Zestawienie zgodności

Zgodność plików mikroskopowych w SlideScope

SlideScope ma dedykowane czytniki desktopowe dla rodzin formatów CZI, ND2, SVS, TIFF i DICOM oraz dla formatów obrazów całych preparatów różnych producentów, od wersji 1.10.0 otwiera też Olympus/Evident VSI, OIB i OIR, Zeiss ZVI i LSM, Leica LOF i XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr i zwykłe pliki graficzne, a od wersji 1.20.0 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 i Olympus SIS. Ta strona oddziela akceptowane rozszerzenie pliku od wymiarów, metadanych, kompresji i szczegółów procesu pracy, które decydują o tym, czy konkretny plik dobrze się sprawdzi.

Wolisz pomiary od deklaracji? Otworzyliśmy 792 prawdziwe pliki mikroskopowe i pliki całych preparatów i opublikowaliśmy wszystkie wyniki, łącznie z porażkami.

Pobierz aplikację Subskrybuj teraz
Ograniczenia podane dla każdego formatu Windows i macOS Ostatnia weryfikacja: 16 października 2026

Aktualna tabela zgodności

Tabela wynika z obecnego kierowania plików w aplikacji SlideScope i działania czytników. Traktuj ją jako punkt wyjścia, a następnie przetestuj reprezentatywne pliki z dokładnie tego mikroskopu, skanera, wersji oprogramowania i ustawień kompresji, których używa Twój zespół.

