פתחו קובצי ZEISS CZI ב-SlideScope ב-Windows או ב-macOS ללא המרה מראש. בדקו את הערוצים וממדי התמונה שנשמרו בקובץ. צפייה מקומית אינה מעלה את התמונה לשרת.
קובץ CZI יכול להכיל כמה סצנות: בארות של צלחת, אזורי אריחים או אזורי סריקה של שקופית. SlideScope מציג כל סצנה בנפרד או את כולן יחד, ומייצא ל־OME-TIFF את הסצנה שמוצגת או את כל הסצנות. הסרטון והשלבים שלהלן משתמשים בקובץ דוגמה ציבורי עם שתי סצנות.
קובץ CZI יכול להכיל כמה סצנות: בארות של צלחת, אזורי אריחים או אזורי סריקה. כך מציגים כל אחת מהן ומייצאים אותן כ־OME-TIFF.
CZI עם שתי סצנות, נפתח ישירות. ללא המרה. הפקד Scene עובר מסצנה אחת לבאה. סצנה 2 היא באר D7. סצנה 1 היא באר D6. XY Overview ממקם כל סצנה במקום שבו הוקלטה. שתי הבארות האלה נמצאות במרחק 9 mm זו מזו.
מזגו את הערוצים לתצוגה אחת. כבו ערוץ כדי לראות מה הוא תורם. הגדילו. סרגל קנה המידה נשאר מכויל. Details מציג את גודל הפיקסל, הערוצים והגדרות הרכישה.
כדי לייצא, בחרו File ואז Export Current Image as TIFF. כשמוצגת סצנה אחת, רק היא מיוצאת. לפני ההתחלה רואים את גודל הפיקסל, הערוצים והדחיסה שייכתבו. כדי לייצא את כל הסצנות, הפעילו קודם את XY Overview. כל הסצנות נכנסות לקובץ OME-TIFF אחד. כל סצנה היא תמונה נפרדת בתוכו.
פתחו את התוצאה. שתי הסצנות שם, כתמונה 1 ותמונה 2. גודל הפיקסל ושמות הערוצים נשמרו.
חשבון חינמי מאפשר לפתוח ולהציג תמונות מקומיות לפני כל תקופת ניסיון. ייצוא דורש תקופת ניסיון של 3 ימים או מנוי. סריקת אריחים גדולה מיוצאת ברזולוציית הסקירה, לא בסריקה המלאה. זו אותה אפליקציה ב־macOS וב־Windows. הסרטון הזה הוקלט ב־Windows.
בחרו File › Open File… (Ctrl+O ב־Windows, ⌘O ב־Mac) או גררו את קובץ ה־.czi לחלון. הסצנה הראשונה מופיעה מיד. שום דבר לא מומר והקובץ לא מועלה.
בקובץ עם כמה סצנות מופיע פקד Scene מתחת לתמונה. השתמשו ב־− וב־+ או הקלידו מספר. כל סצנה שומרת על הגודל שלה ועל שמה מהקובץ, למשל באר (D6, D7) או אזור אריחים.
לחצו על XY Overview ליד פקד Scene, או בחרו View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). כל סצנה מצוירת במקום שבו הוקלטה, כולל הרווחים. לחצו על סצנה כדי לבחור בה ולחיצה כפולה כדי לפתוח אותה. סצנות מרוחקות, כמו בארות במרחק 9 mm זו מזו, מופיעות תחילה כאריחים קטנים: הגדילו את התצוגה כדי לראות אותן.
ב־Display, סמנו Blend channels into one view לתמונה מורכבת צבעונית, או כבו ערוצים בודדים. Details מציג את גודל הפיקסל, הממדים, הסצנה הנוכחית והגודל שלה. בהירות, ניגודיות וצבעים משנים רק את מה שרואים, לעולם לא את הפיקסלים השמורים.
בחרו File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). בחרו תיקייה ושם; SlideScope מציע שם שמסתיים ב־.ome.tif.
כשסצנה אחת מוצגת על המסך, רק היא מיוצאת, בשם כמו sample_scene-2.ome.tif. כדי לייצא את כל הסצנות, הפעילו קודם את XY Overview: כל הסצנות נכנסות לקובץ OME-TIFF אחד, כל אחת כתמונה נפרדת בגודל שלה. לפני שנכתב משהו, חלון אישור מציג את הגודל, גודל הפיקסל, הערוצים והדחיסה.
לחצו על Open Exported TIFF כשהייצוא מסתיים. SlideScope מציג כל סצנה שיוצאה כתמונה; עברו ביניהן בעזרת הפקד Image. קוראי OME-TIFF שתומכים בכמה תמונות בקובץ, כמו Bio-Formats ב־Fiji, מציגים אותן כסדרות נפרדות.
Windows 10 או 11, או macOS 14 ואילך על Apple Silicon או Intel. גלו את ספריית הדוגמאות המובנית בחינם, עם כל הכלים. כדי לפתוח את התמונות שלכם נדרש מנוי. המנוי עולה 30.00 $ לחודש וכולל ייצוא.
אפשר לעבור בין סצנות כשיש להן אותו סוג פיקסל ואותם ערוצים, מישורי Z ונקודות זמן. אם לא, SlideScope מציג את הסצנה הראשונה ומסביר את הסיבה ב־Details. אם זה לא מה שציפיתם, שלחו לנו את הקובץ.
צבעי הערוצים נלקחים מהקובץ כשהוא מתעד אותם. שנו אותם ב־Display › Channel colour…; הייצוא מתעד את הצבעים שהגדרתם.
