O czym jest to wideo
Listy obsługiwanych formatów deklarują możliwości; ten film je mierzy. 792 prawdziwe pliki z 14 rodzin formatów, łącznie 44 GB, otwierano pojedynczo w izolowanym procesie, który tworzy ten sam moduł wczytujący, którego używa przeglądarka, dekoduje płaszczyznę i ją renderuje. 767 się otworzyło, 9 nie dało się odczytać, 16 nie zawierało żadnego obrazu i żaden nie spowodował awarii.
Film omawia formaty całych preparatów (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), formaty mikroskopowe (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) i DICOM, wyjaśnia, dlaczego 16 „niepowodzeń” to pliki bez żadnych pikseli, i wymienia 9 plików, których naprawdę nie da się odczytać. Każdy wynik, łącznie z niepowodzeniami, jest opublikowany na stronie benchmarku formatów.
Wolisz czytać? Benchmark formatów: każdy plik i wynik.
Transkrypcja
Zaktualizowano od czasu nagrania. Od czasu nagrania tego filmu opisany w nim problem z multipleksowymi plikami QPTIFF został naprawiony: multipleksowe pliki Akoya QPTIFF otwierają się teraz z kanałami fluorescencyjnymi zamiast jako pojedynczy obraz RGB. Aktualne wyniki są na stronie benchmarku.
792 pliki. 14 rodzin formatów. 44 gigabajty.
767 się otworzyło. 9 nie dało się odczytać.
16 nie zawierało żadnego obrazu. Żaden nie spowodował awarii przeglądarki.
Publikujemy każdy wynik, także te, które stawiają nas w złym świetle.
Niemal każda przeglądarka publikuje listę rozszerzeń, którą ktoś wpisał.
Taka lista deklaruje możliwość. Niczego nie mierzy.
Nie mówi nic o tym, czy prawdziwy plik z prawdziwego skanera się otworzy,
ani co się stanie, jeśli się nie otworzy.
Dlatego przetestowaliśmy każdy plik, jaki mamy, i opublikowaliśmy niepowodzenia obok sukcesów.
Każdy plik trafia do jednorazowego procesu potomnego.
Ten proces tworzy ten sam moduł wczytujący, którego używa aplikacja, odczytuje wymiary,
dekoduje płaszczyznę i renderuje ją tą samą ścieżką, której używa przeglądarka.
Uszkodzony plik, który wywraca natywny kodek, zabija tylko ten proces potomny.
Dlatego w kolumnie „awarie” ta tabela może uczciwie podać zero.
Rozdział pierwszy. Formaty całych preparatów.
Pliki prosto ze skanera, które rutynowo zajmują po kilka gigabajtów.
Rozdział drugi. Formaty mikroskopowe.
Tu pytanie nie dotyczy rozmiaru pliku, lecz tego, ile kanałów, płaszczyzn ogniskowych i punktów czasowych przetrwa.
Rozdział trzeci. DICOM, w tym DICOM całych preparatów.
Przetestowano 378 plików. Otworzyły się 362.
DICOM to w równym stopniu format dokumentów, co format obrazów.
Plik DICOMDIR to indeks płyty.
Stan prezentacji (presentation state) zapisuje, jak ktoś kiedyś ustawił okno dla badania.
Inne zawierają raporty lub pomiary. Żaden z nich nie zawiera pikseli.
Odrzucenie ich jest więc prawidłową odpowiedzią, a liczenie ich jako niepowodzeń działałoby na naszą korzyść.
Uczciwa liczba niepowodzeń w tym przebiegu to dziewięć, a nie dwadzieścia pięć.
Dziewięć plików, których naprawdę nie potrafimy otworzyć.
Dwa preparaty Leica SCN. Jeden nie ma rozpoznawalnego obrazu głównego.
Drugi ma niepodobne do siebie obrazy główne.
Jeden Ventana BIF z nieoczekiwanym atrybutem kierunku.
I sześć starszych kontenerów Imaris Classic, sprzed przejścia formatu na HDF5.
Każdy z nich jest nienaruszony. Sumy kontrolne zgadzają się z danymi wydawcy.
To ograniczenia dekoderów i układów danych producentów; pliki pozostają w korpusie jako testy regresji.
To niepowodzenie, które ma największe znaczenie, i to, do którego tabele formatów nigdy się nie przyznają.
Multipleksowy plik Akoya QPTIFF otwiera się bez żadnego błędu.
Plik zawiera pięć kanałów fluorescencyjnych w pełnej rozdzielczości, o szerokości trzydziestu czterech tysięcy pikseli.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red i Cy5.
Kierujemy go do czytnika dla jasnego pola, więc zgłasza jeden kanał i zwraca wycinek RGB.
Kanały fluorescencyjne są nieosiągalne i nic Cię o tym nie ostrzega.
Skany w jasnym polu w tym samym formacie otwierają się idealnie i właśnie dlatego nikt tego nie zauważył.
Rozdział czwarty. Nie ma ogólnego czytnika awaryjnego.
Wzięliśmy najmniejszy prawdziwy plik z każdym nieobsługiwanym rozszerzeniem z korpusu referencyjnego.
Dziewięćdziesiąt trzy pliki, każdy przepuszczony przez moduł wczytujący z wydanej wersji.
Wszystkie dziewięćdziesiąt trzy zostały odrzucone z jasnym komunikatem. Żaden nie spowodował awarii.
Żaden nie został otwarty połowicznie jako coś, co wyglądało na obraz, a nim nie było.
Dwa formaty nie mają w ogóle pokrycia prawdziwymi plikami.
Nie istnieje żadna publiczna próbka żadnego z nich, więc nie deklarujemy dla nich przetestowanej obsługi.
To nie jest test szybkości ani walidacja kliniczna.
I jest to test producenta. Napisaliśmy to oprogramowanie i sami przeprowadziliśmy test.
Zamiast niezależności oferujemy możliwość sprawdzenia.
Nasz korpus to nie Twoja szuflada z preparatami.
Surowe wyniki dla każdego pliku są opublikowane w formacie JSON.
Korpusy można pobrać publicznie, a skrypt testowy jest w naszym repozytorium.
Otwórz pliki, które naprawdę sprawiają Ci kłopot.
A jeśli któryś się nie otworzy, wyślij go do nas.
Niepowodzenia z tego filmu trafiły tutaj, bo ktoś tak zrobił.