Referencia de compatibilidad

Compatibilidad de archivos de microscopía en SlideScope

SlideScope tiene lectores de escritorio específicos para las familias CZI, ND2, SVS, TIFF y DICOM y para los formatos de portaobjetos completos de los fabricantes; desde la versión 1.10.0 también abre Olympus/Evident VSI, OIB y OIR, Zeiss ZVI y LSM, Leica LOF y XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr y archivos de imagen corrientes, y desde la versión 1.20.0, Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 y Olympus SIS. Esta página distingue entre que una extensión de archivo sea aceptada y las dimensiones, los metadatos, la compresión y los detalles de flujo de trabajo que determinan si un archivo concreto encaja bien.

¿Prefieres las mediciones a las afirmaciones? Abrimos 792 archivos reales de microscopía y de portaobjetos completos y publicamos todos los resultados, incluidos los fallos.

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Límites indicados por formato Windows y macOS Última revisión: 16 de octubre de 2026

Matriz de compatibilidad actual

La matriz se deriva del enrutamiento actual de la aplicación SlideScope y del comportamiento de sus lectores. Úsala como referencia de cribado y luego prueba archivos representativos del microscopio, el escáner, la versión de software y los ajustes de compresión exactos que usa tu equipo.

Familia de formatos Extensiones aceptadas Comportamiento del lector Comprobaciones importantes
ZEISS CZI .czi Normaliza las dimensiones de tiempo, Z, canal, Y y X; lee los metadatos de adquisición y la calibración espacial cuando están disponibles. Las escenas que comparten tipo de píxel y ejes se convierten en escenas independientes que se recorren una a una, cada una a su propio tamaño, y XY Overview las muestra juntas. Exporta a OME-TIFF la escena que está en pantalla o todas las escenas. Prueba escenas, mosaicos, disposiciones de subbloques poco habituales y adquisiciones muy grandes.
Nikon ND2 .nd2 Asigna el tiempo, Z, los canales y el tamaño de imagen. Las distintas posiciones de platina forman un eje de posición independiente con su propio control, y XY Overview las coloca en las coordenadas de platina registradas. Confirma la interpretación de posiciones y tiempo, la disposición RGB, los metadatos y la generación exacta de NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Lee los niveles de la pirámide de portaobjetos completos basados en TIFF y selecciona un nivel de visualización manejable según las restricciones de memoria. Comprueba los códecs JPEG/JPEG 2000, la integridad de la pirámide, los metadatos del escáner y el nivel de resolución deseado.
TIFF y OME-TIFF .tif, .tiff Usa ejes con nombre cuando están disponibles, incluidos tiempo, Z, canal, Y y X. Reconoce los metadatos OME-TIFF e ImageJ y la escala espacial cuando existen. Se puede acceder a todas las páginas de un TIFF multipágina simple. TIFF es un contenedor flexible. Verifica la compresión, el tamaño BigTIFF, las pirámides, los ejes y la conservación de los metadatos.
Portaobjetos de escáneres de fabricantes .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Lee la propia pirámide de imágenes del escáner mediante el backend OpenSlide y carga el nivel que corresponde a la región en pantalla. La barra de escala, las mediciones y las anotaciones usan la calibración en micras del escáner a cualquier nivel de zoom. Desde la versión 1.10.0 se abren los portaobjetos NDPI comprimidos con JPEG XR, y también los portaobjetos Leica SCN y Ventana BIF que OpenSlide no puede leer. Desde la versión 1.20.0, las anotaciones dibujadas en NDP.view (un archivo .ndpa junto al .ndpi) aparecen sobre el portaobjetos y pueden copiarse a tus mediciones. MRXS, VMS y VMU guardan los datos de píxeles en una carpeta complementaria junto al archivo índice, así que solo se abren desde almacenamiento local y se rechazan en enlaces remotos. En los portaobjetos BIF que OpenSlide no puede leer, las uniones entre teselas aún no se ensamblan. Comprueba la integridad de la pirámide y los metadatos del fabricante en portaobjetos representativos.
Hamamatsu NDPIS (desde la versión 1.10.0) .ndpis Abre los conjuntos de fluorescencia de Hamamatsu con sus nombres y colores de canal reales, con mediciones en µm a partir de la calibración del escáner. Confirma los nombres de canal, los colores y la calibración con el software del escáner en un conjunto representativo.
Olympus/Evident VSI (desde la versión 1.10.0) .vsi Abre imágenes de portaobjetos completos y de fluorescencia de cellSens, incluidos portaobjetos con varias regiones escaneadas. Cada región escaneada se mide con su propio tamaño de píxel, y el panel Details muestra los metadatos registrados, como el objetivo, los nombres y colores de canal reales y la fecha de adquisición. Prueba portaobjetos con varias regiones y escaneos de fluorescencia de la versión de cellSens que usa tu equipo.
Olympus FluoView (desde la versión 1.10.0) .oib, .oif, .oir Abre archivos confocales de FluoView con los nombres y colores de canal reales, los planos focales en µm y los puntos temporales en segundos reales. El panel Details muestra los ajustes registrados, como el objetivo, los láseres, los detectores y ganancias, y el pinhole. Confirma la interpretación de canales, Z y tiempo comparándola con FluoView en una adquisición representativa.
