Référence de compatibilité

Compatibilité des fichiers de microscopie dans SlideScope

SlideScope dispose de lecteurs de bureau dédiés pour les familles CZI, ND2, SVS, TIFF et DICOM et pour les formats de lames entières des fabricants ; depuis la version 1.10.0, il ouvre aussi Olympus/Evident VSI, OIB et OIR, Zeiss ZVI et LSM, Leica LOF et XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr et les fichiers d’image courants, et depuis la version 1.20.0 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 et Olympus SIS. Cette page distingue une extension de fichier acceptée des dimensions, métadonnées, compressions et détails de flux de travail qui déterminent si un fichier précis convient.

Vous préférez les mesures aux promesses ? Nous avons ouvert 792 fichiers réels de microscopie et de lames entières et publié chaque résultat, y compris les échecs.

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Limites indiquées pour chaque format Windows et macOS Dernière révision le 16 octobre 2026

Matrice de compatibilité actuelle

Cette matrice est tirée du routage et du comportement des lecteurs de l’application SlideScope actuelle. Utilisez-la comme référence de présélection, puis testez des fichiers représentatifs issus du microscope, du scanner, de la version de logiciel et des réglages de compression exacts de votre équipe.

Famille de formats Extensions acceptées Comportement du lecteur Vérifications importantes
ZEISS CZI .czi Normalise les dimensions temps, Z, canal, Y et X ; lit les métadonnées d’acquisition et l’étalonnage spatial lorsqu’ils sont exposés. Les scènes qui partagent un type de pixel et des axes deviennent des scènes distinctes que l’on peut parcourir une à une, chacune à sa propre taille, et XY Overview les affiche ensemble. Exporte en OME-TIFF la scène affichée ou toutes les scènes. Testez les scènes, les mosaïques, les dispositions de sous-blocs inhabituelles et les très grandes acquisitions.
Nikon ND2 .nd2 Associe le temps, Z, les canaux et la taille de l’image. Les positions multiples de la platine forment un axe de position distinct, avec sa propre commande, et XY Overview les place selon leurs coordonnées de platine enregistrées. Vérifiez l’interprétation des positions et du temps, la disposition RVB, les métadonnées et la génération exacte de NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Lit les niveaux de pyramide de lames entières basés sur TIFF et sélectionne un niveau d’affichage gérable compte tenu des contraintes de mémoire. Vérifiez les codecs JPEG/JPEG 2000, l’intégrité de la pyramide, les métadonnées du scanner et le niveau de résolution souhaité.
TIFF et OME-TIFF .tif, .tiff Utilise les axes nommés lorsqu’ils existent, dont le temps, Z, le canal, Y et X. Reconnaît les métadonnées OME-TIFF et ImageJ ainsi que l’échelle spatiale lorsqu’elles sont présentes. Chaque page d’un TIFF multipage ordinaire est accessible. Le TIFF est un conteneur flexible. Vérifiez la compression, la taille BigTIFF, les pyramides, les axes et la conservation des métadonnées.
Lames de scanners de fabricants .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Lit la pyramide d’images propre au scanner via le moteur OpenSlide et charge le niveau correspondant à la région affichée. La barre d’échelle, les mesures et les annotations utilisent l’étalonnage en microns du scanner à chaque niveau de zoom. Depuis la version 1.10.0, les lames NDPI compressées en JPEG XR s’ouvrent, ainsi que les lames Leica SCN et Ventana BIF qu’OpenSlide ne sait pas lire. Depuis la version 1.20.0, les annotations dessinées dans NDP.view (un fichier .ndpa à côté du .ndpi) s’affichent sur la lame et peuvent être copiées dans vos mesures. MRXS, VMS et VMU stockent les données de pixels dans un dossier compagnon à côté du fichier d’index : ils ne s’ouvrent donc que depuis un stockage local et sont refusés pour les liens distants. Pour les lames BIF qu’OpenSlide ne sait pas lire, les jointures entre tuiles ne sont pas encore raccordées. Vérifiez l’intégrité de la pyramide et les métadonnées du fabricant sur des lames représentatives.
Hamamatsu NDPIS (depuis la version 1.10.0) .ndpis Ouvre les ensembles de fluorescence Hamamatsu avec les vrais noms et couleurs de leurs canaux, et des mesures en µm issues de l’étalonnage du scanner. Vérifiez les noms de canaux, les couleurs et l’étalonnage par rapport au logiciel du scanner sur un ensemble représentatif.
Olympus/Evident VSI (depuis la version 1.10.0) .vsi Ouvre les images de lames entières et de fluorescence cellSens, y compris les lames comportant plusieurs régions numérisées. Chaque région numérisée est mesurée à sa propre taille de pixel, et le panneau Details affiche les métadonnées enregistrées, comme l’objectif, les vrais noms et couleurs des canaux et la date d’acquisition. Testez des lames multirégions et des numérisations de fluorescence provenant de la version de cellSens utilisée par votre équipe.
Olympus FluoView (depuis la version 1.10.0) .oib, .oif, .oir Ouvre les fichiers confocaux FluoView avec les vrais noms et couleurs des canaux, les plans focaux en µm et les points temporels en secondes réelles. Le panneau Details affiche les réglages enregistrés, comme l’objectif, les lasers, les détecteurs et leurs gains, et le pinhole. Vérifiez l’interprétation des canaux, de Z et du temps par rapport à FluoView sur une acquisition représentative.
