Přehled kompatibility

Kompatibilita mikroskopických souborů ve SlideScope

SlideScope má vlastní desktopové čtečky pro rodiny formátů CZI, ND2, SVS, TIFF a DICOM a pro formáty celoplošných snímků od výrobců; od verze 1.10.0 otevírá také Olympus/Evident VSI, OIB a OIR, Zeiss ZVI a LSM, Leica LOF a XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr a běžné obrazové soubory a od verze 1.20.0 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 a Olympus SIS. Tato stránka odlišuje přijímanou příponu souboru od rozměrů, metadat, komprese a podrobností pracovního postupu, které rozhodují o tom, zda se konkrétní soubor hodí.

Chcete raději měření než tvrzení? Otevřeli jsme 792 skutečných mikroskopických souborů a celoplošných snímků a zveřejnili každý výsledek, včetně selhání.

Stáhnout aplikaci Předplatit nyní
Omezení uvedená u každého formátu Windows a macOS Naposledy zkontrolováno 16. října 2026

Aktuální matice kompatibility

Matice vychází z aktuálního směrování a chování čteček v aplikaci SlideScope. Používejte ji jako orientační přehled a pak otestujte reprezentativní soubory z přesně toho mikroskopu, skeneru, verze softwaru a nastavení komprese, které váš tým používá.