Zeiss ZVI y LSM (desde la versión 1.10.0) .zvi, .lsm Abre archivos ZVI de AxioVision y archivos confocales LSM, desde el LSM 510 hasta el LSM 980, con los nombres y colores de canal reales y los planos focales en µm. El panel Details muestra los ajustes registrados, como el objetivo, la exposición, los láseres, los detectores y el pinhole. Prueba archivos de cada generación de AxioVision o ZEN que archive tu equipo.
Leica LIF, LOF y XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Abre archivos de LAS X; los archivos LOF y los proyectos XLEF con sus partes XLIF y XLCF se abren desde la versión 1.10.0, y la compatibilidad con LIF se amplió en esa misma versión. Los escaneos en mosaico y las adquisiciones con varias posiciones se abren como posiciones que puedes recorrer una a una o ver juntas en XY Overview, colocadas según sus coordenadas de platina registradas. Mantén juntos los archivos a los que hace referencia un proyecto XLEF y comprueba la colocación de la platina en un escaneo en mosaico representativo.
DeltaVision (desde la versión 1.10.0) .dv, .r3d Abre archivos de DeltaVision, incluidas las imágenes deconvolucionadas D3D, con canales, planos focales en µm y puntos temporales en segundos. El panel Details muestra los ajustes registrados, como el objetivo, la exposición y los filtros. Compara los archivos sin procesar y los deconvolucionados de la misma adquisición si ambos se usan en pasos posteriores.
MetaMorph (desde la versión 1.10.0) .stk, .nd, .tif de MetaSeries Abre pilas STK, archivos TIFF de MetaSeries y conjuntos .nd de adquisición multidimensional. Un conjunto .nd se abre como una sola imagen: sus longitudes de onda se convierten en canales, sus puntos temporales en una serie temporal, y sus posiciones de platina pueden recorrerse una a una o verse juntas en XY Overview. Mantén junto al conjunto .nd los archivos TIFF o STK que enumera.
OME-Zarr (desde la versión 1.10.0) Carpetas .zarr Abre imágenes OME-NGFF 0.4 y 0.5, incluidas placas HCS con todos sus pocillos y campos, y la salida de bioformats2raw con sus metadatos OME-XML. Los pocillos de una placa pueden recorrerse uno a uno o verse juntos en XY Overview. Solo carpetas locales: OME-Zarr no puede abrirse desde un enlace https remoto.
Imágenes corrientes (desde la versión 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Abre imágenes PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF y WebP en el mismo visor que los archivos de microscopía. Comprueba si el archivo registra una calibración antes de basarte en mediciones en µm.
Philips iSyntax (desde la versión 1.20.0) .isyntax Abre escaneos de portaobjetos completos Philips iSyntax con su pirámide, su tamaño de píxel, su etiqueta y su imagen macro. SlideScope muestra los píxeles decodificados: no se aplican el realce de nitidez, la mejora de contraste ni el perfil de color propios de Philips, y el panel Details lo indica. Compara un portaobjetos representativo con el visor de Philips si el aspecto exacto es importante. Un archivo dañado o truncado se rechaza en lugar de abrirse parcialmente.
KFBio KFB (desde la versión 1.20.0) .kfb Abre escaneos de portaobjetos completos de campo claro de KFBio con su pirámide y su tamaño de píxel. Una tesela dañada se dibuja a partir del siguiente nivel de menor resolución, y SlideScope lo indica. Los portaobjetos de fluorescencia KFBF no se abren. Las zonas que el escáner no captó se muestran en blanco.
ICS/IDS (desde la versión 1.20.0) .ics, .ids Abre imágenes Image Cytometry Standard, como la salida de SVI Huygens y DIPlib: pares .ics/.ids de la versión 1 y archivos únicos de la versión 2, incluidos los datos comprimidos con gzip, con su escala y sus ejes. Los píxeles coinciden con Bio-Formats, incluida su orientación para los archivos de Huygens. Mantén el archivo .ids junto a su cabecera .ics. Un archivo .ics de calendario se reconoce y no se abre como imagen.
Gatan DM3 y DM4 (desde la versión 1.20.0) .dm3, .dm4 Abre imágenes de Gatan Digital Micrograph con su calibración y los metadatos del microscopio. Las imágenes espectrales EELS y EDS se recorren por energía con un control deslizante Energy, y los patrones de difracción y las FFT reciben una barra de escala recíproca en nm⁻¹ en lugar de mediciones. Los espectros 1D y los conjuntos de datos 4D-STEM no se abren.
Olympus SIS (desde la versión 1.20.0) .sis, .tif con etiquetas SIS Abre imágenes de Olympus analySIS con su tamaño de píxel y los metadatos registrados. .sis también es una extensión de instaladores de Symbian, así que solo se abren los archivos que son realmente imágenes TIFF.
DICOM estándar .dcm, .dicom Gestiona conjuntos de datos estándar de un solo fotograma y multifotograma, asignando el tiempo, Z, los canales, los fotogramas y determinados metadatos. El DICOM de portaobjetos completos en teselas se lee mediante una vía de pirámide independiente con acceso nativo a las teselas. Confirma la sintaxis de transferencia y los códecs, la clase SOP, la política de desidentificación y los requisitos de uso en investigación.