Zeiss ZVI et LSM (depuis la version 1.10.0) .zvi, .lsm Ouvre les fichiers AxioVision ZVI et les fichiers confocaux LSM, du LSM 510 au LSM 980, avec les vrais noms et couleurs des canaux et les plans focaux en µm. Le panneau Details affiche les réglages enregistrés, comme l’objectif, l’exposition, les lasers, les détecteurs et le pinhole. Testez des fichiers de chaque génération d’AxioVision ou de ZEN que votre équipe archive.
Leica LIF, LOF et XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Ouvre les fichiers LAS X ; les fichiers LOF et les projets XLEF, avec leurs parties XLIF et XLCF, s’ouvrent depuis la version 1.10.0, et la prise en charge de LIF a été approfondie dans la même version. Les tile scans et les acquisitions multipositions s’ouvrent sous forme de positions que vous pouvez parcourir une à une ou voir ensemble dans XY Overview, placées selon leurs coordonnées de platine enregistrées. Gardez ensemble les fichiers référencés par un projet XLEF, et vérifiez le placement sur la platine sur un tile scan représentatif.
DeltaVision (depuis la version 1.10.0) .dv, .r3d Ouvre les fichiers DeltaVision, y compris les images déconvoluées D3D, avec les canaux, les plans focaux en µm et les points temporels en secondes. Le panneau Details affiche les réglages enregistrés, comme l’objectif, l’exposition et les filtres. Comparez les fichiers bruts et déconvolués d’une même acquisition si les deux sont utilisés en aval.
MetaMorph (depuis la version 1.10.0) .stk, .nd, .tif MetaSeries Ouvre les piles STK, les fichiers TIFF MetaSeries et les ensembles d’acquisition multidimensionnelle .nd. Un ensemble .nd s’ouvre comme une seule image : ses longueurs d’onde deviennent des canaux, ses points temporels une série temporelle, et ses positions de platine peuvent être parcourues une à une ou vues ensemble dans XY Overview. Gardez à côté de l’ensemble .nd les fichiers TIFF ou STK qu’il liste.
OME-Zarr (depuis la version 1.10.0) Dossiers .zarr Ouvre les images OME-NGFF 0.4 et 0.5, y compris les plaques HCS avec chaque puits et chaque champ, ainsi que les sorties bioformats2raw avec leurs métadonnées OME-XML. Les puits d’une plaque peuvent être parcourus un à un ou vus ensemble dans XY Overview. Dossiers locaux uniquement : un OME-Zarr ne peut pas être ouvert depuis un lien https distant.
Images courantes (depuis la version 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Ouvre les images PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF et WebP dans la même visionneuse que les fichiers de microscopie. Vérifiez si le fichier enregistre un étalonnage avant de vous fier à des mesures en µm.
Philips iSyntax (depuis la version 1.20.0) .isyntax Ouvre les numérisations de lames entières Philips iSyntax avec leur pyramide, leur taille de pixel, leur étiquette et leur image macro. SlideScope affiche les pixels décodés : l’accentuation, le rehaussement de contraste et le profil colorimétrique propres à Philips ne sont pas appliqués, et le panneau Details le signale. Comparez une lame représentative avec la visionneuse Philips si l’aspect exact compte. Un fichier endommagé ou tronqué est refusé plutôt qu’ouvert partiellement.
KFBio KFB (depuis la version 1.20.0) .kfb Ouvre les numérisations de lames entières en fond clair KFBio avec leur pyramide et leur taille de pixel. Une tuile endommagée est dessinée à partir du niveau immédiatement plus grossier, et SlideScope le signale. Les lames de fluorescence KFBF ne s’ouvrent pas. Les zones que le scanner n’a pas imagées apparaissent en blanc.
ICS/IDS (depuis la version 1.20.0) .ics, .ids Ouvre les images Image Cytometry Standard, comme les sorties de SVI Huygens et de DIPlib : paires .ics/.ids de la version 1 et fichiers uniques de la version 2, y compris les données compressées en gzip, avec leur échelle et leurs axes. Les pixels correspondent à ceux de Bio-Formats, y compris son orientation pour les fichiers Huygens. Gardez le fichier .ids à côté de son en-tête .ics. Un fichier .ics de calendrier est reconnu et n’est pas ouvert comme une image.
Gatan DM3 et DM4 (depuis la version 1.20.0) .dm3, .dm4 Ouvre les images Gatan Digital Micrograph avec leur étalonnage et les métadonnées du microscope. Les images spectrales EELS et EDS se parcourent en énergie avec un curseur Energy, et les clichés de diffraction et les FFT reçoivent une barre d’échelle réciproque en nm⁻¹ au lieu de mesures. Les spectres 1D et les jeux de données 4D-STEM ne s’ouvrent pas.
Olympus SIS (depuis la version 1.20.0) .sis, .tif avec balises SIS Ouvre les images Olympus analySIS avec leur taille de pixel et leurs métadonnées enregistrées. .sis est aussi une extension de programme d’installation Symbian : seuls les fichiers qui sont réellement des images TIFF s’ouvrent.
DICOM standard .dcm, .dicom Gère les jeux de données standard à une ou plusieurs trames, en associant le temps, Z, les canaux, les trames et une sélection de métadonnées. Le DICOM de lames entières en tuiles est lu par un chemin pyramidal distinct, avec accès natif aux tuiles. Vérifiez la syntaxe de transfert et les codecs, la classe SOP, la politique de désidentification et les exigences d’usage en recherche.