Rodzina formatów Akceptowane rozszerzenia Działanie czytnika Ważne kontrole
ZEISS CZI .czi Normalizuje wymiary czasu, Z, kanału, Y i X; odczytuje metadane akwizycji i kalibrację przestrzenną, jeśli są dostępne. Sceny o wspólnym typie piksela i osiach stają się osobnymi scenami, między którymi można przechodzić, każda w swoim rozmiarze, a XY Overview pokazuje je razem. Eksportuje scenę widoczną na ekranie lub wszystkie sceny do OME-TIFF. Przetestuj sceny, mozaiki, nietypowe układy podbloków i bardzo duże akwizycje.
Nikon ND2 .nd2 Mapuje czas, Z, kanały i rozmiar obrazu. Wiele pozycji stolika tworzy osobną oś pozycji z własną kontrolką, a XY Overview umieszcza je według zapisanych współrzędnych stolika. Potwierdź interpretację pozycji i czasu, układ RGB, metadane i dokładną generację NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Odczytuje poziomy piramidy obrazów całych preparatów opartych na TIFF i wybiera poziom wyświetlania, który da się obsłużyć przy ograniczeniach pamięci. Sprawdź kodeki JPEG/JPEG 2000, integralność piramidy, metadane skanera i wymagany poziom rozdzielczości.
TIFF i OME-TIFF .tif, .tiff Używa nazwanych osi, jeśli są dostępne, w tym czasu, Z, kanału, Y i X. Rozpoznaje metadane OME-TIFF i ImageJ oraz skalę przestrzenną, jeśli są obecne. Każda strona zwykłego wielostronicowego pliku TIFF jest dostępna. TIFF to elastyczny kontener. Sprawdź kompresję, rozmiar BigTIFF, piramidy, osie i zachowanie metadanych.
Preparaty ze skanerów różnych producentów .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Odczytuje własną piramidę obrazów skanera za pomocą backendu OpenSlide i wczytuje poziom odpowiadający regionowi na ekranie. Pasek skali, pomiary i adnotacje korzystają z kalibracji mikrometrowej skanera na każdym poziomie powiększenia. Od wersji 1.10.0 otwierają się preparaty NDPI skompresowane w JPEG XR, a także preparaty Leica SCN i Ventana BIF, których OpenSlide nie potrafi odczytać. Od wersji 1.20.0 adnotacje narysowane w NDP.view (plik .ndpa obok pliku .ndpi) pojawiają się na preparacie i można je skopiować do swoich pomiarów. MRXS, VMS i VMU przechowują dane pikseli w towarzyszącym folderze obok pliku indeksu, więc otwierają się tylko z lokalnego dysku i są odrzucane w przypadku linków zdalnych. W preparatach BIF, których OpenSlide nie potrafi odczytać, szwy między kafelkami nie są jeszcze zszywane. Sprawdź integralność piramidy i metadane producenta na reprezentatywnych preparatach.
Hamamatsu NDPIS (od wersji 1.10.0) .ndpis Otwiera zestawy fluorescencyjne Hamamatsu z ich rzeczywistymi nazwami i kolorami kanałów, z pomiarami w µm na podstawie kalibracji skanera. Na reprezentatywnym zestawie porównaj nazwy kanałów, kolory i kalibrację z oprogramowaniem skanera.
Olympus/Evident VSI (od wersji 1.10.0) .vsi Otwiera obrazy całych preparatów i obrazy fluorescencyjne z cellSens, w tym preparaty z kilkoma regionami skanu. Każdy region skanu jest mierzony według własnego rozmiaru piksela, a panel Details pokazuje zapisane metadane, takie jak obiektyw, rzeczywiste nazwy i kolory kanałów oraz data akwizycji. Przetestuj preparaty wieloregionowe i skany fluorescencyjne z wersji cellSens, której używa Twój zespół.
Olympus FluoView (od wersji 1.10.0) .oib, .oif, .oir Otwiera pliki konfokalne FluoView z rzeczywistymi nazwami i kolorami kanałów, płaszczyznami ogniskowymi w µm i punktami czasowymi w rzeczywistych sekundach. Panel Details pokazuje zapisane ustawienia, takie jak obiektyw, lasery, detektory i wzmocnienia oraz pinhole. Na reprezentatywnej akwizycji porównaj interpretację kanałów, Z i czasu z FluoView.
Zeiss ZVI i LSM (od wersji 1.10.0) .zvi, .lsm Otwiera pliki AxioVision ZVI i pliki konfokalne LSM od LSM 510 do LSM 980, z rzeczywistymi nazwami i kolorami kanałów oraz płaszczyznami ogniskowymi w µm. Panel Details pokazuje zapisane ustawienia, takie jak obiektyw, czas ekspozycji, lasery, detektory i pinhole. Przetestuj pliki z każdej generacji AxioVision lub ZEN, którą archiwizuje Twój zespół.
