我们打开了 14 种显微镜格式的 792 个真实切片文件：哪些失败了

文字稿

录制后已有更新。自本视频录制以来，视频中描述的多重标记 QPTIFF 问题已经修复：多重标记的 Akoya QPTIFF 文件现在会以其荧光通道打开，而不是显示为单个 RGB 图像。基准测试页面提供最新结果。

七百九十二个文件。十四个格式家族。四十四 GB。

七百六十七个成功打开。九个无法读取。

十六个根本不含图像。没有一个导致查看器崩溃。

每一项结果都已公布，包括那些让我们难堪的结果。

几乎每款查看器公布的，都是有人随手列出的一串扩展名。

那份列表声称具备某种能力，却并没有度量它。

它完全无法告诉您，一台真实扫描仪生成的真实文件能否打开，

也无法告诉您打不开时会发生什么。

所以我们测试了手头的每一个文件，并把失败案例与成功案例并列公布。

每个文件都交给一个可牺牲的子进程处理。

该进程构建与应用程序相同的加载器，读取尺寸，

解码一个平面，并通过查看器所用的同一路径进行渲染。

如果一个格式错误的文件导致原生编解码器中止，被终止的只是那个子进程。

正因如此，这张表才能如实地把“崩溃”一栏报告为零。

第一章。全切片格式。

这些文件直接来自扫描仪，通常有好几 GB。

第二章。显微镜格式。

这里的问题不是文件大小，而是有多少通道、焦平面和时间点能完整保留下来。

第三章。DICOM，包括全切片 DICOM。

测试了三百七十八个文件。三百六十二个成功打开。

DICOM 既是图像格式，也是文档格式。

DICOMDIR 文件是光盘的索引。

呈现状态记录了某人当时如何为一项检查调窗。

其他对象保存的是报告或测量结果。它们都不含像素。

所以拒绝打开它们才是正确的做法，把它们算作失败反而会美化我们的成绩。

本次运行如实的失败数是九，而不是二十五。

九个我们确实无法打开的文件。

两张 Leica SCN 切片。一张没有可识别的主图像。

另一张的主图像互不一致。

一个带有意外方向属性的 Ventana BIF。

还有六个较旧的 Imaris Classic 容器，来自该格式改用 HDF5 之前。

它们全部完好无损。校验和与发布方一致。

这些是解码器和厂商布局方面的局限，它们会作为回归测试保留在语料库中。

这是最重要的一种失败，也是格式支持表从不承认的一种。

一个多重标记的 Akoya QPTIFF 打开时没有任何错误。

该文件包含五个全分辨率荧光通道，宽达三万四千像素。

DAPI、FITC、Cy3、Texas Red 和 Cy5。

我们把它交给了明场读取器，因此它只报告一个通道，并返回一个 RGB 切面。

荧光通道无法访问，而且没有任何警告。

同一格式的明场扫描都能完美打开，这恰恰是问题一直未被察觉的原因。

第四章。没有通用的兜底读取器。

我们从参考语料库中为每种不支持的扩展名各取了最小的真实文件。

共九十三个，每个都交给正式发布的加载器处理。

九十三个全部被拒绝，并给出了清晰的提示。没有一个崩溃。

没有一个被打开一半、看似图像实则不是。

有两种格式完全没有真实文件覆盖。

这两种格式都没有公开样本，因此我们不声称已对它们进行过测试支持。

这不是速度基准测试，也不是临床验证。

而且这是一项厂商自测。软件是我们写的，测试也是我们做的。

我们无法提供独立性，但可以提供可核查性。

我们的语料库不是您的切片柜。

逐文件的原始结果以 JSON 格式公布。

语料库可公开下载，运行脚本在我们的代码仓库中。

打开那些真正让您头疼的文件。

如果其中某个文件失败，请发给我们。

本视频中的失败案例，正是因为有人这样做了才会出现在这里。