Détails par format et références officielles

CZI : relecture multidimensionnelle, sans prétendre à une certification ZEISS

Un CZI peut contenir plusieurs scènes, canaux, plans Z, points temporels, métadonnées d’acquisition et sous-blocs en tuiles. SlideScope lit les dimensions et métadonnées courantes utiles à la relecture, et parcourt les scènes d’un fichier une à une ou les affiche ensemble dans XY Overview. Les scènes dont le type de pixel ou les axes diffèrent de ceux de la première ne peuvent pas être parcourues : la première scène s’affiche avec un avis qui en explique la raison. L’export écrit un OME-TIFF avec compression sans perte, taille de pixel et noms de canaux ; un export depuis XY Overview place chaque scène dans un même fichier sous forme d’image distincte, et une grande numérisation en tuiles est exportée à sa résolution de vue d’ensemble. Chaque scène exportée conserve la taille de pixel à laquelle elle a été acquise (corrigé dans SlideScope 1.8.57 ; les versions antérieures pouvaient mal étalonner des scènes non tuilées de tailles différentes). La famille CZI est suffisamment vaste pour qu’un test sur de vrais fichiers soit important ; le guide des CZI multi-scènes montre les scènes et l’export étape par étape. ZEISS documente le format et son écosystème d’applications sur la page officielle du format de fichier image CZI. Cette référence définit le format source ; elle ne constitue ni une approbation ni une certification de SlideScope.

ND2 : temps, Z, canaux et positions

SlideScope associe les axes principaux du ND2 au modèle de sa visionneuse. Depuis la version 1.8.41, une acquisition multipositions conserve ses positions sur un axe indépendant au lieu de les confondre avec le temps, et XY Overview place chaque position selon sa coordonnée de platine enregistrée. L’orientation de la platine a été vérifiée sur un nombre limité d’instruments : vérifiez donc une expérience multipositions représentative avant qu’une équipe n’en fasse son standard. Les ressources logicielles NIS-Elements officielles de Nikon décrivent la visionneuse autonome gratuite de Nikon, la visualisation de jeux de données multidimensionnels et l’export TIFF au sein de l’écosystème Nikon.