Rodina formátů Přijímané přípony Chování čtečky Důležité kontroly
ZEISS CZI .czi Normalizuje rozměry čas, Z, kanál, Y a X; čte metadata akvizice a prostorovou kalibraci, pokud jsou k dispozici. Scény se stejným typem pixelů a osami se stanou samostatnými scénami, mezi kterými lze přepínat, každá ve vlastní velikosti, a XY Overview je zobrazí pohromadě. Exportuje scénu na obrazovce nebo všechny scény do OME-TIFF. Otestujte scény, mozaiky, neobvyklá uspořádání dílčích bloků a velmi rozsáhlé akvizice.
Nikon ND2 .nd2 Mapuje čas, Z, kanály a velikost obrazu. Více pozic stolku tvoří samostatnou osu pozic s vlastním ovládáním a XY Overview je umístí podle zaznamenaných souřadnic stolku. Ověřte interpretaci pozic a času, uspořádání RGB, metadata a přesnou generaci NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Čte úrovně pyramidy celoplošných snímků založených na TIFF a v rámci paměťových omezení vybírá zvládnutelnou úroveň zobrazení. Zkontrolujte kodeky JPEG/JPEG 2000, integritu pyramidy, metadata skeneru a požadovanou úroveň rozlišení.
TIFF a OME-TIFF .tif, .tiff Používá pojmenované osy, pokud jsou k dispozici, včetně času, Z, kanálu, Y a X. Rozpozná metadata OME-TIFF a ImageJ a prostorové měřítko, pokud jsou přítomné. Dostupná je každá stránka běžného vícestránkového TIFF. TIFF je flexibilní kontejner. Ověřte kompresi, velikost BigTIFF, pyramidy, osy a zachování metadat.
Preparáty ze skenerů různých výrobců .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Čte vlastní obrazovou pyramidu skeneru přes backend OpenSlide a načítá úroveň odpovídající oblasti na obrazovce. Měřítko, měření a anotace používají mikrometrovou kalibraci skeneru při každém přiblížení. Od verze 1.10.0 se otevírají preparáty NDPI komprimované pomocí JPEG XR a také preparáty Leica SCN a Ventana BIF, které OpenSlide přečíst neumí. Od verze 1.20.0 se anotace nakreslené v NDP.view (soubor .ndpa vedle souboru .ndpi) zobrazují nad preparátem a lze je zkopírovat do vašich měření. MRXS, VMS a VMU ukládají obrazová data do doprovodné složky vedle indexového souboru, takže se otevírají jen z místního úložiště a pro vzdálené odkazy jsou odmítnuty. U preparátů BIF, které OpenSlide přečíst neumí, se švy mezi dlaždicemi zatím nesešívají. Na reprezentativních preparátech zkontrolujte integritu pyramidy a metadata výrobce.
Hamamatsu NDPIS (od verze 1.10.0) .ndpis Otevírá fluorescenční sady Hamamatsu se skutečnými názvy a barvami kanálů a s měřeními v µm podle kalibrace skeneru. Na reprezentativní sadě porovnejte názvy kanálů, barvy a kalibraci se softwarem skeneru.
Olympus/Evident VSI (od verze 1.10.0) .vsi Otevírá celoplošné a fluorescenční snímky z cellSens, včetně preparátů s několika oblastmi skenu. Každá oblast skenu se měří ve vlastní velikosti pixelu a panel Details zobrazuje zaznamenaná metadata, jako je objektiv, skutečné názvy a barvy kanálů a datum akvizice. Otestujte preparáty s více oblastmi a fluorescenční skeny z verze cellSens, kterou váš tým používá.
Olympus FluoView (od verze 1.10.0) .oib, .oif, .oir Otevírá konfokální soubory FluoView se skutečnými názvy a barvami kanálů, ohniskovými rovinami v µm a časovými body ve skutečných sekundách. Panel Details zobrazuje zaznamenaná nastavení, jako je objektiv, lasery, detektory a zesílení a pinhole. Na reprezentativní akvizici porovnejte interpretaci kanálů, Z a času s FluoView.
Zeiss ZVI a LSM (od verze 1.10.0) .zvi, .lsm Otevírá soubory AxioVision ZVI a konfokální soubory LSM od LSM 510 po LSM 980, se skutečnými názvy a barvami kanálů a ohniskovými rovinami v µm. Panel Details zobrazuje zaznamenaná nastavení, jako je objektiv, expozice, lasery, detektory a pinhole. Otestujte soubory z každé generace AxioVision nebo ZEN, kterou váš tým archivuje.
Leica LIF, LOF a XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Otevírá soubory LAS X; soubory LOF a projekty XLEF s jejich částmi XLIF a XLCF se otevírají od verze 1.10.0 a ve stejné verzi byla rozšířena i podpora LIF. Dlaždicové skeny a akvizice z více pozic se otevírají jako pozice, mezi kterými můžete přepínat nebo je zobrazit pohromadě v XY Overview, umístěné podle zaznamenaných souřadnic stolku. Soubory, na které projekt XLEF odkazuje, mějte pohromadě a na reprezentativním dlaždicovém skenu zkontrolujte umístění podle stolku.
DeltaVision (od verze 1.10.0) .dv, .r3d Otevírá soubory DeltaVision, včetně dekonvolvovaných snímků D3D, s kanály, ohniskovými rovinami v µm a časovými body v sekundách. Panel Details zobrazuje zaznamenaná nastavení, jako je objektiv, expozice a filtry. Pokud dále zpracováváte surové i dekonvolvované soubory ze stejné akvizice, porovnejte je.
MetaMorph (od verze 1.10.0) .stk, .nd, MetaSeries .tif Otevírá stacky STK, soubory MetaSeries TIFF a vícerozměrné akviziční sady .nd. Sada .nd se otevře jako jeden snímek: její vlnové délky se stanou kanály, časové body časovou řadou a mezi pozicemi stolku lze přepínat nebo je zobrazit pohromadě v XY Overview. Soubory TIFF nebo STK, které sada .nd uvádí, mějte vedle ní.
OME-Zarr (od verze 1.10.0) složky .zarr Otevírá snímky OME-NGFF 0.4 a 0.5, včetně destiček HCS se všemi jamkami a poli, a výstup bioformats2raw s jeho metadaty OME-XML. Mezi jamkami destičky lze přepínat nebo je zobrazit pohromadě v XY Overview. Jen místní složky: OME-Zarr nelze otevřít ze vzdáleného odkazu https.
Běžné obrázky (od verze 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Otevírá obrázky PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF a WebP ve stejném prohlížeči jako mikroskopické soubory. Než se budete spoléhat na měření v µm, zkontrolujte, zda soubor obsahuje kalibraci.
Philips iSyntax (od verze 1.20.0) .isyntax Otevírá celoplošné skeny Philips iSyntax s jejich pyramidou, velikostí pixelu, štítkem a makrosnímkem. SlideScope zobrazuje dekódované pixely: vlastní doostření, zvýšení kontrastu a barevný profil od Philips se nepoužijí a panel Details na to upozorňuje. Pokud záleží na přesném vzhledu, porovnejte reprezentativní preparát s prohlížečem Philips. Poškozený nebo zkrácený soubor se odmítne, místo aby se otevřel jen zčásti.
KFBio KFB (od verze 1.20.0) .kfb Otevírá celoplošné skeny KFBio ve světlém poli s jejich pyramidou a velikostí pixelu. Poškozená dlaždice se vykreslí z nejbližší hrubší úrovně a SlideScope na to upozorní. Fluorescenční preparáty KFBF se neotevřou. Oblasti, které skener nesnímal, se zobrazí bíle.
ICS/IDS (od verze 1.20.0) .ics, .ids Otevírá snímky ve formátu Image Cytometry Standard, například výstup ze SVI Huygens a DIPlib: dvojice .ics/.ids verze 1 a jednotlivé soubory verze 2, včetně dat komprimovaných gzip, s jejich měřítkem a osami. Pixely odpovídají Bio-Formats, včetně jeho orientace u souborů z Huygens. Soubor .ids mějte vedle jeho hlavičky .ics. Kalendářový soubor .ics se rozpozná a jako obrázek se neotevře.
Gatan DM3 a DM4 (od verze 1.20.0) .dm3, .dm4 Otevírá snímky Gatan Digital Micrograph s jejich kalibrací a metadaty mikroskopu. Spektrální snímky EELS a EDS se procházejí po energiích posuvníkem Energy a difrakční obrazce a FFT dostanou místo měření reciproké měřítko v nm⁻¹. 1D spektra a datové sady 4D-STEM se neotevřou.
Olympus SIS (od verze 1.20.0) .sis, .tif se značkami SIS Otevírá snímky Olympus analySIS s jejich velikostí pixelu a zaznamenanými metadaty. .sis je také přípona instalačních balíčků Symbian, takže se otevřou jen soubory, které jsou skutečně obrázky TIFF.
Standardní DICOM .dcm, .dicom Zpracovává standardní jednosnímkové i vícesnímkové datové sady a mapuje čas, Z, kanály, snímky a vybraná metadata. Dlaždicový celoplošný DICOM se čte samostatnou cestou pro pyramidy s nativním přístupem k dlaždicím. Ověřte transfer syntax a kodeky, třídu SOP, pravidla deidentifikace a požadavky na výzkumné použití.

