับเครื่อง และหนึ่งการสมัครครอบคลุมสองอุปกรณ์ โน้ตบุ๊กและเครื่องทำงานจึงลงชื่อเข้าใช้ค้างไว้พร้อมกันได้

  2. เปิดสไลด์แรกของคุณ

    ลากไฟล์ CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM หรือ TIFF มาวางบนหน้าต่าง ไม่มีขั้นตอนนำเข้าและไม่ต้องแปลงไฟล์ SlideScope อ่านพีระมิดของเครื่องสแกนโดยตรง สไลด์ระดับกิกะพิกเซลจึงเปิดได้บนโน้ตบุ๊กธรรมดา

  3. ทำความคุ้นเคย

    เลื่อนเพื่อซูม ลากเพื่อเลื่อนภาพ และใช้ตัวนำทางภาพรวมเพื่อกระโดดข้ามสไลด์โดยไม่หลงตำแหน่ง ดูแผงข้อมูลเมทาแต่เนิ่น ๆ ขนาดพิกเซลที่บันทึกไว้ตรงนั้นคือสิ่งที่ทำให้การวัดทุกครั้งต่อจากนี้เป็นค่าที่ปรับเทียบแล้ว ไม่ใช่ค่าประมาณ

คู่มือตามงาน

เลือกอันที่ตรงกับสิ่งที่คุณกำลังจะทำวันนี้

นับนิวเคลียสในภาพฟลูออเรสเซนซ์

6 นาที
  1. เปิดภาพแล้วเลือกบริเวณที่ต้องการนับ การวัดเฉพาะบริเวณแทนทั้งสไลด์ช่วยให้ประมวลผลเร็วและทำให้ผลลัพธ์อยู่บนเนื้อเยื่อที่คุณสนใจจริง
  2. ในแผงการวัดเชิงปริมาณ เลือกนิวเคลียส ตั้งเอนจินเป็น InstanSeg และตั้งแชนเนลสำหรับแบ่งส่วนเป็น DAPI หรือสีย้อมนิวเคลียสของคุณ รอบแรกอย่าเพิ่งไปยุ่งกับการตั้งค่าขั้นสูง
  3. สั่งประมวลผล แล้วอ่านชั้นซ้อนก่อนอ่านตัวเลข คลิกวัตถุใดก็ตามที่ดูผิดเพื่อคัดออก จากนั้นส่งออก CSV พร้อมสรุปวิธีการไปด้วยกัน

วัดโครงสร้างเป็นไมโครเมตร

4 นาที
  1. ตรวจว่าแผงข้อมูลเมทาแสดงขนาดพิกเซล ถ้าเครื่องสแกนบันทึกไว้ ค่าที่วัดได้จะเป็นไมโครเมตรจริง ถ้าไม่มี ให้ปรับเทียบด้วยตนเองก่อนวัดสิ่งใด
  2. เลือกเครื่องมือวัดแล้วลากคร่อมโครงสร้าง ระยะทางและพื้นที่คำนวณที่ความละเอียดเต็มของสไลด์ ไม่ใช่ที่ระดับการซูมที่คุณกำลังดูอยู่
  3. บันทึกค่าที่วัดไว้ให้ติดอยู่กับสไลด์ แล้วค่อยส่งออกตารางเป็น CSV หรือบริเวณเป็น GeoJSON เมื่อต้องใช้ที่อื่น

เทียบ H&E กับ IHC ที่คู่กัน

5 นาที
  1. เปิดสไลด์แรก แล้วเปิดสไลด์ที่สองข้าง ๆ ทั้งสองบานจะล็อกอยู่ที่ตำแหน่งเดียวกันของเนื้อเยื่อและกำลังขยายเท่ากัน
  2. สเกลถูกจับคู่เป็นไมโครเมตร ไม่ใช่ตามตัวคูณการซูม ภาพสแกนสองภาพที่ความละเอียดต่างกันจึงตรงกันจริง เลื่อนหรือซูมบานใดบานหนึ่ง อีกบานจะตามไปด้วย
  3. ใส่คำอธิบายในบานที่เหมาะสม บันทึกย่อจะติดอยู่กับสไลด์ของมันเองและกับบัญชีของคุณ ผู้อ่านคนถัดไปจึงเห็นด้วย