SVS : pyramides de lames entières et compression

Les fichiers SVS sont des images de lames entières basées sur TIFF, avec des niveaux de pyramide et des métadonnées Aperio. SlideScope choisit un niveau qui équilibre le détail d’affichage et la mémoire disponible. Le projet open source OpenSlide documente la structure du format Aperio, dont les images en tuiles, les niveaux de pyramide, les images associées et les propriétés de métadonnées.

TIFF et OME-TIFF : un conteneur, pas une structure uniforme

Un fichier se terminant par .tif peut être une simple image 2D, une image RVB, une pile ImageJ, un jeu de données OME-TIFF, un BigTIFF ou une image pyramidale avec une compression différente. Le lecteur de SlideScope reconnaît les métadonnées OME et ImageJ lorsqu’elles sont présentes, mais toutes les variantes ne doivent pas être considérées comme identiques. La spécification OME-TIFF explique comment les plans TIFF et les métadonnées OME-XML encodent les dimensions et les pyramides.

DICOM : trames standard et pyramides de lames entières en tuiles

Les programmes d’installation publics actuels pour Windows et macOS prennent en charge le DICOM ordinaire à une ou plusieurs trames pour la relecture en recherche, y compris les piles Z de fluorescence et les captures en time-lapse. Les fichiers de la classe SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage sont lus par un chemin distinct, dédié aux lames entières, qui utilise directement la pyramide et la structure en tuiles du DICOM : le DICOM WSI en tuiles s’ouvre ainsi sans conversion. Les syntaxes de transfert compressées sont décodées par les plugins GDCM, openjpeg et imagecodecs intégrés. SlideScope n’est pas un PACS et n’est pas présenté comme une station de diagnostic validée. Le Supplément 145 du DICOM Standards Committee définit les objets d’images microscopiques de lames entières et aide à comprendre pourquoi le WSI constitue une classe de compatibilité à part.

Formats d’instruments ajoutés dans la version 1.10.0 : ce qu’affiche le panneau Details

Chaque format ajouté dans SlideScope 1.10.0 s’ouvre sous Windows et macOS avec ses métadonnées dans le panneau Details. Selon ce que le fichier enregistre, cela comprend l’objectif (nom, grossissement, ouverture numérique et immersion), les lasers et sources lumineuses, les détecteurs et leurs gains, l’exposition, les filtres, le pinhole, les vrais noms et couleurs des canaux, la date d’acquisition, les points temporels en secondes réelles, les plans focaux en µm, les puits et champs de plaques et les fenêtres d’affichage enregistrées. Les tile scans et les positions de platine multipositions s’ouvrent sous forme de positions, et XY Overview les place selon leurs coordonnées de platine enregistrées. Guides pas à pas : VSI, OIB et OIR, ZVI, LSM, LOF et XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK et ND, OME-Zarr et NDPIS.

Formats ajoutés dans la version 1.20.0

SlideScope 1.20.0 ajoute les numérisations de lames entières Philips iSyntax et KFBio KFB, les images ICS/IDS, les micrographies électroniques Gatan DM3 et DM4 et les images Olympus SIS, chacune avec son échelle et ses métadonnées enregistrées ; la matrice ci-dessus indique ce que chaque format ouvre et n’ouvre pas. Guides pas à pas : iSyntax, KFB, ICS et IDS, DM3 et DM4 et SIS.

Pourquoi un fichier à l’extension prise en charge peut quand même échouer

Fichier incomplet ou renommé

Un téléchargement partiel, une copie interrompue ou un fichier renommé avec une extension prise en charge peut ne pas contenir d’en-tête de format valide ni de données de pixels complètes.

Variante de codec ou de compression

Les fichiers TIFF, SVS et DICOM de lames entières peuvent dépendre de codecs JPEG, JPEG 2000 ou autres. Une syntaxe de transfert inhabituelle ou un codec absent du paquet peut empêcher le décodage.

Structure dimensionnelle inhabituelle

Les fichiers des fabricants peuvent encoder différemment les scènes, positions, éclairages, vues, tuiles ou axes. Un lecteur peut ouvrir le fichier mais interpréter une structure spécialisée autrement que prévu.

Limites de mémoire et de pyramide

Les très grandes images nécessitent des niveaux de résolution réduite valides ou assez de mémoire pour le plan sélectionné. Testez les plus gros fichiers de votre routine, pas seulement un petit échantillon.