Detalles por formato y referencias autorizadas

CZI: revisión multidimensional sin dar a entender una certificación de ZEISS

Un CZI puede contener varias escenas, canales, planos Z, puntos temporales, metadatos de adquisición y subbloques en teselas. SlideScope lee las dimensiones y los metadatos habituales para la revisión, y recorre las escenas de un archivo una a una o las muestra juntas en XY Overview. Las escenas cuyo tipo de píxel o ejes difieren de los de la primera no se pueden recorrer: se muestra la primera escena con un aviso que explica el motivo. La exportación genera un OME-TIFF con compresión sin pérdida, tamaño de píxel y nombres de canal; al exportar desde XY Overview, cada escena va al mismo archivo como una imagen independiente, y un escaneo grande en teselas se exporta a su resolución de vista general. Cada escena exportada conserva el tamaño de píxel con el que se adquirió (corregido en SlideScope 1.8.57; las versiones anteriores podían calibrar mal las escenas sin teselas de distintos tamaños). La familia CZI es tan amplia que probar con un archivo real es importante; la guía de CZI con varias escenas muestra las escenas y la exportación paso a paso. ZEISS documenta el formato y su ecosistema de aplicaciones en la página oficial del formato de archivo de imagen CZI. Esa referencia define el formato de origen; no supone un respaldo ni una certificación de SlideScope.

ND2: tiempo, Z, canales y posiciones

SlideScope asigna los ejes principales de ND2 a la estructura de su visor. Desde la versión 1.8.41, una adquisición con varias posiciones mantiene sus posiciones en un eje independiente en lugar de mezclarlas con el tiempo, y XY Overview coloca cada posición en su coordenada de platina registrada. La orientación de la platina se ha verificado en un conjunto limitado de instrumentos, así que comprueba un experimento representativo con varias posiciones antes de que un equipo lo adopte como estándar. Los recursos oficiales de software NIS-Elements de Nikon describen el visor independiente gratuito de Nikon, la visualización de conjuntos de datos multidimensionales y la exportación a TIFF dentro del propio ecosistema de Nikon.