Podrobnosti k jednotlivým formátům a autoritativní zdroje

CZI: vícerozměrné prohlížení bez naznačování certifikace ZEISS

CZI může obsahovat více scén, kanálů, rovin Z, časových bodů, metadata akvizice a dlaždicové dílčí bloky. SlideScope čte běžné rozměry a metadata potřebné k prohlížení a scény souboru prochází jednu po druhé nebo je zobrazí pohromadě v XY Overview. Scény, jejichž typ pixelů nebo osy se liší od první scény, procházet nelze: zobrazí se první scéna s upozorněním, které vysvětluje proč. Export zapíše OME-TIFF s bezztrátovou kompresí, velikostí pixelu a názvy kanálů; export z XY Overview uloží každou scénu do jednoho souboru jako samostatný obraz a rozsáhlý dlaždicový sken se exportuje v rozlišení přehledu. Každá exportovaná scéna si zachová velikost pixelu, ve které byla pořízena (opraveno ve SlideScope 1.8.57; dřívější verze mohly chybně kalibrovat nedlaždicové scény různých velikostí). Rodina CZI je natolik široká, že na testu se skutečným souborem záleží; návod k CZI s více scénami ukazuje scény a export krok za krokem. ZEISS formát a jeho aplikační ekosystém popisuje na oficiální stránce o formátu CZI. Tento zdroj definuje zdrojový formát; nepředstavuje doporučení ani certifikaci SlideScope.

ND2: čas, Z, kanály a pozice

SlideScope mapuje hlavní osy ND2 na model svého prohlížeče. Od verze 1.8.41 si akvizice z více pozic ponechává pozice na samostatné ose, místo aby je slučovala do času, a XY Overview umístí každou pozici podle zaznamenané souřadnice stolku. Orientace stolku byla ověřena na omezeném počtu přístrojů, proto si před tím, než na ní tým postaví standardní postup, ověřte reprezentativní experiment s více pozicemi. Oficiální softwarové zdroje NIS-Elements od Nikonu popisují bezplatný samostatný prohlížeč Nikon, prohlížení vícerozměrných datových sad a export do TIFF ve vlastním ekosystému Nikonu.

