Qué trata este vídeo
Las listas de formatos compatibles declaran capacidades; este vídeo las mide. 792 archivos reales de 14 familias de formatos, 44 GB en total, se abrieron uno a uno en un proceso aislado que construye el mismo cargador que usa el visor, decodifica un plano y lo renderiza. 767 se abrieron, 9 no se pudieron leer, 16 no contenían ninguna imagen y ninguno provocó un bloqueo.
El vídeo repasa los formatos de portaobjetos completos (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), los formatos de microscopía (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) y DICOM, explica por qué 16 "fallos" son archivos sin píxeles y nombra los 9 archivos que realmente no se pueden leer. Todos los resultados, incluidos los fallos, están publicados en la página del benchmark de formatos.
¿Prefieres leer? El benchmark de formatos: cada archivo y cada resultado.
Transcripción
Actualizado desde la grabación. Desde que se grabó este vídeo, el problema con los QPTIFF multiplex que describe se ha corregido: los archivos Akoya QPTIFF multiplex ahora se abren con sus canales de fluorescencia en lugar de como una única imagen RGB. La página del benchmark recoge los resultados actuales.
792 archivos. 14 familias de formatos. 44 gigabytes.
767 se abrieron. 9 no se pudieron leer.
16 no contenían ninguna imagen. Ninguno bloqueó el visor.
Publicamos todos los resultados, incluidos los que nos dejan mal.
Casi todos los visores publican una lista de extensiones que alguien ha escrito.
Esa lista declara una capacidad. No la mide.
No te dice nada sobre si un archivo real de un escáner real se abre,
ni sobre qué pasa cuando no se abre.
Así que probamos todos los archivos que tenemos y publicamos los fallos junto a los éxitos.
Cada archivo se entrega a un proceso hijo desechable.
Ese proceso construye el mismo cargador que construye la aplicación, lee las dimensiones,
decodifica un plano y lo renderiza por la misma vía que usa el visor.
Un archivo mal formado que hace abortar un códec nativo solo mata a ese proceso hijo.
Por eso esta tabla puede indicar honestamente cero en la columna de bloqueos.
Capítulo uno. Formatos de portaobjetos completos.
Los archivos que salen de un escáner y suelen ocupar varios gigabytes.
Capítulo dos. Formatos de microscopía.
Aquí la cuestión no es el tamaño del archivo, sino cuántos canales, planos focales y puntos temporales sobreviven.
Capítulo tres. DICOM, incluido DICOM de portaobjetos completos.
378 archivos probados. 362 se abrieron.
DICOM es tanto un formato de documentos como un formato de imagen.
Un archivo DICOMDIR es el índice de un disco.
Un presentation state registra cómo alguien ajustó en su día la ventana de un estudio.
Otros contienen informes o mediciones. Ninguno de ellos contiene píxeles.
Así que rechazarlos es la respuesta correcta, y contarlos como fallos nos favorecería.
El recuento honesto de fallos de esta ejecución es 9, no 25.
9 archivos que realmente no podemos abrir.
Dos portaobjetos Leica SCN. Uno no tiene una imagen principal identificable.
El otro tiene imágenes principales distintas entre sí.
Un Ventana BIF con un atributo de dirección inesperado.
Y seis contenedores Imaris Classic antiguos, de antes de que el formato pasara a HDF5.
Todos están intactos. Las sumas de comprobación coinciden con las del editor.
Son límites del decodificador y de la estructura del fabricante, y se quedan en el corpus como cobertura de regresión.
Este es el fallo que más importa, y el que las tablas de formatos nunca reconocen.
Un Akoya QPTIFF multiplex se abre sin ningún error.
El archivo contiene cinco canales de fluorescencia a resolución completa, de 34 000 píxeles de ancho.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red y Cy5.
Lo enviamos a un lector de campo claro, así que indica un solo canal y devuelve un corte RGB.
Los canales de fluorescencia quedan inaccesibles y nada te avisa.
Los escaneos de campo claro del mismo formato se abren perfectamente, y precisamente por eso pasó desapercibido.
Capítulo cuatro. No hay un lector genérico de reserva.
Tomamos el archivo real más pequeño de cada extensión no compatible del corpus de referencia.
93 en total, cada uno pasado por el cargador de la versión publicada.
Los 93 se rechazaron con un mensaje claro. Ninguno provocó un bloqueo.
Ninguno se abrió a medias como algo que parecía una imagen sin serlo.
Dos formatos no tienen ninguna cobertura con archivos reales.
No existe ninguna muestra pública de ninguno de los dos, así que no afirmamos que su compatibilidad esté probada.
No es un benchmark de velocidad ni una validación clínica.
Y es una prueba del propio fabricante. Escribimos el software y nosotros mismos hicimos la prueba.
Lo que ofrecemos en lugar de independencia es que todo se puede comprobar.
Nuestro corpus no es tu cajón de portaobjetos.
Los resultados brutos por archivo están publicados en JSON.
Los corpus se pueden descargar públicamente y el script de ejecución está en nuestro repositorio.
Abre los archivos que de verdad te dan problemas.
Y si alguno falla, envíanoslo.
Los fallos de este vídeo llegaron aquí porque alguien lo hizo.