Leica LIF, LOF i XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Otwiera pliki LAS X; pliki LOF i projekty XLEF wraz z ich częściami XLIF i XLCF otwierają się od wersji 1.10.0, a w tym samym wydaniu rozszerzono obsługę LIF. Skany kafelkowe i akwizycje wielopozycyjne otwierają się jako pozycje, między którymi można przechodzić lub które można zobaczyć razem w XY Overview, rozmieszczone według zapisanych współrzędnych stolika. Trzymaj razem pliki, do których odwołuje się projekt XLEF, i sprawdź rozmieszczenie na stoliku na reprezentatywnym skanie kafelkowym.
DeltaVision (od wersji 1.10.0) .dv, .r3d Otwiera pliki DeltaVision, w tym obrazy D3D po dekonwolucji, z kanałami, płaszczyznami ogniskowymi w µm i punktami czasowymi w sekundach. Panel Details pokazuje zapisane ustawienia, takie jak obiektyw, czas ekspozycji i filtry. Porównaj surowe pliki i pliki po dekonwolucji z tej samej akwizycji, jeśli dalej używane są oba rodzaje.
MetaMorph (od wersji 1.10.0) .stk, .nd, MetaSeries .tif Otwiera stosy STK, pliki MetaSeries TIFF i zestawy akwizycji wielowymiarowych .nd. Zestaw .nd otwiera się jako jeden obraz: jego długości fal stają się kanałami, punkty czasowe serią czasową, a między pozycjami stolika można przechodzić lub zobaczyć je razem w XY Overview. Trzymaj obok zestawu .nd pliki TIFF lub STK, które on wymienia.
OME-Zarr (od wersji 1.10.0) foldery .zarr Otwiera obrazy OME-NGFF 0.4 i 0.5, w tym płytki HCS ze wszystkimi dołkami i polami, a także wynik bioformats2raw z metadanymi OME-XML. Między dołkami płytki można przechodzić lub zobaczyć je razem w XY Overview. Tylko foldery lokalne: OME-Zarr nie można otworzyć ze zdalnego linku https.
Zwykłe obrazy (od wersji 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Otwiera obrazy PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF i WebP w tej samej przeglądarce co pliki mikroskopowe. Zanim zaczniesz polegać na pomiarach w µm, sprawdź, czy plik zawiera kalibrację.
Philips iSyntax (od wersji 1.20.0) .isyntax Otwiera skany całych preparatów Philips iSyntax z ich piramidą, rozmiarem piksela, etykietą i obrazem makro. SlideScope pokazuje zdekodowane piksele: własne wyostrzanie, poprawa kontrastu i profil kolorów Philips nie są stosowane, o czym informuje panel Details. Jeśli liczy się dokładny wygląd, porównaj reprezentatywny preparat z przeglądarką Philips. Uszkodzony lub obcięty plik jest odrzucany, a nie otwierany częściowo.
KFBio KFB (od wersji 1.20.0) .kfb Otwiera skany całych preparatów KFBio w jasnym polu z ich piramidą i rozmiarem piksela. Uszkodzony kafelek jest rysowany z następnego, mniej szczegółowego poziomu, o czym SlideScope informuje. Preparaty fluorescencyjne KFBF się nie otwierają. Obszary, których skaner nie zobrazował, są wyświetlane jako białe.
ICS/IDS (od wersji 1.20.0) .ics, .ids Otwiera obrazy w formacie Image Cytometry Standard, takie jak wyniki SVI Huygens i DIPlib: pary .ics/.ids w wersji 1 i pojedyncze pliki w wersji 2, w tym dane skompresowane gzip, z ich skalą i osiami. Piksele są zgodne z Bio-Formats, łącznie z orientacją stosowaną dla plików Huygens. Trzymaj plik .ids obok jego nagłówka .ics. Plik kalendarza .ics jest rozpoznawany i nie jest otwierany jako obraz.
Gatan DM3 i DM4 (od wersji 1.20.0) .dm3, .dm4 Otwiera obrazy Gatan Digital Micrograph z ich kalibracją i metadanymi mikroskopu. Między energiami w obrazach widmowych EELS i EDS przechodzi się suwakiem Energy, a obrazy dyfrakcyjne i FFT dostają pasek skali w przestrzeni odwrotnej w nm⁻¹ zamiast pomiarów. Widma 1D i zbiory danych 4D-STEM się nie otwierają.
Olympus SIS (od wersji 1.20.0) .sis, pliki .tif ze znacznikami SIS Otwiera obrazy Olympus analySIS z ich rozmiarem piksela i zapisanymi metadanymi. .sis to także rozszerzenie instalatorów systemu Symbian, więc otwierają się tylko pliki, które faktycznie są obrazami TIFF.
Standardowy DICOM .dcm, .dicom Obsługuje standardowe zbiory danych jedno- i wieloklatkowe, mapując czas, Z, kanały, klatki i wybrane metadane. Kafelkowe obrazy całych preparatów DICOM są odczytywane osobną ścieżką piramidalną z natywnym dostępem do kafelków. Potwierdź składnię transferu/kodeki, klasę SOP, zasady deidentyfikacji i wymagania dotyczące użytku badawczego.