SVS: pirámides de portaobjetos completos y compresión

Los archivos SVS son imágenes de portaobjetos completos basadas en TIFF, con niveles de pirámide y metadatos de Aperio. SlideScope elige un nivel que equilibra el detalle de visualización y la memoria disponible. El proyecto de código abierto OpenSlide documenta la estructura del formato de Aperio, incluidas las imágenes en teselas, los niveles de pirámide, las imágenes asociadas y las propiedades de los metadatos.

TIFF y OME-TIFF: un contenedor, no una estructura uniforme

Un archivo que termina en .tif puede ser una imagen 2D simple, una imagen RGB, una pila de ImageJ, un conjunto de datos OME-TIFF, un BigTIFF o una imagen piramidal con distinta compresión. El lector de SlideScope reconoce los metadatos OME e ImageJ cuando existen, pero no conviene tratar todas las variantes como si fueran idénticas. La especificación OME-TIFF explica cómo los planos TIFF y los metadatos OME-XML codifican las dimensiones y las pirámides.

DICOM: fotogramas estándar y pirámides de portaobjetos completos en teselas

Los instaladores públicos actuales para Windows y macOS admiten DICOM ordinario de un solo fotograma y multifotograma para revisión en investigación, incluidas pilas Z de fluorescencia y capturas de lapso de tiempo. Los archivos con la clase SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage se leen mediante una vía específica para portaobjetos completos que usa directamente la estructura de pirámide y teselas de DICOM, así que el DICOM WSI en teselas se abre sin conversión. Las sintaxis de transferencia comprimidas se decodifican mediante los plugins integrados GDCM, openjpeg e imagecodecs. SlideScope no es un PACS ni se presenta como una estación de diagnóstico validada. El Suplemento 145 del DICOM Standards Committee define los objetos de imagen microscópica de portaobjetos completos y ayuda a explicar por qué WSI es una clase de compatibilidad aparte.

Formatos de instrumentos añadidos en la versión 1.10.0: qué muestra el panel Details

Cada formato añadido en SlideScope 1.10.0 se abre en Windows y macOS con sus metadatos en el panel Details. Según lo que registre el archivo, eso incluye el objetivo (nombre, aumento, apertura numérica e inmersión), los láseres y fuentes de luz, los detectores y ganancias, la exposición, los filtros, el pinhole, los nombres y colores de canal reales, la fecha de adquisición, los puntos temporales en segundos reales, los planos focales en µm, los pocillos y campos de las placas y las ventanas de visualización guardadas. Los escaneos en mosaico y las posiciones de platina múltiples se abren como posiciones, y XY Overview las coloca según sus coordenadas de platina registradas. Guías paso a paso: VSI, OIB y OIR, ZVI, LSM, LOF y XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK y ND, OME-Zarr y NDPIS.

Formatos añadidos en la versión 1.20.0

SlideScope 1.20.0 añade los escaneos de portaobjetos completos Philips iSyntax y KFBio KFB, las imágenes ICS/IDS, las micrografías electrónicas Gatan DM3 y DM4 y las imágenes Olympus SIS, cada una con su escala y sus metadatos registrados; la matriz anterior indica qué abre y qué no abre cada una. Guías paso a paso: iSyntax, KFB, ICS e IDS, DM3 y DM4 y SIS.

Por qué puede fallar un archivo con una extensión compatible

Archivo incompleto o renombrado

Una descarga parcial, una copia interrumpida o un archivo renombrado con una extensión compatible puede no contener una cabecera de formato válida ni los datos de píxeles completos.

Variante de códec o de compresión

Los archivos TIFF, SVS y DICOM de portaobjetos completos pueden depender de JPEG, JPEG 2000 u otros códecs. Una sintaxis de transferencia poco habitual o la falta de un códec integrado pueden impedir la decodificación.

Disposición dimensional poco habitual

Los archivos de los fabricantes pueden codificar escenas, posiciones, iluminaciones, vistas, teselas o ejes de forma diferente. Un lector puede abrir el archivo pero asignar una disposición especializada de un modo distinto al esperado.