SVS: pyramidy celoplošných snímků a komprese

Soubory SVS jsou celoplošné snímky založené na TIFF s úrovněmi pyramidy a metadaty Aperio. SlideScope volí úroveň, která vyvažuje detail zobrazení a dostupnou paměť. Open-source projekt OpenSlide dokumentuje strukturu formátu Aperio, včetně dlaždicových obrazů, úrovní pyramidy, přidružených obrazů a vlastností metadat.

TIFF a OME-TIFF: kontejner, ne jedno jednotné uspořádání

Soubor s koncovkou .tif může být prostý 2D obraz, obraz RGB, stack z ImageJ, datová sada OME-TIFF, BigTIFF nebo pyramidový obraz s jinou kompresí. Čtečka SlideScope rozpozná metadata OME a ImageJ, pokud jsou přítomná, ale nelze předpokládat, že jsou všechny varianty totožné. Specifikace OME-TIFF vysvětluje, jak roviny TIFF a metadata OME-XML kódují rozměry a pyramidy.

DICOM: standardní snímky a dlaždicové pyramidy celoplošných snímků

Aktuální veřejné instalační programy pro Windows a macOS podporují běžný jednosnímkový i vícesnímkový DICOM pro výzkumné prohlížení, včetně fluorescenčních Z-stacků a časosběrných záznamů. Soubory s třídou SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage se čtou samostatnou cestou pro celoplošné snímky, která přímo využívá pyramidu a dlaždicovou strukturu DICOM, takže se dlaždicový WSI DICOM otevře bez převodu. Komprimované transfer syntaxe se dekódují pomocí přibalených pluginů GDCM, openjpeg a imagecodecs. SlideScope není PACS a není prezentován jako validovaná diagnostická stanice. Supplement 145 výboru DICOM Standards Committee definuje objekty celoplošných mikroskopických snímků a pomáhá vysvětlit, proč je WSI samostatnou třídou kompatibility.

Přístrojové formáty přidané ve verzi 1.10.0: co ukazuje panel Details

Každý formát přidaný ve SlideScope 1.10.0 se otevírá ve Windows i macOS s metadaty v panelu Details. Podle toho, co soubor zaznamenává, to zahrnuje objektiv (název, zvětšení, numerickou aperturu a imerzi), lasery a světelné zdroje, detektory a zesílení, expozici, filtry, pinhole, skutečné názvy a barvy kanálů, datum akvizice, časové body ve skutečných sekundách, ohniskové roviny v µm, jamky a pole destiček a uložená zobrazovací okna. Dlaždicové skeny a pozice stolku z akvizic s více pozicemi se otevírají jako pozice a XY Overview je umístí podle zaznamenaných souřadnic stolku. Návody krok za krokem: VSI, OIB a OIR, ZVI, LSM, LOF a XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK a ND, OME-Zarr a NDPIS.

Formáty přidané ve verzi 1.20.0

SlideScope 1.20.0 přidává celoplošné skeny Philips iSyntax a KFBio KFB, snímky ICS/IDS, elektronové mikrografy Gatan DM3 a DM4 a snímky Olympus SIS, každý s měřítkem a zaznamenanými metadaty; výše uvedená matice uvádí, co který z nich otevírá a co ne. Návody krok za krokem: iSyntax, KFB, ICS a IDS, DM3 a DM4 a SIS.

Proč může podporovaná přípona přesto selhat

Neúplný nebo přejmenovaný soubor

Částečně stažený soubor, přerušená kopie nebo soubor přejmenovaný na podporovanou příponu nemusí obsahovat platnou hlavičku formátu ani úplná obrazová data.

Varianta kodeku nebo komprese

Celoplošné soubory TIFF, SVS a DICOM mohou záviset na JPEG, JPEG 2000 nebo jiných kodecích. Neobvyklá transfer syntax nebo chybějící přibalený kodek může dekódování znemožnit.

Neobvyklé uspořádání rozměrů

Soubory výrobců mohou kódovat scény, pozice, osvětlení, pohledy, dlaždice nebo osy odlišně. Čtečka může soubor otevřít, ale specializované uspořádání namapovat jinak, než očekáváte.