סריקת אריחים גדולה מיוצאת ברזולוציית הסקירה שלה, וחלון האישור מציין זאת לפני שנכתב משהו. הסריקה ברזולוציה מלאה נשארת זמינה לצפייה ב־SlideScope.
בדוגמאות המובנות כל הכלים עובדים בחינם, כולל ייצוא. ייצוא התמונות שלכם דורש מנוי.
הדוגמה בסרטון ובצילומי המסך: S2_3x3_CH2.czi מנתוני הדוגמה של czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), שתי סצנות של פסיפס 3 × 3 עם DAPI ו־EGFP. ללא נתוני לקוחות.
| כלי | עלות | פלטפורמות | שימוש מומלץ |
|---|---|---|---|
| ZEISS ZEN lite | חינמי (נדרש ZEISS ID להורדה) | Windows | המציג של היצרן עצמו, הקרוב ביותר לתוכנת רכישת התמונות |
| Fiji / ImageJ עם Bio-Formats | חינמי, קוד פתוח | Windows, macOS, Linux | ניתוח באמצעות תוספים ומאקרו; כל סצנה מיובאת כסדרה נפרדת |
| QuPath | חינמי, קוד פתוח | Windows, macOS, Linux | פרויקטים של ניתוח תמונות שקופית מלאה וכתיבת סקריפטים |
| SlideScope | דוגמאות בחינם עם כל הכלים, ולאחר מכן מנוי החל מ-$30 לחודש לתמונות שלכם | Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon ו-Intel) | צפייה, מדידה והוספת הערות לקובצי CZI לצד CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM ו-TIFF, כשהקבצים נשארים במחשב שלכם |
אפשר לפתוח קובצי ZEISS CZI באמצעות ZEN lite, המציג החינמי של ZEISS ל-Windows; באמצעות Fiji או QuPath, שהם חינמיים וקוראים CZI דרך Bio-Formats ב-Windows, ב-Mac וב-Linux; או באמצעות SlideScope, מציג שולחני ל-Windows ול-Mac עם ספריית דוגמאות חינמית. במחשבי Mac עם Apple silicon, הספרייה Bio-Formats אינה יכולה לקרוא קובצי CZI הדחוסים ב-JPEG-XR. השלבים שלהלן משתמשים ב-SlideScope.
מקור: השוואת מציגי תמונות שקופית מלאה (פלטפורמות ומחירים, כל אחד עם קישור למקור) (באנגלית).
ראו גם: ZEISS ZEN lite: מאיפה להוריד, שאלת ה-Mac והחלופות (באנגלית).
לפי התיעוד של QuPath, הספרייה Bio-Formats אינה תומכת כרגע בדחיסת JPEG-XR ב-Apple silicon, וקובצי CZI רבים דחוסים ב-JPEG-XR. הפתרונות העוקפים שהתיעוד מציע הם המרת הקובץ במחשב אחר או מעבר לגרסת ה-Intel של QuPath. התוכנה SlideScope אינה משתמשת ב-Bio-Formats עבור CZI: היא קוראת CZI באמצעות מפענח JPEG XR מובנה משלה, הן בגרסת Windows והן בגרסת Mac.
כדאי לבחון את SlideScope כאשר דרושה תוכנת מחשב אחת שפותחת קובצי מיקרוסקופיה במגוון פורמטים ומכמתת עצמים סטנדרטיים על המחשב שלכם. השאירו את הכלי המקורי כאשר נדרשים שליטה במיקרוסקופ, עיבוד ניתן לתכנות, צינורות ניתוח מבוססי סקריפט או ניהול תמונות ארגוני.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: עיבוד ניתן להרחבה, מאקרו, תוספים, סקריפטים, סגמנטציה, ניתוח פתולוגי ותהליכי Python מדעיים.
OMERO: מאגרי תמונות מרכזיים, הרשאות, שיתוף פעולה וניהול מידע ארגוני.
כן. ZEN lite (Windows) ו-Fiji או QuPath עם Bio-Formats הם חינמיים. ההורדה של SlideScope חינמית, ספריית הדוגמאות המובנית חינמית עם כל הכלים, והאפליקציה בודקת בחינם אם הקבצים שלכם נפתחים; כדי לפתוח את התמונות שלכם נדרש מנוי החל מ-$30 לחודש.
השתמשו ב-macOS 14 ומעלה. בחרו הורדה ל-Apple Silicon או ל-Intel בהתאם ל-Mac שלכם והעתיקו את הקובץ לאחסון מקומי לפני פתיחתו.
ודאו שהעתקת הקובץ הושלמה. אם הבעיה נמשכת, פנו לתמיכה עם גרסת היישום, פורמט הקובץ והודעת השגיאה כדי שנוכל לבדוק.
למעבדות מחקר, יחידות מיקרוסקופיה, מרצים, סטודנטים וצוותים הסוקרים תמונות פתולוגיה.
קראו את התיעוד המקורי של הפורמט.
SlideScope הוא מוצר עצמאי ואינו משויך ל-Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari או OMERO. שמות המוצרים משמשים רק להשוואה עובדתית.
סיירו בסליידים שלמים, בערוצי פלואורסצנציה ובערימות תמונות, בסביבת עבודה ממוקדת אחת ל-Windows ול-macOS.
יש לכם קובץ שלא נפתח או פורמט שעדיין לא ברשימה? דיווח על קובץ או פורמט