Szczegóły poszczególnych formatów i źródła referencyjne

CZI: przegląd wielowymiarowy bez sugerowania certyfikacji ZEISS

CZI może zawierać wiele scen, kanałów, płaszczyzn Z, punktów czasowych, metadane akwizycji i kafelkowe podbloki. SlideScope odczytuje typowe wymiary potrzebne do przeglądu i metadane, a sceny pliku pokazuje kolejno, jedna po drugiej, albo razem w XY Overview. Między scenami, których typ piksela lub osie różnią się od pierwszej, nie można przechodzić: wyświetlana jest pierwsza scena z komunikatem wyjaśniającym dlaczego. Eksport zapisuje plik OME-TIFF z kompresją bezstratną, rozmiarem piksela i nazwami kanałów; eksport z XY Overview umieszcza każdą scenę w jednym pliku jako osobny obraz, a duży skan kafelkowy jest eksportowany w rozdzielczości podglądu. Każda wyeksportowana scena zachowuje rozmiar piksela, z jakim została zarejestrowana (poprawione w SlideScope 1.8.57; wcześniejsze wersje mogły błędnie kalibrować niekafelkowe sceny o różnych rozmiarach). Rodzina CZI jest na tyle szeroka, że test na prawdziwych plikach ma znaczenie; przewodnik po plikach CZI z wieloma scenami pokazuje sceny i eksport krok po kroku. ZEISS opisuje format i jego ekosystem aplikacji na oficjalnej stronie formatu plików CZI. To źródło definiuje format; nie oznacza poparcia ani certyfikacji SlideScope.

ND2: czas, Z, kanały i pozycje

SlideScope mapuje główne osie ND2 na model danych swojej przeglądarki. Od wersji 1.8.41 akwizycja wielopozycyjna zachowuje pozycje na niezależnej osi, zamiast łączyć je z osią czasu, a XY Overview umieszcza każdą pozycję według zapisanych współrzędnych stolika. Orientację stolika zweryfikowano na ograniczonej liczbie instrumentów, więc zanim zespół przyjmie to rozwiązanie jako standard, sprawdź reprezentatywny eksperyment wielopozycyjny. Oficjalne zasoby oprogramowania NIS-Elements firmy Nikon opisują bezpłatną samodzielną przeglądarkę Nikon, wyświetlanie wielowymiarowych zbiorów danych i eksport do TIFF we własnym ekosystemie Nikon.

SVS: piramidy obrazów całych preparatów i kompresja

Pliki SVS to oparte na TIFF obrazy całych preparatów z poziomami piramidy i metadanymi Aperio. SlideScope wybiera poziom, który równoważy szczegółowość wyświetlania i dostępną pamięć. Projekt open source OpenSlide dokumentuje strukturę formatu Aperio, w tym obrazy kafelkowe, poziomy piramidy, obrazy powiązane i właściwości metadanych.

TIFF i OME-TIFF: kontener, a nie jeden jednolity układ

Plik z rozszerzeniem .tif może być zwykłym obrazem 2D, obrazem RGB, stosem ImageJ, zbiorem danych OME-TIFF, plikiem BigTIFF albo obrazem piramidalnym z inną kompresją. Czytnik SlideScope rozpoznaje metadane OME i ImageJ, jeśli są obecne, ale nie należy traktować wszystkich wariantów jako identycznych. Specyfikacja OME-TIFF wyjaśnia, jak płaszczyzny TIFF i metadane OME-XML kodują wymiary i piramidy.

DICOM: standardowe klatki i kafelkowe piramidy obrazów całych preparatów

Aktualne publiczne instalatory na Windows i macOS obsługują zwykłe jedno- i wieloklatkowe pliki DICOM do przeglądu badawczego, w tym fluorescencyjne stosy Z i rejestracje poklatkowe. Pliki z klasą SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage są odczytywane osobną ścieżką dla obrazów całych preparatów, która bezpośrednio korzysta z piramidy i struktury kafelków DICOM, więc kafelkowe pliki WSI DICOM otwierają się bez konwersji. Skompresowane składnie transferu są dekodowane przez dołączone wtyczki GDCM, openjpeg i imagecodecs. SlideScope nie jest systemem PACS i nie jest przedstawiany jako zwalidowana stacja diagnostyczna. Supplement 145 komitetu DICOM Standards Committee definiuje obiekty mikroskopowych obrazów całych preparatów i pomaga zrozumieć, dlaczego WSI stanowi osobną klasę zgodności.