วัดทั้งโฟลเดอร์ในรอบเดียว

8 นาที
  1. ทำภาพเดียวให้ถูกต้องก่อน ปรับชนิดวัตถุ เอนจิน แชนเนล และขอบเขตพื้นที่บนภาพตัวแทนภาพเดียวจนกว่าชั้นซ้อนจะดูถูกต้อง
  2. บันทึกการตั้งค่านั้นเป็นสูตร แล้วตั้งชื่อที่คุณจะจำได้ในอีกสามเดือน
  3. เลือกประมวลผลทั้งโฟลเดอร์ ชี้ไปยังไดเรกทอรี แล้วปล่อยให้ทำงาน คุณจะได้ผลส่งออกรายภาพพร้อมไฟล์ CSV สรุปรวมของชุดงาน โดยทุกภาพวิเคราะห์ด้วยการตั้งค่าเดียวกัน

แบ่งปันมุมมองที่คุณกำลังดูอยู่พอดี

3 นาที
  1. เลื่อนไปยังขอบเขตภาพที่ต้องการให้อีกฝ่ายเห็น ที่ระดับการซูมและระนาบที่คุณต้องการให้เห็น
  2. สร้างลิงก์มุมมองที่แบ่งปัน ลิงก์จะพาสไลด์ไปพร้อมตำแหน่ง การซูม และระนาบ อีกฝ่ายจึงไม่ต้องไล่หาในภาพสแกนระดับกิกะพิกเซล
  3. ส่งไป ใครที่ติดตั้ง SlideScope ไว้จะเปิดได้ในคลิกเดียวผ่านสคีม slidescope:// ส่วนคนที่ยังไม่มีจะเห็นบนเว็บไซต์ก่อนว่าลิงก์ชี้ไปที่อะไร

คำถามที่พบบ่อย

ผมเพิ่งเริ่มต้นทั้งหมด ควรเริ่มตรงไหน

ทำสามขั้นตอนเริ่มต้นตามลำดับ แล้วต่อด้วยคู่มือการวัด สี่อย่างนี้ครอบคลุมสิ่งที่ผู้ใช้ใหม่ต้องการในสัปดาห์แรกเป็นส่วนใหญ่ คู่มือการนับควรทำต่อเป็นลำดับถัดไป แม้คุณจะยังไม่คิดว่าต้องใช้การวัดเชิงปริมาณ เพราะเป็นทางที่เร็วที่สุดในการเข้าใจว่า SlideScope จัดการการปรับเทียบอย่างไร

ต้องเรียนเขียนสคริปต์ไหม

ไม่ต้อง ไม่มีอะไรในหน้านี้ที่ต้องใช้สคริปต์ มาโคร ปลั๊กอิน หรือสภาพแวดล้อม Python การวัดเชิงปริมาณขับเคลื่อนด้วยสูตรที่บันทึกไว้แทนโค้ด นี่คือข้อแลกเปลี่ยน คือยืดหยุ่นน้อยกว่าแพลตฟอร์มที่เขียนโปรแกรมได้ แต่ไปถึงผลลัพธ์เร็วกว่ามาก

จะฝึกคนอื่นในห้องปฏิบัติการอย่างไร

ส่งลิงก์มุมมองที่แบ่งปันซึ่งชี้ไปยังสไลด์จริงจากงานของคุณเอง พร้อมกับหน้านี้ การเปิดสิ่งที่คุ้นเคยได้ผลดีกว่าไฟล์สอนที่สร้างขึ้นมา และลิงก์ช่วยให้พวกเขาเห็นขอบเขตภาพเดียวกับคุณ ไม่ใช่มุมอื่นของภาพสแกน

เรียนรู้จากภาพของคุณเอง

ช่วงทดลอง 14 วันเป็นการเข้าถึงเต็มรูปแบบ ลองทำตามคู่มือเหล่านี้กับสไลด์ที่ห้องปฏิบัติการของคุณใช้งานจริง ไม่ใช่ไฟล์ตัวอย่าง

เริ่มทดลองใช้