Limity paměti a pyramidy

Velmi velké snímky potřebují platné úrovně s nižším rozlišením nebo dostatek paměti pro vybranou rovinu. Testujte největší běžně používané soubory, nejen malý vzorek.

Praktický test před nasazením

  1. Vyberte soubory z každého modelu mikroskopu nebo skeneru, který váš tým skutečně používá.
  2. Zahrňte malý soubor, typický soubor, největší běžně používaný soubor a jeden starší archivovaný soubor.
  3. Ověřte barvy kanálů, časové body, roviny Z, pozice, detail pyramidy a prostorovou kalibraci.
  4. Porovnejte klíčová metadata s akvizičním softwarem nebo jinou důvěryhodnou čtečkou.
  5. Otestujte export do TIFF a ověřte, jaké rozměry a metadata navazující postup očekává.
  6. Zaznamenejte verzi aplikace, operační systém, hardware, zdrojový software a výsledek.

Tak vzniknou podklady, které laboratoř může později zkontrolovat, a je to spolehlivější než předpokládat, že každý soubor se stejnou příponou je totožný.

Podporované a nepodporované formáty

Preparáty ze skenerů NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF a AVS jsou podporovány přes backend OpenSlide, Leica LIF má vlastní čtečku, VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr a běžné obrazové soubory jsou podporovány od verze 1.10.0 a Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 a Olympus SIS od verze 1.20.0; všechny jsou uvedeny ve výše uvedené matici kompatibility. Otevře se i .zip s podporovanými soubory: SlideScope ukáže, co obsahuje, rozbalí ho vedle archivu a otevře. SlideScope neotevírá soubory SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD ani MRC, fluorescenční preparáty KFBio KFBF, 1D spektra Gatan ani datové sady 4D-STEM, OME-Zarr ze vzdálených odkazů https, NIfTI ani běžné videoformáty. Nepřejmenovávejte takové soubory na podporovanou příponu. Pokud je některý z těchto formátů pro váš pracovní postup důležitý, kontaktujte před nákupem podporu a uveďte název formátu a akviziční software.

U podporovaných souborů, které přesto selžou, může podpora v aplikaci připojit kontext preparátu, který neobsahuje citlivé údaje. Neposílejte údaje identifikující pacienty ani proprietární soubory, pokud takové sdílení vaše organizace neschválila.

Otázky ke kompatibilitě

Které přípony mikroskopických souborů SlideScope otevírá?

Aktuální verze SlideScope směrují .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif a formáty skenerů celoplošných snímků .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff a .avs k vlastním čtečkám. Od verze 1.10.0 otevírají také soubory .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd a .ndpis, složky OME-Zarr z místního úložiště a běžné obrázky .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif a .webp. Od verze 1.20.0 otevírají také preparáty Philips .isyntax a KFBio .kfb, snímky .ics a .ids, soubory Gatan .dm3 a .dm4 a snímky Olympus .sis; soubor anotací NDP.view .ndpa se otevře spolu s preparátem NDPI a .zip s preparáty se otevře, jakmile ho SlideScope rozbalí vedle archivu. Kompatibilita se přesto může lišit podle dílčího formátu výrobce, komprese, integrity souboru a vložených metadat.

Otevírá SlideScope soubory OME-TIFF?

Čtečka TIFF rozpozná metadata OME-TIFF a mapuje pojmenované osy čas, Z, kanál, Y a X, pokud jsou k dispozici. Otestujte reprezentativní varianty komprese, BigTIFF a pyramid.

Zaručuje podpora přípony, že se otevře každý soubor?

Ne. Kompatibilitu mohou stále ovlivnit poškození, neúplné přenosy, neobvyklé kodeky, varianty výrobců a neobvyklá uspořádání rozměrů.

Je SlideScope diagnostický prohlížeč DICOM?

Žádné diagnostické tvrzení se neuvádí. SlideScope je určen pro výzkum, výuku a posuzování; klinické použití vyžaduje vlastní validaci a regulatorní posouzení daného pracoviště.

Otestujte soubory, které váš tým skutečně používá

Nainstalujte správné sestavení pro Windows nebo Mac a pak ověřte reprezentativní datové sady CZI, ND2, SVS, TIFF a DICOM.

Stáhnout aplikaci