Formaty aparaturowe dodane w wersji 1.10.0: co pokazuje panel Details

Każdy format dodany w SlideScope 1.10.0 otwiera się na Windows i macOS, a jego metadane widać w panelu Details. W zależności od tego, co zapisano w pliku, obejmują one obiektyw (nazwę, powiększenie, aperturę numeryczną i immersję), lasery i źródła światła, detektory i wzmocnienia, czas ekspozycji, filtry, pinhole, rzeczywiste nazwy i kolory kanałów, datę akwizycji, punkty czasowe w rzeczywistych sekundach, płaszczyzny ogniskowe w µm, dołki i pola płytek oraz zapisane okna wyświetlania. Skany kafelkowe i wiele pozycji stolika otwierają się jako pozycje, a XY Overview rozmieszcza je według zapisanych współrzędnych stolika. Przewodniki krok po kroku: VSI, OIB i OIR, ZVI, LSM, LOF i XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK i ND, OME-Zarr oraz NDPIS.

Formaty dodane w wersji 1.20.0

SlideScope 1.20.0 dodaje skany całych preparatów Philips iSyntax i KFBio KFB, obrazy ICS/IDS, mikrografie elektronowe Gatan DM3 i DM4 oraz obrazy Olympus SIS, każdy z jego skalą i zapisanymi metadanymi; tabela powyżej podaje, co każdy z nich otwiera, a czego nie. Przewodniki krok po kroku: iSyntax, KFB, ICS i IDS, DM3 i DM4 oraz SIS.

Dlaczego plik z obsługiwanym rozszerzeniem może się nie otworzyć

Niekompletny plik lub plik ze zmienioną nazwą

Częściowo pobrany plik, przerwane kopiowanie lub plik, któremu nadano obsługiwane rozszerzenie, może nie zawierać prawidłowego nagłówka formatu ani kompletnych danych pikseli.

Wariant kodeka lub kompresji

Pliki TIFF, SVS i DICOM z obrazami całych preparatów mogą wymagać kodeków JPEG, JPEG 2000 lub innych. Nietypowa składnia transferu lub brak dołączonego kodeka może uniemożliwić dekodowanie.

Nietypowy układ wymiarów

Pliki producentów mogą różnie kodować sceny, pozycje, oświetlenia, widoki, kafelki lub osie. Czytnik może otworzyć plik, ale zinterpretować specyficzny układ inaczej, niż oczekujesz.

Ograniczenia pamięci i piramidy

Bardzo duże obrazy wymagają prawidłowych poziomów o niższej rozdzielczości lub wystarczającej ilości pamięci dla wybranej płaszczyzny. Przetestuj największe pliki, z którymi rutynowo pracujesz, a nie tylko małą próbkę.

Praktyczny test przed wdrożeniem

  1. Wybierz pliki z każdego modelu mikroskopu lub skanera, którego faktycznie używa Twój zespół.
  2. Uwzględnij mały plik, typowy plik, największy rutynowo używany plik i jeden starszy plik z archiwum.
  3. Sprawdź kolory kanałów, punkty czasowe, płaszczyzny Z, pozycje, szczegółowość piramidy i kalibrację przestrzenną.
  4. Porównaj kluczowe metadane z oprogramowaniem akwizycyjnym lub innym zaufanym czytnikiem.
  5. Przetestuj eksport do TIFF i potwierdź, jakich wymiarów i metadanych oczekuje dalszy proces pracy.
  6. Zapisz wersję aplikacji, system operacyjny, sprzęt, oprogramowanie źródłowe i wynik.

