O que este vídeo aborda
Listas de formatos compatíveis afirmam capacidades; este vídeo as mede. 792 arquivos reais, de 14 famílias de formatos, 44 GB no total, foram abertos um a um em um processo isolado que monta o mesmo carregador que o visualizador usa, decodifica um plano e o renderiza. 767 abriram, 9 não puderam ser lidos, 16 não continham imagem nenhuma e nenhum travou.
O vídeo percorre os formatos de lâmina inteira (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), os formatos de microscopia (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) e o DICOM, explica por que 16 "falhas" são arquivos sem nenhum pixel e identifica os 9 arquivos que realmente não podem ser lidos. Todos os resultados, incluindo as falhas, estão publicados na página do benchmark de formatos.
Prefere ler? O benchmark de formatos: cada arquivo e cada resultado.
Transcrição
Atualizado desde a gravação. Desde que este vídeo foi gravado, o problema do QPTIFF multiplex que ele descreve foi corrigido: arquivos QPTIFF multiplex da Akoya agora abrem com seus canais de fluorescência, em vez de uma única imagem RGB. A página do benchmark traz os resultados atuais.
Setecentos e noventa e dois arquivos. Quatorze famílias de formatos. Quarenta e quatro gigabytes.
Setecentos e sessenta e sete abriram. Nove não puderam ser lidos.
Dezesseis não continham imagem nenhuma. Nenhum travou o visualizador.
Todos os resultados estão publicados, inclusive os que nos deixam mal.
Quase todo visualizador publica uma lista de extensões que alguém digitou.
Essa lista afirma uma capacidade. Ela não mede nenhuma.
Ela não diz nada sobre se um arquivo real, de um scanner real, abre,
ou sobre o que acontece quando não abre.
Então testamos todos os arquivos que temos e publicamos as falhas ao lado dos sucessos.
Cada arquivo é entregue a um processo filho descartável.
Esse processo monta o mesmo carregador que o aplicativo monta, lê as dimensões,
decodifica um plano e o renderiza pelo mesmo caminho que o visualizador usa.
Um arquivo malformado que derruba um codec nativo encerra apenas esse processo filho.
É por isso que "travou" é uma coluna que esta tabela pode honestamente informar como zero.
Capítulo um. Formatos de lâmina inteira.
Os arquivos que saem de um scanner e muitas vezes passam de vários gigabytes.
Capítulo dois. Formatos de microscopia.
Aqui a questão não é o tamanho do arquivo, e sim quantos canais, planos focais e pontos de tempo chegam intactos.
Capítulo três. DICOM, incluindo DICOM de lâmina inteira.
Trezentos e setenta e oito arquivos testados. Trezentos e sessenta e dois abriram.
O DICOM é tanto um formato de documentos quanto de imagens.
Um arquivo DICOMDIR é o índice de um disco.
Um presentation state registra como alguém um dia ajustou a janela de um estudo.
Outros guardam laudos ou medições. Nenhum deles contém pixels.
Então recusá-los é a resposta correta, e contá-los como falhas nos favoreceria.
A contagem honesta de falhas nesta execução é nove, não vinte e cinco.
Nove arquivos que realmente não conseguimos abrir.
Duas lâminas Leica SCN. Uma não tem imagem principal identificável.
A outra tem imagens principais diferentes entre si.
Um Ventana BIF com um atributo de direção inesperado.
E seis contêineres antigos do Imaris Classic, de antes de o formato migrar para HDF5.
Todos eles estão intactos. Os checksums batem com os do publicador.
São limites do decodificador e do layout do fabricante, e eles ficam no corpus como cobertura de regressão.
Esta é a falha que mais importa, e a que as tabelas de formatos nunca admitem.
Um QPTIFF multiplex da Akoya abre sem erro nenhum.
O arquivo contém cinco canais de fluorescência em resolução total, com trinta e quatro mil pixels de largura.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red e Cy5.
Nós o direcionamos para um leitor de campo claro, então ele informa um canal e devolve uma fatia RGB.
Os canais de fluorescência ficam inacessíveis, e nada avisa você.
Digitalizações de campo claro no mesmo formato abrem perfeitamente, e foi exatamente por isso que o problema passou despercebido.
Capítulo quatro. Não existe um leitor genérico de reserva.
Pegamos o menor arquivo real de cada extensão sem suporte no corpus de referência.
Noventa e três deles, cada um passado pelo carregador da versão publicada.
Os noventa e três foram recusados com uma mensagem clara. Nenhum travou.
Nenhum foi aberto pela metade, virando algo que parecia uma imagem mas não era.
Dois formatos não têm nenhuma cobertura com arquivos reais.
Não existe amostra pública de nenhum dos dois, então não afirmamos suporte testado para eles.
Este não é um benchmark de velocidade, e não é uma validação clínica.
E é um teste do próprio fornecedor. Nós escrevemos o software e nós fizemos o teste.
O que oferecemos no lugar da independência é a possibilidade de conferir.
Nosso corpus não é a sua gaveta de lâminas.
Os resultados brutos por arquivo estão publicados em JSON.
Os corpora são downloads públicos, e o executor está no nosso repositório.
Abra os arquivos que realmente dão problema.
E, se algum deles falhar, envie-o para nós.
As falhas deste vídeo chegaram aqui porque alguém fez isso.