Co toto video pokrývá
Seznamy podporovaných formátů schopnosti tvrdí; toto video je měří. Každý z 792 skutečných souborů ve 14 rodinách formátů, celkem 44 GB, byl otevřen v izolovaném procesu, který sestaví stejný načítač, jaký používá prohlížeč, dekóduje jednu rovinu a vykreslí ji. 767 se otevřelo, 9 nebylo možné přečíst, 16 neobsahovalo vůbec žádný obraz a žádný nezpůsobil pád.
Video prochází formáty celých preparátů (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), mikroskopické formáty (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) a DICOM, vysvětluje, proč je 16 "selhání" ve skutečnosti souborů bez pixelů, a jmenuje 9 souborů, které skutečně nelze přečíst. Každý výsledek, včetně selhání, je zveřejněn na stránce benchmarku formátů.
Raději čtete? Benchmark formátů: každý soubor a výsledek.
Přepis
Aktualizováno od natočení. Od doby, kdy bylo toto video natočeno, byl popsaný problém s multiplexním QPTIFF opraven: multiplexní soubory Akoya QPTIFF se nyní otevírají se svými fluorescenčními kanály, a ne jako jediný snímek RGB. Aktuální výsledky uvádí stránka benchmarku.
Sedm set devadesát dva souborů. Čtrnáct rodin formátů. Čtyřicet čtyři gigabajtů.
Sedm set šedesát sedm se otevřelo. Devět nebylo možné přečíst.
Šestnáct neobsahovalo vůbec žádný obraz. Ani jeden z nich prohlížeč neshodil.
Každý výsledek je zveřejněn, včetně těch, v nichž nevypadáme dobře.
Téměř každý prohlížeč zveřejňuje seznam přípon, který někdo napsal.
Takový seznam schopnost tvrdí. Neměří ji.
Neřekne vám nic o tom, zda se skutečný soubor ze skutečného skeneru otevře,
ani co se stane, když ne.
Tak jsme otestovali každý soubor, který máme, a selhání zveřejnili vedle úspěchů.
Každý soubor dostane obětovatelný podřízený proces.
Ten proces sestaví stejný načítač jako aplikace, přečte rozměry,
dekóduje jednu rovinu a vykreslí ji stejnou cestou, jakou používá prohlížeč.
Poškozený soubor, který shodí nativní kodek, ukončí jen tento podřízený proces.
Proto může tato tabulka u sloupce „pád“ poctivě uvést nulu.
Kapitola první. Formáty celých preparátů.
Soubory, které vycházejí ze skeneru a běžně mají několik gigabajtů.
Kapitola druhá. Mikroskopické formáty.
Tady není otázkou velikost souboru, ale kolik kanálů, ohniskových rovin a časových bodů přežije.
Kapitola třetí. DICOM, včetně DICOM pro celé preparáty.
Tři sta sedmdesát osm testovaných souborů. Tři sta šedesát dva se otevřelo.
DICOM je stejně tak formát dokumentů jako formát obrazů.
Soubor DICOMDIR je index disku.
Prezentační stav zaznamenává, jak kdosi kdysi nastavil okno u vyšetření.
Jiné obsahují zprávy nebo měření. Žádný z nich neobsahuje pixely.
Jejich odmítnutí je tedy správnou odpovědí, a kdybychom je počítali jako selhání, vyzněli bychom lépe.
Poctivý počet selhání v tomto běhu je devět, ne dvacet pět.
Devět souborů, které skutečně neumíme otevřít.
Dva preparáty Leica SCN. Jeden nemá identifikovatelný hlavní obraz.
Druhý má navzájem odlišné hlavní obrazy.
Jeden Ventana BIF s neočekávaným atributem směru.
A šest starších kontejnerů Imaris Classic z doby, než formát přešel na HDF5.
Všechny jsou nedotčené. Kontrolní součty odpovídají vydavateli.
Jde o limity dekodéru a rozvržení výrobců a v korpusu zůstávají jako regresní pokrytí.
Tohle je selhání, na kterém záleží nejvíc, a to, které tabulky formátů nikdy nepřiznají.
Multiplexní Akoya QPTIFF se otevře bez jakékoli chyby.
Soubor obsahuje pět fluorescenčních kanálů v plném rozlišení, na šířku přes třicet čtyři tisíc pixelů.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red a Cy5.
Směrujeme ho do čtečky pro světlé pole, takže hlásí jeden kanál a vrací výřez RGB.
Fluorescenční kanály jsou nedostupné a nic vás nevaruje.
Skeny stejného formátu ve světlém poli se otevírají bezchybně, a právě proto to zůstalo bez povšimnutí.
Kapitola čtvrtá. Neexistuje žádná obecná záložní čtečka.
Vzali jsme nejmenší skutečný soubor každé nepodporované přípony v referenčním korpusu.
Devadesát tři souborů, každý prohnaný produkčním načítačem.
Všech devadesát tři bylo odmítnuto se srozumitelnou zprávou. Žádný nespadl.
Žádný nebyl napůl otevřen do něčeho, co vypadalo jako obraz, ale nebylo jím.
Dva formáty nemají vůbec žádné pokrytí skutečnými soubory.
Pro žádný z nich neexistuje veřejná ukázka, takže netvrdíme, že jejich podpora je otestovaná.
Nejde o benchmark rychlosti a nejde ani o klinickou validaci.
A je to test dodavatele. Software jsme napsali my a test jsme provedli my.
Místo nezávislosti nabízíme ověřitelnost.
Náš korpus není vaše zásuvka s preparáty.
Surové výsledky po jednotlivých souborech jsou zveřejněny jako JSON.
Korpusy jsou veřejně ke stažení a spouštěcí skript je v našem repozitáři.
Otevřete soubory, které vám skutečně dělají potíže.
A pokud některý z nich selže, pošlete nám ho.
Selhání v tomto videu se sem dostala, protože to někdo udělal.