Що охоплює це відео
Списки підтримуваних форматів заявляють можливості; це відео їх вимірює. 792 реальні файли в 14 сімействах форматів, загалом 44 GB, кожен відкривали в ізольованому процесі, який створює той самий завантажувач, що й переглядач, декодує площину й рендерить її. 767 відкрилися, 9 не вдалося прочитати, 16 взагалі не містили зображення, і жоден не спричинив збою.
У відео розглянуто формати повних слайдів (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), мікроскопічні формати (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) і DICOM, пояснено, чому 16 "невдач" — це файли без пікселів, і названо 9 файлів, які справді неможливо прочитати. Кожен результат, зокрема невдачі, опубліковано на сторінці порівняльного тесту форматів.
Вам зручніше читати? Порівняльний тест форматів: кожен файл і результат.
Транскрипт
Оновлено після запису. Відколи це відео записали, описану в ньому проблему з мультиплексними QPTIFF виправлено: мультиплексні файли Akoya QPTIFF тепер відкриваються зі своїми флуоресцентними каналами, а не як одне RGB-зображення. Актуальні результати наведено на сторінці порівняльного тесту.
792 файли. 14 сімейств форматів. 44 гігабайти.
767 відкрилися. 9 не вдалося прочитати.
16 взагалі не містили зображення. Жоден не спричинив збою переглядача.
Кожен результат опубліковано, зокрема ті, що виставляють нас у поганому світлі.
Майже кожен переглядач публікує список розширень, який хтось набрав.
Такий список заявляє можливість. Він її не вимірює.
Він нічого не каже про те, чи відкриється реальний файл із реального сканера
і що станеться, якщо не відкриється.
Тож ми перевірили кожен файл, який маємо, і опублікували невдачі поруч з успіхами.
Кожен файл передається одноразовому дочірньому процесу.
Цей процес створює той самий завантажувач, що й програма, зчитує розміри,
декодує площину й рендерить її тим самим шляхом, що й переглядач.
Пошкоджений файл, який обвалює нативний кодек, знищує лише цей дочірній процес.
Саме тому стовпець «збій» ця таблиця може чесно показувати як нуль.
Розділ перший. Формати повних слайдів.
Файли, які виходять зі сканера й зазвичай важать кілька гігабайтів.
Розділ другий. Мікроскопічні формати.
Тут питання не в розмірі файлу, а в тому, скільки каналів, фокальних площин і часових точок зберігається.
Розділ третій. DICOM, зокрема повнослайдовий DICOM.
Перевірено 378 файлів. 362 відкрилися.
DICOM — такою ж мірою формат документів, як і формат зображень.
Файл DICOMDIR — це індекс диска.
Presentation state фіксує, як хтось колись налаштував вікно для дослідження.
Інші містять висновки чи вимірювання. Жоден із них не містить пікселів.
Тож відхилити їх — правильна відповідь, а зараховувати їх до невдач означало б нам лестити.
Чесна кількість невдач у цьому прогоні — дев’ять, а не двадцять п’ять.
Дев’ять файлів, які ми справді не можемо відкрити.
Два слайди Leica SCN. Один не має ідентифіковного основного зображення.
Інший має несхожі між собою основні зображення.
Один Ventana BIF з неочікуваним атрибутом напрямку.
І шість старих контейнерів Imaris Classic, з часів до переходу формату на HDF5.
Кожен із них неушкоджений. Контрольні суми збігаються з тими, що надав видавець.
Це обмеження декодерів і структури файлів виробників, і вони залишаються в корпусі як регресійне покриття.
Ось невдача, яка важить найбільше, і якої таблиці форматів ніколи не визнають.
Мультиплексний Akoya QPTIFF відкривається без жодної помилки.
Файл містить п’ять флуоресцентних каналів у повній роздільній здатності, 34 тисячі пікселів завширшки.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red і Cy5.
Ми передаємо його модулю читання для світлого поля, тож він повідомляє про один канал і повертає RGB-зріз.
Флуоресцентні канали недосяжні, і ніщо вас про це не попереджає.
Скани світлого поля в тому самому форматі відкриваються бездоганно, і саме тому це залишалося непоміченим.
Розділ четвертий. Загального резервного модуля читання немає.
Ми взяли найменший реальний файл кожного непідтримуваного розширення з еталонного корпусу.
Таких файлів 93, і кожен пройшов через завантажувач робочої версії.
Усі 93 відхилено зі зрозумілим повідомленням. Жоден не спричинив збою.
Жоден не був напіввідкритий у щось, що виглядало як зображення, але ним не було.
Два формати взагалі не мають покриття реальними файлами.
Публічних зразків жодного з них не існує, тож ми не заявляємо для них перевіреної підтримки.
Це не тест швидкості й не клінічна валідація.
І це тест від самого виробника. Ми написали програму, і ми провели тест.
Замість незалежності ми пропонуємо можливість перевірити.
Наш корпус — не ваша шухляда зі слайдами.
Необроблені результати для кожного файлу опубліковано у форматі JSON.
Корпуси доступні для публічного завантаження, а скрипт запуску є в нашому репозиторії.
Відкрийте файли, з якими у вас справді виникають проблеми.
А якщо якийсь із них не відкриється, надішліть його нам.
Невдачі в цьому відео потрапили сюди, бо хтось так і зробив.