Darum geht es in diesem Video
Listen unterstützter Formate behaupten Fähigkeiten; dieses Video misst sie. 792 echte Dateien aus 14 Formatfamilien, insgesamt 44 GB, wurden jeweils in einem isolierten Prozess geöffnet, der denselben Loader aufbaut wie der Viewer, eine Ebene dekodiert und sie rendert. 767 ließen sich öffnen, 9 konnten nicht gelesen werden, 16 enthielten überhaupt kein Bild, und keine führte zum Absturz.
Das Video geht Whole-Slide-Formate (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), Mikroskopieformate (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) und DICOM durch, erklärt, warum 16 „Fehlschläge“ Dateien ohne Pixel sind, und nennt die 9 Dateien, die sich tatsächlich nicht lesen lassen. Jedes Ergebnis, einschließlich der Fehlschläge, ist auf der Seite zum Format-Benchmark veröffentlicht.
Lieber lesen? Der Format-Benchmark: jede Datei und jedes Ergebnis.
Transkript
Seit der Aufnahme aktualisiert. Seit der Aufnahme dieses Videos wurde das darin beschriebene Problem mit Multiplex-QPTIFF behoben: Multiplex-QPTIFF-Dateien von Akoya öffnen sich jetzt mit ihren Fluoreszenzkanälen statt als einzelnes RGB-Bild. Die Benchmark-Seite enthält die aktuellen Ergebnisse.
792 Dateien. 14 Formatfamilien. 44 Gigabyte.
767 ließen sich öffnen. 9 konnten nicht gelesen werden.
16 enthielten überhaupt kein Bild. Keine brachte den Viewer zum Absturz.
Jedes Ergebnis ist veröffentlicht, auch die, bei denen wir schlecht aussehen.
Fast jeder Viewer veröffentlicht eine Liste von Dateiendungen, die jemand eingetippt hat.
Diese Liste behauptet eine Fähigkeit. Sie misst keine.
Sie sagt Ihnen nichts darüber, ob sich eine echte Datei von einem echten Scanner öffnet
oder was passiert, wenn nicht.
Also haben wir jede Datei getestet, die wir haben, und die Fehlschläge neben den Erfolgen veröffentlicht.
Jede Datei wird an einen entbehrlichen Kindprozess übergeben.
Dieser Prozess baut denselben Loader auf wie die Anwendung, liest die Dimensionen,
dekodiert eine Ebene und rendert sie über denselben Weg, den der Viewer nutzt.
Eine fehlerhafte Datei, die einen nativen Codec abbrechen lässt, beendet nur diesen Kindprozess.
Deshalb kann diese Tabelle die Spalte Abstürze ehrlich mit null angeben.
Kapitel eins. Whole-Slide-Formate.
Die Dateien, die aus einem Scanner kommen und regelmäßig mehrere Gigabyte groß sind.
Kapitel zwei. Mikroskopieformate.
Hier geht es nicht um die Dateigröße, sondern darum, wie viele Kanäle, Fokusebenen und Zeitpunkte erhalten bleiben.
Kapitel drei. DICOM, einschließlich Whole-Slide-DICOM.
378 Dateien getestet. 362 ließen sich öffnen.
DICOM ist ebenso ein Dokumentformat wie ein Bildformat.
Eine DICOMDIR-Datei ist das Inhaltsverzeichnis eines Datenträgers.
Ein Presentation State hält fest, wie jemand eine Studie einmal gefenstert hat.
Andere enthalten Befunde oder Messungen. Keine davon enthält Pixel.
Sie abzulehnen ist also die richtige Antwort, und sie als Fehlschläge zu zählen, würde uns schmeicheln.
Die ehrliche Zahl der Fehlschläge in diesem Durchlauf ist neun, nicht fünfundzwanzig.
Neun Dateien, die wir tatsächlich nicht öffnen können.
Zwei Leica-SCN-Präparate. Bei einem lässt sich kein Hauptbild ermitteln.
Das andere hat voneinander abweichende Hauptbilder.
Ein Ventana-BIF mit einem unerwarteten Richtungsattribut.
Und sechs ältere Imaris-Classic-Container aus der Zeit, bevor das Format auf HDF5 umgestellt wurde.
Jede einzelne davon ist unbeschädigt. Die Prüfsummen stimmen mit denen des Herausgebers überein.
Das sind Grenzen des Decoders und der Herstellerstruktur, und sie bleiben als Regressionsabdeckung im Korpus.
Dies ist der Fehlschlag, der am meisten zählt, und der, den Formattabellen nie zugeben.
Ein Multiplex-QPTIFF von Akoya öffnet sich ganz ohne Fehlermeldung.
Die Datei enthält fünf Fluoreszenzkanäle in voller Auflösung, 34.000 Pixel breit.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red und Cy5.
Wir leiten sie an einen Hellfeld-Reader weiter, also meldet er einen Kanal und liefert ein RGB-Bild.
Die Fluoreszenzkanäle sind unerreichbar, und nichts warnt Sie.
Hellfeld-Scans im selben Format öffnen sich einwandfrei, und genau deshalb blieb das unbemerkt.
Kapitel vier. Es gibt keinen generischen Ersatz-Reader.
Wir haben von jeder nicht unterstützten Dateiendung im Referenzkorpus die kleinste echte Datei genommen.
93 davon, jede durch den ausgelieferten Loader geschickt.
Alle 93 wurden mit einer klaren Meldung abgelehnt. Keine führte zum Absturz.
Keine wurde halb geöffnet und in etwas verwandelt, das wie ein Bild aussah, aber keines war.
Zwei Formate sind überhaupt nicht durch echte Dateien abgedeckt.
Von keinem der beiden gibt es ein öffentliches Beispiel, daher behaupten wir für sie keine getestete Unterstützung.
Dies ist kein Geschwindigkeits-Benchmark, und es ist keine klinische Validierung.
Und es ist ein Herstellertest. Wir haben die Software geschrieben, und wir haben den Test durchgeführt.
Statt Unabhängigkeit bieten wir Nachprüfbarkeit.
Unser Korpus ist nicht Ihre Präparateschublade.
Die Rohergebnisse pro Datei sind als JSON veröffentlicht.
Die Korpora sind öffentlich herunterladbar, und das Testprogramm liegt in unserem Repository.
Öffnen Sie die Dateien, die Ihnen tatsächlich Probleme machen.
Und wenn eine davon scheitert, schicken Sie sie uns.
Die Fehlschläge in diesem Video sind hier, weil jemand genau das getan hat.