W ten sposób powstaje dokumentacja, którą laboratorium może później przejrzeć, co jest bardziej wiarygodne niż zakładanie, że każdy plik z tym samym rozszerzeniem jest identyczny.

Formaty obsługiwane i nieobsługiwane

Preparaty ze skanerów NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF i AVS są obsługiwane przez backend OpenSlide, Leica LIF ma własny czytnik, pliki VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr i zwykłe pliki graficzne są obsługiwane od wersji 1.10.0, a Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 i Olympus SIS od wersji 1.20.0; wszystkie znajdują się w powyższej tabeli zgodności. Otwiera się też archiwum .zip z obsługiwanymi plikami: SlideScope pokazuje jego zawartość, rozpakowuje ją obok archiwum i otwiera. SlideScope nie otwiera plików SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD ani MRC, preparatów fluorescencyjnych KFBio KFBF, widm 1D ani zbiorów danych 4D-STEM Gatan, OME-Zarr ze zdalnych linków https, NIfTI ani ogólnych formatów wideo. Nie zmieniaj rozszerzenia takiego pliku na obsługiwane. Jeśli któryś z tych formatów jest ważny w Twoim procesie pracy, przed zakupem skontaktuj się z pomocą techniczną, podając nazwę formatu i oprogramowanie akwizycyjne.

Jeśli obsługiwany plik mimo to się nie otwiera, zgłoszenie do pomocy technicznej z poziomu aplikacji może zawierać niewrażliwy kontekst preparatu. Nie wysyłaj danych umożliwiających identyfikację pacjenta ani plików zastrzeżonych, chyba że Twoja organizacja zatwierdziła takie udostępnianie.

Pytania o zgodność

Jakie rozszerzenia plików mikroskopowych otwiera SlideScope?

Aktualne wydania SlideScope kierują pliki .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif oraz formaty skanerów preparatów .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff i .avs do dedykowanych czytników. Od wersji 1.10.0 otwierają też pliki .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd i .ndpis, foldery OME-Zarr z lokalnego dysku oraz zwykłe obrazy .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif i .webp. Od wersji 1.20.0 otwierają też preparaty Philips .isyntax i KFBio .kfb, obrazy .ics i .ids, pliki Gatan .dm3 i .dm4 oraz obrazy Olympus .sis; plik adnotacji NDP.view .ndpa otwiera się razem ze swoim preparatem NDPI, a archiwum .zip z preparatami otwiera się, gdy SlideScope rozpakuje je obok archiwum. Zgodność może się jednak różnić w zależności od podformatu producenta, kompresji, integralności pliku i osadzonych metadanych.

Czy SlideScope otwiera pliki OME-TIFF?

Czytnik TIFF rozpoznaje metadane OME-TIFF i mapuje nazwane osie czasu, Z, kanału, Y i X, jeśli są dostępne. Przetestuj reprezentatywne warianty kompresji, BigTIFF i piramid.

Czy obsługa rozszerzenia gwarantuje, że każdy plik się otworzy?

Nie. Uszkodzenia, niepełne transfery, nietypowe kodeki, warianty producentów i nietypowe układy wymiarów nadal mogą wpływać na zgodność.

Czy SlideScope to diagnostyczna przeglądarka DICOM?

Nie deklarujemy zastosowania diagnostycznego. SlideScope jest przeznaczony do badań, dydaktyki i przeglądu; zastosowanie kliniczne wymaga własnej walidacji i oceny regulacyjnej instytucji.

Przetestuj pliki, których faktycznie używa Twój zespół

Zainstaluj właściwą wersję na Windows lub Maca, a następnie sprawdź reprezentatywne zbiory danych CZI, ND2, SVS, TIFF i DICOM.

Pobierz aplikację