Límites de memoria y de pirámide

Las imágenes muy grandes necesitan niveles válidos de menor resolución o memoria suficiente para el plano seleccionado. Prueba los archivos más grandes que uses habitualmente, no solo una muestra pequeña.

Una prueba práctica antes de adoptarlo

  1. Elige archivos de cada modelo de microscopio o escáner que use realmente tu equipo.
  2. Incluye un archivo pequeño, uno típico, el más grande que uses habitualmente y uno antiguo de archivo.
  3. Verifica los colores de canal, los puntos temporales, los planos Z, las posiciones, el detalle de la pirámide y la calibración espacial.
  4. Compara los metadatos clave con el software de adquisición o con otro lector de confianza.
  5. Prueba la exportación a TIFF y confirma qué dimensiones y metadatos espera el flujo de trabajo posterior.
  6. Anota la versión de la aplicación, el sistema operativo, el hardware, el software de origen y el resultado.

Así se generan pruebas que el laboratorio puede revisar más adelante, lo que es más fiable que suponer que todos los archivos con la misma extensión son idénticos.

Formatos compatibles y no compatibles

Los portaobjetos de escáner NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF y AVS son compatibles mediante el backend OpenSlide, Leica LIF tiene su propio lector, y VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr y los archivos de imagen corrientes son compatibles desde la versión 1.10.0, y Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 y Olympus SIS desde la versión 1.20.0; todos ellos aparecen en la matriz de compatibilidad anterior. También se abre un .zip de archivos compatibles: SlideScope muestra lo que contiene, lo extrae junto al archivo comprimido y lo abre. SlideScope no abre archivos SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD ni MRC, portaobjetos de fluorescencia KFBio KFBF, espectros 1D ni conjuntos de datos 4D-STEM de Gatan, OME-Zarr desde enlaces https remotos, NIfTI ni formatos de vídeo generales. No renombres ninguno de esos archivos con una extensión compatible. Si alguno de estos formatos es importante para tu flujo de trabajo, ponte en contacto con soporte indicando el nombre del formato y el software de adquisición antes de comprar.

Para los archivos compatibles que aun así fallan, el flujo de soporte de la aplicación puede incluir contexto no sensible del portaobjetos. No envíes datos que identifiquen a pacientes ni archivos propietarios salvo que tu organización haya aprobado compartirlos.

Preguntas sobre compatibilidad

¿Qué extensiones de archivos de microscopía abre SlideScope?

Las versiones actuales de SlideScope dirigen .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif y los formatos de escáner de portaobjetos completos .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff y .avs a lectores específicos. Desde la versión 1.10.0 también abren archivos .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd y .ndpis, carpetas OME-Zarr desde almacenamiento local e imágenes corrientes .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif y .webp. Desde la versión 1.20.0 también abren portaobjetos Philips .isyntax y KFBio .kfb, imágenes .ics e .ids, archivos Gatan .dm3 y .dm4 e imágenes Olympus .sis; un archivo de anotaciones .ndpa de NDP.view se abre con su portaobjetos NDPI, y un .zip de portaobjetos se abre una vez que SlideScope lo ha extraído junto al archivo comprimido. La compatibilidad puede seguir variando según el subformato del fabricante, la compresión, la integridad del archivo y los metadatos incrustados.

¿SlideScope abre archivos OME-TIFF?

El lector TIFF reconoce los metadatos OME-TIFF y asigna los ejes con nombre de tiempo, Z, canal, Y y X cuando están disponibles. Prueba variantes representativas de compresión, BigTIFF y pirámide.

¿Que una extensión sea compatible garantiza que se abrirán todos los archivos?

No. Los daños, las transferencias incompletas, los códecs poco habituales, las variantes de los fabricantes y las disposiciones dimensionales inusuales pueden seguir afectando a la compatibilidad.

¿SlideScope es un visor DICOM de diagnóstico?

No se hace ninguna afirmación diagnóstica. SlideScope está pensado para flujos de investigación, docencia y revisión; el uso clínico requiere la validación propia de la institución y una evaluación normativa.

Prueba los archivos que usa realmente tu equipo

Instala la versión correcta para Windows o Mac y luego verifica conjuntos de datos CZI, ND2, SVS, TIFF y DICOM representativos.

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