Un test pratique avant adoption

  1. Choisissez des fichiers issus de chaque modèle de microscope ou de scanner que votre équipe utilise réellement.
  2. Incluez un petit fichier, un fichier typique, le plus gros fichier de votre routine et un fichier archivé plus ancien.
  3. Vérifiez les couleurs des canaux, les points temporels, les plans Z, les positions, le détail de la pyramide et l’étalonnage spatial.
  4. Comparez les métadonnées clés avec le logiciel d’acquisition ou un autre lecteur de confiance.
  5. Testez l’export TIFF et confirmez les dimensions et métadonnées attendues par le flux de travail en aval.
  6. Notez la version de l’application, le système d’exploitation, le matériel, le logiciel source et le résultat.

Vous obtenez ainsi des éléments qu’un laboratoire peut réexaminer plus tard, ce qui est plus fiable que de supposer que tous les fichiers ayant la même extension sont identiques.

Formats pris en charge et non pris en charge

Les lames de scanners NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF et AVS sont prises en charge via le moteur OpenSlide, Leica LIF dispose de son propre lecteur, et VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr et les fichiers d’image courants sont pris en charge depuis la version 1.10.0, et Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 et Olympus SIS depuis la version 1.20.0 ; tous figurent dans la matrice de compatibilité ci-dessus. Un .zip de fichiers pris en charge s’ouvre aussi : SlideScope montre ce qu’il contient, l’extrait à côté de l’archive et l’ouvre. SlideScope n’ouvre pas les fichiers SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD ni MRC, les lames de fluorescence KFBio KFBF, les spectres 1D ni les jeux de données 4D-STEM de Gatan, les OME-Zarr depuis des liens https distants, le NIfTI ni les formats vidéo généraux. Ne renommez pas l’un de ces fichiers avec une extension prise en charge. Si l’un de ces formats est important pour votre flux de travail, contactez le support en indiquant le nom du format et le logiciel d’acquisition avant d’acheter.

Pour les fichiers pris en charge qui échouent malgré tout, le parcours d’assistance intégré à l’application peut joindre un contexte de lame non sensible. N’envoyez pas de données permettant d’identifier un patient ni de fichiers propriétaires, sauf si votre organisation a approuvé ce partage.

Questions sur la compatibilité

Quelles extensions de fichiers de microscopie SlideScope ouvre-t-il ?

Les versions actuelles de SlideScope dirigent .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif et les formats de scanners de lames entières .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff et .avs vers des lecteurs dédiés. Depuis la version 1.10.0, elles ouvrent aussi les fichiers .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd et .ndpis, les dossiers OME-Zarr depuis un stockage local et les images courantes .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif et .webp. Depuis la version 1.20.0, elles ouvrent aussi les lames Philips .isyntax et KFBio .kfb, les images .ics et .ids, les fichiers Gatan .dm3 et .dm4 et les images Olympus .sis ; un fichier d’annotations NDP.view .ndpa s’ouvre avec sa lame NDPI, et un .zip de lames s’ouvre une fois que SlideScope l’a extrait à côté de l’archive. La compatibilité peut toutefois varier selon le sous-format du fabricant, la compression, l’intégrité du fichier et les métadonnées intégrées.

SlideScope ouvre-t-il les fichiers OME-TIFF ?

Le lecteur TIFF reconnaît les métadonnées OME-TIFF et associe les axes nommés temps, Z, canal, Y et X lorsqu’ils sont exposés. Testez des variantes représentatives de compression, de BigTIFF et de pyramides.

La prise en charge d’une extension garantit-elle que tous les fichiers s’ouvriront ?

Non. Les dommages, les transferts incomplets, les codecs peu courants, les variantes des fabricants et les structures dimensionnelles inhabituelles peuvent toujours affecter la compatibilité.

SlideScope est-il une visionneuse DICOM de diagnostic ?

Aucune revendication diagnostique n’est faite. SlideScope est destiné aux flux de travail de recherche, d’enseignement et de relecture ; un usage clinique nécessite une validation et une évaluation réglementaire propres à l’établissement.

Testez les fichiers que votre équipe utilise réellement

Installez la bonne version Windows ou Mac, puis vérifiez des jeux de données CZI, ND2, SVS, TIFF et DICOM représentatifs.

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